АвторТема: GEDmatch.Com - инструменты для популяционного анализа  (Прочитано 93159 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Эллен

  • Сообщений: 30
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Добрый вечер!
Залила результаты аутосомного теста на Майхеритаж на Гедматч, кит DB5785495. Мама - северная русская, отец - узбек (таджик?), а по легенде - даже с арабскими корнями из селения Сайрам (в Казахстане, но не казахского, два часа от Ташкента). Так как по тем краям совпаденцев почти нет, сконцентрировалась на Оракулах. Из просмотренных все показывают далекие расстояния. И вдруг - Гедросия К-3, просто настолько идеально, что подозрительно. Вот так:

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Tajik @ 1.716648
2 Sindhi @ 2.601123
3 Pathan @ 3.128019
4 Pashtun_Afghan @ 4.424450
5 GujaratiA @ 4.473433
6 Kurd_SE @ 4.675029
7 Kshatriya @ 4.878806
8 Kalash @ 5.839139
9 Kashmiri_Pandit @ 6.002068
10 Uzbek_Afghan @ 6.189687
Потом так:
Using 2 populations approximation:
1 50% Finnish +50% Hazara_Afghan @ 0.000000
2 50% Hazara_Afghan +50% Mordovian @ 0.000000
3 50% Hazara_Afghan +50% Russian @ 0.000000
4 50% Kalash +50% Kashmiri_Pandit @ 0.000000
5 50% Kalash +50% Uzbek_Afghan @ 0.000000
6 50% Belarusian +50% Bengali @ 0.561672
7 50% Tajik_Pomiri +50% UP_Brahmin @ 0.574230
8 50% Adygei +50% Uzbek @ 0.577412
9 50% Burusho +50% Tajik_Pomiri @ 0.581835
10 50% Bengali +50% Estonian @ 0.710505
и вдруг вот так:
Using 3 populations approximation:
1 50% Abkhasian +25% Altaian +25% Kalash @ 0.000000
Подскажите, не глюк ли эти нули? Можно ли ориентирвоаться на этот оракул? Или стоит все же попробовать что-то другое? (Абхазия откуда в третьем - не понимаю). Арабов нет, значит про арабов легенда. Но, возможно, все же какие-то пришлые в них трансформировались...
Этот вопрос уже поднимался: у это калькулятора всего три компонента, отсюда и нулевые дистанции
Извините, а не могли бы пояснить?Сколько компонентов у других? Чем плохи три? Он из-за этого недействителен вообще? Просто читала, что для смешанных с востоком вроде как раз Гедросия подходит. И если он негоден, что посоветуете в моей ситуации?

Оффлайн Эллен

  • Сообщений: 30
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
В Гедросии к-12:
Метод наименьших квадратов.

Используя приближение 1 населения:
1 Узбекский @ 23,654602
2 Turkmen_Afghan @ 23,842463
3 греческий @ 29.614771
4 Turks_Istanbul @ 30.530478
5 Tajik_Pomiri @ 31,035761
6 Turks_Aydin @ 31,525496
7 Tajik_Afghan @ 32,017342
8 Turks_Balikesir @ 32.857937
9 Норвежский @ 33,087658
10 Uzbek_Afghan @ 33,609650
Мне это кажется слишком далеким.


Использование приближения 2 популяций:
1 50% норвежский + 50% узбекский @ 6.639793


Использование приближения 3 популяций:
1 50% норвежский + 25% узбекский + 25% узбекский @ 6,639


Приближение 4 популяций:
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
1 Финский + Греческий + узбекский + узбекский @ 4.799209
2 финский + греческий + туркменский афганский + узбекский @ 5.115442
3 греческий + литовский + пуштунский афганский + юкагирский @ 5.129591
4 греческий + литовский + пуштунский афганский + юкагирский @ 5.129591
5 эстонский + греческий + узбекский + узбекский @ 5.276757
6 эстонский + греческий + пуштунский афганец + юкагир @ 5.350933
7 эстонский + греческий + пуштунский афганец + юкагир @ 5.350933
8 греческий + литовский + таджикский афганец + юкагир @ 5.416470
9 греческий + литовский + таджикский_фганец + юкагир @ 5.416470
10-й юр.
Ну и узбекский хотелось бы разложить, так как отец говорил - мать его точно узбечка, а у отца арабская линия (предполагаю, что просто не узбекская, а откуда-то).
« Последнее редактирование: 23 Октябрь 2019, 22:57:33 от Эллен »

