АвторТема: Обсуждение статьи С.Каржавина "Математический анализ возможности определения..."  (Прочитано 47407 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Я вчера любовался совершенно отличными конфигурациями 5 000 деревьев, полученными после 500 000 циклов генерации деревьев в Mr.Вayes.
Кстати, на удивление, они относительно быстро загрузилась как в SplitsTree, так и в Меге и  TreeView (причем, в Меге они грузились дольше всего). Есть такая фича во всех этих программах (а также Mesquite), которая позволяет строить по всем имеющимся вариантам "комппромиссное" consensus-tree по двум разными методикам (в том числе и UPMGA).
 :)
Я удивлен, что об этом здесь так мало знают.


Цитировать
Вы заранее загнали себя в тупик, что 17-маркерные гаплотипы ни при каких обстоятельствах не могут быть использованы, и как мантру это повторяете

В филогении - нет, не могут. Я неоднократно показывал примеры с цифрами и расчетами почему это так. Для других целей - наверное можно хоть однолокусные брать. Смотря для чего. Покажите мне место где я говорил про "никакие обстоятельства"?

PS. Если Вам интересно как с той же Мегой найти еще 1000 деревьев - не стесняйтесь, спрашивайте, объясним.
« Последнее редактирование: 11 Сентябрь 2009, 12:10:12 от Vadim Verenich »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a

Михаил, в некоторых случаях общенаучных понятий и методов недостаточно, и люди изобретают специализированные. В частности, эволюционными деревьями занимается математическая филогенетика, и только она.

И еще мат.кладистика...
Вот и я о том же.
В случае эволюционных деревьев, речь идёт всего-навсего о частном прикладном случае использования общей математической дисциплины.

Используя тот же самый матаппарат, можно, например, изучать распространение нового анекдота по социальной интернет сети. (Допустим, захотелось нам определить, кто и когда измыслил какую-нибудь шуткульку:o )

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Позволю себе роскошь немного позанудствовать. Если подходить к проблеме широко, то и кладистика -это ветвь филогенетики.


Михаил, в некоторых случаях общенаучных понятий и методов недостаточно, и люди изобретают специализированные. В частности, эволюционными деревьями занимается математическая филогенетика, и только она.

И еще мат.кладистика...
Вот и я о том же.
В случае эволюционных деревьев, речь идёт всего-навсего о частном прикладном случае использования общей математической дисциплины.

Используя тот же самый матаппарат, можно, например, изучать распространение нового анекдота по социальной интернет сети. (Допустим, захотелось нам определить, кто и когда измыслил какую-нибудь шуткульку:o )

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
О сходных параллельных независимых признаках можно сказать совсем просто.
Например, важен результат. Иными словами, эта совершенно бестолковая пословица (игнорирующая, например, трудозатраты и оправдывающая любой дебиллизм) явно говорит, что сходные результаты можно получить использованием разных методов и в разные сроки.
Опять же ходульная аллегория о двух касающихся листочках разных сильно разнесенных ветвей одного дерева. (А если деревья вообще разные?! :) )

Важно в терминологии и методах не потерять начальный смысл поисков. Не забыть, а ради чего собственно всё затевалось.
В нашем случае это генеалогия. Говоря шире (глубже) - история.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Я все больше склоняюсь в пользу трехступенчатого анализа:
1)Постройка всех возможных вариантов деревьев и оценка их вероятность с помощью байесовской интерференции (программа Mr.Bayes. Затем сортировка наиболее вероятных деревьев и их визуализация в Меге, СплитсТри, ТриВью, Мескит.  Оценка каждого наиболее вероятного дерева, а также консенсусного дерева этих вариантов. Предварительная группировка и предпредварительная корректировка с использованием знаний о генеалогических группах, а также с данными о вероятности той или иной ветви.
2) MJ-анализ каждой группы отдельно, постройка сети с использованием  маркерных "весов", затем нахождение субоптимальных и MP деревьев в медианной сети (Мурка). Анализ полученных результатов с использованием гипотез о генеалогических группах, использование данных о партициях дерева  и т.д. (статистические данные по деревьям в Мурке)
3) Расчет с помощью Байеса по  данным о априорных вероятностях n-мутациях (n*число маркеров*вероятность мутации локуса*вероятность немутаций) и по данным о  взвешенных партициях (апостериорная вероятность ветви). Выбирается наиболее вероятный результат. Данные сверяются с генеалогическими (историческими, генеографическими и т.д.) данными.

