АвторТема: Этногенез татар  (Прочитано 49534 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #435 : 07 Сентябрь 2023, 18:34:35 »
Нет, гаплогруппные наборы биологическое родство не определяют, а только указывают на его вероятность.

Именно что. И выше мы уже касались математического обоснования сабжа.

Позволю себе еще раз оттарабанить эти соображения вкратце.

Однородительский профиль популяции, то есть вектор из частот гаплогрупп, должен быть достаточно длинным, и состоять из частот выше уровня случайных флуктуаций, то есть > 0.05. Нельзя напихать 100 таких гг в вектор, тк в сумме будет > 5.0, а надо <= 1.0.
Такие вектора доступны - это наборы биаллельных аутосомных снипов. Отбрасываем то что ниже 0.05 или выше 0.95, и получаем в руки длиннющий вектор частот.

Вектор частот мт и У-гг, если из него выкинуть минорные (склонные к большим флуктуациям), становится очень коротким. Это 5-8 позиций. Такие вектора у отдаленно родственных популяций могут быть случайно близки.

Никто никогда не моделировал ситуацию в софте, чтобы выяснить, до какой степени можно обмануться совпадением однородительских профилей частот. Зачем собственно, когда есть аутосомы?

Онлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 14219
  • Страна: id
  • Рейтинг +926/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Этногенез татар
« Ответ #436 : 07 Сентябрь 2023, 18:45:48 »
строго говоря, Вахан - это уже немного не та же экология, что у большинства шугнано-рушанских народов.
маленькие территории хуфцев и баджувцев вообще напоминают скорее Дагестан какой-то. :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #437 : 07 Сентябрь 2023, 18:50:50 »
Вектор частот мт и У-гг, если из него выкинуть минорные (склонные к большим флуктуациям), становится очень коротким. Это 5-8 позиций. Такие вектора у отдаленно родственных популяций могут быть случайно близки.

Если же мы имеем очень частотные позиции, типа русской y*R1a и западной y*R1b, возникает соблазн разварганить эти гг дальше на субаллели (ветви). Но тогда мы мгновенно получим ветви R1a с частотой ниже порога на западе и ветви R1b с частотой ниже порога у русских. То есть понизится средний call rate таблицы (call rate тут можно понимать как долю гг с частотой от 0.05 от всех гг таблицы). При вычислении расстояний позиции (гг, снипы итд) с call rate ниже порога надо исключать, иначе при чрезмерном использовании частоты 0.0 расстояния между некоторыми популяциями станут неправдоподобно большими. Берите хутор с r1a Z92 и кишлак с r1a Z94, везде по 100% - и получите максимальное расстояние которое только возможно, даже если бы две ветви разделились только вчера.

Поэтому измельчение гаплогрупп помогает только для одного региона, где почти все линии хорошо представлены - выше выбранного порога частоты.

Требования использовать вменяемый порог минорного аллеля (maf) - очень важное требование.

Мораль: расстояния по однородительским гаплогруппам - штука малого разрешения и слабой надежности.

Тем не менее, есть подходы, позволяющие вычислять расстояния по совпадающим гаплотипам. Один из них мы применяли с Андреем Пшеничновым в работе по мито украинцев еще лет 15 назад, статья кажись 2013г. При дальнейшем усложнении отсюда таки можно что-то получить.

« Последнее редактирование: 07 Сентябрь 2023, 19:01:16 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #438 : 07 Сентябрь 2023, 18:56:21 »
а биаллельные аутосомные снипы - идеальны как лучшие огурчики на рынке, не то что однородительские гг
один не понравился - выбрасывай, заменяя другим (там незаменимых нет!)
с гг этот номер не выйдет, там все мажорные игроки важны

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #439 : 07 Сентябрь 2023, 19:08:08 »
Цитировать
.. и 1 Гость просматривают эту тему.

