Расчет MRCA для двух гаплотипов.

[Mich Glitch]

Вот это всего круче:

Разработали стандартный подход, забили в программу - для массового пользователя подойдет.

Вот взяли так, задумались на минутку, и разработали.
И все заглотили не думая.

[Mich Glitch]

Да, и вообще, что могут сделать в каких-то вшивых америкаских университетах Аризоны и Техаса?!
Ведь ясно же сказано, что американцы они ту-пы-е. (Для большей убедительности надо именно вот так по слогам вытягивать.)

[Srkz]

Да, и вообще, что могут сделать в каких-то вшивых америкаских университетах Аризоны и Техаса?!
Ведь ясно же сказано, что американцы они ту-пы-е. (Для большей убедительности надо именно вот так по слогам вытягивать.)

Это ваш метод доказательства, не надо приписывать его другим  . Сотрудники FTDNA не тупые.
Что касается подхода FTDNA к работе, приведу пример из своей области, там просто видно наиболее выпукло. Этно-калькулятор FTDNA как раз откровенно тупой. Почему так получилось? Может быть, FTDNA действительно не способны сделать получше. Но скорее всего, у них нет такого желания - зачем напрягаться? Это бесплатный бонус для пользователей, а для недовольных напишем, что это бета-версия (состояние "бета" длится годы), и вот-вот наступят улучшения.
К расчету ВБОП по Y-стр они подошли более основательно, разумеется. Но считать их метод недостижимым идеалом оснований не вижу. Далее спорить не буду, а то взаимные шпильки затянутся до бесконечности 

[Mich Glitch]

Напомню, с чего дискуссия началась.
Пока другие специалисты, ни одного дерева в своей жизни не построившие, ни одного ВБОПа никаким способом не рассчитавшие, не подтянулись.

Итак, человек себе вполне конкретно спрашивает про ВБОП между двумя гаплотипами:

Новый гаплотип или маркеры; 67 маркеров; I2a; I2a; 263660_UA; Ukraine; 263660 (на расстоянии 7 от Unknown; I2a; Chojnacki;  Wola Wapowska,

Доброго вечора.

Хто може проконсультувати?

I2a на відстані 7, це мутації в скільки приблизно поколінь\ років?

Завчасно дякую.

З повагою, Віктор.

Я также конкретно отвечаю (умники в это время скромно молчат):

Точнее всего Вы можете посмотреть сами в своём аккаунте ФТДНА. Вот инструкция.

Владимир, 

Высказывается в том духе, что я не прав:

Точнее всего Вы можете посмотреть сами в своём аккаунте ФТДНА. Вот инструкция.

Михаил, извините, но про "точнее всего" это Вы конечно очень смело.
Про точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится. Всё очень приблизительно. Каждый случай слишком индивидуальный. Под одну инструкцию никак не подгонишь.

Я пространно объясняю, почему предлагаемый им более времязатратный способ не является более удачным (см. эту ветку, начиная отсюда).
Не удивлён, что доводы не у всех нашли понимание.
Обычное дело.

Внимание, вопрос: а Вы, любезный Srkz, как оцените ВБОП для двух вышеприведённых гаплотипов?

[VVR]

Дабы не флудить тут, ответил в своей ветке.

Ловко Вы ответили. Несколько мазков незаслуженной грязи в мой адрес. Куча очевидных банальностей, которых я якобы не понимаю. И затем:

На этом дискуссию прекращаю.

Возникает подозрение,что Вы с умыслом перенесли это в свою ветку, чтобы в случае чего удалить мои посты, не дать мне высказать своё мнение на основании того, что дискуссия прекращена. Просьба к модераторам перенести из этой темы обсуждение оценки ВБОПа двух гаплотипов в соответствующую тему. А также перенести туда сообщения из ветки Михаила, если он не будет возражать.

[Mich Glitch]

Мазки грязи?
О чём это Вы?!!
Ясно сказал, что в двух словах не скажешь, поэтому и перетащил на свою площадку, где никто возражать не будет.

А вот это Ваше предположение о том, что я могу затереть Ваши посты - просто подленькая гадость.

Не о чем мне с Вами толковать. Не понимаете, и бог с Вами. Думайте, что другие дураки.

[пенелопа]

Просьба к модераторам перенести из этой темы обсуждение оценки ВБОПа двух гаплотипов в соответствующую тему.

Уважаемый VVR, топикстартер этой ветки - РоманС, из нее что-то переносится или удаляется только с его согласия или по его просьбе. РоманС - модератор всего раздела "Геногеографические проекты", как и Mich Glitch, и татиа.

[VVR]

Но RomanS не может перенести сообщения в тот раздел, который он не модерирует.

[пенелопа]

Но RomanS не может перенести сообщения в тот раздел, который он не модерирует.

Конечно, но он может попросить об этом главных модераторов Такой просьбы от него пока не поступало...

или по его просьбе.

[VVR]

То что АК называет причёсыванием, а Вы индивидуальным подходом, люди, знакомые с научной методологией, без обиняков обзывают подгонкой результатов.

А это не грязь? Когда это я был замечен в подгонке результатов?

А вот это Ваше предположение о том, что я могу затереть Ваши посты - просто подленькая гадость.

Просто со мной уже так поступали Есть опыт. Клёсов на родстве критиковал, поливая грязью и удалял мои аргументы, неугодные ему. Если Вам не подленько сравнивать меня с Клёсовым, то почему я не могу предполагать такого же хода.

[zastrug]

Уважаемый VVR, топикстартер этой ветки - РоманС, из нее что-то переносится или удаляется только с его согласия или по его просьбе. РоманС - модератор всего раздела "Геногеографические проекты", как и Mich Glitch, и татиа.

