АвторТема: Парарюрикиды (N-Y4341)  (Прочитано 72828 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #30 : 05 Апрель 2014, 00:53:51 »
Dion и Holmes из L550 хорошо бы их проверить в YSeq.
Dion - парарюрикид причем близкий к Ostlund'у. Это и на основе STR понятно.
Holmes не парарюкид.

Из L550(xL1025)-непарарюрикидов заказали BigY только двое - McLelland и Vilkman.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #31 : 05 Апрель 2014, 00:59:53 »
Появились результаты BigY Vercoutere E15839. Имеет 9 "Novels" общих с Ostlund'ом:

15560357 A C High N86056 E15839
15692402 A C High N86056 E15839
15738468 C T High E15839
16350240 C T High N86056 E15839
16716124 T C High N86056 E15839
19105608 T C High N86056 E15839
7926951 G C High N86056 E15839
9400003 C T High N86056 E15839
9516359 T G High N86056 E15839 9

Таким образом имеем один "Novel" общий для Ostlund'a и Vercoutere и отсутствующий у Pirttivaara N86056:
15738468 C T High
« Последнее редактирование: 05 Апрель 2014, 13:00:34 от Mukovnikov »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #32 : 05 Апрель 2014, 14:40:37 »
Появились результаты BigY Vercoutere E15839. Имеет 9 "Novels" общих с Ostlund'ом:

15560357 A C High N86056 E15839
15692402 A C High N86056 E15839
15738468 C T High E15839
16350240 C T High N86056 E15839
16716124 T C High N86056 E15839
19105608 T C High N86056 E15839
7926951 G C High N86056 E15839
9400003 C T High N86056 E15839
9516359 T G High N86056 E15839 9

Таким образом имеем один "Novel" общий для Ostlund'a и Vercoutere и отсутствующий у Pirttivaara N86056:
15738468 C T High

К сожалению, не все так хорошо.
Да, у Ostlund, Pirttivaara и Vercoutere новые снипы совпадают.
Но большинство из этих снипов я пока не нашел ни в 1000 genomes , ни у протестированных BigY.
15738468, судя по raw-data, просто не проверен у Pirttivaara.

Но не будем терять надежды, будем искать определяющие снипы для ветвей, возможно, помогут BAM'ы

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #33 : 12 Апрель 2014, 23:36:35 »
Предварительное дерево novel-снипов для кластера парарюрикидов:
(новели средней достоверности (medium confidence) - серым цветом снизу)
« Последнее редактирование: 04 Май 2014, 11:59:03 от Mukovnikov »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #34 : 13 Май 2014, 17:32:34 »
Появились результаты BigY Vercoutere E15839. Имеет 9 "Novels" общих с Ostlund'ом:

15560357 A C High N86056 E15839
15692402 A C High N86056 E15839
15738468 C T High E15839
16350240 C T High N86056 E15839
16716124 T C High N86056 E15839
19105608 T C High N86056 E15839
7926951 G C High N86056 E15839
9400003 C T High N86056 E15839
9516359 T G High N86056 E15839 9

Таким образом имеем один "Novel" общий для Ostlund'a и Vercoutere и отсутствующий у Pirttivaara N86056:
15738468 C T High

Все правильно, уважаемый Mukovnikov.
Проверил БАМы, все эти снипы только у Парарюриковичей.
15738468 - действительно нет у Pirttivaara N86056.
БАМ Шаховского еще не получил.
Теперь Вам в первую очередь нужно проверить эти снипы, чтобы выяснить, какие у Вас есть, а каких нет.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #35 : 14 Май 2014, 08:43:25 »
Теперь Вам в первую очередь нужно проверить эти снипы, чтобы выяснить, какие у Вас есть, а каких нет.
Думаю, что эта восьмерка новелей скорей всего у меня присутствует. Да и накладно их проверять - обойдется в 312$. Лучше уж BigY тогда.
Экономнее будет проверять одиночные узловые снипы наподобие 15738468.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #36 : 14 Май 2014, 08:51:48 »
Теперь Вам в первую очередь нужно проверить эти снипы, чтобы выяснить, какие у Вас есть, а каких нет.
Думаю, что эта восьмерка новелей скорей всего у меня присутствует. Да и накладно их проверять - обойдется в 312$. Лучше уж BigY тогда.
Экономнее будет проверять одиночные узловые снипы наподобие 15738468.

