АвторТема: Новый калькулятор ВБОП с возможностью построения филодерева на сайте SEMARGL.ME  (Прочитано 15097 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Оценка TMRCA методом выборочных пар (МВП) на дереве, построенном методом UPGMA (Метод невзвешенного попарного среднего).

http://www.semargl.me/tools/build-tree-and-asd-pairs/

Запускаю бета версию. Интерфейс недоработан, но интуитивно понятен. По крайней мере надеюсь на это. Калькулятор предназначен для построения филогенетического дерева близких совпаденцев и отображением его в графическом формате с возрастом каждого узла. Расчет производится с помощью МВП (метода выборочных пар).
Из ограничений:
1) только для 37, 67, 111 маркерных гаплотипов. Версии для 12, 25 маркеров не будет.
2) Пока поставил ограничение в 20 гаплотипов. Гаплотипы сверх этого будут проигнорированы в расчете.
3) Гаплотипы, имеющие нулевое или отсутствующее значение маркера из стандартной панели будут пропущены в расчете. В планах сделать их обработку, путем подставления вместо отсутствующего маркера модального значения выборки.
4) Калькулятор очень чувствителен к многошаговым мутациям и реклохам.
5) Желательно исключать из расчетов известные гаплотипы с гомоплазией к основной части выборки. Снипы в расчет не принимаются.

Сразу скажу, что анализ идет с помощью кластеризации и значительно уступает таким популярным филогенетическим программам, как TNT, Мурка и др. В расчет не берутся значения снипов.
Калькулятор сделан для новичков, которые постоянно задаются вопросом - "когда жил общий предок с тем-то и тем-то", а также в помощь администраторам проектов, для быстрого принятия решения по тому или иному гаплотипу, без ковыряния в громоздких программах.

Данный калькулятор позволяет кроме подсчета ВБОП выявить группы близких гаплотипов и найти устойчивые кластеры.

В поле KITs вводить номера китов, разделенных запятой. Одной строкой.
Поля mrate и generation length можно оставить пустыми. В этом случае будут подставлены дефолтные значения параметров от Клесова/Рожанского, но советую для 67 маркерных гаплотипов ставить значения 0.0021 и 32 года.
« Последнее редактирование: 29 Март 2015, 13:18:54 от Lesla »

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2155
  • Страна: ru
  • Рейтинг +264/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Новый калькулятор и построитель деревьев)
http://forum.molgen.org/index.php/topic,6579.0.html

Спасибо за создание калькулятора! Инструкцию читал (гомоплазия) - так что понимаю, что в моем случае все построения будут весьма условны, но попробую рассчитать оба варианта (СTS1211 и Y57 по отдельности).

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1760/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Кто не поставил плюс тот редиска

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Да, ценное подспорье! Спасибо, Владимир!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Вот это вещь!

Обязательно буду использовать под 111 маркерами.

*** Ещё даже не открывал, но замысел считаю прекрасным!!!


:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Спасибо!

Это именно то, что в большинстве случаев (особенно на 111 маркерах) нужно.

Если есть опция, когда нет нужды вставлять поколенный интервал в годах, а можно использовать непосредственно поколения, то можно было бы заняться самостоятельной калибровкой (поиском среднегаплотипной скорости мутаций) по документальным родословиям для 111-маркерных гаплотипов.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Спасибо!

Это именно то, что в большинстве случаев (особенно на 111 маркерах) нужно.

Если есть опция, когда нет нужды вставлять поколенный интервал в годах, а можно использовать непосредственно поколения, то можно было бы заняться самостоятельной калибровкой (поиском среднегаплотипной скорости мутаций) по документальным родословиям для 111-маркерных гаплотипов.
Может быть будет)

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1760/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Своих попробовал



1 возраст - по КлеРо
2 возраст - стандарт
3 возраст - а) точно известен б) фантазирую

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
???

А место где его искать не подскажите?
Добавил ссылку в первый пост темы.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1760/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Всё-таки надо иметь опцию исчисления ВБОПов в поколениях.
В годах (особенно при близком родстве) идёт ненужное дополнительное загрубление результата.

:)

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6169
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2420/-13
  • мтДНК: H1b
Да, ценное подспорье! Спасибо, Владимир!
Присоединяюсь :) Спасибо! :D

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1760/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Своих попробовал

На скольки маркерах?

67, вот интересно было бы посмотреть на 111-ти что-то подобное

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Ну, вот и откалибровался:)

ВБОП даю в поколениях по 111 маркерным гаплотипам.
Реальный ВБОП 6 поколений для всей троицы. Но для одного гаплотипа действует опция исключения dys464.


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.