мне определили N1a

[grimsvotn]

В итоге так:

Код: [Выделить]

Best mtDNA Haplogroup Matches:

1) N1a1a1a1

Defining Markers for haplogroup N1a1a1a1:
HVR2: 73G 152C 199C 204C 263G 573.1C
CR: 669C 750G 1438G 1719A 2706G 3336C 4769G 5315G 7028T 8164T 8860G 8901G 9300A 10238C 10398G 11719A 12501A 12705T 13780G 14766T 15043A 15326G
HVR1: 16147A 16172C 16223T 16248T 16320T 16355T

Marker path from rCRS to haplogroup N1a1a1a1 (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 1719A ⇨ N1'5 ⇨ 10238C 12501A ⇨ N1 ⇨ 204C 13780G ⇨ N1a ⇨ 199C ⇨ N1a1'2 ⇨ 573.1C 10398G 15043A ⇨ N1a1 ⇨ 669C 2702A 5315G 8901G 16147G 16172C 16248T 16355T ⇨ N1a1a ⇨ 152C ⇨ N1a1a(T152C) ⇨ 3336C 16147A ⇨ N1a1a1 ⇨ 16320T ⇨ N1a1a1a ⇨ 2702G 8164T 9300A ⇨ N1a1a1a1 ⇨ 15299C (16519C)

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(31): 73G 152C 199C 204C 263G 669C 750G 1438G 1719A 2702G 2706G 3336C 4769G 7028T 8164T 8860G 8901G 9300A 10238C 10398G 11719A 12501A 12705T 13780G 14766T 15043A 16172C 16223T 16248T 16320T 16355T
Flips(1): 16147T
Extras(1): 15299C (16519C)
No-Calls(1): 5315G
Untested(2): 573.1 15326


2) N1a1a1a1a

Defining Markers for haplogroup N1a1a1a1a:
HVR2: 73G 152C 199C 204C 263G 573.1C
CR: 669C 750G 1438G 1719A 2706G 3336C 4769G 5315G 6641C 7028T 8164T 8860G 8901G 9300A 10238C 10398G 11719A 12501A 12705T 13780G 14766T 15043A 15326G
HVR1: 16147A 16172C 16189C 16223T 16248T 16320T 16355T

Marker path from rCRS to haplogroup N1a1a1a1a (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 1719A ⇨ N1'5 ⇨ 10238C 12501A ⇨ N1 ⇨ 204C 13780G ⇨ N1a ⇨ 199C ⇨ N1a1'2 ⇨ 573.1C 10398G 15043A ⇨ N1a1 ⇨ 669C 2702A 5315G 8901G 16147G 16172C 16248T 16355T ⇨ N1a1a ⇨ 152C ⇨ N1a1a(T152C) ⇨ 3336C 16147A ⇨ N1a1a1 ⇨ 16320T ⇨ N1a1a1a ⇨ 2702G 8164T 9300A ⇨ N1a1a1a1 ⇨ 6641C 16189C ⇨ N1a1a1a1a ⇨ 15299C (16519C)

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(31): 73G 152C 199C 204C 263G 669C 750G 1438G 1719A 2702G 2706G 3336C 4769G 7028T 8164T 8860G 8901G 9300A 10238C 10398G 11719A 12501A 12705T 13780G 14766T 15043A 16172C 16223T 16248T 16320T 16355T
Flips(1): 16147T
Extras(1): 15299C (16519C)
No-Calls(1): 5315G
Untested(4): 573.1 6641 15326 16189


3) N1a1a1a

Defining Markers for haplogroup N1a1a1a:
HVR2: 73G 152C 199C 204C 263G 573.1C
CR: 669C 750G 1438G 1719A 2702A 2706G 3336C 4769G 5315G 7028T 8860G 8901G 10238C 10398G 11719A 12501A 12705T 13780G 14766T 15043A 15326G
HVR1: 16147A 16172C 16223T 16248T 16320T 16355T

Marker path from rCRS to haplogroup N1a1a1a (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 12705T 16223T ⇨ N ⇨ 1719A ⇨ N1'5 ⇨ 10238C 12501A ⇨ N1 ⇨ 204C 13780G ⇨ N1a ⇨ 199C ⇨ N1a1'2 ⇨ 573.1C 10398G 15043A ⇨ N1a1 ⇨ 669C 2702A 5315G 8901G 16147G 16172C 16248T 16355T ⇨ N1a1a ⇨ 152C ⇨ N1a1a(T152C) ⇨ 3336C 16147A ⇨ N1a1a1 ⇨ 16320T ⇨ N1a1a1a ⇨ 8164T 9300A 15299C (16519C)

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(28): 73G 152C 199C 204C 263G 669C 750G 1438G 1719A 2706G 3336C 4769G 7028T 8860G 8901G 10238C 10398G 11719A 12501A 12705T 13780G 14766T 15043A 16172C 16223T 16248T 16320T 16355T
Mismatches(1): 2702G
Flips(1): 16147T
Extras(3): 8164T 9300A 15299C (16519C)
No-Calls(1): 5315G
Untested(2): 573.1 15326



[Sylvester]

Вот спасибо! 

