АвторТема: GEDmatch.Com - инструменты для популяционного анализа  (Прочитано 131281 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
А как же Арсен, у него Синташты 22%?

А вы не могли бы посчитать (не предполагать) какая часть компоненты Синташты есть HG/ANE?

Почему вы думаете что в Синташте лидирует HG, а не ANE?
А что Арсен, у него тоже несомненно есть HG среди предков (ANE я тоже отнес к этой группе). Синташтинца RISE395 (наиболее качественный образец) можно посмотреть на Gedmatch под номером M277797. По тому же Eurogenes K36 там почти исключительно северноевропейские компоненты, то есть можно предположить WHG/EHG с небольшой долей EEF (10-20%)
  0.00%  Amerindian         
  0.00%  Arabian             
  0.00%  Armenian           
  1.29%  Basque             
  0.00%  Central_African     
 11.88%  Central_Euro       
  0.00%  East_African       
  0.00%  East_Asian         
  2.29%  East_Balkan         
  0.00%  East_Central_Asian 
 15.15%  East_Central_Euro   
  0.00%  East_Med           
 11.81%  Eastern_Euro       
  7.39%  Fennoscandian       
 10.86%  French             
  0.24%  Iberian             
  0.00%  Indo-Chinese       
  0.00%  Italian             
  0.00%  Malayan             
  0.00%  Near_Eastern       
  0.00%  North_African       
 21.41%  North_Atlantic     
  2.60%  North_Caucasian     
 14.92%  North_Sea           
  0.00%  Northeast_African   
  0.00%  Oceanian           
  0.00%  Omotic             
  0.00%  Pygmy               
  0.00%  Siberian           
  0.00%  South_Asian         
  0.15%  South_Central_Asian
  0.00%  South_Chinese       
  0.01%  Volga-Ural         
  0.00%  West_African       
  0.00%  West_Caucasian     
  0.00%  West_Med


Для сравнения ямная RISE552
  0.19%  Amerindian         
  0.00%  Arabian             
  0.00%  Armenian           
  0.00%  Basque             
  0.00%  Central_African     
  0.07%  Central_Euro       
  0.00%  East_African       
  0.00%  East_Asian         
  0.00%  East_Balkan         
  0.00%  East_Central_Asian 
  9.40%  East_Central_Euro   
  0.00%  East_Med           
 15.32%  Eastern_Euro       
 11.18%  Fennoscandian       
  0.00%  French             
  0.00%  Iberian             
  0.00%  Indo-Chinese       
  0.00%  Italian             
  0.00%  Malayan             
  0.00%  Near_Eastern       
  0.00%  North_African       
 10.57%  North_Atlantic     
 24.14%  North_Caucasian     
 10.15%  North_Sea           
  0.00%  Northeast_African   
  0.00%  Oceanian           
  0.00%  Omotic             
  0.00%  Pygmy               
  0.00%  Siberian           
  0.00%  South_Asian         
 16.03%  South_Central_Asian
  0.00%  South_Chinese       
  2.95%  Volga-Ural         
  0.00%  West_African       
  0.00%  West_Caucasian     
  0.00%  West_Med

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Интересно.

Синташтинец:

  1.29%  Basque               
 11.88%  Central_Euro         
  2.29%  East_Balkan 
 15.15%  East_Central_Euro
 11.81%  Eastern_Euro       
  7.39%  Fennoscandian       
 10.86%  French             
  0.24%  Iberian 
 21.41%  North_Atlantic     
  2.60%  North_Caucasian     
 14.92%  North_Sea
  0.15%  South_Central_Asian
  0.01%  Volga-Ural

Как по мне, выглядит вполне каноничным европейцем.

Ямник, имхо, какая-то смесь восточно-европейца, северо-кавказца и South_Central_Asian (это кто, вообще? туркмены-узбеки-таджики?).

  0.19%  Amerindian
 0.07%  Central_Euro
  9.40%  East_Central_Euro           
 15.32%  Eastern_Euro       
 11.18%  Fennoscandian     
 10.57%  North_Atlantic     
 24.14%  North_Caucasian     
 10.15%  North_Sea           
 16.03%  South_Central_Asian   
  2.95%  Volga-Ural
« Последнее редактирование: 19 Август 2015, 18:56:22 от Yaroslav »

Оффлайн Vernyj

  • Сообщений: 1488
  • Страна: 00
  • Рейтинг +203/-75
Синташтинца RISE395 (наиболее качественный образец) можно посмотреть на Gedmatch под номером M277797.

Population   
S_INDIAN   2.44%
SUB_SAHARAN   0.84%
EARLY_EUROPEAN_FARMERS   29.94%
SW_ASIAN   -   
W_SIBERIAN   -   
SE_ASIAN   -   
BALOCHI   4.81%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS   51.34%
INDO_TIBETAN   -   
CAUCASUS   10.62%
E_AFRICAN   -   
E_SIBERIAN   -     

Я бы сказал что это русский (но как всегда выдает ближе всего к норвегам) :D . Но это по крайней мере доказывает, что там все остальные компоненты из списка исключены.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Пробил синташтинца в Gedmatch на совпаденцев:




Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Поляко опять колдует со статистикой:

http://eurogenes.blogspot.de/2015/08/no-significant-genetic-substructures.html
Цитировать
Yamnaya was succeeded northeast of the Caspian by its offshoot, the Poltavka Culture, which in turn was replaced by the Sintashta Culture. The most widely accepted theory, based on archaeological data, is that Sintashta formed from a chain of cultures derived from the late Corded Ware horizon of East-Central Europe. This is backed up by the D-stats below, which suggest some western admixture in Sintashta that is missing in Yamnaya.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Я бы сказал что это русский (но как всегда выдает ближе всего к норвегам) :D . Но это по крайней мере доказывает, что там все остальные компоненты из списка исключены.
Хм, я даже не подумал прогнать его через этот калькулятор ;D Кого же тогда автор брал за образец при разработке? Если отвлечься от мысли. что у синташтинцев должно быть близко к 100% "Синташты", то результат выглядит в сравнении с другими образцами вполне нормально.