О сходных параллельных независимых признаках можно сказать совсем просто.
Например, важен результат. Иными словами, эта совершенно бестолковая пословица (игнорирующая, например, трудозатраты и оправдывающая любой дебиллизм) явно говорит, что сходные результаты можно получить использованием разных методов и в разные сроки.
Опять же ходульная аллегория о двух касающихся листочках разных сильно разнесенных ветвей одного дерева. (А если деревья вообще разные?! :) )

Важно в терминологии и методах не потерять начальный смысл поисков. Не забыть, а ради чего собственно всё затевалось.
В нашем случае это генеалогия. Говоря шире (глубже) - история.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1382/-7
  • Ultimate Matriarchy
Ну вот, Вадим дал вместо меня идеальный ответ - здорово, а то я уже собрадся писать :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1382/-7
  • Ultimate Matriarchy
Цитировать
Скажите, чем принципиально отличается поиск общего предка от транспортного перемещения из стандартной задачи, даваемой при начале изучения теории графов?

да ничем: и транспортная задача и проблема Штейнера - NP-трудные :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1382/-7
  • Ultimate Matriarchy
Я вчера любовался совершенно отличными конфигурациями 5 000 деревьев, полученными после 500 000 циклов генерации деревьев в Mr.Вayes.
Кстати, на удивление, они относительно быстро загрузилась как в SplitsTree, так и в Меге и  TreeView (причем, в Меге они грузились дольше всего). Есть такая фича во всех этих программах (а также Mesquite), которая позволяет строить по всем имеющимся вариантам "комппромиссное" consensus-tree по двум разными методикам (в том числе и UPMGA).
 :)

Я нормально отношусь к консенсусным деревьям (хотя они нередко далеки от оптимума). Просто были некоторые идейные трудности в том как его подружить с медианами, но думаю они разрешимы.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1382/-7
  • Ultimate Matriarchy
Цитировать
Не обижайтесь, дорогой Valery, но у Вас крупный прокол в "научном мышлении". Вы этого, конечно, не замечаете, но если я этого не скажу, то кто скажет?  Впрочем, M-G это уже сказал. Просто примите к сведению, исправить Вы это, конечно, уже не сможете. Но знать полезно.

АК, я Вам опять (и намеренно) положил палец в рот, пользуйтесь: я инженер, а НЕ ЕСТЕСТВЕННИК. Со всеми вытекающими. Продолжайте мысль.

Тем не менее, я задавал Вам вопрос по существу. Вы ученый физик, допустим, и спроектировали супертртртртртртртртрон. Не знаю что Вы там хотите гонять, не мое дело. Но я вам конкретно показал почему он может рухнуть (заметьте: не должен, но может). И в виде совета предложил свести к минимуму ту часть аргументации которая может быть заведомо легко оспорена. Зачем? Потому что я разбираюсь в этой части вопроса, а Вы действительно не разбираетесь. И я уже вижу как устранить этот изъян. В ответ - одни эмоции. Странно, если бы мне нужно было что-то посчитать Вашим методом, то я не постеснялся спросить Вашего совета - от меня не убудет. Даже если область (вычисление возраста) где Вы гуру мне не интересна. Надо - так надо, обращусь к тому кто может помочь. Ваша же проблема в том, что если Вы чего-то не понимаете, то не можете хотя бы принять на веру что это надо.

Да черт с Вами. Считайте лучше что я ничего не говорил.

Оффлайн aklyosov

  • Сообщений: 117
  • Рейтинг +11/-8
Цитировать
Не обижайтесь, дорогой Valery, но у Вас крупный прокол в "научном мышлении". Вы этого, конечно, не замечаете, но если я этого не скажу, то кто скажет?  Впрочем, M-G это уже сказал. Просто примите к сведению, исправить Вы это, конечно, уже не сможете. Но знать полезно.

АК, я Вам опять (и намеренно) положил палец в рот, пользуйтесь: я инженер, а НЕ ЕСТЕСТВЕННИК. Со всеми вытекающими. Продолжайте мысль.

