АвторТема: Выборки гаплотипов - теория и практика  (Прочитано 26476 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
АнТюр, просто хотел напомнить, что существует модель одношаговых мутаций, а есть модель бесконечных аллелей.
Для двухмаркерных гаплотипов:
9 -12
9 -15
имеем генетическую дистанцию 3 по модели одношаговых мутаций (эта модель является основной в филогении) и генетическую дистанцию 1 по модели бесконечных аллелей (это модель используется в большинстве методик расчета TMRCA).

Что действительно вводит в заблуждение, так это то, что авторы иной раз говорят о разных гаплотипах.
То есть говоря о, скажем,
9 - 12
и
13 - 21
(предположим, что 9 - 12 принят в качестве базового) называют 13 - 21 отличным от базового. Иными словами, всего одна разница.

Для того чтобы разобраться во всех этих непонятках, достаточно рассмотреть выборку.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Михаил, в данном случае ситуация не зависит от метрики: что бесконечная что пошаговая модели дают одинаковые деревья для этих трех гаплотипов.
Валерий, ну а если бы гаплотипов было с сотню?
Тогда то разница будет?
При использовании филипа с мегой разницы нет потому как всегда используется одношаговая модель.
Возможно моё умозаключение не верно. Я пришёл к нему, используя матрицы, полученные двумя разными методами.
На выходе всегда получается один и тот же вариант дерева.

Правильно ли я понял, что на самом деле для филогении не важно, какая из моделей используется?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Цитировать
Тогда то разница будет?


Будет. Конечно есть разница. Даже на трех гаплотипах она может быть, просто в данном случае ее нет.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Цитировать
Тогда то разница будет?


Будет. Конечно есть разница. Даже на трех гаплотипах она может быть, просто в данном случае ее нет.
Ну, и славно.
Значит моя версия о том, что не зависимо от того, каким способом происходит построение матрицы, филип по умолчанию (всегда?) использует для построений одношаговую модель - оказалась верна.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Цитировать
Тогда то разница будет?


Будет. Конечно есть разница. Даже на трех гаплотипах она может быть, просто в данном случае ее нет.
Ну, и славно.
Значит моя версия о том, что не зависимо от того, каким способом происходит построение матрицы, филип по умолчанию (всегда?) использует для построений одношаговую модель - оказалась верна.


Филип, в смысле Нейбор? Так какую матрицу ему подсунешь с такой он и будет работать. Ведь ему на входе она только и нужна. Это вопрос к программе которая будет генерить филипкины данные.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Филип, в смысле Нейбор? Так какую матрицу ему подсунешь с такой он и будет работать. Ведь ему на входе она только и нужна. Это вопрос к программе которая будет генерить филипкины данные.
Можно и так сказать.
Да только вот в палне топологии оба построения получаются идентичными.
Рассмотрим на конкректном примере.
Берём вот отсюда выборку 67-маркерных гаплотипов (начнем с самой маленькой).
Имеем следующие файлы:
[urlhttp://forum.molgen.org/index.php?action=dlattach;topic=630.0;attach=465]Для филипки и флюксуса[/url].
Вот так выглядит матрица по бесконечной модели.
А вот так по одношаговой.
Или в картинках (первые две бесконечная модель - в годах и поколениях, третья - одношаговая модель):

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Просто используемая мной утилита генерирует для филипа файл только по бесконечной модели

Я бы написал "по модели НЕОПРЕДЕЛЕННЫХ аллелей". Какая там бесконечность? Просто - инфинитив, неопределённость в реальном числе произошедших мутаций, одношаговые были они или многошаговые - всё одно. Принимаем их число за еденицу, сколько бы их ни было.
 
Но это я так, "для большей лучшести". Пардон за въедливость, всё же - овод.  ;D
« Последнее редактирование: 08 Октябрь 2009, 20:52:58 от Овод »

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Просто используемая мной утилита генерирует для филипа файл только по бесконечной модели

Я бы написал "по модели НЕОПРЕДЕЛЕННЫХ аллелей". Какая там бесконечность? Просто - инфинитив, неопределённость в реальном числе произошедших мутаций, одношаговые были они или многошаговые - всё одно. Принимаем их число за еденицу, сколько бы их ни было.
 
Но это я так, "для большей лучшести". Пардон за въедливость, всё же - овод.  ;D
Можно и так.  :)
Я просто использую кальку, беря перевод по основному смыслу.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Выборки гаплотипов - теория и практика
« Ответ #113 : 10 Октябрь 2009, 05:52:40 »
Опять в разных темах проскочила мысль о перекошенности выборок.

Мне кажется, что можно использовать следующую, пусть дорогостоящую, но эффективную методу.

1. Производится предварительный отбор.
Либо по географическому фактору, т.е. людей, которые считают себя коренными уроженцами исследуемых ареалов.
Либо по этнофактору, т.е. людей соотносящих себя с какой-то национальностью.

2. Производится анализ по мультиснип панелям.

3. Производится отбор сэмплов с одинаковыми субкладами для людей не являющихся родственниками (distant cousins, ссылка на пример). Напомню, что данный расчет производится в основном по УПСам.

3*. (факультативно) Если размеры выборки достаточны, можно провести ещё одну дистилляцию. :) Отбросить сэмплы значительно выходящие за пределы пулов (ссылка на пример). Данное позиционирование производится на основе общей похожести (Global similarity).

4. Производится Y-STR анализ отобранных групп.

5. Выполняются построения. Расчитываются времена.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Выборки гаплотипов - теория и практика
« Ответ #114 : 21 Февраль 2010, 13:18:08 »
Где можно посмотреть 67-маркерный модальный гаплотип к любому кладу-субкладу?
Понятно, что из таблицы Аттея получаем любой из его набора. Но, возможно, есть другой способ полегче?

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10663
  • Страна: tt
  • Рейтинг +2057/-46
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Выборки гаплотипов - теория и практика
« Ответ #115 : 21 Февраль 2010, 13:29:24 »
Все модалы гаплогруппы I здесь:
http://dgmweb.net/DNA/General/Hg-I-subclades-FTDNA-order.shtml

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100