АвторТема: Расчёт ВБОП мито-предка  (Прочитано 2140 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14938
  • Страна: az
  • Рейтинг +4375/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Расчёт ВБОП мито-предка
« : 20 Июнь 2013, 08:18:15 »
Предположим, у меня есть мито-совпадение по HVR1. Вопрос - чему равен наш ВБОП?
У меня есть мито-совпадение по HVR1 и HVR2. Вопрос тот же - чему равен наш ВБОП?

Мнение Михаила:

Цитировать
Теперь HVR1. 540 маркеров. Средняя скорость на зону 0.01 мутации на поколение. Вернее даже на поколенный переход, если смотреть через призму исчисления TMRCA. Стало быть надо в среднем 100 поколений ждать, чтобы что-то проскочило.

Для HVR1+HVR2 не быстрее (если помаркерно судить) 0.02 мутации на все 1050 маркеров на поколение. Т.е. 50 поколений.
Т. е. мито совпадения намного более эффективны, чем мужские 25/25?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Расчёт ВБОП мито-предка
« Ответ #1 : 20 Июнь 2013, 08:32:07 »
Farroukh,
Вот что по поводу мито-ВБОПов говорят профессионалы:


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Расчёт ВБОП мито-предка
« Ответ #2 : 20 Июнь 2013, 08:38:47 »
Что до 25/25, то при средней скорости 0.0023 мутации на маркер на поколение и для консервативной оценки (доверительный интервал 95%) имеем ВБОП, равный 26 поколениям.

Т.е. даже полный митосиквенс по точности сопоставим тесту по игрек СТРам чуть лучше, чем на 25 маркерах, но хуже, чем на 37 маркерах.

*** Данный вывод очень и очень условен, так как средняя скорость для мито гораздо менее применима, чем для пары-тройки десятков игрек СТРов.   :)

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1003
  • Рейтинг +149/-1
Re: Расчёт ВБОП мито-предка
« Ответ #3 : 20 Июнь 2013, 09:51:34 »
Здесь обсуждали-
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1244.30.html
I2a1a
Цитировать
диапозон TMRCA совпаденцов нужно читать следущим образом  - от 0 до 3000/8000 лет.
Valery
Цитировать
есть два одинаковых гаплотипа в центре кластера (один из них Ваш) и пара отстоящих - на 1 мутацию и на 3. В итоге имеем средний радиус (0 + 0 + 1 + 3)/4 = 1 мутация в данном случае равная чуть более 3000 лет.
Зависит от того, где внутри своей мито-группы Вы находитесь.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Расчёт ВБОП мито-предка
« Ответ #4 : 20 Июнь 2013, 19:44:42 »
Я не случайно выделил в первом ответе этой ветки слово профессионалов.
То есть, имеем два, не вполне совпадающих мнения:

1. Общепринятый мэйнстрим, которого, скажем, придерживаются профильные специалисты (с соответствующим образованием, учёными степенями и профессией) из тусонского Университета Аризоны, или из той же хьюстонской лаборатории ФТДНА.

2. Мнение, пусть и очень крепкого в знаниях, опыте и наработках, но любителя.

Ну, а далее - вопрос веры. Т.е., какую точка принять - от Вас зависит.   :)
Мы с уважаемой Людмилой свои различающиеся выборы сделали.

*** Первый способ обвиняют (чаще всего просто огульно) в каком-то скрытом коммерческом интересе, заключающемся в укорочении ВБОПов.
Что до второго способа, то даже простые прикидки его использования сдвигают возраст митохондриальной Евы на миллионы лет.
Возможно истина, как всегда, бродит где-то посередине.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.