Обсуждение статьи С.Каржавина "Математический анализ возможности определения..."

[Mich Glitch]

Поэтому без комплексного изучения мито-, аутосом, мультиснип панелей - вряд ли обойтись.

По наследству вообще много чего передаётся. Если вообще ВСЁ брать... Интересно, сколько его разного всего этого ВСЕГО... 

Согласен.
Надо откусывать по кусочку. Чтобы не подавиться. Но, вообще, хотелось бы всё съесть.

О чем речь идёт (попробую догадаться) когда АК толкует о создании новой науки? Повидимому о получении таких методов, которые бы имели самозначащую ценность, без увязок с другими дисциплинами. То есть о получении достоверных данных на основании одних только ДНК-тестов.

Теперь рассмотрим разные пары. Что навскидку можно было бы посмотреть?
1) Y-хромосомы и мито. Сопоставить получаемые данные по путям миграций. А то частенько никого не волнует отсутствие корреляции между двумя трэдами. То есть девочки налево, а мальчики направо.
2) Y-хромосомы и аутосомы. Сопоставление этно-портрета и распределения Y-хромосомных субкладов. Пока господствует какая-то примитивистко-упрощенная точка зрения увязки именно одной гаплогруппы, с именно одним этносом.
3) Y-хромосомы и мультиснип панели.
3.а) В части этно-популяционного анализа - тоже самое, что и в пункте 2) но на более высоком уровне (более высокого разрешения).
3.б) Увязка субкладных снипов и разделения ветвей. (Массовая проверка по снипам поможет быстрее выявить взаимосвязь с гаплотипными мотивами.)
3.в) Расчеты TMRCA. Сопоставляем данные получаемые по Y-хромосомам с данными получаемыми по анализу УПСов.

[Valery]

PS. Если Вам интересно как с той же Мегой найти еще 1000 деревьев - не стесняйтесь, спрашивайте, объясним.

Я правильно понял?.. АК полагает, что Мега по расчетам Fitch строит дерево и оно ОДНО является правильным и эталонным, и остается просто взять ветви и по ним посчитать, что отработано уже до автоматизма. Другого алгоритма просто нет.

АК молчит как Зоя Космодемьянская. Хотя можешь попробовать, вдруг тебе скажет.

[Asmat headhunter]

То есть девочки налево, а мальчики направо.

Так не бывает, кажется. У крайних палеоазитов вообще вроде мито G типична, а у индейцев её вроде нету. Водораздел однако, а игреки вроде более похожи. Получается, чукчи и иже с ними пришли на северо-восток Азии уже после ухода индейцев в Америку или как-то так, не? 

[Valery]

То есть девочки налево, а мальчики направо.

ИМХО - то что осталось от девочек налево, а то что от мальчиков направо. Разница

[Valery]

А работать можно, соглашусь с АК, и по 6 маркерам.

Можно. Но тогда придется обсуждать тысячи равновероятных версий, что обесценит использование деревьев.

Мне сейчас вспоминается один топик на программистском форуме где некий чел написал солвер знаменитой проблемы коммивояжера работающий полиномиальное время (!!!). Понадобилась примерно неделя чтобы убедить его в том что программа не может делать заявленного, по крайней мере при условии что P != NP. Вроде в конце концов он догнал, что если бы его программа работала, то он заслуженно должен получить $1M от института Клея (потому что тогда P == NP)

[Centurion]

А вот для 10 поколений я вообще предпочитаю мультисниппанельные УПСы. Да, где ж их взять?

А ежели мы хотим эти 10 пок только по прямой м. линии? Нам упсы не подойдут.

[Mich Glitch]

А вот для 10 поколений я вообще предпочитаю мультисниппанельные УПСы. Да, где ж их взять?

А ежели мы хотим эти 10 пок только по прямой м. линии? Нам упсы не подойдут.

Почему?
УПСы покажут 10 поколений с точностью не меньше чем Y-хромосомы. Снипы покажут совпадающие субклады.
Чего же вам еще нужно.
 

[Mich Glitch]

Михаил, мы про разные вещи. Вы - про то как отловить близких родственников. Я - про типирование заведомо родственных индивидов по 17 локусам.

На самом деле, если мыслить логически, задача одна.
Что значит заведомо родственных?!!
На основании чего родственных?

Документальных данных? Даже с самыми глубокими документальными родословиями и при полном игнорировании адюльтеров, это не очень глубоко. Лет на 500 в общем случае (да, и то если работать по западноевропейцам).