 В ответ - одни эмоции.

Да черт с Вами. Считайте лучше что я ничего не говорил.

Видите, любезный, я специально оставил ваши нервные высказывания, чтобы вам стало совестно. Но об этом можно только мечтать. Не можете вы удерживаться в корректных рамках. Потому и смешны.  На самом деле, грустно.

Не эмоции я давал в ответ, а как раз фактические и конкретные данные. Но вы и это не видите.

То, что вы не естественник, это и так видно. Мозг не так устроен. Но это, повторяю, не изменить.

Идите с Богом. 
« Последнее редактирование: 11 Сентябрь 2009, 20:28:26 от aklyosov »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1382/-7
  • Ultimate Matriarchy
Цитировать
Естественно, дерево может быть перестроено сотнями и тысячами (если дерево большое) разных способов

Неверно. Если гомоплазия нулевая - существует только одно оптимальное дерево. Даже если там миллион гаплотипов. Это называется теорема Бьюнмана.


Цитировать
только что это изменит?

Изменит. Предлагаю поупражняться вот с этими игрушечными элайнментами:

Outgroup        27      19      9       9       12      22      20      9       22
Taxon_A 27      19      9       9       12      22      20      9       22
Taxon_B 25      17      7       7       10      20      19      9       22
Taxon_C 25      17      7       7       10      20      19      9       22
Taxon_D 26      18      8       8       11      21      19      8       20
Taxon_E 27      18      9       8       12      21      19      9       22


Outgroup        ATTGCT
Taxon_A GCTGAT
Taxon_B ACTAAT
Taxon_C ACTGCG
Taxon_D GTTGGG
Taxon_E ATTAAA

Убедитесь сами. РасскАжите о результатах. Подвох есть.



Цитировать
Если поменять местами гаплотипы в ветви, и бесконечно переставлять их в той же ветви, это что-нибудь по сути изменит? Базовый гаплотип ветви будет тот же, как ни переставлять местами гаплотипы в таблице или в ветви. Время до общего предка будет там же самым. А дерево можно представить сотнями вариантов.

Если Ваша работа от деревьев не зависит, то зачем они Вам нужны? Здравый естественнонаучный подход: ничего лишнего.
« Последнее редактирование: 11 Сентябрь 2009, 20:56:00 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1382/-7
  • Ultimate Matriarchy
Цитировать
То, что вы не естественник, это и так видно. Мозг не так устроен. Но это, повторяю, не изменить.

Идите с Богом.


Я не настроен с Вами ругаться, честно. Возможно, Вы еще не оправились от того, что получили от меня пару лет назад. Но я извинялся. Искренне. Вы злопамятны и подозреваю - мелочны.

Оффлайн aklyosov

  • Сообщений: 117
  • Рейтинг +11/-8
Цитировать
То, что вы не естественник, это и так видно. Мозг не так устроен. Но это, повторяю, не изменить.

Идите с Богом.

Вы злопамятны и подозреваю - мелочны.

Да, конечно. Еще я ем маленьких гаплотипов.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Господа модераторы,  данная тема уженуждается в разделении натри:
1. Титульная.
2. Критика работы АК.
3. Некая тема  методика определения... (ну, сами придумайте).

Причём срочное разделение.
Работа С.Каржавина серьёзна сама по себе и будет обсуждаться очень предвзято.
« Последнее редактирование: 11 Сентябрь 2009, 22:32:13 от mouglley »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
M-G совершенно ясно и правильно заметил, что дерево - это просто рабочий инструмент, промежуточный этап. Главное - выводы из этих построений, их конкретное наполнение, доверительные интервалы, интерпретация в применении к тому, что мы хотим интерпретировать, и какие дополнительные факторы привлекаем.
А вот тут поподобнее:

1. Либо дерево для Вас промежуточный вариант, и тогда всё сказанное Вами не имеет для меня, как для ДНК-генеалога гаплогруппы N ни малейшей ценности;

2. Либо Вы принимайте во внимание интересы не абстрактных теоретических моделей, а конкретных нынеживущих людей.

До этого высказывания Ваши работы двигали, в том числе, и ДНК-генеалогию.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.