АвторТема: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов  (Прочитано 5254 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
В своё время Дмитрий Адамов и Анатолий Клёсов разработали весьма востребованный метод расчёт возраста ближайшего общего предка (ВБОП) для двух 12-, 25-, 37- и 67-маркёрных гаплотипов.

Подавляющее большинство современных поисковых модулей (Matches FTDNA, ysearch, Haplozone, Semargl и т. п.) уже сразу выдают количество мутаций (шагов, steps, Genetic Distance) между двумя гаплотипами.

Чтобы ещё более упростить насущную для любого новичка задачу, автор этих строк сваял нехитрый экселевский файлик, назвав его KLAD CALCULATOR (креативное сокращение от Клёсов - Адамов) где в соответствующую ячейку столбца B надо ввести количество мутаций между двумя гаплотипами.
Результат - ВБОП, выраженный в поколениях.
« Последнее редактирование: 18 Январь 2018, 08:09:39 от Farroukh »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2240
  • Рейтинг +659/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов
« Ответ #1 : 07 Декабрь 2013, 14:26:28 »
В своё время Дмитрий Адамов и Анатолий Клёсов разработали весьма востребованный метод расчёт возраста ближайшего общего предка (ВБОП) для двух 12-, 25-, 37- и 67-маркёрных гаплотипов.

Подавляющее большинство современных поисковых модулей (Matches FTDNA, ysearch, Haplozone, Semargl и т. п.) уже сразу выдают количество мутаций (шагов, steps, Genetic Distance) между двумя гаплотипами.

Чтобы ещё более упростить насущную для любого новичка задачу, автор этих строк сваял нехитрый экселевский файлик, назвав его KLAD CALCULATOR (креативное сокращение от Клёсов - Адамов) где в соответствующую ячейку столбца B надо ввести количество мутаций между двумя гаплотипами.
Результат - ВБОП, выраженный в поколениях.
Уважаемый Farroukh, на два делить надо в конце расчета. Поправку на возвратные мутации надо делать до деления на два.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов
« Ответ #2 : 07 Декабрь 2013, 20:22:28 »
Самое удивительное, что я сам проверил расчёт по статье и по файлу, они совпадали. Вероятно, случайность.
Нимиссин, внесите нужную правку в сам файл и вышлите мне (absheronгав-тяфgmail.com), я потом перезалью его. (Я сейчас не могу скачать тот файл, а домашний комп мёртв).

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов
« Ответ #3 : 08 Декабрь 2013, 09:32:37 »
Стоп. Способ довольно простой, давайте в три действия проверим мои расчёты на конкретном примере.

Допустим, у меня два 67-маркёрных гаплотипа и между ними 7 мутаций. То есть М=7, N=2, L=67.

Считаем по Вашей рекомендации общую лямбду:

lambda_obs =lambda_obs = M/ (L N)7/(2*67)=0,052

Отсюда просто лямда:
lambda = lambda_obs (1 + exp(lambda_obs))/2=0,052(1+exp(0,052))/2=0,054

ВБОП:
TMRCA = lambda/ mu=0,054/0,00216=25 поколений

где мю=0,00216 для 67-маркёрного гаплотипа
где мю=0,00243 для 37-маркёрного гаплотипа.
где мю=0,00184 для 25-маркёрного гаплотипа.
где мю=0,00183 для 12-маркёрного гаплотипа.
« Последнее редактирование: 08 Декабрь 2013, 09:50:35 от Farroukh »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов
« Ответ #4 : 08 Декабрь 2013, 09:49:27 »
Дмитрий, всё получил, спасибо.

Вот новая версия, исправленная.

Ошибка крылась в том, что в этом сообщении Вы, видимо, допустили опечатку. Или же я не так понял смысл M, N, L.

Оффлайн СергейC

  • Сообщений: 55
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: R1a1a
Re: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов
« Ответ #5 : 27 Декабрь 2013, 15:43:40 »
Дмитрий, всё получил, спасибо.

