Несовпадения в разных похромосомных анализах

[valera27]

Давно заметил этот фактор; вот наконец дозрел до темы...

Вот имеем три вида этнопопуляционного анализа, позволяющих получить результат не кучей, а по каждой хромосоме отдельно):
1) Ancestry Composition от 23andme
2) McDonald
3) Gedmatch (примечание - я неслучайно объединил все калькуляторы в один пункт, ибо они как раз на удивление коррелируют между собой вне зависимости от "производителя")
И вот все эти три пункта слабо соотносятся между собой...

Итак, по порядку:
1)АС. Для пущей наглядности вывожу спекулятивный режим. Несмотря на тотальное засилье восточной Европы, есть 8 хромосом (не пар), полностью ее лишенных: 20 - Финляндия, 21 - Северная Европа, и 6 (5,10,12,14,19,22) по следующей схеме - Балканы/Неспецифическая Южная Европа (либо Балканы/Неспецифическая Южная Европа/неспецифическая Европа). Плюс непонятный расколбас в начале 11-ой - Северная Европа/Восточная Азия/Unassigned.


2)МакДональд. Европу он не разделяет - ну и ладно. На 9-ой хромосоме он нашел Южную Азию, Восточную на той же 9-ой плюс на "балканских" 5-ой и 14-ой. А также МидИст на 11-ой и Х (Кстати с 11 он может быть попал в унисон с 23 - МидИст у последних часто идет рука об руку с Unassigned)


3) Гедматч. Привожу первые попавшиеся: JTest и World9 (Остальные, в т.ч. MLDP, с ними в целом согласны Уместней бы здесь была хромосомная раскраска, но она какая-то совершенно неюзабельная... Поэтому привожу просто проценты. Пики особо нехарактерных для русских компонентов отмечены желтым. Корреляцию с предыдущими анализами можно притянуть лишь за уши. Самые большие всплески южных компонентов наблюдаются на "спокойных" восточноевропейских хромосомах (и Макдональдом тоже неотмеченных), ну или, как вариант, на 20-ой "финской"...



Почему так? Понятно, что компоненты у всех имеются в виду разные, но почему иной раз результаты перпендикулярные и даже прямо противоположные?

[Srkz]

Начну с разделения Европа/Азия, как более простого
Где у Макдональда Восточная Азия, она же наличествует на Gedmatch в виде Сибири.
В 23andMe у вас ее практически нет. Думаю, она ушла в Восточную Европу, так как восточноевропейских образцов у них использовано намного больше, чем у Макдональда, а фоновый "сибирский" адмикс у нас, восточноевропейцев, есть.
В калькуляторах Gedmatch этот фон выделяется как раз хорошо, поэтому ВА там есть во многих местах, где ее нет ни у Макдональда, ни в 23andMe.

По Европе уже сложнее. Почему влияние, воспринимаемое 23andMe как финское, в Gedmatch отображается индийско-афганским, не очень понятно. Отдаленная связь между уральцами и этим регионом давно подмечена, но не настолько же. Думаю, и первый, и второй вариант - это отклонения, только в разные стороны.
С Ближним Востоком Макдональда проблем не вижу - он отображается как West Asian и Caucasus_Gedrosia, тут все нормально
Южная Европа у 23andMe для восточноевропейцев не очень достоверна, у меня после появления результатов по маме (и перефазирования моих данных при расчете Ancestry Composition), если я правильно помню, ее местоположение на моих хромосомах полностью поменялось.

есть 8 хромосом (не пар), полностью ее лишенных

Это условное разделение, они обрабатывают все равно пары, а не отдельные хромосомы. Просто их алгоритму показалось более достоверно разделить пару так, а на самом деле все возможно по другому.

В целом надежность похромосомного режима, конечно, ниже, чем общего режима.

[valera27]

Со многим согласен. Действительно Азия интегрирована в Восточную Европу (ведь ВЕ - она до самого Урала). Но однако больше всего Сибири на 16 хромосоме...
Также и WestAsian у меня на 11-ой хромосоме действительно много, но на 13-ой все равно больше...
А ведь и 13 и 16 у 23andme и МакДональда абсолютно однородные и непримечательные...

Собственно, навеяло вот этой темой
http://s1.zetaboards.com/anthroscape/topic/5254008/1/
У этого азиатского товарища нехарактерные примеси совпадают везде почти идеально, в отличие от меня

[Srkz]

Со многим согласен. Действительно Азия интегрирована в Восточную Европу (ведь ВЕ - она до самого Урала). Но однако больше всего Сибири на 16 хромосоме...

Потому что мы наследники (в том числе) охотников и собирателей северной Евразии  С американскими индейцами и то уже найдена связь.

Также и WestAsian у меня на 11-ой хромосоме действительно много, но на 13-ой все равно больше...
А ведь и 13 и 16 у 23andme и МакДональда абсолютно однородные и непримечательные...

West Asian - европеоидный компонент, можно смело красить у МакДональда в красный цвет.