видно это удобнее чем сказать "извините"

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18700
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4673/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Этногенез татар
« Ответ #440 : 07 Сентябрь 2023, 20:05:45 »
Valery, а Вам, как математику наверное приходилось делать расчёт наибольшего разнообразия гаплотипов, субкладов и т.п.?

У нас на форуме и вообще это по-моему самая животрепещущая тема, вплоть до холиваров: кто откуда куда пришёл, из точки А в точку Б, или наоборот.

Понятно, что набольшее разнообразие не говорит о прародине гаплогруппы, а только указывает на возможные. Да и под "прародиной гаплогруппы" понимается предполагаемое место жизни ближайшего общего предка (TMRCA) всех современных представителей данной гаплогруппы, а не место, где возник её первый выделившийся снип (formed) или маркирующий её снип (как например M267 для моей).

В общем-то у нас на форуме есть математики и программисты, может они смогли бы освоить подобный агрегат для вычисления.

Онлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 14219
  • Страна: id
  • Рейтинг +926/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Этногенез татар
« Ответ #441 : 07 Сентябрь 2023, 20:08:58 »
Понятно, что набольшее разнообразие не говорит о прародине гаплогруппы, а только указывает на возможные.
А если ориентироваться на наиболее дивергентную и "реликтовую" ветвь? Или тоже не вариант?

Оффлайн Murzalar

  • Ырыу-мурзалар . Оран-хандал(наковальня)Тамга- лук со стрелой. Дерево -черемуха. Птица-Лебедь.
  • Сообщений: 5262
  • Страна: ru
  • Рейтинг +407/-36
  • Y-ДНК: I1
  • мтДНК: U5
Re: Этногенез татар
« Ответ #442 : 07 Сентябрь 2023, 20:15:21 »
Цитировать
Странно что башкир нет. Они в статье очень близки им. Или в выборке башкир нет?

Башкирская G25 одна.  По бронзе она вот так определилась.
Типа Окуневская культура что-ли.
Так. У вас есть залитые на гедматч сэмплы коренных башкир?
Если есть пришлите их номера мне, проверим что будет на самом деле.
WD8057842,T673259,MW9249298,

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #443 : 07 Сентябрь 2023, 23:29:26 »
Понятно, что набольшее разнообразие не говорит о прародине гаплогруппы, а только указывает на возможные. Да и под "прародиной гаплогруппы" понимается предполагаемое место жизни ближайшего общего предка (TMRCA) всех современных представителей данной гаплогруппы, а не место, где возник её первый выделившийся снип (formed) или маркирующий её снип (как например M267 для моей).

В общем-то у нас на форуме есть математики и программисты, может они смогли бы освоить подобный агрегат для вычисления.

Ярослав, к сожалению разнообразие это только первое приближение к сабжу. Ведь обычно у гаплогрупп нет сотен базальных ветвей. Будь такие, вопрос решался бы простым сравнением, и при таком количестве скорее всего работало бы тупое сравнение. Правдоподобия происхождения в месте А против места Б было бы точно отношением числа базальных ветвей в А к их числу в Б. Но на практике у нас обычно менее 10 базальных ветвей, и не про все даже понятно, где они обитали изначально. Простую статистику применить тут невозможно, тк вероятности наложатся друг на друга, какие умные ни применяй интервалы.

Здесь используют байесовское моделирование во времени. Критерием является правдоподобие, причем правдоподобие мутационных переходов в дереве - только одна из составляющих (если других составляющих нет, то это просто зовется "метод правдоподобия", он дает дерево и ничего более). Включают больше параметров, такие как:

демография (как растет численность, что-то кладется априори что-то можно вывести)
скорость мутаций
подразделение на популяции
география

и ищут совокупные наиболее правдоподобные решения байесом. Вместе это называется теперь филодинамикой.