Или же заведомо родственные определяются по гаплотипам? Так в это случае, задача как раз и состоит в выявлении родственности, которую Вы обозвали заведомой.

Интуитивно понятие гомоплазии не такое уж сложное.

Да, Вы что? 
Ой, ну утешили.
Думаете разберусь?

Концепт черного ящика тоже не сложен. Может слышали? Берутся входные величины и отклик системы. Пытаются установить взаимосвязь.
Либо моделированием (сабж данной ветки).
Либо статистической обработкой получаемых значений (мой способ и сфера интересов).

[Valery]

Что значит заведомо родственных?!!
На основании чего родственных?

В математике задачи обычно начинаются так: Given a..

[Centurion]

Почему?
УПСы покажут 10 поколений с точностью не меньше чем Y-хромосомы. Снипы покажут совпадающие субклады.
Чего же вам еще нужно.
 

Задача установить родственную связь по прямой м. линии, не более. То есть по игрику.

Допустим оба тестируются на аутосомные снипы, НО исключая игрик.

Упсы тут не нужны совсем, если я мне не нужно найти родственников по ЛЮБОЙ ген. линии на энную глубину поколений.

Задача другая.

[Valery]

Концепт черного ящика тоже не сложен. Может слышали? Берутся входные величины и отклик системы. Пытаются установить взаимосвязь

Это тоже замечательный концепт. Однако он не всегда дает решения желаемого качества, и люди частенько пытаются найти какие-то теоретические зацепки, предположения, спекулятивные по своей сути, но все-таки ненакладные, которые уже позволяют развернуть и направить на изучаемый объект более традиционную математическую артиллерию, не связанную с вероятностью.

[Valery]

Михаил, я начинаю понимать суть расхождения. Дело в том что я не эмпирик. Когда я учился то и не думал что когда-либо заинтересуюсь естествознанием. Поэтому теорвер воспринимал как разновидность мер с очень экзотическими свойствами, не более, вызубрил и сдал. Я бы никогда не заинтересовался эволюцией если бы она не была связана с приложением комбинаторных методов, которые мне интересны больше всего. Именно техническая сторона вопроса. А чтобы техника работала, обязательно требуется выполнение каких-то априорных условий, установленных заранее и не подлежащих сомнению.

[Mich Glitch]

Почему?
УПСы покажут 10 поколений с точностью не меньше чем Y-хромосомы. Снипы покажут совпадающие субклады.
Чего же вам еще нужно.
 

Задача установить родственную связь по прямой м. линии, не более. То есть по игрику.

Допустим оба тестируются на аутосомные снипы, НО исключая игрик.

Упсы тут не нужны совсем, если я мне не нужно найти родственников по ЛЮБОЙ ген. линии на энную глубину поколений.

Задача другая.

Роман, речь идёт о том, что Y-тестирование не является вещью в себе.
Экспериментальными способами (историческими и демографическими) можно получить какой-то исходный набор величин. Но ни топологические построения (на 100 тысяч лет количество вариантов стремится к бесконечности; разновероятностных, но всё же...), ни расчеты времен по одному только игреку сами по себе, без мультидисциплинарного потверждения, особой определенностью не отличаются.
Что касается сравнения УПСов и данных по игреку, то речь идёт о получении выводов, полученных с использованием одного и того же генетического инструментария. Без, скажем так, привлечения сторонних специалистов.

Фразу Допустим оба тестируются на аутосомные снипы, НО исключая игрик можно оставить без коментарии в виду её полной поспешной полемической бессмысленности: УПСы меряют по мультиснип панелям. По аутосомам определяют процент похожести. И что это значит НО исключая игрек? А почему его, собственно, надо исключить? Когда речь идёт именно о сравнении, о совместном использовании разных методов? Когда весь посыл заключается именно в том, что наряду с очевидными плюсами,Y-хромосомный анализ имеет массу непреодолимых ограничений.

УПСы тоже имеют ярковыраженные недостатки. Но вот комплексное использование двух разных методов дает (даст) многократное увеличение точности и определенности толкований.

[Centurion]

Михаил, мы так и не поняли друг-друга.
Ладно. остановимся на этом. Уже не важно...

[I2a1a]

Михаил, в некоторых случаях общенаучных понятий и методов недостаточно, и люди изобретают специализированные. В частности, эволюционными деревьями занимается математическая филогенетика, и только она.

И еще мат.кладистика...