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 346
  • Страна: ru
  • Рейтинг +175/-0
Извините, а не могли бы пояснить?Сколько компонентов у других? Чем плохи три? Он из-за этого недействителен вообще?
Я не знаю с какой целью создавался этот калькулятор, но трех компонентов слишком мало, чтобы хорошо дифференцировать популяции.
Представьте если был бы калькулятор, который распределял бы компоненты по трем группам - европейцы, азиаты и африканцы.
В таком бы калькуляторе почти все европейцы имели бы по 100% европейского компонента, и для любого европейца Oracle выдавал бы нулевую дистанцию ко всем европейским популяциям.
Количество компонентов обычно в названии калькулятора, например, в Eurogenes K36 - 36 компонентов
« Последнее редактирование: 24 Октябрь 2019, 03:55:28 от Ankor »

Оффлайн Томми

  • Сообщений: 243
  • Рейтинг +75/-1
  • Y-ДНК: I2a2b L38 S2606
  • мтДНК: H3f
Можно ли сравнить свои данные с данными Чеддарского человека?

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Можно ли сравнить свои данные с данными Чеддарского человека?
"Cheddar Man England 7150 BC, GEDmatch Genesis kit number - NW6414429"

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 346
  • Страна: ru
  • Рейтинг +175/-0
Добавили новый функционал - Ancestor Projects

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 792
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 -> YP569 -> Y85137
  • мтДНК: H1
Я залил результаты одного и того же человека. Один: сделанный в 23andme. Другой: WGS от Dante Labs (обрезанный до комбинации 23andme+FTDNA+прочие основные наборы снипов). Сам Gedmatch говорит про загруженные данные так:

23andme:
V2 Token file size: 4 419 682.
V2 Token file size(slim): 3 056 952.
Number of original snps is 883 834

обрезанный WGS:
V2 Token file size: 6 773 687.
V2 Token file size(slim): 5 356 567.
Number of original snps is 2 049 475

И делаю сравнение 1-к-1. Результаты крайне странные: полных совпадений почти нет. Практически всё показывается как half match. Глазами проверил произвольно десяток снипов. Совпадают.

В чём проблема? Много ошибок в данных (и поэтому не full match, а только half match) или же gedmatch не умеет нормально сравнивать результаты, если там разное число снипов?

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 413
  • Страна: bz
  • Рейтинг +64/-6
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b DF98-S22069-FT22607
  • мтДНК: U5b1e1
А у всех в гедматче "в глубине" совпаденцев мелькает Дональд Трамп? У меня он одним фрагментиком в 12.5сМ. Конечно чему удивляться,  когда мы из одной r-z381 гаплогруппы,  но все же удивительно  ;D

Оффлайн Maximuz

  • Сообщений: 141
  • Страна: ru
  • Рейтинг +23/-0
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1b1a2a1
Всем привет! Скажите нет ли у кого kit номеров для Get Match: Древних Новгородцев, Ладожских викингов и Гнёздовских ребят??????????????? ??? ???

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15328
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3304/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Всем привет! Скажите нет ли у кого kit номеров для Get Match: Древних Новгородцев, Ладожских викингов и Гнёздовских ребят??????????????? ??? ???

Средневековых новгородцев ещё никто не тестировал.

Исходные данные по гнёздовцам, ладожанам и пр. из статьи Ашота Маргаряна со товарищи ещё не публиковались, пока что всё на уровне препринта.

Оффлайн Maximuz

  • Сообщений: 141
  • Страна: ru
  • Рейтинг +23/-0
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1b1a2a1
Понял! Спасибо большое за ответ!!!

Оффлайн Maximuz

  • Сообщений: 141
  • Страна: ru
  • Рейтинг +23/-0
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1b1a2a1
Всем привет! Ребят у меня глупый наверное вопрос, извените заранее... Подскажите пожалуйста по ГедМатч  по древним образцам! Вот всех кого показывает он по аутосомам ftdna все эти древние ребята у меня есть в генах, или эт просто чисто статестически - кого больше тот и "родня"?????
Вот мои данные по ним:

puntDNAL K12 Ancient Oracle

Admix Results (отсортировано):

#   численность населения   Процентов
1   European_HG   46,12
2   Анатолийский_NF   26,38
3   Кавказ_HG   19,45
4   Сибирский   3,34
5   Индейцы   2,01
6   Южноазиатский   1,36


Закончено чтение данных о населении. Найдено 55 популяций.
Режим 12 компонентов.

--------------------------------

Метод наименьших квадратов.

