АвторТема: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы  (Прочитано 12599 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17099
  • Страна: az
  • Рейтинг +5909/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #15 : 06 Сентябрь 2013, 09:44:22 »
Вообще, это самый распространённый вопрос от продвинутых новичков. Надеюсь, в доживабельном будущем фирмы будут делать сразу полногеномные тесты, без дополнительной мороки со снипами, продлением гаплотипов и пр. х.

Оффлайн offen

  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #16 : 12 Ноябрь 2013, 18:24:47 »
в чём различия в этих гаплогруппах?

Гаплогруппа N1-VL29

Гаплогруппа N1-Z1936

Гаплогруппа N1-L666

Гаплогруппы N1-M178(xL666,VL29)

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17099
  • Страна: az
  • Рейтинг +5909/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #17 : 13 Ноябрь 2013, 06:19:11 »
Это разные ветви гаплогруппы N1c (L729)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2401
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #18 : 13 Ноябрь 2013, 07:08:14 »
в чём различия в этих гаплогруппах?

Гаплогруппа N1-VL29

Гаплогруппа N1-Z1936

Гаплогруппа N1-L666

Гаплогруппы N1-M178(xL666,VL29)
Если отвечать кратко - то различие заключается в некоторых мутациях, позволяющих раскладывать гаплотипы по этим семействам (группам). Поскольку под гаплогруппой в данном конкретном случае мы понимаем гаплогруппу N1-М178, то все эти семейства мы обычно называем ветвями гаплогруппы N1-M178, либо субкладами гаплогруппы N1-M178. Это дело личного вкуса и предпочтений.
Все мутации, возникшие раньше чем мутация М178, имеются во всех гаплотипах этих ветвей. Их множество, наиболее известные - Tat, М231, М9.
Мутации, указанные после аббревиатуры N1, - Vl29, Z1936 и т.д., - как раз и определяют свои собственные субклады. Вот эти мутации произошли уже позже мутации М178.
В изложенном контексте под мутацией мы понимаем замену предкового нуклеотида другим (из оставшихся трех), а также инсерции (вставки) и делеции (удаления). Внутри сообщества ДНК-генеалогов они объединяются как SNP (single nucleotide polymorphism), что не совпадает с научным определением SNP. Маркеры, обозначающие эти мутации, называются снипами. Это и есть обозначения М178, Vl29, Z1936, Tat и т.д.

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #19 : 02 Январь 2014, 10:07:52 »
В статье про исследование иранского генофода "Ancient Migratory Events in the Middle East: New Clues from the Y-Chromosome Variation of Modern Iranians" (2012) одним из основных исследуемых снипов гаплогруппы J2a выступает M530, который обозначается наряду с M67 и M92 субкладом некой J2a-Page55.
Вопрос что за М530 и J2a-Page55? в актуальной версии дерева J2a  я их не вижу, хотя статья довольно свежая!

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #20 : 02 Январь 2014, 11:56:52 »
mikhail a.
Цитировать
Вопрос что за М530
=L24
http://forum.molgen.org/index.php/topic,2609.msg215876.html#new

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #21 : 02 Январь 2014, 13:27:42 »
Людмила, спасибо!

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #22 : 02 Январь 2014, 13:47:45 »
Осталось выяснить, что такое J2a-Page55?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17099
  • Страна: az
  • Рейтинг +5909/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #23 : 02 Январь 2014, 13:54:39 »
Цитировать
что такое J2a-Page55?
то же, что и L26 (J2a1)

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #24 : 02 Январь 2014, 14:03:33 »
Farroukh, спасибо! Вот теперь полная ясность :)

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 769
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #25 : 10 Февраль 2014, 03:19:04 »
Наконец до меня дошло, что SNP и STR - разные вещи. В результате возник вопрос. FTDNA делает Y-DNA по 12-111 маркерам, которые ещё называют STR. Получается, что SNP не проверяются вообще, а только предсказывается их значения на основе аллелей STR? Таким образом FTDNA не проверяли наличие снипа M198, когда определили меня в группу R1-M198, а просто предсказали его наличие с достаточной вероятностью на основе каких-то значений STR?
Получается, существует отличная от нуля вероятность, что по STR я, предположим, эфиоп, а по SNP - сильно мутировавший китаец и открытие века?
И ещё вопрос. Наличие в y-хромосоме некоторых снипов, вроде Z92, означает автоматическое наличие всех остальных соответствующих группе на более толстых ветках дерева или бывает всякое?