Оффлайн Vernyj

  • Сообщений: 1488
  • Страна: 00
  • Рейтинг +203/-75
Я бы сказал что это русский (но как всегда выдает ближе всего к норвегам) :D . Но это по крайней мере доказывает, что там все остальные компоненты из списка исключены.
Хм, я даже не подумал прогнать его через этот калькулятор ;D Кого же тогда автор брал за образец при разработке? Если отвлечься от мысли. что у синташтинцев должно быть близко к 100% "Синташты", то результат выглядит в сравнении с другими образцами вполне нормально.

Автор похоже взял остальные компоненты (не знаю как он их получил) и вычел их из реальных(?) синташтийцев, таким образом выделил SINTASHTA_STEPPE_HERDERS. Как то так...
« Последнее редактирование: 19 Август 2015, 19:16:00 от Vernyj »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
South_Central_Asian (это кто, вообще? туркмены-узбеки-таджики?).
Все та же Гедрозия - белуджи, брагуи, пуштуны, буриши, синдхи.

"Гедрозия" синташтинца, видимо, более европейского вида и включена в европейские компоненты.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Автор похоже взял остальные компоненты (не знаю как он их получил) и вычел их из реальных синташтийцев, таким образом выделил SINTASHTA_STEPPE_HERDERS. Как то так...
по всей логике, если компонент называется "Синташтой", то и пикует он там же
Собственно автор так и пишет:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102449&viewfull=1#post102449
Цитировать
The Sintashta signal is solid and peaks at 100% in Sintashta, followed by NE Europeans in the 60-70% range. Also, just to remind everyone that your actual steppe derived ancestry would be greater than what you see under Sintashta, because some of the steppe ancestry is inferred through proxies such as caucasus.
у русских, использованных при расчете, его за 60%
https://drive.google.com/file/d/0B0cAhtjgcN_yeThySGxmR1ZhUTg/view

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Собственно автор так и пишет:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102449&viewfull=1#post102449
Цитировать
The Sintashta signal is solid and peaks at 100% in Sintashta, followed by NE Europeans in the 60-70% range. Also, just to remind everyone that your actual steppe derived ancestry would be greater than what you see under Sintashta, because some of the steppe ancestry is inferred through proxies such as caucasus.
Наверное, он использовал гаплоидные геномы, другого объяснения не вижу.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
вот еще пара статистических экзерсисов, включающих Синташту:
1, 2

пояснение к методу из другой заметки:
Цитировать
Unfortunately, the sequence by itself is too limited to allow such a high resolution analysis. However, the Allentoft et al. dataset includes six other Bronze Age samples from Poland; one other Corded Ware individual from Greater Poland, and five Unetice individuals from Silesia. Thus, it's possible to combine these samples and at least run a preliminary analysis comparing them to present-day Europeans, including Poles, to test their affinities.

The only reliable way to do this is to use formal statistics, and specifically D-statistics. That's because, unlike model-based analyses, D-stats ignore recent genetic drift and, unlike f3-stats, they're able to discriminate correctly at a very fine scale between samples with somewhat different numbers of markers. Below are two sets of results of the form D(Outgroup, PopulationTest) (Population1, Population2).

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Вот еще для разнообразия один русский образец:

S_INDIAN   2.49%
SUB_SAHARAN   -   
EARLY_EUROPEAN_FARMERS   26.24%
SW_ASIAN   4.15%
W_SIBERIAN   1.24%
SE_ASIAN   0.41%
BALOCHI   1.31%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS   47.68%
INDO_TIBETAN   0.86%
CAUCASUS   12.49%
E_AFRICAN   -   
E_SIBERIAN   3.15%

и одни татарский:

S_INDIAN   2.24%
SUB_SAHARAN   -   
EARLY_EUROPEAN_FARMERS   17.65%
SW_ASIAN   3.41%
W_SIBERIAN   8.86%
SE_ASIAN   4.52%
BALOCHI   6.98%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS   35.75%
INDO_TIBETAN   1.04%
CAUCASUS   16.11%
E_AFRICAN   -   
E_SIBERIAN   3.46%

Оффлайн Vernyj

  • Сообщений: 1488
  • Страна: 00
  • Рейтинг +203/-75
Вот еще для разнообразия

тут самая важная разница что у русского
W_SIBERIAN   1.24%
SE_ASIAN   0.41%
а у татарина
W_SIBERIAN   8.86%
SE_ASIAN   4.52%

А SINTASHTA_STEPPE_HERDERS   35.75%, так у татар больше R1a, чем у башкир.

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
А о чем может свидетельствовать повышенная BALOCHI?

Оффлайн Vernyj

  • Сообщений: 1488
  • Страна: 00
  • Рейтинг +203/-75
А о чем может свидетельствовать повышенная BALOCHI?

Гедрозия? Никто не знает что это такое, кто узнает, войдет в историю. Гипотез может быть много, влияние Хараппской цивилизации, что-то северо-восточно Каспийское связанное с индоевропейцами, Ближневосточное и тд...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.