Используя приближение 1 населения:
1 BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 4,579641
2 Corded_Ware_Estonia_RISE00 @ 5,254742
3 Bell_Beaker_Germany_I1549 @ 5,261896
4 Potapovka_I0419 @ 7,130493
5 Unetice_EBA_I0117 @ 8,396989
6 Halberstadt_LBA_I0099 @ 8,491935
7 Nordic_LN_SG_RISE97 @ 8,648486
8 Bell_Beaker_Czech_RISE569 @ 9,342259
9 Corded_Ware_Germany_I0103 @ 10,135035
10 Alberstedt_LN_I0118 @ 10,424742
11 Srubnaya_I0232 @ 10,688026
12 Синташта_MBA_RISE395 @ 11.647531
13 Срубная_I0430 @ 11.941231
14 Corded_Ware_Germany_I0104 @ 13,328092
15 Andronovo_SG_RISE505 @ 13,518329
16 BattleAxe_Sweden_SG_RISE94 @ 14,037102
17 Sintashta_MBA_RISE_386 @ 14,100412
18 Vatya_SG_RISE479 @ 17,755863
19 Hungary_BA_I1502 @ 19,010714
20 Scythian_IA_I0247 @ 24,298519

Используя 2 популяции приближение:
1 50% Corded_Ware_Estonia_RISE00 + 50% BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 2,574640


Используя 3 популяций приближение:
1 50 % Corded_Ware_Estonia_RISE00 + 25% BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + 25% BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 2.574640


Используя приближение 4 популяций:
+++++++++++++++++++++++++++++++ ++++++++++++
1 Corded_Ware_Estonia_RISE00 + Corded_Ware_Estonia_RISE00 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 2,574640
2 Afanasievo_SG_RISE511 + Hungary_BA_I1502 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 2,661758
3 Afanasievo_SG_RISE511 + Vatya_SG_RISE479 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 2,929517
4 Corded_Ware_Estonia_RISE00 + Corded_Ware_Estonia_RISE00 + Bell_Beaker_Germany_I1549 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 2,954421
5 Afanasievo_SG_RISE511 + Bell_Beaker_Germany_I1549 + Hungary_BA_I1502 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 3,009427
6 Corded_Ware_Estonia_RISE00 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 3.050554
7 Loschbour_SG + Afanasievo_SG_RISE511 + Poltavka_I0440 + Анатолийская Neolithic_I0746 @ 3,219599
8 Afanasievo_SG_RISE511 + Bell_Beaker_Germany_I1549 + Vatya_SG_RISE479 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 3,241870
9 Corded_Ware_Estonia_RISE00 + Bell_Beaker_Germany_I1549 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 @ 3,253656
10 LaBrana + Afanasievo_SG_RISE511 + Poltavka_I0440 + Анатолийская Neolithic_I0746 @ 3,276153
11 Motala12 + Afanasievo_SG_RISE511 + Poltavka_I0440 + Анатолийская Neolithic_I0746 @ 3,276153
12 Loschbour_SG + Afanasievo_SG_RISE511 + Poltavka_I0440 + Anatolian Neolithic_I0745 @ 3,289773
13 Afanasievo_SG_RISE511 + Corded_Ware_Estonia_RISE511 + Corded_Ware_Estonia_479_RISEyya + Estonia_RISE05
14 Corded_Ware_Estonia_RISE00 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + Potapovka_I0419 @ 3,324922
15 Afanasievo_SG_RISE511 + Corded_Ware_Estonia_RISE00 + Vatya_SG_RISE479 + Vatya_SG_RISE479 @ 3,341786
16 LaBrana + Afanasievo_SG_RISE511 + Poltavka_I0440 + Анатолийская Neolithic_I0745 @ 3,345142
17 Motala12 + Afanasievo_SG_RISE511 + Poltavka_I0440 + Анатолийская Neolithic_I0745 @ 3,345142
18 Corded_Ware_Estonia_RISE00 + Vatya_SG_RISE479 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + Andronovo_SG_RISE505 @ 3.356922
19 Afanasievo_SG_RISE511 + Corded_Ware_Estonia_RISE00 + Hungary_BA_I1502 + Hungary_BA_I1502 @ 3,363265
20 Afanasievo_SG_RISE511 + Hungary_BA_I1502 + BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 + Unetice_EBA_I0117 @ 3.369853

Оффлайн Maximuz

  • Сообщений: 141
  • Страна: ru
  • Рейтинг +23/-0
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1b1a2a1
Вот кстати у Лукаша М. отчет себе заказал, но конечно с интерпритацией у меня как оказалось не очень????
https://drive.google.com/file/d/1PvCe2M3ldnW0DEJs5jQhZGPrzXhLREt_/view?usp=sharing

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100