Выборки гаплотипов - теория и практика

[I2a1a]

Ок. Но только через неделю-две, не раньше.

Прошу Вадима сделать просчет, с тем чтобы убедиться в правильности, или ложности своих предположений.

[Valery]

Поэтому Ваше отрицание 17 маркерных гаплотипов считаю совершенно неверным. При среднегенетических дистанций в 1-2 одношаговые мутации, думаю, что картину они дадут однозначную.

Возможно. В принципе даже при этих условиях можно придумать выборку с большой гомоплазией но конечно она по-любому бедет однозначнее чем с 5-6 средними отличиями. Но в то же время не надейтесь увеличить расстояние скажем в 2 раза и получить сравнимое увеличение расстояния между деревьями.

[Mich Glitch]

Второе. Если в качестве параметра используется дистанция на 17-локусных гаплотипах то нужно экспериментальное подтверждение того какой будет дистанция на соответствующих 67-локусных. Ведь надо как-то учитывать что определенный % окажется ложнородственным и имеющим на 67 дистанцию много более среднеожидаемой. Если такие цифры есть я бы с удовольствием взглянул.

Так в этом, ешкин кот, и есть постановка задачи. которую мы в этой ветке пытаемся порешать! 

Рассмотреть увязку результатов с изменением относительной генетической дистанции. При малых размерах относительных разниц имеет место сближение моделей одношаговой и бесконечной, что некоторые (обойдусь на сей раз без имени, но мой оппонент, думаю, и так всем известен) склоны толковать как верность только модели одношаговых мутаций (что конечно не есть факт). Вот мы и поглядим на влияние разности в процентах от длины гаплотипа на достоверность.

Второе - это получить выраженную количественно увязку с размерами выборки. Не можем же мы сказать на 5000 сэмплов всё устаканится? Надо посмотреть.

[Mich Glitch]

Ок. Но только через неделю-две, не раньше.

Прошу Вадима сделать просчет, с тем чтобы убедиться в правильности, или ложности своих предположений.

Вадим, очень хорошо.

Дело, в принципе, не очень срочное.

[Valery]

Первый вопрос следующий: какой должна быть минимальная длина гаплотипа при достоверной реконструкции на заданную глубину.

А что такое реконструкция на заданную глубину? В смысле "состоят-не состоят в родстве", то есть классическая судебная задача? ИМХО здесь рулят вероятностные методы и значит задача сводится к оценке уровня при известной скорости мутирования. Ее решение для Y Вам известно лучше чем мне.

Если же понимать реконструкция=филогения и выбросить слова про глубину то это тот вопрос который мы постоянно обсуждаем и пока на него ответа нет. Остается погадать - 100, 120? В то же время его можно решить симуляцией, Кн Игорь с Родства что-то начал писать но дело заглохло.

Следующий вопрос звучит так: какой должна быть максимально допустимая относительная генетическая дистанция при достоверном построении.

Опять-таки предлагаю решить вопрос симуляцией А почему бы и нет?

Измерения можно проводить точно, в мутациях с одной стороны и расстояниях Робинсона-Фоулдса между деревьями - в другой.

[Valery]

Так в этом, ешкин кот, и есть постановка задачи. которую мы в этой ветке пытаемся порешать!

Ядрена матрена, я не знал Вижу люди строят деревья - и давай тоже.

Но как сабжевую проблему решить через филогению? Здесь симуляция рулит. Только модель мутирования выбирай - и вперед

[Valery]

Валер, что ты привязался к 17-ти?

Зажрались... раньше 6-ти радовались как дети. Щас им 100 подавай. Довольствуйтесь тем, что есть, и есть в больших объемах.

Ром, здесь неоднократно говорилось, что 17 свою задачу выявления родственникво решают, и точка Что не так? Может позвонить в центр где пиросеквенируют геном и отругать их за антирекламу 17 локусов?

[Valery]

Не можем же мы сказать на 5000 сэмплов всё устаканится? Надо посмотреть.

Это менее ожидаемо с точки зрения теории, к тому же исследование такой выборки по серьезной программе нереально.