Оффлайн VVizard741

  • 600 years on the river Northern Dvina
  • Сообщений: 1022
  • Страна: ru
  • Рейтинг +252/-0
  • Vilegodskaya Permtsa - SolVychegodsk
    • Православные приходы и монастыри Севера
  • Y-ДНК: R1a-YP951-FGC39315 6. Vorontsov clan
  • мтДНК: H3*, мж: T1a*; ммж: U5b2a1a2
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #26 : 10 Февраль 2014, 05:27:41 »
Получается, что SNP не проверяются вообще, а только предсказывается их значения на основе аллелей STR?
Таким образом FTDNA не проверяли наличие снипа M198, когда определили меня в группу R1-M198, а просто предсказали его наличие с достаточной вероятностью на основе каких-то значений STR?
Когда определяли, SNP проверяли.
Получается, существует отличная от нуля вероятность, что по STR я, предположим, эфиоп, а по SNP - сильно мутировавший китаец и открытие века?
Вероятности бывают всегда, но с чего Вы взяли, что STR и SNP определяют национальности?
И ещё вопрос. Наличие в y-хромосоме некоторых снипов, вроде Z92, означает автоматическое наличие всех остальных соответствующих группе на более толстых ветках дерева или бывает всякое?
Всякого не бывает  ;).

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 769
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #27 : 10 Февраль 2014, 10:05:32 »
VVizard741, а почему они не пишут, какие SNP проверяли, или я просто пропустил? В карте гаплогрупп и снипов я нашёл только предсказанные. У меня на карте указаны M207 ^P229 ^P227 ^P280 ^P232 ^P224 ^P285 ^, отмеченные как Presumed positive. Т.е. предсказанные, а не проверенные, если я правильно понял чуждый мне английский язык. И они называют это Predicted Haplogroup. Да ещё результат менее определённый, чем в "YPredictor by Vadim Urasin v 1.5.0", который использует исключительно STR: R1a1a* против R1a1a1*.
Я ни с чего не брал, что ДНК определяет национальность, я в данном случае имел ввиду жителей стран. Китайцами я немножко интересуюсь, так что несмотря на то, что там подавляющее большинство ханьцев, считаю их многонациональным народом. Специально выбирал, чтобы не вызывать вопросов о национальностях, но ошибся, в следующий раз буду точнее.
Насчёт всякого: ну что ж, хоть какая-то определённость.
« Последнее редактирование: 10 Февраль 2014, 10:14:44 от rLin »

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9628
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2923/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #28 : 10 Февраль 2014, 17:26:11 »
И ещё вопрос. Наличие в y-хромосоме некоторых снипов, вроде Z92, означает автоматическое наличие всех остальных соответствующих группе на более толстых ветках дерева или бывает всякое?
Да, все вышележащие снипы будут в плюсе.

Получается, существует отличная от нуля вероятность, что по STR я, предположим, эфиоп, а по SNP - сильно мутировавший китаец и открытие века?
Есть  такое явление как гомоплазия. Когда по маркерам (STR) гаплотип "прибивает" к другим ветвям (редко, но случается). И иногда только снипы помогают разобраться в действительности. Поэтому всегда рекомендуют проверять предсказанный филогенетически результат тестированием терминального снипа, т.е. снипа последнего положительного в цепочке.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы
« Ответ #29 : 11 Февраль 2014, 04:28:35 »
Наконец до меня дошло, что SNP и STR - разные вещи. В результате возник вопрос. FTDNA делает Y-DNA по 12-111 маркерам, которые ещё называют STR. Получается, что SNP не проверяются вообще, а только предсказывается их значения на основе аллелей STR? Таким образом FTDNA не проверяли наличие снипа M198, когда определили меня в группу R1-M198, а просто предсказали его наличие с достаточной вероятностью на основе каких-то значений STR?
Получается, существует отличная от нуля вероятность, что по STR я, предположим, эфиоп, а по SNP - сильно мутировавший китаец и открытие века?
И ещё вопрос. Наличие в y-хромосоме некоторых снипов, вроде Z92, означает автоматическое наличие всех остальных соответствующих группе на более толстых ветках дерева или бывает всякое?
У Вас гг обозначена в проекте красным цветом, а не зелёным. Значит никаких снипов Вам не определяли. ГГ предсказана по СТР. Вместе с тем, ФТДНА очень осторожно относится к таким предсказаниям и даже перестраховывается. Если есть хоть какие-то сомнения, они делают бесплатно backbone-тест(тест снипа, определяющего гг).
Z92 Вам определили на форуме также по СТР.Аналогично в проекте ФТДНА, но это определяла не ФТДНА, а админ проекта. Определили достаточно уверенно. Если есть сомнения, закажите этот снип.
Тот устаревший снип-мусор, который предлагается на страничке снипов ФТДНА заказывать не надо.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.