R1b1a2 M269+

[smal]

Обновлено дерево в R1b1a2/ht35 проекте, добавлено 4 BigY образца:

1) 320190 (Laz, Mehmet) из ветви PF7562+ PF7563- . В данный момент это наиболее удаленный из всех BigY.тестированных M269+ образцов.
2) 16910 (Robinson) из ветви CTS7822>CTS7556>FGC29330
3) N112689 (Ilinov) и
4) 99230 (Breske) из восточноевропейского кластера ветви CTS9219>Y5587.

Кроме того скорректировал отображение HGDP образцов на дереве, т.к. некоторые воспринимают их недостаточный уровень тестированности как указание на древность, что неверно.

[smal]

Обновлено дерево в R1b1a2/ht35 проекте, добавлено 4 BigY образца:

1) 329814 (Burns) и
2) FTDNA-? (Spataro) из ветви PF7562+ PF7563+.
3) N9484 (Caceres) из ветви L584. Это первый BigY образец среди L584+, который не позитивен для PF7580.
4) 317656 (Strozier) из ветви CTS6889.

[smal]

Образцы R1b из эстонского биоцентра (см. 307 high coverage human Y chromosome sequences)
Tajik1   R1b15   L278+ L389-
Mong4   R1b13   M478
Bashk3   R1b13   M478
Israel43, Israel48, ISR31, Assyr3   ранее опубликованные образцы Rootsi at al. 2013. Они уже есть на дереве R1b1a2/ht35 проекта.
Avar9   R1b11   Z2103*
Tabas17   R1b11   Z2106*
Armen1   R1b11   L584*
UkrnW1   R1b8   U106
CArab2   R1b1   U152
ISR38   R1b1   U152
Ger3   R1b3   DF27
Mord1   R1b3   DF27
AndT7   R1b3   DF27
AndT13   R1b3   DF27

Аварец Z2103* и табасаран Z2106* весьма интересны.

[Аббат Бузони]

D27 в ВЕ тоже интересно, достаточно экзотично я бы сказал

[Fire]

Аварец Z2103* и табасаран Z2106* весьма интересны.

На нижесходящие снипы они проверены?

[smal]

Аварец Z2103* и табасаран Z2106* весьма интересны.

На нижесходящие снипы они проверены?

Проверены и отрицательны.

[Fire]

Аварец Z2103* и табасаран Z2106* весьма интересны.

На нижесходящие снипы они проверены?

Проверены и отрицательны.

Спасибо!
Интересно

[smal]

Обновил дерево в R1b1a2/ht35 проекте. Добавил 6 новых BigY образцов:

1. 257597 (Keledjian) L277. Кажется появился первый субклад L277, без bam файла трудно быть уверенным.
2. 351312 (Hellgren/Östensson) L584+ PF7580-
3. 235098 (Kurilo) L584+ PF7580+
4. FTDNA-? (Mr.) Неизвестный образец из CTS7763 линии.
5. N113118 (Sabo/Szabo). Наконец проявилась 3 линия Z2109, помимо уже известных CTS7822 и бурзянской. Этот образец имеет ряд общих маркеров с 257842 (Bork).
6. N128191 (Franz O.) Y5587+. Очень интересный образец для восточно-европейского кластера. Он показывает, что маркеры PH1723/V2986 и PH2789 были последними среди более 2 десятков снипов в узле под Y5587+.

а также 3 образца из Эстонского Биоцентра  (см. выше). Образцы очень любопытные.

7. GS000018404-Avar9 (Avars, Dagestan_Gergebil) Z2103* Образец позитивен для всех снипов уровня Z2103+ негативен для всех известных субкладов L277-, L584- и Z2106- ! Интересно, что я нашел один общий снип (PF331) с образцом HGDP00060 (Balochi, Pakistan). Конечно, качество HGDP00060 несравненно хуже. Однако, у всех доступных мне образцов Z2103+ нет PF331.

8. GS000018396-Tabas17 (Tabasarans, Dagestan_Makhachkala) Z2106* ( Z2106+, но Z2109-, Z2108-, CTS7763-, CTS8966-). Это самый удаленный образец Z2106+  в данный момент.

9. GS000035452-Armen1 (Armenians, Vardenis) L584* (L584+ , но PF7580- и PH1639-, PH4150-) И снова, это самый удаленный L584+ в данный момент.

Было бы очень интересно увидеть их STR-ы.

[Lesla]

Обновил дерево в R1b1a2/ht35 проекте. Добавил 6 новых BigY образцов:

1. 257597 (Keledjian) L277. Кажется появился первый субклад L277, без bam файла трудно быть уверенным.

Сергей, если будут интересные снипы на проверку - я готов 

[smal]

Обновил дерево в R1b1a2/ht35 проекте. Добавил 6 новых BigY образцов:

1. 257597 (Keledjian) L277. Кажется появился первый субклад L277, без bam файла трудно быть уверенным.

Сергей, если будут интересные снипы на проверку - я готов 

Похоже снип Y4366 позитивен не у всех L277. Учитывая, что эта область хорошо прочитана у большинства образцов, можно предполагать, что не позитивные образцы скорее всего отрицательны.

[Lesla]

Похоже снип Y4366 позитивен не у всех L277. Учитывая, что эта область хорошо прочитана у большинства образцов, можно предполагать, что не позитивные образцы скорее всего отрицательны.

14654388 C->A
Хорошего качества снип. Сейчас на YSEQ сделаю, чтоб был в списке заказов. А потом проверим 
Спасибо, Сергей!

[Mich Glitch]

Обновил дерево в R1b1a2/ht35 проекте.

Как насчёт того, чтобы добавить датировки по снипам?   

[smal]

Обновил дерево в R1b1a2/ht35 проекте.

Как насчёт того, чтобы добавить датировки по снипам?   

Датировки можно сделать, если все образцы обработаны одним методом и имеют одинаковое покрытие. Дерево в R1b1a2/ht35 проекте консенсусное, т.е. это сборка информации с различных источников.

[smal]

Обновил дерево в R1b1a2/ht35 проекте. Добавил 4 новых BigY образца:

164226 (Kassabian) CTS7763
74013 (Robbins) M64
? (Tillet) CTS9219
223671 (Berry) CTS6889

а также 19 Сардинских образцов из Francalacci et al. 2013.

[smal]

Обновил дерево в R1b1a2/ht35 проекте. Добавил

4 новых BigY образца:
FTDNA-B8903 (Myers) L584
FTDNA-148406 (Finney) CTS6889
FTDNA-40779 (Brown) CTS4528
FTDNA-319861 (Cruz) CTS4528

3 Chromo2 образца:
BDNA-42465/FTDNA-258432 (Ballard) CTS4528
BDNA-40292/FTDNA-373624 (Tuft) CTS4528
BDNA-41989 (Dawkins) CTS4528

1 образец из статьи Underhill et al. 2015
U2015-PG1806 (Sephardic) L277

а также новые данные для 19 Сардинских образцов из статьи Francalacci et al. 2015.