АвторТема: Посоветуйте бесплатную программу для анализа методом Maximum Parsimony  (Прочитано 1864 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Alexei KassianАвтор темы

  • Сообщений: 90
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
Здравствуйте. Подскажите, пожалуйста, в какой программе удобнее и проще делать анализ методом максимальной бережливости (Maximum Parsimony)?

- бесплатная
- под Win (x64)
- на вход NEXUS, на выходе NEWICK
- возможность бутстрепа

PAUP не проходит по первому условию.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
на выходе NEWICK

Вот этот пункт обязателен?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
на выходе NEWICK

Вот этот пункт обязателен?

Упс.

Отставить!

И это вот

- возможность бутстрепа
не пляшет.

Поумничать не получилось.   :-X

Оффлайн Alexei KassianАвтор темы

  • Сообщений: 90
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
Существует программа MEGA, которая умеет всё перечисленное. Вот только непонятно, может ли она экспортировать полученные деревья как NEWICK (для последующей визуализации в FigTree и т.п.).

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 642
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Существует программа MEGA, которая умеет всё перечисленное. Вот только непонятно, может ли она экспортировать полученные деревья как NEWICK (для последующей визуализации в FigTree и т.п.).
Ответ в руководстве к программе MEGA, страница 45.

Оффлайн Alexei KassianАвтор темы

  • Сообщений: 90
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
Да, умеет делать newick.
very good.

Оффлайн Alexei KassianАвтор темы

  • Сообщений: 90
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
Или вот TNT, говорят, еще круче.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5494
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2965/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Или вот TNT, говорят, еще круче.
Не соответствует Вашему условию: "- на вход NEXUS, на выходе NEWICK"
На выходе не всегда можно получить корректный NEWICK.
Для получения нормального ньюика мне пришлось писать свой конвертер из родного для TNT выходного формата TNTREE в NEWICK.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100