Думаю, что понял. Насколько помню(давненько я не брал в руки построение деревьев), Нетворк по умолчанию строит сеть от средней точки. Но к гаплотипам выборки можно добавить и модал, и постороннего(outgroup), и оба эти гаплотипа. Модал бывает смещён от этой средней точки. И тогда разворотом линий сети можно сделать картинку как бы "от предполагаемого предка".
Как я понимаю, в идеале(которого. как правило, не бывает) модал и средняя точка должны совпадать, а филогенический путь по сети от постороннего ко всем(!) гт выборки должен проходить через эту же точку, которая и является предполагаемым предком.
На мой взгляд, все эти три способа имеют свои недостатки.
1)По средней точке.
Здесь искажения возможны из-за многошаговых мутаций, многошаговых реклохов, которые не так просто учесть и в ручном режиме. А тем более их не может учесть ни одна программа, в т.ч. и Мурка, для которой это серьёзная проблема.
Плюс на небольших выборках иногда могут вылезти какие-то особенности в отклонении количества мутаций от среднего. (На большой выборке это впишется в статистику распределения вероятностей.)
Плюс, возможно, могут повлиять ненаблюдаемые мутации, неучтённые программой(небольшую часть таких мутаций филогения может выявить)
2) По модалу.
Те проблемы, о которых упомянул выше Семаргл, безусловно могут быть. Поэтому часто необходима корректировка модала. Есть способ расчёта модала, предложенный в статье Адамова и Каржавина(условно можно назвать средневзвешенное арифметическое), который позволяет получить модал, максимально вероятно приближенный к предковому. Каржавин даже утверждал, что это и есть предковый, но я и тогда с ним спорил и сейчас не согласен. 100% достоверный предковый никаким способом получить невозможно. Кроме того, для этого способа нужно знать заранее, хотя бы в общих чертах, филогению выборки. Т.е. построить или прикинуть(но лучше построить) дерево, затем посчитать модал, затем по нему строить дерево.
Иногда сама программа подсказывает необходимость коррекции модала. Возьмём пример Михаила:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,34.msg185914.html#msg185914 Здесь пограмма подсказывает, что в модале маркер DYS576 должен иметь значение 18, а не 19.Возможно, там и другая какая-то коррекция необходима, но это уже надо глубже анализировать.
3) По постороннему.
Для некоторых выборок могут быть проблемы с выбором постороннего. Посторонний может быть гомоплазно ближе к некоторым гаплотипам(ветвям) дерева. Это безусловно исказит дерево. Хорошо, если это очевидно. Можно просто подобрать другой посторонний, хотя не для всех выборок это просто. Если же это неявно, искажение может быть не замечено.
Итак, Семаргл за метод по постороннему, Mich Glitch считает наиболее методически верным метод по средней точке, хотя и не против модала.
Я считаю, что все методы имеют свои недостатки, которые надо учитывать, но предпочитаю корректируемый модал.Если позволяет время, можно построить всеми тремя способами, проанализировать расхождения и выбрать наиболее оптимальный вариант.