Скорость однонуклеотидных мутаций для Y-хромосомы, используемая для расчетов TMRCA, имеет большой разброс. Причина - мало экспериментальных данных для понимания, какую все же скорость использовать. Условно можно выделить три источника численных показателей.
1. Прямые измерения в Y-хромосоме. Обычно ссылаются на статью Xue et al. (2009), в которой было получено 3 х 10^-8 на нуклеотидное основание на поколение, или 10^-9 на н.о. в год. Все бы хорошо, но статистика маловата - скорость вычислена всего по 4 мутациям.
2. По отцовским мутациям в аутосомных хромосомах. Для возраста отца 30 лет 80 % всех мутаций в аутосомах - от отца, и только 20 % - от матери.
Исходя из нейтральности мутаций, из средней скорости мутаций для аутосом 1.2 х 10^-8 на н.о. на поколение (Kong et al., 2012) авторы статей получают значительно меньшую скорость: Mendez et al. (2013) - 0.617 x 10^-9 в год; Scozzari et al. (2014) - 0.64 x 10^-9 в год.
3. Калибровки по внешним (в основном археологическим) данным. Poznik et al. (2013) - 0.82 x 10^-9 в год, Francalacci et al. (2013) - 0.53 x 10^-9 в год.
Как видим, разброс большой. Аргументированная критика более низких скоростей дана в статье Мелиссы Сэйрес
http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1304/1304.6098.pdfВозможно, есть еще одно обстоятельство, побуждающее ученых снижать скорость от 10^-9 в год до 0.5-0.6 х 10^-9 в год: не стыкуются их же расчеты возраста более молодых субкладов с использованием печально известной "популяционной" скорости для Y-STR локусов 6.9 х 10^-4 (вместо "генеалогической" скорости 2-3 х 10^-3).