Обычно берется какой-то байесовский пакет типа BEAST и туда запихивают новые переменные, какие-то распределения априорные на входе и соответственно апостериорные на выходе. координаты пихают, есть для таких переменных модели уже давно, вот например. Базовая версия с географией дела иметь не может, но вирусологи обычно что-то дописывают на R, красиво все это выводят в графике и пытаются какие-то выводы делать примерно в духе на каком континенте правдоподобнее происхождение данного патогена. Готовых пакетов чтобы их можно было применить к человеческим гг, пока не видел. Но полагаю, уже в ближайшие годы кто-нибудь сделает.

Готовые пакеты есть для моделей хост-паразайт. Но они к гг неприменимы, тк там 2 дерева, причем для ветвей одного должна быть геопривязка и тогда ее можно получить и для ветвей другого дерева. Не наш случай.

В общем, думаю это все скоро будет в доступной эндюзер-форме. Чтобы набросать исходных данных мышкой, бам файлы с координатами и бирочками популяций, выбрать модели - и вперед.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #444 : 07 Сентябрь 2023, 23:34:48 »
На выходе вы получаете скайлайн от времени возникновения гг с эффективной численностью носителей и координатами. То есть на любой момент истории знаете сколько было и где этих патогенов гаплогрупп. Когда известно из иных данных, что в некий момент прошлого численность резко упала или выросла - высший шик точно показать это на скайлайне.

Но метод не применим чисто к какой-то гг. Надо брать всю популяцию, то есть какой-то целый регион и все тамошние гг. Потому что иначе программа существенно отступит от истины, подумав, что в сабжевом мире жили только люди данной гг.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #445 : 07 Сентябрь 2023, 23:39:05 »
Это повторяю зовется байесовская филодинамика. За нее неплохо платят начиная с сарса, а после ковидлы - так вообще зашибись. Потому она и развивается семимильными шагами.

Патогены и паразиты - наиболее зримое практическое приложение серьезной филогенетики. Для остальных приложений филогенетика в полной мере и не нужна, хватит просто вычислений близости (типа такие-то белки ближе друг к другу по расстоянию, наверное они родственники и имеют сходные свойства). Динамика же - это тотальное взятие быка за рога, реконструкция прошлого со всеми значимыми параметрами.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Этногенез татар
« Ответ #446 : 07 Сентябрь 2023, 23:45:39 »
обычно у гаплогрупп нет сотен базальных ветвей

У мито есть, тк молекула короткая. Скажем, у mtdna*M по-видимому более сотни базальных ветвей, и четыре пятых (а может и шесть седьмых, не скажу так) обитают в ЮА и ЮВА.

Онлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 14219
  • Страна: id
  • Рейтинг +926/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Этногенез татар
« Ответ #447 : 08 Сентябрь 2023, 08:35:20 »
Скажем, у mtdna*M по-видимому более сотни базальных ветвей, и четыре пятых (а может и шесть седьмых, не скажу так) обитают в ЮА и ЮВА.
Где-то разнообразие может быть просто миграционным тупиком - места слишком сытные попались, пришли туда и смысла идти дальше нет. :)
Интересно, как было у предков индейцев - два пустых континента было до них, как там с разнообразием, где больше, где меньше.)))
« Последнее редактирование: 08 Сентябрь 2023, 08:44:50 от Asmat headhunter »

Оффлайн wave48

  • Сообщений: 248
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-5
  • Y-ДНК: N1c1-L550
  • мтДНК: U5b2a1a2
Re: Этногенез татар
« Ответ #448 : 08 Сентябрь 2023, 09:40:30 »
Цитировать
WD8057842,T673259,MW9249298,
Да, они определились как башкиры.

С саками есть сходство, но это совершенно разные народы.
У башкир нет синташтинского вклада, вместо него финно-угорский. Их прародина явно севернее, похоже что она на западном побережье Байкала.
И у них есть хеттский вклад, полученный с Кавказа.
Как-то так.

