Прошу помощи по выбору теста

[lukashev]

Спасибо DmitroR-2, Farroukh, sergm за ответы.
Наверно я не все рассказал (по незнанию темы).
У меня из родственников есть:
по папиной линии его мама
по маминой линии: ее мама, ее брат и брат ее отца

Думаю тогда нужно в идеале:
папе FF + BigY
папиной маме FF + MtFull
маминой маме FF + MtFull
Или что-то упустил?

[DmitroR-2]

-по папиной линии его мама: ФФ

-по маминой линии: ее мама-ФФ, ее брат-ФФ+БИГ, и брат ее отца-ФФ+БИГ (у брата мамы Y будет аналогичный Игреку его отца и брата его отца, поэтому БИГ нужно делать "брату её отца", но если по каким-то причинам это не удастся: заартачится и т.д., то тогда его можно сделать брату мамы).

[DmitroR-2]

п.с. Про аналогичный Игрек, речь, конечно, идёт в том случае, если отец у обоих братьев был общий. Если отцы были разные, то у братьев будут разные Игреки, доставшиеся им от своих отцов.

[NathanS]

На территории, официально не покрываемой провайдером, любой кит не вполне законен, мягко говоря.
Впрочем, это неважно, сами киты вполне себе можно заказать в интернете даже без шапито (это не описка, если что). Вопрос в том, как без шапито их туда отправить. Ибо весь этот цирк с упаковкой-распаковкой не по нутру.

Вопрос решается отправкой с родственниками, друзьями, знакомыми или коллегами проживающими или отъезжающими на подходящую территорию. Ну или самостоятельно в отпуск поехать. У Ancestry и 23andme наборы идут с предоплаченной отправкой назад в лабораторию и коробочку просто надо положить в любой обычный почтовый ящик - никаких оплат или таможенных деклараций не требуется. Тут услуга, так сказать, минимальная,

[NathanS]

Да, особенно в последние полтора года тут все так и летают...
Я себе пробовал заказывать в ЕС, чтобы во время командировки сдать, но логистика подкачала. Везти из Украины не рискнул, так как летал только с ручной кладью, а там совсем по-другому относятся к стрёмным колбочкам...

Alexey V B писал об отправке тестов Ancestry назад самой обычной почтой: https://forum.molgen.org/index.php/topic,4562.msg508225.html#msg508225
Оплачиваем доставку, оформляем декларацию и отправляем.

С 23andme сложнее.

[DmitroR-2]

Да, особенно в последние полтора года тут все так и летают...
Я себе пробовал заказывать в ЕС, чтобы во время командировки сдать, но логистика подкачала. Везти из Украины не рискнул, так как летал только с ручной кладью, а там совсем по-другому относятся к стрёмным колбочкам...

Alexey V B писал об отправке тестов Ancestry назад самой обычной почтой: https://forum.molgen.org/index.php/topic,4562.msg508225.html#msg508225
Оплачиваем доставку, оформляем декларацию и отправляем.

С 23andme сложнее.

Да, Ансистри назад можно отправлять обычной почтой РФ напрямую в фирму. А вот 23 энд Ми и оттуда и туда только с помощью почтового посредника.

[KZev]

Появился такой вопрос, возможно немного глупый, я хоть и занимаюсь тестированием уже не первый раз, но уверен что есть более опытные люди которые могут подсказать.

Несколько нет назад двоюродному брату был заказан FF+Y12 (двоюродный брат по отцу через дядю, то есть Y у нас практически одинаковый).
Сейчас появилась возможность сделать апгрейд, но есть небольшая дилемма. FTDNA, насколько я понимаю, имеет большое преимущество перед другими компаниями из-за обширной базы. На 12 маркерах у брата предсказана гаплогруппа E-35, что конечно очень поверхностно, но уважаемый Farroukh предположил, что возможно подветка E-V13.
На этих 12 маркерах 1189 совпаденцев и разобраться в них конечно не просто, учитывая, что со многими БОП мог жить тысячи лет назад, потому как совпадение на 12 маркерах это практически не о чём.

