Этногенез татар

[Srkz]

у меня на pca по 4.5М снипов памирцы лежат лишь чуть восточнее ногайцев КЧР и карачаевцев/балкарцев. Ягнобцы при этом самые западные.

Ну, как и на моей картинке

Хотя ногайцы КЧР у меня всё-таки восточнее уехали, тут некоторая разница. Но я оттуда убирал людей с подозрением на западную примесь.

[Valery]

у меня на pca по 4.5М снипов памирцы лежат лишь чуть восточнее ногайцев КЧР и карачаевцев/балкарцев. Ягнобцы при этом самые западные.

Ну, как и на моей картинке

Хотя ногайцы КЧР у меня всё-таки восточнее уехали, тут некоторая разница. Но я оттуда убирал людей с подозрением на западную примесь.

я работал с грязной выборкой, в ней могли быть и люди с адыгскими предками, поэтому центроид вполне в пределах Кавказа

[Рудольф]

у меня на pca по 4.5М снипов памирцы лежат лишь чуть восточнее ногайцев КЧР и карачаевцев/балкарцев. Ягнобцы при этом самые западные.

Ну, как и на моей картинке Но в деталях там может быть немало дьяволов Что интересно, когда делал supervised-кластеры Admixture, то памирского компонента было гораздо больше у до-андроновских степняков (ямники, домайкопские образцы, степной Майкоп), чем у более поздних. Конечно, памирцы хронологически не могут быть их предками, но это можно трактовать в другую сторону - как большую аутосомную близость ямников к предкам памирцев. С другой стороны, вдруг эта близость идёт как раз с субстратной, а не с иранской стороны?

. В VII—I вв. до н. э. Памир населяли саки. Востоковед Генри Юль связывал топоним Шугнан со словом Sacae, то есть с саками.

Как бы то ни было, могу рассуждать только про помеченные "тянь-шаньские саки" геномы из научной выборки. От шугнанцев они довольно далеки, но это можно объяснять по-разному. Могут ведь быть разные саки

И скифы ,саки ,сарматы,гунны  и их потомки аланы ,булгары и т.д - не представляли единые монолиты.В частности были ранние ,средние и поздние сарматы .Да  и эти делились , в частности, по географическому принципу .

[Valery]

Ну, как и на моей картинке

точнее сказать, на СЗ у меня там украинцы и молдаване, на ЮЗ собственно Кавказ, а Ср Азия - к востоку (или даже ЮВ).

[Asmat headhunter]

ваханцы Синцзяна образом жизни больше походят на сарыкольцев Синцзяна или на ваханцев Памира?

всегда будут какие-то исключения и что ж теперь: лингвистам отказываться от языковых реконструкций и поиска всяких праиранских прародин?

[Valery]

всегда будут какие-то исключения и что ж теперь: лингвистам отказываться от языковых реконструкций и поиска всяких праиранских прародин?

я не говорил, что язык не является бирочкой пер се
гляньте статью Максата по Трансоксиане, не уверен что там есть общая аргументация, но как иллюстрация идеи - вполне
именно экотип в Ср Азии определяет максимум сходств и различий
не язык

не случайно же делают матрицы корреляции генетических расстояний с культурными, лингвистическими итп - какие в каком регионе мира дают бОльшие значения

Это давно обсуждаемый в литературе сабж (вы реагируете сейчас как на нечто новое под луной, тогда как это наоборот привычное).

[FELIX]

Больше профессиональных гадостей, чем на молгене, я не получил нигде за свою жизнь. Даже от самых вредных научных оппонентов.

Вообще-то я был одним из основателей этого форума.

Форумный формат надо воспринимать как московское метро в час пик. Спокойно. Мы двигаемся к цели, а остальное - мелкие недоразумения. Это такой жанр. Тут и плюсы есть, как это нестранно на первый взгляд.

[Valery]

Форумный формат надо воспринимать как московское метро в час пик. Спокойно. Мы двигаемся к цели, а остальное - мелкие недоразумения. Это такой жанр. Тут и плюсы есть, как это нестранно на первый взгляд.