Оффлайн spb-i

  • Сообщений: 127
  • Страна: 00
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: J-FT133466
  • мтДНК: T1a1
Re: Этногенез татар
« Ответ #449 : 08 Сентябрь 2023, 11:01:29 »
Цитировать
WD8057842,T673259,MW9249298,
Да, они определились как башкиры.
С саками есть сходство, но это совершенно разные народы.
У башкир нет синташтинского вклада, вместо него финно-угорский. Их прародина явно севернее, похоже что она на западном побережье Байкала.
И у них есть хеттский вклад, полученный с Кавказа.
Как-то так.
Первые два башкиры. Остальные тасмолинцы.
Сравните их по компонентам
Murzalar-Masetle,0.08472251598500007,-0.11312702427100002,0.06383461994360001,0.033732822334000045,-0.02912439510919999,0.0001942248228000089,0.007556689067000038,0.008201597634999828,-0.004801631856999722,-0.01765316034800002,0.004326863981444002,-0.0037845560339999466,0.009368579406000032,-0.015492801530000072,-0.004171209734000168,-0.001596051187999832,-0.00406844094000007,0.0008144543700000714,-0.0003939522580000323,-0.005808294014999996,0.0005053687359998366,0.0006771297449999075,0.0012498281610000064,0.001213255985000064,0.000708591397999947
Tubelyas,0.08869516055600023,-0.11404235967099999,0.0687766953478,0.036435155462000074,-0.041391898297600004,-0.004101327774940002,0.007941152010000004,0.009183401334000044,-0.008988768858000068,-0.021965759277999777,0.005247529151231994,-0.002923958395999994,0.008864230945999991,-0.022132511563999896,-0.0027494183380001036,-0.0026330098439998686,-0.003674013384000127,-0.0009696192720000871,-0.002841852719000013,-0.0009949846539999887,-0.002762192547999892,0.005379821208000027,-0.0016389069199999953,0.002502948976000039,0.001132849319999768
Kazakhstan_Tasmola_EIA:AKB001,0.078538,-0.135065,0.064488,0.042959,-0.031083,0.004741,-0.001645,-0.000923,-0.010431,-0.02041,-0.015914,-0.006444,0.000743,-0.017753,0.015065,0.002652,-0.00352,-0.000253,-0.005656,0.002376,-0.023708,0.008037,-0.008504,-0.003856,-0.002994
Kazakhstan_Tasmola_EIA:BKT001,0.088782,-0.061947,0.055437,0.052326,-0.038776,0.013666,0.003055,0.004615,-0.019839,-0.025331,-0.009906,0.002548,0.001784,-0.017616,0.008958,0.002121,-0.011213,0.005448,-0.006662,0.002626,-0.015972,0.002597,-0.008381,0.005302,-0.001437
Kazakhstan_Tasmola_EIA:KKM001,0.084229,-0.113739,0.057699,0.049096,-0.033852,-0.001673,-0.00188,0.003231,-0.006136,-0.012028,-0.01153,0.004946,0.009514,-0.025323,0.014386,0.010607,-0.00665,0.006081,-0.002263,0.005002,-0.011605,0.00272,0.001109,0.001928,-0.000359
Kazakhstan_Tasmola_EIA:KSH001,0.080814,-0.119832,0.060716,0.046189,-0.046162,0.001952,0.00188,-0.008077,-0.014317,-0.025878,-0.01153,-0.002248,0.002081,-0.023946,0.015879,0.012463,0.004433,0.003927,-0.003142,0.004752,-0.024582,0.004204,0.00456,0.002771,-0.002754