15738468 у Вас наверняка отрицательный.
А из этой восьмерки кто-то точно отрицательный.
Будем думать, что сделать.
Какая цена у Крана за снип?

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #37 : 14 Май 2014, 08:56:39 »
15738468 у Вас наверняка отрицательный.
Согласен.
А из этой восьмерки кто-то точно отрицательный.
Почему так думаете?
Какая цена у Крана за снип?
Не помню. Где-то 25$ вроде.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #38 : 14 Май 2014, 09:03:37 »
15738468 у Вас наверняка отрицательный.
Согласен.
А из этой восьмерки кто-то точно отрицательный.
Почему так думаете?
Какая цена у Крана за снип?
Не помню. Где-то 25$ вроде.
25x8 = 200 долларов.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #39 : 28 Май 2014, 09:52:28 »
Появились результаты BigY Liukko 236032.
Обще-кластерная восьмерка новелей у него присутствует.

Общий для пары Ostlund-Vercoutere новель 15738468 C T у Liukko отсутствует.
Но присутствует новель 21453463 C T, который есть у Vercoutere (у обоих high confidence) и
присутствует новель 13705316 A G, который есть у Ostlund (у обоих medium confidence).



Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #40 : 28 Май 2014, 12:42:46 »
Появились результаты BigY Liukko 236032.
Обще-кластерная восьмерка новелей у него присутствует.

Общий для пары Ostlund-Vercoutere новель 15738468 C T у Liukko отсутствует.
Но присутствует новель 21453463 C T, который есть у Vercoutere (у обоих high confidence) и
присутствует новель 13705316 A G, который есть у Ostlund (у обоих medium confidence).
Уточнение

21453463  - судя по данным из файлов ВАМ положительный у Pirttivaara и Шаховского.
Т.е. теперь есть девятка общих новелей для Парарюриковичей и Рюриковичей.

15738468  -  у Liukko просто не проверен. Надо BAM смотреть. Хотя, скорее всего отрицательный.
13705316 - это, скорее всего не снип,
« Последнее редактирование: 28 Май 2014, 12:53:28 от Yurgan »

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #41 : 28 Май 2014, 13:39:30 »
Уточнение
21453463  - судя по данным из файлов ВАМ положительный у Pirttivaara и Шаховского.
Т.е. теперь есть девятка общих новелей для Парарюриковичей и Рюриковичей.
Спасибо, Владимир. А в BAM-файле Ostlund'a 21453463 есть?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #42 : 28 Май 2014, 13:47:14 »
Уточнение
21453463  - судя по данным из файлов ВАМ положительный у Pirttivaara и Шаховского.
Т.е. теперь есть девятка общих новелей для Парарюриковичей и Рюриковичей.
Спасибо, Владимир. А в BAM-файле Ostlund'a 21453463 есть?
Я не могу посмотреть БАМ файл Ostlund'a,  поэтому не знаю. Скорее всего есть.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #43 : 08 Июнь 2014, 07:23:45 »
Новый гаплотип - 328072     Lindskog  (Per Lassesson, b 1766 Solberga (M), d 1832)  Sweden

http://www.familytreedna.com/public/rurikid/default.aspx?section=yresults

14    23    14    11    11-13    11    12    10    14    14    30    18    9-9    11    12    24    14    19    28    14-14-15-15    11    11    18-20    14    15    16    19    37-37    13    10    11    8    15-18    8    8    10    8    11    10    12    21-22    14    10    12    12    18    7    13    21    21    16    12    11    10    11    11    12    11
« Последнее редактирование: 08 Июнь 2014, 08:58:11 от Mukovnikov »

Оффлайн Иван Карцов

  • Сообщений: 334
  • Рейтинг +31/-0
Re: Парарюрикиды
« Ответ #44 : 12 Июнь 2014, 14:12:59 »
Алексей, обратите внимание. Почти готовы 111 маркеров.
у Wall- а
Проект N1c1, N9940.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.