АвторТема: Full Genomes vs FTDNA  (Прочитано 12364 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн alex1covo

  • Сообщений: 5
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #90 : 13 Ноябрь 2018, 15:03:15 »
Я сделал полный геном по медицинским причинам и имею на руках файлы с расширениями: BAM (54.5 gb), BAI, VCF...
Скажите, а в какой фирме тестировались и за какую цену.

https://science-advice.com
Стоило это 140 000

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2223
  • Страна: ru
  • Рейтинг +518/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #91 : 13 Ноябрь 2018, 16:03:42 »
Доброго времени суток, уважаемые форумчане!

Разрешите задать вопрос.

Я сделал полный геном по медицинским причинам и имею на руках файлы с расширениями: BAM (54.5 gb), BAI, VCF. Так как в первую очередь меня интересовала медицинская тема, то я консультировался с медицинскими генетиками, а когда узнал про прометазу загнал туда VCF и изучаю снипы самостоятельно.

Вспомнил, что в моем геноме есть последовательность Y хромосомы, следовательно я могу что-нибудь раскопать про мой мужской род. Потыркался в прометазе, но она заточена больше под медицину, нашел свою гаплогруппу... кажется. И затянула эта тема, стало интересно =)

Нагуглил вас, почитал несколько дней. И мне показалось, что самый лучший сервис для изучения генеалогии это familytreedna, но он наотрез отказался принимать от меня файлы в форматах vcf, bam.

В данном топике ведь идет речь о полногеномном секвенировании и может кто-нибудь подскажет как не тратя лишних денег, получить больше информации из моего генома? Так как денег уже отвалено прилично.

Не сочтите за рекламу, я постоянно мониторю стоимость геномов, для людей у которых скажем так, схожие с моими проблемы со здоровьем и в геномеде (а я делал мой геном НЕ в геномеде), полногеноменое секвенирование стоит уже 99 тысяч рублей, пол года назад было 150 тысяч, а трио геномов - 200 т.р. (мама, папа, пациент). Но я не в курсе файлы в каком формате геномед предоставят в итоге.

Заранее извиняюсь если оффтопик или есть специальная тема. Просто я зашел в генеалогию с другой стороны, изначально в генетике меня интересовало другое, поэтому у меня такие форматы файлов. И не сочтите за оскорбление почти все что я читал на форуме потеряло актуальность, много ссылок ведущих в никуда да и какой-то недавний европейский закон который прикрыл много открытых сервисов по генеалогии.
VCF можно попробовать сюда залить https://genesis.gedmatch.com/Welcome.htm

Оффлайн gecube_ruАвтор темы

  • Сообщений: 1001
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #92 : 14 Ноябрь 2018, 11:15:01 »
Доброго времени суток, уважаемые форумчане!

Разрешите задать вопрос.

Я сделал полный геном по медицинским причинам и имею на руках файлы с расширениями: BAM (54.5 gb), BAI, VCF. Так как в первую очередь меня интересовала медицинская тема, то я консультировался с медицинскими генетиками, а когда узнал про прометазу загнал туда VCF и изучаю снипы самостоятельно.

Вспомнил, что в моем геноме есть последовательность Y хромосомы, следовательно я могу что-нибудь раскопать про мой мужской род. Потыркался в прометазе, но она заточена больше под медицину, нашел свою гаплогруппу... кажется. И затянула эта тема, стало интересно =)

Нагуглил вас, почитал несколько дней. И мне показалось, что самый лучший сервис для изучения генеалогии это familytreedna, но он наотрез отказался принимать от меня файлы в форматах vcf, bam.

В данном топике ведь идет речь о полногеномном секвенировании и может кто-нибудь подскажет как не тратя лишних денег, получить больше информации из моего генома? Так как денег уже отвалено прилично.

Не сочтите за рекламу, я постоянно мониторю стоимость геномов, для людей у которых скажем так, схожие с моими проблемы со здоровьем и в геномеде (а я делал мой геном НЕ в геномеде), полногеноменое секвенирование стоит уже 99 тысяч рублей, пол года назад было 150 тысяч, а трио геномов - 200 т.р. (мама, папа, пациент). Но я не в курсе файлы в каком формате геномед предоставят в итоге.

Заранее извиняюсь если оффтопик или есть специальная тема. Просто я зашел в генеалогию с другой стороны, изначально в генетике меня интересовало другое, поэтому у меня такие форматы файлов. И не сочтите за оскорбление почти все что я читал на форуме потеряло актуальность, много ссылок ведущих в никуда да и какой-то недавний европейский закон который прикрыл много открытых сервисов по генеалогии.
ну, в теории - полный геном ВСЕГДА можно конвертировать в формат, который примет FTDNA (FamilyFinder) и вычленить STR (а вот их уже добавить в FTDNA не получится).
Секрет в том, что формат для хранения аутосомных тестов в принципе ясен. Это просто текстовый табличный файл. Главное - подгадать сами позиции.
Есть открытые конвертеры, например http://www.y-str.org/2014/09/autosomal-dna-converter-nix.html
И еще - FTDNA принимает файлы для FamilyFinder, сделанные ДРУГИМИ лабораториями. Т.е. Ваш полный геном нужно превратить в что-то похожее на формат 23andMe или AncestryDNA. Тогда можно будет загрузиться.

Ну, или - GEDMATCH. Но там база бесплатная и ее качество... такое себе.

Y хромосому из полного генома - отправляйте сразу в YFull. Эта компания по сути и представляет независимую площадку для анализа Y.

Оффлайн alex1covo

  • Сообщений: 5
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #93 : 20 Ноябрь 2018, 12:58:13 »
В фейсбуке увидел по акции https://www.dantelabs.com/

My Full DNA: Whole Genome Sequencing with mtDNA

€169.00 EUR

Из FAQ

What countries can benefit from this special promotion?
All countries. We do ship globally. Free shipping.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #94 : 13 Март 2019, 14:18:08 »
Джастин пишет, что Full Genomes готовы проверять отдельные (по заказу) снипу за 15 долларов за штуку.
Достаточно хорошее предложение.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12853
  • Страна: az
  • Рейтинг +2900/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #95 : 30 Март 2019, 18:08:18 »
Хотелось бы узнать мнение экспертов Yfull касаемо того, где секвенс полнее FG или BigY700?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #96 : 11 Май 2019, 08:31:24 »
Пришла рассылка от Full Genomes

Цитировать
Our capability to test single SNPs is operational.
$15/SNP test.

www.fullgenomes.com

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100