АвторТема: 23andMe чип v.4  (Прочитано 19579 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #15 : 05 Февраль 2014, 17:03:59 »
Загрузил данные на "GEDmatch". Сравнил этих же людей (один-на-один) - получилось 4,5 сМ (1 сегмент)!  Номера хромосом и участки совпадают.
Точно совпадает участок? Может, Gedmatch отрезал часть сегмента из-за нехватки снипов. В 23andMe можно увидеть границы участка и другие параметры с помощью инструмента Ancestry Tools -> Family Inheritance: Advanced , режим View in a table

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #16 : 05 Февраль 2014, 19:22:19 »
[Один в один совпадает! Причем "23andme"  на 10,8 сМ  указывает 1004 #SNPs, а "GEDmatch" на 4,5 сМ - 846 #SNPs
А какие границы-то численно (начало на ... конец на ... )? И на какой хромосоме?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #17 : 05 Февраль 2014, 20:25:17 »
Да, загадка  ::)  Гедматч пользуется генетической картой от Rutgers University, и по ней усредненная вероятность рекомбинации на этом участке чуть больше 4 сМ. Координаты снипов совпадают с версией 23andMe, здесь расхождения быть не может. Но возможно, у 23andMe и более правильная карта - все же участок довольно длинный. Тут разве что специалисты-генетики могут ответить.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #18 : 06 Февраль 2014, 08:53:46 »
Т.е. то, что один из указанных людей тестировался уже по новому чипу V4 в данном случае не имеет значения?!
С наскоку разобраться не удалось, поэтому не могу сделать вывод, дело в новом чипе или в чем-то другом.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #19 : 06 Февраль 2014, 15:08:07 »
Да, загадка  ::)  Гедматч пользуется генетической картой от Rutgers University, и по ней усредненная вероятность рекомбинации на этом участке чуть больше 4 сМ. Координаты снипов совпадают с версией 23andMe, здесь расхождения быть не может. Но возможно, у 23andMe и более правильная карта - все же участок довольно длинный. Тут разве что специалисты-генетики могут ответить.


23andme использует генетические карты от HapMap, имеющие существенные рассхождения с картами Rutgers:


"We used the June 2006 version of the HapMap genetic map for estimates of genetic distance"

В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.


~ 42 999 806 62.8 cM
~ 53 000 000 75.09 cM

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #20 : 06 Февраль 2014, 15:21:28 »
В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.
Спасибо. Вот и компетентное разъяснение  :)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10363
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #21 : 11 Февраль 2014, 17:38:24 »
В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.
Спасибо. Вот и компетентное разъяснение  :)

I2a1a, и  от меня спасибо! Только объясните, пожалуйста, что это означает в данном случае? И чьи результаты точнее (правильнее) - "GEDmatch" или "23andme"?!   Расхождение уж очень большое.

Что означает более правильные? Процесс создания генетических карт рекомбинации начался совсем недавно, а Вы требуете точности как в аптеке. Как мне кажется, эти карты будут переделываться еще много раз, по мере появления новой информации

Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1062
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #22 : 12 Февраль 2014, 06:14:45 »
Что означает более правильные?

Т.е. чьи результаты - "GEDmatch" или "23andme" - более точные (пусть даже относительно) в данном контексте?
Я слышал от многих людей, что результаты сравнения на GEDmatch уж слишком оптимистичные. Думаю это из-за того, что при расчете дистанции учитываются куски размером меньше 5сМ.

Оффлайн vnik

  • Сообщений: 242
  • Страна: de
  • Рейтинг +23/-0
  • мтДНК: H16
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #23 : 11 Март 2014, 11:57:49 »
Самое печальное в чипе V4 в том, что его трансферт в Family Finder FTDNA уже невозможен. Это означает, что тест Autosomal DNA Transfer FTDNA клиенты 23andMe в настоящее время могу не заказывать, поскольку в противном случае придется требовать возврата денег.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #24 : 11 Март 2014, 12:08:13 »
Самое печальное в чипе V4 в том, что его трансферт в Family Finder FTDNA уже невозможен. Это означает, что тест Autosomal DNA Transfer FTDNA клиенты 23andMe в настоящее время могу не заказывать, поскольку в противном случае придется требовать возврата денег.
Это уже подтвержденный факт? Подозрения-то изначально были.

Оффлайн vnik

  • Сообщений: 242
  • Страна: de
  • Рейтинг +23/-0
  • мтДНК: H16
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #25 : 11 Март 2014, 17:37:26 »
Это уже подтвержденный факт? Подозрения-то изначально были.
Прилагаю текст письма из техподдержки FTDNA в ответ на мой запрос, что не могу загрузить raw data с 23andMe на сайт FTDNA:
"Thank you for your email. Unfortunately, 23andme switched to the V4 chip, and we are discovering that it is not compatible with our Autosomal DNA Transfer. I would be happy to change your Autosomal DNA Transfer to a Family Finder, and you would owe an additional $30, or we can cancel the transfer and issue a refund of $67.
Ashley Coursey
Family Tree DNA
Information Specialist
713-868-1438" 

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #26 : 11 Март 2014, 17:51:15 »
Прилагаю текст письма из техподдержки FTDNA в ответ на мой запрос, что не могу загрузить raw data с 23andMe на сайт FTDNA:
Спасибо! Как и ожидалось, хотя была надежда, что придумают какой-то костыль.

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1163
  • Страна: 00
  • Рейтинг +155/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #27 : 11 Март 2014, 21:03:45 »
Обидно. И при этом 23andme после проблем с FDA делают акцент именно на генеалогические исследования.
То есть ни здоровье и генеалогию как следует не делают.
Нужно ли заказывать к 23andme какие-то еще варианты?

Оффлайн Елена Александровна

  • Сообщений: 2844
  • Страна: by
  • Рейтинг +804/-2
  • U5a1d2a1 Гедматч - M125805
  • Y-ДНК: R1a1a: отец 248308, сын 260304, дед по маме 249367
  • мтДНК: U5a1d2a1 - я; МЖМЖ U5
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #28 : 12 Март 2014, 13:35:11 »
Тут дело в совсем другом!  В данном случае "23andme" показывает длину УПСа как - 11 сМ, а у "GEDmatch" - длина того же УПСа - 4 сМ ! Разница достаточно существенная!

Так кому больше верить?

И если были сделаны аутосомы в прошлом году, нужно  ли всё равно лучше ещё сделать заказ и у FTDNA?

Кузена одна делала. Закачала обоих в Гедматч.
С одним вариантом  у меня сегментов больше, с другим меньше.

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1163
  • Страна: 00
  • Рейтинг +155/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #29 : 13 Март 2014, 15:55:31 »
Гаплогруппы определили как R1a1a* и H11a.
По Geno2 у меня R1a1a1b2 Z93 и H11a1.

Ну так и ожидалось. Намеренно "затуплённый" продукт. В целях снижения себестоимости и ориентации на массового потребителя. Которому достаточно "буквы" и нарратива с картинками на одну страницу, а все тонкости с субкладами малопонятны.


Так что делать-то?
Я уже четыре набора заказала. Скоро придут... :(

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.