Получается она 100% N1a1a1a1    2702G 8164T 9300A
Вероятность что она   N1a1a1a1a  есть, т.к. в ее результатах значений по определяющим позициям 6641,16189 нет (Untested).
По позициям 146,3531 тоже нет данных.
Но у нее есть дополнительная CR-мутация 15299C, которой нет у меня, значит родство не близкое.
Интересно какой возраст дает одна отличающаяся CR-мутация?

А можете выложить какие строчки HVR1, HVR2, CR выдала утилита? (в самом верху страницы результатов)

[grimsvotn]

Попробую завтра, сейчас уже с планшета

Если нужно - могу дать мейл Елены.

[grimsvotn]

Да, и свой мейл тоже пришлите в ЛС, пож-та. Для обмена инфой и на всякий пожарный

[Sylvester]

Оказалось, что у Елены (той знакомой) предки не совсем из Рассказово, а из Мариновки (это рядом):
https://maps.yandex.ru/?source=serp_navig&text=Мариновка&sll=37.736339%2C55.909691&sspn=0.052357%2C0.020682&ol=geo&oll=41.305175%2C53.314234&ll=41.305175%2C53.314234&z=15

это в Сосновском районе?
Тогда действительно совсем рядом(35 км от Моршанска).

[grimsvotn]

Да да, совсем рядом с Вами.

Может популяционно эта гаплогруппа характерна для тех мест?

[Sylvester]

Да да, совсем рядом с Вами.

Может популяционно эта гаплогруппа характерна для тех мест?

Ну если только как-то связать вот c этой инфой:

Вот здесь немножко про мою N1a1a1a1a:

Диссертация Трофимовой Натальи Вадимовны

http://ibg.anrb.ru/disovet/zashita/2014/09Trofimova/09TrofimovaDiser.pdf

[grimsvotn]

Вот-вот, если только автохтоны Тамбовщины

[grimsvotn]

Сейчас мне Елена прислала свое древо, оказывается ее мито-линия уходит в село Дельная Дубрава.

Сейчас в том же, Сосновском районе.

Село Дельная Дубрава основано, видимо, в последнем десятилетии XVII века. Впервые упомянуто в окладных церковных книгах, где записано: «Церковь Покрова в Козловском уезде, в селе Дельной Дубраве. У той церкви двор попа Ивана… В приходе у тое церкви 16 дворов детей боярских, 14 дворов солдатских, 8 дворов бобыльских… Обложена в нынешнем во 105 году (1697 год)».В документах первой ревизской сказки 1719 года в Дельной Дубраве зарегистрировано 18 домов и 53 человека. Там жили служилые люди: рейтары, солдаты городской службы и другие.В «Экономических примечаниях Моршанского уезда», составленных в конце XVIII века, о селе Дельной Дубраве написано: «Село Дельная Дубрава речки Ламки и оврага безымянного на правой, а речки Дельной Дубравы на левой стороне… Дворов — 92, жителей 860 человек (крепостные крестьяне). Владения Варвары Федоровны Шиповской, коллежского асессора Василия Кузьмина, полковника Сергея и титулярного советника Семена Плутаниных»

https://ru.m.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%94%D1%83%D0%B1%D1%80%D0%B0%D0%B2%D0%B0

[Sylvester]

Посмотрел позиции в raw-файле:

6641? 16189T(-)
146T(-) 3531G(-)

Т.е. получается все таки N1a1a1a1 +15299C

Общая пра..прабабка конечно же была, но жила она наверно в неолите

[grimsvotn]

Посмотрел позиции в raw-файле:

6641? 16189T(-)
146T(-) 3531G(-)

Т.е. получается все таки N1a1a1a1 +15299C

Общая пра..прабабка конечно же была, но жила она наверно в неолите

 

[Sylvester]

Romania   Peştera cu Oase [Oase 1]      37,000–42,000 BP   Y-DNA F      mtDNA N
Fu, Q. et al. (2015), An early modern human from Romania with a recent Neanderthal ancestor, Nature, published online 22 June 2015

Добавлю сюда, чтоб не забыть потом посмотреть что там за N.
Интересно.

[Sylvester]

Romania   Peştera cu Oase [Oase 1]      37,000–42,000 BP   Y-DNA F      mtDNA N
Fu, Q. et al. (2015), An early modern human from Romania with a recent Neanderthal ancestor, Nature, published online 22 June 2015

Добавлю сюда, чтоб не забыть потом посмотреть что там за N.
Интересно.

На всякий случай сохраню тут ссылки касательно исследования этого образца.