Kazakhstan_Tasmola_EIA:KSH002,0.083091,-0.112724,0.058077,0.046835,-0.038161,0.011435,0.008225,0.006692,-0.011044,-0.020957,-0.012342,-0.005245,0.0055,-0.014175,0.007193,0.003447,-0.001173,-0.003927,-0.003645,0.005503,-0.01697,0.004575,0.00037,0.00241,0.005868
Kazakhstan_Tasmola_EIA:KYZ001,0.079676,-0.120848,0.058077,0.047481,-0.035699,-0.002789,0.00047,0.002769,-0.013908,-0.019499,-0.003085,-0.003597,0,-0.018992,0.013979,0.01127,0.00326,-0.006334,-0.005908,0.005878,-0.021213,0.005935,-0.007272,0.007471,-0.000239
Kazakhstan_Tasmola_EIA:KYZ002,0.076261,-0.152329,0.062225,0.042636,-0.040623,-0.001952,0.003525,0.003923,-0.010226,-0.01549,-0.019974,-0.002847,0.008176,-0.017065,0.004614,-0.002519,-0.016037,-0.004434,-0.00817,0.003752,-0.021961,0.009892,-0.004067,-0.003133,-0.000718
Kazakhstan_Tasmola_EIA:KZL001,0.093335,-0.093429,0.059208,0.054587,-0.041238,0.017849,0.00188,-0.005307,-0.017794,-0.031162,-0.005521,-0.001349,-0.003717,-0.01913,0.024837,-0.002121,-0.016689,0.00152,0.000251,0.001751,-0.01148,0.006059,-0.002218,0.001928,-0.000838
Kazakhstan_Tasmola_EIA:SRK001,0.0774,-0.15436,0.056191,0.034561,-0.035699,-0.00753,0.006345,0.008538,-0.009408,-0.008201,-0.013641,-0.003897,-0.002973,-0.020781,0.013301,0.009414,0.000782,-0.003294,0.003645,0.004252,-0.015223,0.002844,-0.000123,-0.003856,0.003233
Kazakhstan_Tasmola_EIA:TAL003,0.088782,-0.090382,0.064865,0.054587,-0.039084,0.008088,-0.001645,-0.007384,-0.014521,-0.022597,-0.009906,-0.005095,0.008474,-0.016652,0.020901,0.023071,0.004172,0.001394,0.000628,0.007003,-0.01984,0.005935,0.00037,0.006266,0.000599
Kazakhstan_Tasmola_EIA:TAL005,0.091058,-0.107646,0.056568,0.04522,-0.024312,0.015618,-0.002585,0.003923,-0.017385,-0.013485,-0.013478,0.00015,0.008028,-0.026836,0.011672,0.003978,0.000391,-0.005574,-0.002263,0.004877,-0.019715,0.005564,0.003944,-0.003856,0.002155
Kazakhstan_Tasmola_EIA:WAR001,0.087644,-0.101553,0.049026,0.052003,-0.047086,-0.002789,0.00705,-0.003461,-0.011658,-0.031162,-0.010393,-0.003147,0.001635,-0.018579,0.022122,0.009679,-0.009648,-0.003294,-0.003897,-0.003627,-0.01697,0.00507,0.003451,0.003374,-0.004311
Kazakhstan_Tasmola_LBA:KZL004,0.120652,0.105615,0.062602,0.08398,0,0.038766,0.00658,0.000923,-0.013703,-0.034989,-0.000487,0.000599,-0.000595,-0.02257,0.019272,0.014585,-0.008084,-0.004814,-0.005405,0.002126,0.002371,-0.001484,0.002711,-0.001084,-0.001317
Kazakhstan_Tasmola_Saka_IA:ESZ001,0.092197,-0.106631,0.063733,0.056202,-0.040315,0.010319,0.00141,-0.004384,-0.015544,-0.024237,-0.01494,-0.002548,-0.002973,-0.022983,0.013029,0.006762,-0.001695,0.000633,-0.002388,0.011005,-0.016097,0.011623,-0.006655,0.009881,0.008263
Kazakhstan_Tasmola_Saka_IA:ESZ002,0.093335,-0.022342,0.030547,0.055556,-0.043085,0.017012,0.00423,-0.000923,-0.018612,-0.033349,-0.007307,-0.003297,-0.001041,-0.022432,0.024022,0.01485,-0.006389,0.00266,0.002514,0.002001,-0.0141,0.00272,0.003451,0.005784,-0.003952

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.