Вот новая версия, исправленная.

Ошибка крылась в том, что в этом сообщении Вы, видимо, допустили опечатку. Или же я не так понял смысл M, N, L.
Выражаю Вам свою благодарность, уважаемый Farroukh, Ваш КЛАД калькулятор помог мне.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов
« Ответ #6 : 27 Декабрь 2013, 16:05:04 »
Сергей, на здоровье!

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Цитировать
как может так быть, чтобы Хетагуров и Джанаев имели общего предка 25 поколений назад, судя по таблице, тогда как по родословному преданию они имеют общего предка Мами 9 поколений назад?
Здесь два варианта возможны.
1) У них на 37 маркёрах более чем 3 мутации. Если на 67 маркёрах дистанция останется тоже 3, то тогда БОП снизится до примерно 11 поколений.
2) Ошибки в самой генеалогии. Самая частая причина - люди нередко пропускают целые связки из-за сходства имён. Например, я ношу имя деда, отец - имя своего деда. Мой сын носит имя моего отца. И так в роду чередуются всего два имени. Когда люди пытаются потом письменно зафиксировать по родовой памяти кучу предков с парой имён, то они могут и сбиться со счёту.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Цитировать
в вашей системе подсчета возраста что-то не так. Многие из родословных известны также по историческим документам с датировкой времени жизни. Ваши же схемы допускают значительную погрешность в сторону удревления.
Возраста узлов даются средние, с допуском в обе стороны. Если взять 67 вместо 37 маркёров, то допуск сократится. Но общая топология древа останется.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Уважаемый Нимиссин,
чему равна мю при расчёте 17-маркёрных гаплотипов?
Допустимо ли принять мю=0,002?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2240
  • Рейтинг +659/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Уважаемый Нимиссин,
чему равна мю при расчёте 17-маркёрных гаплотипов?
Допустимо ли принять мю=0,002?
Уважаемый Farroukh, это зависит от среднего интервала одного поколения. Из данных по парам "отец-сын" константа скорости мутаций для 17-локусного гаплотипа Yfiler примерно равна 0.00258 на поколение на локус. В этом случае я рекомендую принимать средний интервал одного поколения равным 31.5 лет. Если пересчитать на интервал 25 лет, то получим 0.00258 х 25/ 31.5 = 0.002.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Уважаемый Нимиссин, а как быть со 111-маркёрными гаплотиами? Допустимо ли принять мю=0,002 при поколении в 25 лет?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2240
  • Рейтинг +659/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Уважаемый Нимиссин, а как быть со 111-маркёрными гаплотиами? Допустимо ли принять мю=0,002 при поколении в 25 лет?
По скоростям Хейнилы получается около 0.0026 на поколение 31.5 лет. Пересчет на поколение 25 лет дает 0.00206. Так что константу интенсивности мутаций можно принять равной 0.002 на локус на поколение 25 лет.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13010
  • Страна: az
  • Рейтинг +2992/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Обновлённый КлАд-калькулятор, включает расчёты для пары 12-, 25-, 37, 67- и 111-маркёрных гаплотипов формата ФТДНА, а также и 17-маркёрных гаплотипов формата Y-filer
« Последнее редактирование: 18 Январь 2018, 08:09:10 от Farroukh »

Оффлайн Remmo

  • Сообщений: 250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +37/-0
  • Y-ДНК: R1-Y178665/BY60213 (Y934>BY30762>BY30764>Y178665/BY60213)
  • мтДНК: Soon
Re: КлАд - калькулятор ВБОП для двух гаплотипов
« Ответ #14 : 28 Декабрь 2017, 16:04:48 »
Обновлённый КлАд-калькулятор, включает расчёты для пары 12-, 25-, 37, 67- и 111-маркёрных гаплотипов формата ФТДНА, а также и 17-маркёрных гаплотипов формата Y-filer
Файл по данной ссылке отсутствует. Возможно ли обновить?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100