мтДНК: Гаплогруппа J

[I2a1a]

Еще в догонку - в архиве 21 ASCII-древо, построенные Валерием по той же выборке.
 

[Grigoriev]

Хорошо бы Валера вернулся...

[I2a1a]

Расчет возраста по модулю rho-статистики, написанному Оводом для программы TNT.

За значение одного ро в годах было принято 2500 лет (надо сказать, что навскидку, для тестирования ро-модуля).

Файл TNT,использованый для построений, приложен к сообщению

[Овод]

То есть, общий предок всех Жасмин, те же 30 тыщ, что и по Мурке? Неплохо.
 
Но вот откуда там сотни тысяч в корне у всех мито взялись - непонятно.
 
Кого использовали в качестве "постороннего"?

[I2a1a]

То есть, общий предок всех Жасмин, те же 30 тыщ, что и по Мурке? Неплохо.
 
Но вот откуда там сотни тысяч в корне у всех мито взялись - непонятно.
 
Кого использовали в качестве "постороннего"?

СRS, то есть H2a2.

На самом деле Валерий объяснил, что вычисления возрастов митосиквенсов весьма затруднительны

Можно пометить все ГВС1,2-признаки префиксом n@ и использовать оценку 1 Ро = 5000 лет для оставшихся (кодирующего региона между 577 и 16023). Более того, надо исключить трансверсии и инделы. Для этого требуется прочесать выходной файл charchng и найти там трансверсии, далее пометив такие признаки n@. В идеале возраст должен спуститься до более пристойной даты, для сравнения можно взять возраст J1c из дерева в конце приаттаченной статьи там он 14+-6 а у Вас пока 26. Кивисилд вообще предлагает использовать не все транзиции кодирующей области а только синонимические (не помню какое значение 1 Ро он им присвоил но можно найти это в статье). Только отделять синонимические от несинонимических вручную долго. У меня есть для этого софт но он требует запуска sql-скрипта в базе с целью коллекции всех мутаций в одной таблице, в которую он заносит данные об их классе.

Кстати, в вычислениях по Вашему модулю возраст J1c ближе к кивисидовскому (15 против 14 kya). Тот сиквенс, помеченный как J1c2b и  который попал в ветвь J2, на самом деле и есть J2а1 (причем продублированный, судя потому, что ро-статистика показывает 0 ).

[I2a1a]

Интересно, что Кивисилд датирует возраст общего предка J и T (JT) примерно 37+-11 000 лет.

[I2a1a]

Этот NC_012920.1, который ближе к корню - revised Cambridge Reference Sequence.

[I2a1a]

Красиво и интересно. Я пока еще детально не все рассмотрела, но обратила внимание на свой субклад J1c4. На дереве для этой ветки приведены мутации 12085 T:G и 9634 A:G, у меня в fgs 12083 T:G и 9632 A:G, которые вроде и являются определяющими для этого субклада. Это опечатка на дереве или я что-то не поняла?
В ближайшее время отправлю свой fgs Я.Логану.

Вот новая версия дерева, которое я построил по митосиквенсам J.
Изменения в этом дереве:
 
1) Для укоренения использовались митосиквенсы CRS, R* и T. Выравнивание производилось муркин элайнером, и судя по показанным позициям, выравнивание произведенно верно (по крайней мере для субклада Елены В., 12083 T:G и 9632 A:G).
2) При перекодировке форматов  (с целью правильного вычисления возраста) были исключены инделы (позиций с нулевым весом), позиции без мутаций, а также по совету Валерия были исключены HVR1 и HVR2, расчет производился по кодирующему региону (557-16029). Корневые митосиквенсы были исключены из расчета путем добавления префиксов rn@, за значение 1 ро было принятно 5000 лет.
3) Поэтому на этот раз возраст J1c достаточно  точно соответствует возрасту, расчитанному для J1c Кивисилдом (14 000+-6000), в муркином же дереве - 14 500 +-2300 лет.

[I2a1a]

Я проверил определяющие мутации субклада J по древу супергруппы R.
http://www.phylotree.org/tree/subtree_R.htm
Вроде бы муркино разделение соответствует на 99%, но если кто-то найдет отличия и ошибки, дайте мне знать. 

[I2a1a]

И еще, если у Вас уже готовый FGS в формате Генбанка, высылайте мне.

[татиа]

И еще, если у Вас уже готовый FGS в формате Генбанка, высылайте мне.

Надеюсь, дня через три будут.

[I2a1a]

И еще, если у Вас уже готовый FGS в формате Генбанка, высылайте мне.

Надеюсь, дня через три будут.

Ваш субклад J1c2с должен разместиться в самом низу.

[татиа]

Ваш субклад J1c2с должен разместиться в самом низу.

Ага, уже поняла. К слову, у меня следующие новости: 4 совпаденца по HVR1 (было 2).
Получила от одной из них, общительной дамы из Шотландии, материнские корни которой в Саффолке (Англия) информацию, что тип, у которого со мной совпадение по HVR1+HVR2 происходит из Пруссии/Польши.

Вот, что она пишет:

I have no more information but I could be from a Slavic tribe, The Wends.  Many came to England with the Saxons.  They lived in north east Germany, by the Baltic Sea.
 
Have a match with NOVACKI from Prussia/Poland.  Another in north east Italy, Venetia.  That could be Wend/Vend.  All my matches are in east Europe and Germany.

Особенно тронула меня параллель Венеции  и венедов... хотя...

[Elena V]

Мне прислали код Генбанка - GU808335. Ожидаемая дата публикации - 24.02.2010.
Есть еще файлы, которые мне прислал Я.Логан, но они, наверное, уже не нужны.

[I2a1a]

Elena V. и татия - ваши FGS сиквенсы размещу на дереве Жасмин к международному женскому дню. Сейчас уже не успеваю.