[Mich Glitch]

Постановка задачи
Исходя из заданных параметров:
- длина гаплотипа;
- средняя и максимальная относительные одношаговые генетические дистанции;
- размер выборки,
оценить достоверность получаемых построений.

[I2a1a]

Валерий и Михаил,

Достаточность или недостаточность длины гаплотипов диктуется исключительно целями исследования. Ведь любой вменяемый человек ( )понимает, что надежное и достоверное парсимонистское или байесовское разделение гаплотипов (без знания субклада и соответст.снипа) в соответствии с истинным мутационным древом затруднительно и на выборке гаплотипов с бОльшей, нежели 67 маркеров, длиной гаплотипной записи. Однако если выборка сформирована по генеалогическому способу (как например в исследованиях по ирландским кланам) или в выборках однофамильцев (те же исследования ирландцев о корреляции фамилии/гаплогрупп, проект "Однофамильцы"), то 17 маркерных гаплотипов достотаточно для кластеризации и оценки статистического соответствия фамилий и гаплогруппы. Однако для генеалогического масштабирования/позиционирования ветвей в филоген.дереве и большего количества маркера недостаточно, так как выявляемые ветви носят случайный характер, особенно когда выборка "чоховая", то есть включает несколько кладов или субкладов гаплотипов общей гаплогруппы. Все что можно сделать - это кластеризовать в филогенет.древе/сети наиболее устойчивые гаплотпы (правда, это можно сделать и без построения сетей) и при этом помнить, что из-за мощной гомоплазии таких выборок (например в той же руверовской выборке I, где среднее количество накопленных мутаций от предкового гаплотипа составляет 14 мутаций из изначальных 17), в кластеры неизбежно попадут "посторонние" гаплотипы.

Печально, что люди до сих пор пытаются строить 17-маркерные древа. Наверное немалую роль играет то что несмотря на общий хаос на них выявляются некоторые реальные кластера что вводит в заблуждение относительно достоверности деревьев в целом.

[Mich Glitch]

Вадим,
Мне всё-таки кажется, что достоверность построения можно оценить.
Для облегчения задачи (и чтобы время попусту не тратить) можно сосредоточиться только на 67-маркерных гаплотипах.

Сначала попытаться оценить динамику изменения в зависимости от используемых генетических дистанций (кстати, сравнение медианых, средних и крайних значений генетических позволяет перейти к численным оценкам от расплычатого термина перекос выборки) и от размеров выборки.
Иными словами выполнить несколько единичных построений и просто посмотреть.

Ну, а затем можно попытаться сделать уже некоторые математические стат-вероятностные прикидки.


Можно идти от обратного. Брать какой-то произвольный доверительный интервал и пытаться выяснить, какими должны быть размеры выборки и относительные (по отношению к фиксированно 67-маркерной длине) одношаговые генетические дистанции.

[wertner]

Озвучьте список выборок, пожалуйста. Если до 50 гаплотипов, то я могу принять участие расчетами в своей программе.
Поэтому, когда увидел числа больше 50, то остерегся.
Но может и меньшие выборки актуальны?

[Mich Glitch]

Озвучьте список выборок, пожалуйста. Если до 50 гаплотипов, то я могу принять участие расчетами в своей программе.
Поэтому, когда увидел числа больше 50, то остерегся.
Но может и меньшие выборки актуальны?

Можно взять выборки простым удвоением:
7,
14,
28,
56 гаплотипов.

[wertner]

Можно взять выборки простым удвоением:
7,
14,
28,
56 гаплотипов.

Так хотелось бы те же выборки, что и остальные.
Взять 9, 18, 36 гаплотипов из выборки из 71 гаплотипа прикрепленной к этому сообщению?
http://forum.molgen.org/index.php/topic,630.msg12093.html#msg12093

[Mich Glitch]

Взять 9, 18, 36 гаплотипов из выборки из 71 гаплотипа прикрепленной к этому сообщению?
http://forum.molgen.org/index.php/topic,630.msg12093.html#msg12093

Да, конечно!
Это будет лучше всего.

Позже сделаем прикидку на выборках с меньшими генетическими дистанциями.