An early modern human from Romania with a recent Neanderthal ancestor

Neanderthals are thought to have disappeared in Europe approximately 39,000–41,000 years ago but they have contributed 1–3% of the DNA of present-day people in Eurasia1. Here we analyse DNA from a 37,000–42,000-year-old2 modern human from Peştera cu Oase, Romania. Although the specimen contains small amounts of human DNA, we use an enrichment strategy to isolate sites that are informative about its relationship to Neanderthals and present-day humans. We find that on the order of 6–9% of the genome of the Oase individual is derived from Neanderthals, more than any other modern human sequenced to date. Three chromosomal segments of Neanderthal ancestry are over 50 centimorgans in size, indicating that this individual had a Neanderthal ancestor as recently as four to six generations back. However, the Oase individual does not share more alleles with later Europeans than with East Asians, suggesting that the Oase population did not contribute substantially to later humans in Europe.
http://www.nature.com/nature/journal/v524/n7564/full/nature14558.html

просмотр полной статьи: http://www.nature.com/articles/nature14558.epdf?referrer_access_token=eBNwzv2b44jxLSRkDN7gN9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0MjYp5MQz8mXGCmEqqZEWLuPVa54FDKgGTfdqyW2mt9g4eGfhFHdwEbJSmri7eCRb1eQpzSNPlysVZVMFZRwxMnCNSTEkAZU9Vi2vz7qY7q4Wkjjr7ePp5TrM4r22ZaA4RSQOuwj9ty8dwAU7m_BKq5FeEvjDTN-INTld6if5NjwF_dm3wYyKA5zkN_7ohqms4nWKnELkDUWS07-OKcCj_6Ggh8tI4A2QcaREBFbU8VIQ%3D%3D&tracking_referrer=www.nature.com

BAM файл: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB8987
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/ERA448/ERA448430/bam/Oase1_strict_filter_nuclear.bam

We report genome-wide data from a modern human mandible, Oase 1, found in 2002 in the Pes¸tera cu Oase, Romania.
The age of this specimen has been estimated to be 37,000–42,000 years by direct radiocarbon dating.
Its morphology is generally modern but some aspects are consistent with Neanderthal ancestry(admixture with Neanderthals).

We detect three segments that are over 50 centimorgans (cM) in size, suggesting that the Neanderthal contribution to the Oase 1 individual occurred so recently in his family tree that chromosomal segments of Neanderthal origin had little time to break up due to recombination. To estimate the date of the most recent Neanderthal contribution to the Oase 1 genome, we studied the size spans of seven segments of the genome that appeared to be recently derived from Neanderthals. Their genetic lengths suggest that the Oase 1 individual had a Neanderthal ancestor as a fourth-, fifth- or sixth-degree relative.
The Oase 1 genome shows that mixture between modern humans and Neanderthals was not limited to the first ancestors of present-day people to leave Africa, or to people in the Near East; it occurred later as well and probably in Europe.

The mtDNA sequence based on deaminated fragments is related to a large group of present-day Eurasian mtDNAs (haplogroup N).
This Oase 1 mtDNA carries a few private mutations on the basis of which its age can be estimated to be 36,330 years before present (14,520–56,450; 95% confidence interval).

Oase 1 carries the following substitutions that define the N macrohaplogroup:
73G, 263G, 750G, 1438G, 2706G, 3107d, 4769G, 7028T, 8860G, 11719A, 12705T, 14766T, 15326G, 16223T

Т.е. у этого образца определенно митогруппа N, но дальше по дереву продвинуться не удалось.



Обсуждения:

http://eurogenes.blogspot.ru/2015/06/oase-1-early-modern-human-from-romania.html
Eurogenes K15
---------
South_Asian 26.1
Sub-Saharan 16.6
Atlantic 13.45
Baltic 9.65
Oceanian 9.36
North_Sea 8.12
Southeast_Asian 7.65
West_Med 4.51
Northeast_African 4.16
West_Asian 0.4
Eastern_Euro 0
East_Med 0
Red_Sea 0
Siberian 0
Amerindian 0

http://genetiker.wordpress.com/2015/06/24/analyses-of-the-oase-1-genome/
http://genetiker.wordpress.com/mt-snp-calls-for-oase-1/
MDLP Ancient Roots K17
------------
26.25% Ancestral_South_Indian
20.99% African_Sub_Saharian
13.65% South_East_Asian
6.34% Melano-Austronesian
5.67% Ancestral_North_Indian
5.60% Uralic
4.40% Ancestral_East_European_ANE
3.45% West_European_HG
3.07% Caucasian-Basal
2.39% Ancestral_East_Siberian
2.34% Ancestral_West_Siberian
1.97% Amerindian
1.49% Ancestral_Mediterranean_EEF
1.43% Ancestral_Sami-Finnic
0.51% Circumpolar
0.22% Archaic_African
0.22% Near-East-Basal

[ankr21]

Александр, а в этой базе вас нет?
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/n1a1a_genbank_sequences.htm

[Sylvester]

Александр, а в этой базе вас нет?
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/n1a1a_genbank_sequences.htm

проверил, меня в ней нет