Я попытался прикинуть, что сколько будет стоить чтобы двигаться дальше и вот что получается:

1) Y12 -> BigY700 двоюродного брата будет стоить 359 $ + если хочу BAM, то 100 $ + 50 $ интерпретация YFull, итого 509$
2) Заказать самому себе BigY700 сейчас пока скидки будет 399 $ + 50 $ интерпретация YFull, итого 449$, но без BAM, а с ним будет 549$
3) Заказать WGS400 YSEQ стоит 399$ + 50 $ интерпретация YFull, итого 449$
4) Заказать брату маркеры до 111 и заказать себе WGS400 YSEQ и YFull, итого 608$
5) Заказать брату маркеры до 37 и заказать себе WGS400 YSEQ и YFull, итого 508$

Первый вариант наверное самый "классический", но цена кусается немного, можно конечно без BAM, но хотелось бы выжать побольше.
Второй вариант не совсем логичен учитывая что уже есть образец брата и даже на скидках выходит дороже.
Третий вариант привлекает ценой и тем, что я получу маркеры, снипы, мтДНК и больше аутосом, но сравнивать Y и  мтДНК я смогу только с теми кто загрузился на YFull.
Четвёртый вариант самый дорогой, но я получаю свою мтДНК, снипы с большим покрытием, БАМ файл и совпаденцев брата на FTDNA.

По сути, вопрос насчёт пятого варианта, если я выберу WGS400 YSEQ + YFull себе, и дозакажу апгрейд брату на 37 маркерах (59$) вместо 111 (159$) чтобы "отсеять" совпаденцев на FTDNA, многих ли я могу потерять совпаденцев не сделав 111 маркеров брату? Часто ли случается так, что на 111 появляются совпаденцы которые не были видны на 37 маркерах?

[NathanS]

По сути, вопрос насчёт пятого варианта, если я выберу WGS400 YSEQ + YFull себе, и дозакажу апгрейд брату на 37 маркерах (59$) вместо 111 (159$) чтобы "отсеять" совпаденцев на FTDNA,
- многих ли я могу потерять совпаденцев не сделав 111 маркеров брату?
- Часто ли случается так, что на 111 появляются совпаденцы которые не были видны на 37 маркерах?

По первой части, можете ли потерять совпаденцев?
Да, можете. Как раз сегодня я такую задачку и получил.


 


Как видите пусто на 37 маркерах. На 111 один совпаденец, но с BigY, что помогло установить, что он "ложный" - другая ветка, TMRCA около 1700, у нас уже выяснена более точная позиция.
На 67 маркерах 9 совпаденцев, примерно половина с BigY и только один из них попадает в нужный субклад. Соответственно, письмо и просьба загрузиться на YFull.

Потерять совпаденцев можете, каждый случай индивидуален и какой у вас будет вы не узнаете пока не сделаете.

По второму вопросу, насколько часто это случается.
Я думаю, что на территории бывшего СССР самый обычной ситуацией является ноль совпаденцев на уровнях 37, 67 и 111.
Насколько часто бывает больше совпаденцев при большем количестве маркеров? Статистики у нас такой нет, а каждый вам ответит по своему опыту.
Я видел и случаи 37-67-111: сотни-сотни-единицы, и волну десяток-около 100-единицы. Ну и куча других вариантов о которых вам напишут.

Если у вас это первый/единственный тест по Y-DNA, то его надо довести до ума, т.е. до 111 маркеров. Только так вы сами сможете увидеть картину по вашему субкладу.

Я тоже поддержу совет приглядеться к Небуле. Код MYTRUEANCESTRY10 все еще работает и дает 10% скидки (потом обязательная оплата одного месяца, чтобы были доступны данные, выйдет около 299$ в сумме). WGS400 очень интересный продукт, но на 100$ дороже. Если делать 111 маркеров в FTDNA, то вытаскивание маркеров из WGS400 не так важно. Отзывы тоже немного смешанные, кто-то очень доволен, кто-то сомневается. Выложенный пример имеет покрытие по Y-хромосоме 26х, а получившие результаты сообщают о ближе к 15х. Если Томас Кран поставит спецификацию 25х для Y при нынешней цене, то это безусловный хит сезона.

