АвторТема: Парарюрикиды (N-Y4341)  (Прочитано 72825 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #15 : 27 Март 2014, 18:57:20 »
Часть этих снипов общие для всех NO.
4 из этих 36 уровня NO:
16692088 C A High
16692095 C A High
22240888 A T High
28792932 T C High

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #16 : 27 Март 2014, 19:04:29 »
Но вот эти снипы наиболее надежные, у есть только у Остлунда. У других тестированных референсное значение.

CTS11840
CTS2460/PF5616
L1278
PF401
PF544

Часть этих снипов, возможно, будут и всех Рюриковичей и Парарюриковичей. Но так как они имеют уже обозначение, они, скорее всего не приватные, и найдены в каких-то научных лабораториях.
Но ведь в рамках широких проектов (таких как 1000Genomes) образцов парарюрикидов не оказалось, не так ли? Как и у кого могли найти эти снипы?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #17 : 27 Март 2014, 19:14:42 »
Но вот эти снипы наиболее надежные, у есть только у Остлунда. У других тестированных референсное значение.

CTS11840
CTS2460/PF5616
L1278
PF401
PF544

Часть этих снипов, возможно, будут и всех Рюриковичей и Парарюриковичей. Но так как они имеют уже обозначение, они, скорее всего не приватные, и найдены в каких-то научных лабораториях.
Но ведь в рамках широких проектов (таких как 1000Genomes) образцов парарюрикидов не оказалось, не так ли? Как и у кого могли найти эти снипы?

У Остлунда мутации. У других тестированных через BigY референсное значение.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #18 : 27 Март 2014, 19:26:48 »
У Остлунда мутации. У других тестированных через BigY референсное значение.
Я не про это.
Вы пишете:  "Но так как они имеют уже обозначение, они, скорее всего не приватные, и найдены в каких-то научных лабораториях".
А я спрашиваю: "Но ведь в рамках широких проектов (таких как 1000Genomes) образцов парарюрикидов не оказалось, не так ли? Как и у кого могли найти эти снипы?"

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #19 : 27 Март 2014, 19:46:37 »
У Остлунда мутации. У других тестированных через BigY референсное значение.
Я не про это.
Вы пишете:  "Но так как они имеют уже обозначение, они, скорее всего не приватные, и найдены в каких-то научных лабораториях".
А я спрашиваю: "Но ведь в рамках широких проектов (таких как 1000Genomes) образцов парарюрикидов не оказалось, не так ли? Как и у кого могли найти эти снипы?"
Видимо, результаты не были опубликованы.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #20 : 28 Март 2014, 14:42:23 »
Но вот эти снипы наиболее надежные, у есть только у Остлунда. У других тестированных референсное значение.

CTS11840
CTS2460/PF5616
L1278
PF401
PF544
Ни один из этих снипов у Оstlund'a не положителен (все кроме CTS11840 - no call, а CTS11840 - отрицателен).

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #21 : 28 Март 2014, 14:52:06 »
Но вот эти снипы наиболее надежные, у есть только у Остлунда. У других тестированных референсное значение.

CTS11840
CTS2460/PF5616
L1278
PF401
PF544
Ни один из этих снипов у Оstlund'a не положителен (все кроме CTS11840 - no call, а CTS11840 - отрицателен).
В raw-data указаны как положительные.
Значит вообще надежных снипов нет.
Ну что ж будем разбираться.


Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #22 : 28 Март 2014, 16:26:10 »
Но вот эти снипы наиболее надежные, у есть только у Остлунда. У других тестированных референсное значение.

CTS11840
CTS2460/PF5616
L1278
PF401
PF544
Ни один из этих снипов у Оstlund'a не положителен (все кроме CTS11840 - no call, а CTS11840 - отрицателен).
Конечно, есть много твердых снипов, которых нет у N-L1022, но я пока не нашел ни одного снипа, которые бы были проверены у других, прошедших BigY.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #23 : 28 Март 2014, 16:50:33 »
Но вот эти снипы наиболее надежные, у есть только у Остлунда. У других тестированных референсное значение.

CTS11840
CTS2460/PF5616
L1278
PF401
PF544
Ни один из этих снипов у Оstlund'a не положителен (все кроме CTS11840 - no call, а CTS11840 - отрицателен).
Конечно, есть много твердых снипов, которых нет у N-L1022, но я пока не нашел ни одного снипа, которые бы были проверены у других, прошедших BigY.
Логично искать новые снипы прежде всего среди "Novel Variants", а потом уже в известных.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #24 : 28 Март 2014, 21:29:18 »
Логично искать новые снипы прежде всего среди "Novel Variants", а потом уже в известных.
Я писал об это выше.
Проверял, но они либо общие для всех NO, либо те, что не проверены ни BigY, ни 1000 gemomes, ни personal genomes.

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #25 : 02 Апрель 2014, 22:49:14 »
С учетом удобной таблицы Wayrynen'a остается уже только 25 уникальных Novel Variants, выявленных у Ostlund'a:

13707941 T G High
14026040 A G High
15167579 G T High
15175453 T C High
15560357 A C High
15692402 A C High
15738468 C T High
16350240 C T High
16692081 C A High
16716124 T C High

17233287 G A High
18049567 G A High
19020796 T C High
19105608 T C High
21905943 C T High
23514597 T C High
23883538 T C High
25142856 G A High
6383725 C T High   
6862613 C G High

7223826 G A High
7730681 T C High
7926951 G C High
9400003 C T High
9516359 T G High   25

Оффлайн MukovnikovАвтор темы

  • Сообщений: 1469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +237/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Парарюрикиды
« Ответ #26 : 03 Апрель 2014, 09:02:54 »
Появились результаты BigY  Pirttivaara N86056.   
Нашел 8 Novels общих для Pirttivaara и Ostlund и отсутствующих у прочих участников BigY:

15560357 A C High 
15692402 A C High   
16350240 C T High   
16716124 T C High   
19105608 T C High   
7926951 G C High   
9400003 C T High   
9516359 T G High   

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #27 : 03 Апрель 2014, 11:50:46 »
Появились результаты BigY  Pirttivaara N86056.   
Нашел 8 Novels общих для Pirttivaara и Ostlund и отсутствующих у прочих участников BigY:

15560357 A C High 
15692402 A C High   
16350240 C T High   
16716124 T C High   
19105608 T C High   
7926951 G C High   
9400003 C T High   
9516359 T G High
Да, высыпало много Бигов.
Как теперь с этим разобраться? :D

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Парарюрикиды
« Ответ #28 : 03 Апрель 2014, 16:49:26 »
Dion и Holmes из L550 хорошо бы их проверить в YSeq.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Парарюрикиды
« Ответ #29 : 03 Апрель 2014, 17:13:35 »
Dion и Holmes из L550 хорошо бы их проверить в YSeq.

Да, но пока я не нашел общего снипа между Prittivaara и Ostlund.

Похоже, без БАМов не обойтись.
Может хоть что-то проявится
« Последнее редактирование: 03 Апрель 2014, 17:46:30 от Yurgan »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.