АвторТема: GEDmatch.Com - инструменты для популяционного анализа  (Прочитано 136851 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17287
  • Страна: az
  • Рейтинг +6027/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Цитировать
программа, если даже не в Гедматч, которая могла бы составить древо (типа генеалогического) и расставить по местам родства 40 тестов, в идеале с расчетом времени жизни общего предка?
Такая программа в теории возможна, если все участники выборки имеют аутосомный, полный мито- и игрек-секвенсы. Тогда можно было бы осмысленно систематизировать родство по конкретным линиям, уточнять возраст (с использованием как сМ, так и Y-STR/Y-SNP) и выявлять разноуровневые схождения, особенно если это жители одного села, где условный дед одновременно приходится пятиюродным братом бабушке и т. п.

Написание такого софта - весьма трудоёмкое и неблагодарное занятие. Кто знает, может в будущем будет специальный АИ, который и облегчит людям построение генеалогических древ.

Оффлайн Mc-simov

  • GuslitsaDNA
  • Сообщений: 77
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
  • Y-ДНК: R1a-CTS3402-BY32477
  • мтДНК: H6a1a4
Чем больше тестов делаю, тем более отчётливо понимаю, что классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.
Всегда нужно держать в голове, что сантиморган - это величина в первую очередь вероятностная. У меня в трёх поколениях моей семьи есть несколько примеров, когда небольшие куски в плюс-минус 25сМ вообще без изменения передались. А сколько до этого поколений они так передавались?

Плюс, до тех пор, пока сервисы аутосомных интерпретаций не умеют показывать на какой именно хромосоме из пары висит обнаруженный сегмент и не является ли он составным - поиск родства далее пяти поколений превращается в совершенно ненаучный.

Чаще всего как бывает? Есть у человека совпадение 15сМ с односельчанином. Начинается поиск общего предка, который конечно же находится. И вот эти 15сМ приписываются ему. А по факту - прилететь могло вообще откуда угодно.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 430
  • Страна: cs
  • Рейтинг +364/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Цитировать
программа, если даже не в Гедматч, которая могла бы составить древо (типа генеалогического) и расставить по местам родства 40 тестов, в идеале с расчетом времени жизни общего предка?
Такая программа в теории возможна, если все участники выборки имеют аутосомный, полный мито- и игрек-секвенсы. Тогда можно было бы осмысленно систематизировать родство по конкретным линиям, уточнять возраст (с использованием как сМ, так и Y-STR/Y-SNP) и выявлять разноуровневые схождения, особенно если это жители одного села, где условный дед одновременно приходится пятиюродным братом бабушке и т. п.

Написание такого софта - весьма трудоёмкое и неблагодарное занятие. Кто знает, может в будущем будет специальный АИ, который и облегчит людям построение генеалогических древ.
На базе искусственного интеллекта сейчас создают софт даже для знакомств между собой... https://www.mk.ru/social/2024/01/31/odna-iz-5239-programmist-nashel-sebe-nevestu-s-pomoshhyu-iskusstvennogo-intellekta.html?ysclid=lttp68u3af162756750
Наверняка и создать для ДНК генеалогии можно легко что то....
Нашелся бы программист талантливый любитель ДНК генеалогии)
« Последнее редактирование: 16 Март 2024, 09:19:24 от Навля »

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 430
  • Страна: cs
  • Рейтинг +364/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Чем больше тестов делаю, тем более отчётливо понимаю, что классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.
Всегда нужно держать в голове, что сантиморган - это величина в первую очередь вероятностная. У меня в трёх поколениях моей семьи есть несколько примеров, когда небольшие куски в плюс-минус 25сМ вообще без изменения передались. А сколько до этого поколений они так передавались?

Плюс, до тех пор, пока сервисы аутосомных интерпретаций не умеют показывать на какой именно хромосоме из пары висит обнаруженный сегмент и не является ли он составным - поиск родства далее пяти поколений превращается в совершенно ненаучный.

Чаще всего как бывает? Есть у человека совпадение 15сМ с односельчанином. Начинается поиск общего предка, который конечно же находится. И вот эти 15сМ приписываются ему. А по факту - прилететь могло вообще откуда угодно.
Вот и нужен супермозг для обработки и сопоставления всех этих совпадений.... с учетом всех факторов.
Есть тест где между отцом и сыном есть совпадение по Х...
Чем больше тестов для сопоставления между собой, тем больше кипит мозг и просто руки опускаются ...

Оффлайн Mc-simov

  • GuslitsaDNA
  • Сообщений: 77
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
  • Y-ДНК: R1a-CTS3402-BY32477
  • мтДНК: H6a1a4
Eсть тест где между отцом и сыном есть совпадение по Х...
Чем больше тестов для сопоставления между собой, тем больше кипит мозг и просто руки опускаются ...
Совпадение по Х у отца с сыном может быть только в одном случае - если отец и мать ребёнка родственники по Х.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17287
  • Страна: az
  • Рейтинг +6027/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Цитировать
классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.
Для практической применимости таких таблиц необходимы полные мито, иксы и полные игреки (по сути, нужны полногеномные тесты для всех участников). Это не панацея, но снизит задачу с уровня гаданий до уровня осмысленных прогнозов. Вся надежда на искусственный интеллект :)

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 430
  • Страна: cs
  • Рейтинг +364/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Eсть тест где между отцом и сыном есть совпадение по Х...
Чем больше тестов для сопоставления между собой, тем больше кипит мозг и просто руки опускаются ...
Совпадение по Х у отца с сыном может быть только в одном случае - если отец и мать ребёнка родственники по Х.
Это понятно... вроде путем догадок составил древо с потенциальным общим предком - прапрабабкой, но матери нет в живых, в идеале было бы её сделать тест (отцу 90 лет).

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 430
  • Страна: cs
  • Рейтинг +364/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Цитировать
классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.
Для практической применимости таких таблиц необходимы полные мито, иксы и полные игреки (по сути, нужны полногеномные тесты для всех участников). Это не панацея, но снизит задачу с уровня гаданий до уровня осмысленных прогнозов. Вся надежда на искусственный интеллект :)
Так будет явно сложнее, а может и нет... хотя вот есть мтДНК которое совпадает у 5-х человек, но по ФТДНА шаг в мтЛНК от 0 до 3-х !!!, аутосомы в районе 100 сМ ...+/-
мтДНК естественно показывает общего предка 12000 лет назад...
В общем явно без супермозга не разобраться.... заложить туда основные принципы передачи ДНК и пусть обрабатывает.

Оффлайн Tanasquel

  • Сообщений: 961
  • Страна: ru
  • Рейтинг +125/-0
  • Всем всего светлого и ясного
  • Y-ДНК: G2a-CTS 342
  • мтДНК: U5a1
Доброго всем!
Подскажите... есть 40 аутосомных результатов, все друг другу родня с показателями от 100 сМ и совпадениями по Х
..... есть какая либо программа, если даже не в Гедматч, которая могла бы составить древо (типа генеалогического) и расставить по местам родства 40 тестов, в идеале с расчетом времени жизни общего предка?

по Y есть, когда же по аутосомам изобретут ((((
Довольно большое количество. Это выборка или просто родословные ветви ?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.