[Farroukh]

Позволю себе деликатный вопрос. С какой целью вообще делался игрек-тест патернальному кузену?
Предвидя ответ и его дальнейшее многостраничное обстирывание рекомендую заказать 10 Y12 и протестировать боковых родственников. Намного больше насущной пользы

[Punchic]

Позволю себе деликатный вопрос. С какой целью вообще делался игрек-тест патернальному кузену?
Предвидя ответ и его дальнейшее многостраничное обстирывание рекомендую заказать 10 Y12 и протестировать боковых родственников. Намного больше насущной пользы

Для тестирования 10 боковых родственников они должны быть, а если их не удается найти? Закончить тесты и ждать новых или апгрейдить тех, кого уже удалось найти? Тут у каждого свой выбор. Не считаю такую стратегию ошибочной. Для примера фамильный проект с 300 участниками:

У многих совпала документальная генеалогия и str маркеры, но дальнейшее "бигование" позволило уточнить "картину"
Конечно, все зависит от возможностей, но лучше протестировать 10 боковых ветвей, а еще лучше все возможные, в максимальном разрешении.

[Farroukh]

Для тестирования 10 боковых родственников они должны быть, а если их не удается найти? Закончить тесты и ждать новых или апгрейдить тех, кого уже удалось найти? 

Как вариант - проспонсировать какой-нибудь проект. Найти 10 кандидатов на тест вообще не проблема

[KZev]

По первой части, можете ли потерять совпаденцев?
Да, можете. Как раз сегодня я такую задачку и получил.


 


Как видите пусто на 37 маркерах. На 111 один совпаденец, но с BigY, что помогло установить, что он "ложный" - другая ветка, TMRCA около 1700, у нас уже выяснена более точная позиция.
На 67 маркерах 9 совпаденцев, примерно половина с BigY и только один из них попадает в нужный субклад. Соответственно, письмо и просьба загрузиться на YFull.

Потерять совпаденцев можете, каждый случай индивидуален и какой у вас будет вы не узнаете пока не сделаете.

По второму вопросу, насколько часто это случается.
Я думаю, что на территории бывшего СССР самый обычной ситуацией является ноль совпаденцев на уровнях 37, 67 и 111.
Насколько часто бывает больше совпаденцев при большем количестве маркеров? Статистики у нас такой нет, а каждый вам ответит по своему опыту.
Я видел и случаи 37-67-111: сотни-сотни-единицы, и волну десяток-около 100-единицы. Ну и куча других вариантов о которых вам напишут.

Если у вас это первый/единственный тест по Y-DNA, то его надо довести до ума, т.е. до 111 маркеров. Только так вы сами сможете увидеть картину по вашему субкладу.

Я тоже поддержу совет приглядеться к Небуле. Код MYTRUEANCESTRY10 все еще работает и дает 10% скидки (потом обязательная оплата одного месяца, чтобы были доступны данные, выйдет около 299$ в сумме). WGS400 очень интересный продукт, но на 100$ дороже. Если делать 111 маркеров в FTDNA, то вытаскивание маркеров из WGS400 не так важно. Отзывы тоже немного смешанные, кто-то очень доволен, кто-то сомневается. Выложенный пример имеет покрытие по Y-хромосоме 26х, а получившие результаты сообщают о ближе к 15х. Если Томас Кран поставит спецификацию 25х для Y при нынешней цене, то это безусловный хит сезона.

Спасибо за ответ! Это конечно печально, получается чтобы наверняка нужно не пренебрегать 111 маркерами на FTDNA. Про WGS400 тоже уже находил разные отзывы, хотелось понять насколько он хороший.

Пара мыслей.
1. Nebula сейчас обойдётся в 299 долларов, при этом у них анонсированы партнёрские программы с YFull и FTDNA по доступу к базам Y и mt. Ну и там какие-то отчёты, включая происхождение по аутосомам.
2. Eсть сервисы, например, WGS Extract, формирующие из WGS файлы в формате 23&me, AncestryDNA, MyHeritage, FTDNA и даже LivingDNA, а также Y в формате BAM и mt в формате FASTA. Соответственно, потом можно будет загрузить свои данные на FTDNA, MyHeritage, LivingDNA (во всех трёх случаях в форме импорта "неродных" форматов), а также GedMatch и т.п., что даст возможность искать совпаденцев по аутосомам.

Да про Небулу слышал, тоже уже думал чтобы заказать о них, но как-то не понравились здесь на форуме отзывы с жалобами о длительных сроках, плохом качестве, хотя сам я точно пока в этом не разобрался, стоит ещё посмотреть в их сторону.