Да, но тема называется "Геногеографический проект "Ukraine DNA Project" , Владимир один из соадминов. Неужто он к этой теме оношения не имеет?

[VVR]

Дурной знак. Прозвучало слово гомоплазия. Не знаю почему именно этот термин так любят путающиеся в трёх соснах.   

Полное непонимание. Гомоплазия(для Y-STR) - это когда гаплотипы реально удалены дальше, чем нам показывает видимая ген.дистанция. Эта видимая близость возникает за счёт независимого образования одинаковых значений маркеров у разных гаплотипов. Например, у предка(БОП) было значение 13. В линии одного гт это значение не менялось. В линии друго сначала прошла мутация в 14, потом т.н. "возвратная" в 13. Значения одинаковые, но получились разным путём.Видимая ГД=0, реальная 2. Или другой вариант - в линии одного гт прошла мутация в 14 и в линии другого независимо прошла мутация в 14. Видимая ГД=0, реальная 2. Влияет это на оценку ВБОП? Безусловно. Надо это учитывать? Очень желательно. Можно ли учесть? С определённой вероятностью да!
Например, сравним(база Семаргла) проснипованные гт 187138(R1a-Z283+) и 222776(R1a-Z93+). Субклады разошлись не менее 180 поколений назад. ГД=13/14. Какую оценку ВБОП даст Ваш метод?
Но внутри ветви(субклада) гомоплазия также существует и проявляется по полной. И два относительно близких.но не самых близких гаплотипа будут казаться ближайшими приближенцами. Каждый случай оценки ВБОП двух гаплотипов индивидуальный, поэтому я и ратую за индивидуальный анализ. Иногда с вероятностью близкой к 100% можно сказать что 2 гт явно ближайшие между собой. В другом случае можно с почти 100% вероятностью предполагать гомоплазное сближение. В третьем очень сложно установить, кто реально ближайший.
Конечно, можно индивидуальный анализ не делать(тем более он не гарантирует 100%, да и дело это трудоёмкое),все заведомые ошибки списывать на вероятностный статистический разброс, тем более  без учёта вероятностного разброса оценка ВБОП невозможна. Дать новичку ссылку на голые цифры и пусть делает что хочет. Только не надо тогда утверждать, что это наиболее точный метод.

[VVR]

А пока давайте просто выясним, под тем, какой смысл Вы вкладываете в понятие неточно.

Если, скажем, говорят: с доверительным интервалом 63.47% ВБОП не превышает 24 поколения, то Вы спотыкаетесь на всей фразе целиком, или у Вас вызывает неприятие именно цифра в 63.47%?

Очень жду Вашего ответа.

Сама фраза никакого неприятия не вызывает. Плохо, что она основана на сомнительных данных, а именно на наблюдаемой ГД без какого-либо анализа её достоверности.

Сначала напомню, о чём мы вообще тут. Об оценке ВБОПов. Чувствуете семантический нюанс? Не о расчёте ВБОПов, но всего лишь об оценке.

Вот именно, речь идёт об оценке ВБОПа, а то что предлагаете Вы, это просто расчёты, основанные на сомнительных и как правило недостоверных исходных данных. Оценка без анализа гаплотипов - это, достаточно часто, пустые цифры, которые вводят в заблуждение человека, применяющего предложеный Вами метод.
Оценка ВБОП 2-х гаплотипов должна включать:
1) Оценку гомоплазии между двумя гаплотипами (как это делать, могу объяснить).
2) Оценку наиболее вероятной реальной генетической дистанции.(наиболее сложный пункт, основан на результатах п.1)
3) Непосредственно расчёты по оценке ВБОП. (на основе п.2 и безусловно на основе статистических вероятностных методов)
Как правило человека интересует ВБОП с наиболее близким прближенцем. Тогда после п.1 надо вставить
п.1а)Оценить какой гт(группа гт) из наиболее близких по наблюдаемой ГД, является с максимальной вероятностью реально ближайшим. (Тоже сложная задача, в некоторых случаях может вызвать большие затруднения).
Я понимаю, что такой индивидуальный анализ может не понравиться дополнительной трудоёмкостью и Вы предпочтёте, как и в случае с филогенией принцип "И так сойдёт"

Принцип прост. И так сойдёт.

Но тогда опять же не надо говорить, что Ваш метод наиболее точный.

[VVR]

С одной стороны, мэйнстрим оценок и представления ВБОПов методом попарных сравнений.
С другой, филогенетическое творчество разной степени подготовленности и увлечённости любителей. (Ещё раз подчёркиваю, тут я говорю только об использовании филогении для оценок ВБОПов.)

Кстати, что Вы мне уже второе наше обсуждение талдычите про филогению какие-то банальные очевидности и очевидные банальности. Как будто я являюсь ярым сторонником оценки ВБОП по филогении. Я за эти два раза про филогению почти и не упоминал. Филогения - это отдельный разговор.

[VVR]

Если использовать Вашу логику, то надо говорить, не филогения тоже часто ненадёжна, а  просто филогения тоже ненадёжна.
Обосновываю.

А вот и о филогении. Я уж не знаю, как Вы используете "мою" логику, но фраза Ваша ошибочна, несмотря на все Ваши обоснования. Если рассматривать Y-STR-маркерную филогению только как построение деревьев по группе гаплотипов, то там конечно полной надёжности никогда не будет. А если я, используя филогенический анализ по маркерам, с почти  100% -й уверенностью отношу гт к какому-либо субкладу и потом это подтверждается снипом, то разве это не надёжно. Или это не относится к филогении? Я уже повторял, и ещё раз повторю, что каждый случай индивидуальный.