Расчёт ВБОП мито-предка

[Farroukh]

Предположим, у меня есть мито-совпадение по HVR1. Вопрос - чему равен наш ВБОП?
У меня есть мито-совпадение по HVR1 и HVR2. Вопрос тот же - чему равен наш ВБОП?

Мнение Михаила:

Теперь HVR1. 540 маркеров. Средняя скорость на зону 0.01 мутации на поколение. Вернее даже на поколенный переход, если смотреть через призму исчисления TMRCA. Стало быть надо в среднем 100 поколений ждать, чтобы что-то проскочило.

Для HVR1+HVR2 не быстрее (если помаркерно судить) 0.02 мутации на все 1050 маркеров на поколение. Т.е. 50 поколений.

Т. е. мито совпадения намного более эффективны, чем мужские 25/25?

[Mich Glitch]

Farroukh,
Вот что по поводу мито-ВБОПов говорят профессионалы:

[Mich Glitch]

Что до 25/25, то при средней скорости 0.0023 мутации на маркер на поколение и для консервативной оценки (доверительный интервал 95%) имеем ВБОП, равный 26 поколениям.

Т.е. даже полный митосиквенс по точности сопоставим тесту по игрек СТРам чуть лучше, чем на 25 маркерах, но хуже, чем на 37 маркерах.

*** Данный вывод очень и очень условен, так как средняя скорость для мито гораздо менее применима, чем для пары-тройки десятков игрек СТРов.   

[Людмила]

Здесь обсуждали-
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1244.30.html
I2a1a

диапозон TMRCA совпаденцов нужно читать следущим образом  - от 0 до 3000/8000 лет.

Valery

есть два одинаковых гаплотипа в центре кластера (один из них Ваш) и пара отстоящих - на 1 мутацию и на 3. В итоге имеем средний радиус (0 + 0 + 1 + 3)/4 = 1 мутация в данном случае равная чуть более 3000 лет.

Зависит от того, где внутри своей мито-группы Вы находитесь.

[Mich Glitch]

Я не случайно выделил в первом ответе этой ветки слово профессионалов.
То есть, имеем два, не вполне совпадающих мнения:

1. Общепринятый мэйнстрим, которого, скажем, придерживаются профильные специалисты (с соответствующим образованием, учёными степенями и профессией) из тусонского Университета Аризоны, или из той же хьюстонской лаборатории ФТДНА.

2. Мнение, пусть и очень крепкого в знаниях, опыте и наработках, но любителя.

Ну, а далее - вопрос веры. Т.е., какую точка принять - от Вас зависит.   
Мы с уважаемой Людмилой свои различающиеся выборы сделали.

*** Первый способ обвиняют (чаще всего просто огульно) в каком-то скрытом коммерческом интересе, заключающемся в укорочении ВБОПов.
Что до второго способа, то даже простые прикидки его использования сдвигают возраст митохондриальной Евы на миллионы лет.
Возможно истина, как всегда, бродит где-то посередине.