В метро норм. Мне непонятно, почему человек, оставляющий простыни копипасты тут много лет, затрудняется написать одно слово "извините".

Да, задело. Это апроприация моего труда.

[Valery]

Хотя ногайцы КЧР у меня всё-таки восточнее уехали, тут некоторая разница. Но я оттуда убирал людей с подозрением на западную примесь.

вот и пример
не надо далеко ходить

выборка ногайцев, с которой я работал - не слишком качественная
ваш результат правдоподобнее

то есть микс ногайцев с Кавказом сажает их ближе к некоему кластеру не просто по частотам каких-то гаплоидных маркеров низкого разрешения (как в той нашей работе по скифам), а на миллионах снипов - даже с учетом плинкового сжатия по сцеплению там точно 150тыс остается. Естественно, микс сместится по pca. Даже при строгом исключении минорных аллелей (чтобы отсечь частные внутрикавказские связи оставив только более общие связи по частотам).

При усреднении скифских данных они будут тяготеть по pca в пространстве тех же компонент к современным популяциям с аналогичным предковым составом (скажем 15-20% востока, как волжские татары). Независимо от того, сходны ли они по составу гаплотипов внутри этих гг.

Вера в нетривиальность сходства основана на том, что при разных гаплотипах внутри гг будут различаться и какие-то частоты самих гг. Это следует аккуратно проверить симуляцией - но сделано не было.

[Valery]

Расстояния (и пца) по крупным гаплоидным гг - это по сути результат исключения минорных снипов, определяющих частные мелкие гг (=гаплотипы). Но идея под пца предполагает, что общих частотных снипов все равно хватит для надежного выделения векторов. Но вот хватит ли допустим 20 шт корневых мт гг = 20 снипов - вопрос уже спорный.

[Valery]

Сергей, какой порог минорного аллеля (maf) вы обычно ставите в плинке?

[Srkz]

Сергей, какой порог минорного аллеля (maf) вы обычно ставите в плинке?

Честно говоря, я никогда не заморачивался этим, только фильтр для доли no-call по снипу в выборке. Может, и стоило бы, но по логике, в коммерческих тестах и так не должно быть значительного количества экстремально редких аллелей.

Вера в нетривиальность сходства

...зачастую неистребима ))

[Valery]

Честно говоря, я никогда не заморачивался этим, только фильтр для доли no-call по снипу в выборке. Может, и стоило бы, но по логике, в коммерческих тестах и так не должно быть значительного количества экстремально редких аллелей.

ноу колл это другой параметр, я про частоту у тех где позиция проколена

при оставлении аллелей частоты <3-4% по моему опыту кластера начинают рыхлеть
но я в основном работаю с чипами более млн снипов, может при меньшем числе иная картина
в принципе литературные данные говорят что при запуске на одной и той же выборке есть разница, когда сильно разные пороги

[Srkz]

ноу колл это другой параметр, я про частоту у тех где позиция проколена

Да, я понимаю. Но вот как-то не задумывался поэкспериментировать с maf.

[FELIX]

Форумный формат надо воспринимать как московское метро в час пик. Спокойно. Мы двигаемся к цели, а остальное - мелкие недоразумения. Это такой жанр. Тут и плюсы есть, как это нестранно на первый взгляд.

Мне непонятно, почему человек, оставляющий простыни копипасты тут много лет, ...

Клиповое мышление — от англ. clip, «фрагмент текста», «вырезка» — тип мышления, при котором человек воспринимает информацию фрагментарно, короткими кусками и яркими образами, не может сосредоточиться и постоянно перескакивает с одного на другое.

Таким людям крайне сложно читать или работать над большими текстами, особенно книгами, смотреть длинные видеосюжеты и фильмы. Клиповое мышление противопоставляют системному: тому, которое помогает глубоко погружаться и систематизировать информацию, выполняя все операции последовательно.

так гласит клинический диагноз

затрудняется написать одно слово "извините".

В московском метро тоже не все это слово знают