Позволю себе деликатный вопрос. С какой целью вообще делался игрек-тест патернальному кузену?
Предвидя ответ и его дальнейшее многостраничное обстирывание рекомендую заказать 10 Y12 и протестировать боковых родственников. Намного больше насущной пользы

Всё очень просто - самый первый тест я делал самому себе в MyHeritage в 2017 году, тогда я ещё не понимал зачем мне Y и какие компании "лучше или хуже". Потом же я тестировал родственников в основном в FTDNA, в том числе двоюродного брата чтобы охватить больше аутосом с надеждой найти родственников не дальше 6-7 поколений, для чего обычно и используют аутосомный тест.
Сейчас же стал интересовать Y, но по отцу единственный кто уже сдал материал в FTDNA это мой двоюродный брат, моего материала там нет, вернее он есть, но он повязан с MyHeritage и вряд ли они захотят отдавать его FTDNA для игрека, по крайней мере я о таком не слышал. Поэтому теперь чтобы протестировать Y, я должен либо использовать имеющийся в FTDNA материал брата либо заказывать самому себе, чтобы пришёл набор и выслать им обратно. Но тем не менее, я уже не первый раз читаю тут о других компаниях, поэтому и появилась мысль, что можно бы сделать другой полногеномный и может быть даже с большим покрытием, но при этом не хотелось бы потерять потенциальных совпаденцев на FTDNA.
Вообще сейчас начинаю думать, что нужно не "выпендриваться" и сделать обычный Биг с загрузкой на YFull, а там видно будет, или потом будет возможность побаловаться для себя с другими WGS и сравнить результаты, либо как вы и писали тестировать родственников на 12 маркеров.

[Farharaji]

дальше и вот что получается:

1) Y12 -> BigY700 двоюродного брата будет стоить 359 $ + если хочу BAM, то 100 $ + 50 $ интерпретация YFull, итого 509$
2) Заказать самому себе BigY700 сейчас пока скидки будет 399 $ + 50 $ интерпретация YFull, итого 449$, но без BAM, а с ним будет 549$
3) Заказать WGS400 YSEQ стоит 399$ + 50 $ интерпретация YFull, итого 449$
4) Заказать брату маркеры до 111 и заказать себе WGS400 YSEQ и YFull, итого 608$
5) Заказать брату маркеры до 37 и заказать себе WGS400 YSEQ и YFull, итого 508$

1 да, норм варик(кстати интерпретация Yfull так то необязательна, можно залиться в секвенсинге и там взять интерпретацию игрек элит от FGS например(по серебрянной подписке хотя бы)
2зачем если есть 1й вариант?
3  Это можно, впринципе. Рабочекрестьянский варик.
4. Да, самы хороший вариант. Самый дорогой, само собой. Но как выясняется, на генетике экономить не стоит
5 Обрезок от 4го варианта. Все равно когданить как нить сделаете 37 до 111.
 

[NathanS]

1 да, норм варик(кстати интерпретация Yfull так то необязательна, можно залиться в секвенсинге и там взять интерпретацию игрек элит от FGS например(по серебрянной подписке хотя бы)

Ну очень спорное заявление.
Скорее уж Интерпретация YFull обязательна. На YFull уже на всех форумах ссылаются, скоро и в научных работах использовать будут, или уже может используют.
А вот странная схема Sequencing.com и потом FGC. У них самих почему не заказать? Только вот зачем?

[Farharaji]

1 да, норм варик(кстати интерпретация Yfull так то необязательна, можно залиться в секвенсинге и там взять интерпретацию игрек элит от FGS например(по серебрянной подписке хотя бы)

Ну очень спорное заявление.
Скорее уж Интерпретация YFull обязательна. На YFull уже на всех форумах ссылаются, скоро и в научных работах использовать будут, или уже может используют.
А вот странная схема Sequencing.com и потом FGC. У них самих почему не заказать? Только вот зачем?

Ну если у секвенсинга и FGC такое партнерство, что пожалуй через секвенсинг ком и выгоднее будет? Кстати вспомнил, Небула и Yfull же недавно тоже заключили партнерство. Тогда сейчас выгоднее всего у Небулы и сделать, а Yfull там автоматом осн. моменты делают вроде(ну и 45долл. за полный пакет услуг). Делают кто у Небулы WGS делал