АвторТема: мтДНК: Гаплогруппа J  (Прочитано 123146 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #210 : 11 Февраль 2010, 22:42:45 »
Еще в догонку - в архиве 21 ASCII-древо, построенные Валерием по той же выборке.
 

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3098
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #211 : 11 Февраль 2010, 22:54:36 »
Хорошо бы Валера вернулся...

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #212 : 12 Февраль 2010, 00:16:43 »
Расчет возраста по модулю rho-статистики, написанному Оводом для программы TNT.

За значение одного ро в годах было принято 2500 лет (надо сказать, что навскидку, для тестирования ро-модуля).

Файл TNT,использованый для построений, приложен к сообщению
« Последнее редактирование: 12 Февраль 2010, 00:58:03 от Vadim Verenich »

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 1756
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #213 : 12 Февраль 2010, 00:22:57 »
То есть, общий предок всех Жасмин, те же 30 тыщ, что и по Мурке? Неплохо.
 
Но вот откуда там сотни тысяч в корне у всех мито взялись - непонятно.
 
Кого использовали в качестве "постороннего"?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #214 : 12 Февраль 2010, 00:28:47 »
То есть, общий предок всех Жасмин, те же 30 тыщ, что и по Мурке? Неплохо.
 
Но вот откуда там сотни тысяч в корне у всех мито взялись - непонятно.
 
Кого использовали в качестве "постороннего"?

СRS, то есть H2a2.

На самом деле Валерий объяснил, что вычисления возрастов митосиквенсов весьма затруднительны
Цитировать
Можно пометить все ГВС1,2-признаки префиксом n@ и использовать оценку 1 Ро = 5000 лет для оставшихся (кодирующего региона между 577 и 16023). Более того, надо исключить трансверсии и инделы. Для этого требуется прочесать выходной файл charchng и найти там трансверсии, далее пометив такие признаки n@. В идеале возраст должен спуститься до более пристойной даты, для сравнения можно взять возраст J1c из дерева в конце приаттаченной статьи там он 14+-6 а у Вас пока 26. Кивисилд вообще предлагает использовать не все транзиции кодирующей области а только синонимические (не помню какое значение 1 Ро он им присвоил но можно найти это в статье). Только отделять синонимические от несинонимических вручную долго. У меня есть для этого софт но он требует запуска sql-скрипта в базе с целью коллекции всех мутаций в одной таблице, в которую он заносит данные об их классе.

Кстати, в вычислениях по Вашему модулю возраст J1c ближе к кивисидовскому (15 против 14 kya). Тот сиквенс, помеченный как J1c2b и  который попал в ветвь J2, на самом деле и есть J2а1 (причем продублированный, судя потому, что ро-статистика показывает 0 ). :)
« Последнее редактирование: 12 Февраль 2010, 00:35:33 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #215 : 12 Февраль 2010, 00:56:19 »
Интересно, что Кивисилд датирует возраст общего предка J и T (JT) примерно 37+-11 000 лет.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #216 : 12 Февраль 2010, 01:03:15 »
Этот NC_012920.1, который ближе к корню - revised Cambridge Reference Sequence.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #217 : 20 Февраль 2010, 17:13:00 »
Красиво и интересно. Я пока еще детально не все рассмотрела, но обратила внимание на свой субклад J1c4. На дереве для этой ветки приведены мутации 12085 T:G и 9634 A:G, у меня в fgs 12083 T:G и 9632 A:G, которые вроде и являются определяющими для этого субклада. Это опечатка на дереве или я что-то не поняла?
В ближайшее время отправлю свой fgs Я.Логану.

Вот новая версия дерева, которое я построил по митосиквенсам J.
Изменения в этом дереве:
 
1) Для укоренения использовались митосиквенсы CRS, R* и T. Выравнивание производилось муркин элайнером, и судя по показанным позициям, выравнивание произведенно верно (по крайней мере для субклада Елены В., 12083 T:G и 9632 A:G).
2) При перекодировке форматов  (с целью правильного вычисления возраста) были исключены инделы (позиций с нулевым весом), позиции без мутаций, а также по совету Валерия были исключены HVR1 и HVR2, расчет производился по кодирующему региону (557-16029). Корневые митосиквенсы были исключены из расчета путем добавления префиксов rn@, за значение 1 ро было принятно 5000 лет.
3) Поэтому на этот раз возраст J1c достаточно  точно соответствует возрасту, расчитанному для J1c Кивисилдом (14 000+-6000), в муркином же дереве - 14 500 +-2300 лет.
« Последнее редактирование: 20 Февраль 2010, 17:21:30 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #218 : 20 Февраль 2010, 17:42:55 »
Я проверил определяющие мутации субклада J по древу супергруппы R.
http://www.phylotree.org/tree/subtree_R.htm
Вроде бы муркино разделение соответствует на 99%, но если кто-то найдет отличия и ошибки, дайте мне знать.  :)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #219 : 20 Февраль 2010, 17:49:12 »
И еще, если у Вас уже готовый FGS в формате Генбанка, высылайте мне.

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5026
  • Страна: 00
  • Рейтинг +672/-0
  • Y-ДНК: R-YP418
  • мтДНК: J1c2c
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #220 : 20 Февраль 2010, 18:23:48 »
И еще, если у Вас уже готовый FGS в формате Генбанка, высылайте мне.
Надеюсь, дня через три будут.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #221 : 20 Февраль 2010, 18:26:24 »
И еще, если у Вас уже готовый FGS в формате Генбанка, высылайте мне.
Надеюсь, дня через три будут.

Ваш субклад J1c2с должен разместиться в самом низу.

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5026
  • Страна: 00
  • Рейтинг +672/-0
  • Y-ДНК: R-YP418
  • мтДНК: J1c2c
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #222 : 20 Февраль 2010, 18:52:25 »
Цитировать
Ваш субклад J1c2с должен разместиться в самом низу.

Ага, уже поняла. К слову, у меня следующие новости: 4 совпаденца по HVR1 (было 2).
Получила от одной из них, общительной дамы из Шотландии, материнские корни которой в Саффолке (Англия) информацию, что тип, у которого со мной совпадение по HVR1+HVR2 происходит из Пруссии/Польши.

Вот, что она пишет:

Цитировать
I have no more information but I could be from a Slavic tribe, The Wends.  Many came to England with the Saxons.  They lived in north east Germany, by the Baltic Sea.
 
Have a match with NOVACKI from Prussia/Poland.  Another in north east Italy, Venetia.  That could be Wend/Vend.  All my matches are in east Europe and Germany.

Особенно тронула меня параллель Венеции  и венедов... хотя...

Оффлайн Elena V

  • Сообщений: 65
  • Страна: ru
  • Рейтинг +28/-0
  • мтДНК: J1c4b
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #223 : 20 Февраль 2010, 19:08:51 »
Мне прислали код Генбанка - GU808335. Ожидаемая дата публикации - 24.02.2010.
Есть еще файлы, которые мне прислал Я.Логан, но они, наверное, уже не нужны.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: мтДНК: Гаплогруппа J
« Ответ #224 : 05 Март 2010, 02:09:55 »
Elena V. и татия - ваши FGS сиквенсы размещу на дереве Жасмин к международному женскому дню. Сейчас уже не успеваю.


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.