АвторТема: 23andMe чип v.4  (Прочитано 16721 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн D_SK

  • Сообщений: 227
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-4
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: H
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #15 : 05 Февраль 2014, 14:23:23 »
Меня что-то стал "напрягать" этот новый чип V4 !  Что-то здесь явно не так!

"23andme" показывает генетическую дистанцию между 2-ми людьми - 11 сМ (1 сегмент).

Загрузил данные на "GEDmatch". Сравнил этих же людей (один-на-один) - получилось 4,5 сМ (1 сегмент)!  Номера хромосом и участки совпадают.

И как это понимать?!

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6838
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3622/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #16 : 05 Февраль 2014, 17:03:59 »
Загрузил данные на "GEDmatch". Сравнил этих же людей (один-на-один) - получилось 4,5 сМ (1 сегмент)!  Номера хромосом и участки совпадают.
Точно совпадает участок? Может, Gedmatch отрезал часть сегмента из-за нехватки снипов. В 23andMe можно увидеть границы участка и другие параметры с помощью инструмента Ancestry Tools -> Family Inheritance: Advanced , режим View in a table

Оффлайн D_SK

  • Сообщений: 227
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-4
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: H
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #17 : 05 Февраль 2014, 19:05:40 »
Точно совпадает участок? Может, Gedmatch отрезал часть сегмента из-за нехватки снипов...

Один в один совпадает! Причем "23andme"  на 10,8 сМ  указывает 1004 #SNPs, а "GEDmatch" на 4,5 сМ - 846 #SNPs

При этом "23andme" указывает степень родства 0.15% DNA shared across 1 segment (5th Cousin (3rd to Distant Cousin)), а "GEDmatch" не показывает никого родства вообще!

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6838
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3622/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #18 : 05 Февраль 2014, 19:22:19 »
[Один в один совпадает! Причем "23andme"  на 10,8 сМ  указывает 1004 #SNPs, а "GEDmatch" на 4,5 сМ - 846 #SNPs
А какие границы-то численно (начало на ... конец на ... )? И на какой хромосоме?

Оффлайн D_SK

  • Сообщений: 227
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-4
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: H
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #19 : 05 Февраль 2014, 20:00:42 »
А какие границы-то численно (начало на ... конец на ... )? И на какой хромосоме? 

45 000 000 - 53 000 000 на 10-й хромосоме!

P.S.  Как я понял на "23andme" границы округляются.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6838
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3622/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #20 : 05 Февраль 2014, 20:25:17 »
Да, загадка  ::)  Гедматч пользуется генетической картой от Rutgers University, и по ней усредненная вероятность рекомбинации на этом участке чуть больше 4 сМ. Координаты снипов совпадают с версией 23andMe, здесь расхождения быть не может. Но возможно, у 23andMe и более правильная карта - все же участок довольно длинный. Тут разве что специалисты-генетики могут ответить.

Оффлайн D_SK

  • Сообщений: 227
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-4
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: H
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #21 : 05 Февраль 2014, 22:00:45 »
Да, загадка  ::)  Гедматч пользуется генетической картой от Rutgers University, и по ней усредненная вероятность рекомбинации на этом участке чуть больше 4 сМ. Координаты снипов совпадают с версией 23andMe, здесь расхождения быть не может. Но возможно, у 23andMe и более правильная карта - все же участок довольно длинный. Тут разве что специалисты-генетики могут ответить.

Т.е. то, что один из указанных людей тестировался уже по новому чипу V4 в данном случае не имеет значения?!

Хотя по косвенным признакам, на мой взгляд, доверие значительно больше вызывает результат "GEDmatch"! Так как, например, "23andme", как впрочем и "GEDmatch", не показывают родства этого человека (чип V4) с многочисленными родственниками второго (который тестировался на более раннем чипе).

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6838
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3622/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #22 : 06 Февраль 2014, 08:53:46 »
Т.е. то, что один из указанных людей тестировался уже по новому чипу V4 в данном случае не имеет значения?!
С наскоку разобраться не удалось, поэтому не могу сделать вывод, дело в новом чипе или в чем-то другом.

Оффлайн D_SK

  • Сообщений: 227
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-4
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: H
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #23 : 06 Февраль 2014, 12:02:07 »
Т.е. то, что один из указанных людей тестировался уже по новому чипу V4 в данном случае не имеет значения?!
С наскоку разобраться не удалось, поэтому не могу сделать вывод, дело в новом чипе или в чем-то другом.

Srkz
, а хотелось бы конечно разобраться! А то, к сожалению,  не будет  доверия и к другим результатам!

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #24 : 06 Февраль 2014, 15:08:07 »
Да, загадка  ::)  Гедматч пользуется генетической картой от Rutgers University, и по ней усредненная вероятность рекомбинации на этом участке чуть больше 4 сМ. Координаты снипов совпадают с версией 23andMe, здесь расхождения быть не может. Но возможно, у 23andMe и более правильная карта - все же участок довольно длинный. Тут разве что специалисты-генетики могут ответить.


23andme использует генетические карты от HapMap, имеющие существенные рассхождения с картами Rutgers:


"We used the June 2006 version of the HapMap genetic map for estimates of genetic distance"

В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.


~ 42 999 806 62.8 cM
~ 53 000 000 75.09 cM

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6838
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3622/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #25 : 06 Февраль 2014, 15:21:28 »
В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.
Спасибо. Вот и компетентное разъяснение  :)

Оффлайн D_SK

  • Сообщений: 227
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-4
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: H
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #26 : 07 Февраль 2014, 02:36:45 »
В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.
Спасибо. Вот и компетентное разъяснение  :)

I2a1a, и  от меня спасибо! Только объясните, пожалуйста, что это означает в данном случае? И чьи результаты точнее (правильнее) - "GEDmatch" или "23andme"?!   Расхождение уж очень большое.
« Последнее редактирование: 07 Февраль 2014, 02:44:11 от D_SK »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #27 : 11 Февраль 2014, 17:38:24 »
В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.
Спасибо. Вот и компетентное разъяснение  :)

I2a1a, и  от меня спасибо! Только объясните, пожалуйста, что это означает в данном случае? И чьи результаты точнее (правильнее) - "GEDmatch" или "23andme"?!   Расхождение уж очень большое.

Что означает более правильные? Процесс создания генетических карт рекомбинации начался совсем недавно, а Вы требуете точности как в аптеке. Как мне кажется, эти карты будут переделываться еще много раз, по мере появления новой информации

Оффлайн D_SK

  • Сообщений: 227
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-4
  • Y-ДНК: R1a1a
  • мтДНК: H
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #28 : 11 Февраль 2014, 22:32:23 »
Что означает более правильные?

Т.е. чьи результаты - "GEDmatch" или "23andme" - более точные (пусть даже относительно) в данном контексте?

Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1064
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: 23andMe чип v.4
« Ответ #29 : 12 Февраль 2014, 06:14:45 »
Что означает более правильные?

Т.е. чьи результаты - "GEDmatch" или "23andme" - более точные (пусть даже относительно) в данном контексте?
Я слышал от многих людей, что результаты сравнения на GEDmatch уж слишком оптимистичные. Думаю это из-за того, что при расчете дистанции учитываются куски размером меньше 5сМ.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.