Геном неандертальца сделали общедоступным

[пенелопа]

The Genetic Cost of Neanderthal Introgression

Kelley Harris, Rasmus Nielsen
doi: http://dx.doi.org/10.1101/030387

Abstract

Approximately 2-4% of the human genome is in non-Africans comprised of DNA intro- gressed from Neanderthals. Recent studies have shown that there is a paucity of introgressed DNA around functional regions, presumably caused by selection after introgression. This observation has been suggested to be a possible consequence of the accumulation of a large amount of Dobzhansky-Muller incompatibilities, i.e. epistatic effects between human and Neanderthal specific mutations, since the divergence of humans and Neanderthals approx. 400-600 kya. However, using previously published estimates of inbreeding in Neanderthals, and of the distribution of fitness effects from human protein coding genes, we show that the average Neanderthal would have had at least 40% lower fitness than the average human due to higher levels of inbreeding and an increased mutational load, regardless of the dominance coefficients of new mutations. Using simulations, we show that under the assumption of additive dominance effects, early Neanderthal/human hybrids would have experienced strong negative selection, though not so strong that it would prevent Neanderthal DNA from entering the human population. In fact, the increased mutational load in Neanderthals predicts the observed reduction in Neanderthal introgressed segments around protein coding genes, without any need to invoke epistasis. The simulations also predict that there is a residual Neanderthal derived mutational load in non-African humans, leading to an average fitness reduction of at least 0.5%. Although there has been much previous debate about the effects of the out-of-Africa bottleneck on mutational loads in non-Africans, the significant deleterious effects of Neanderthal introgression have hitherto been left out of this discussion, but might be just as important for understanding fitness differences among human populations. We also show that if deleterious mutations are recessive, the Neanderthal admixture fraction would gradually increase over time due to selection for Neanderthal haplotypes that mask human deleterious mutations in the heterozygous state. This effect of dominance heterosis might partially explain why adaptive introgression appears to be widespread in nature.

http://biorxiv.org/content/early/2015/10/31/030387

[пенелопа]

The Strength of Selection Against Neanderthal Introgression

Ivan Juric, Simon Aeschbacher, Graham Coop
doi: http://dx.doi.org/10.1101/030148

Abstract

Hybridization between humans and Neanderthals has resulted in a low level of Neanderthal ancestry scattered across the genomes of many modern-day humans. After hybridization, on average, selection appears to have removed Neanderthal alleles from the human population. Quantifying the strength and causes of this selection against Neanderthal ancestry is key to understanding our relationship to Neanderthals and, more broadly, how populations remain distinct after secondary contact. Here, we develop a novel method for estimating the genome-wide average strength of selection and the density of selected sites using estimates of Neanderthal allele frequency along the genomes of modern-day humans. We confirm that East Asians had somewhat higher initial levels of Neanderthal ancestry than Europeans even after accounting for selection. We find that there are systematically lower levels of initial introgression on the X chromosome, a finding consistent with a strong sex bias in the initial matings between the populations. We find that the bulk of purifying selection against Neanderthal ancestry is best understood as acting on many weakly deleterious alleles. We propose that the majority of these alleles were effectively neutral-and segregating at high frequency-in Neanderthals, but became selected against after entering human populations of much larger effective size. While individually of small effect, these alleles potentially imposed a heavy genetic load on the early-generation human-Neanderthal hybrids. This work suggests that differences in effective population size may play a far more important role in shaping levels of introgression than previously thought.

http://biorxiv.org/content/early/2015/10/30/030148

[smal]

Т.Кранн интегрировал ветви денисовцев и неандертальцев в дерево ISOGG.

[Людмила]

Cпасибо за информацию. А У-Денисовцев и Неандертальцев разве прочитан?

[пенелопа]

Cпасибо за информацию. А У-Денисовцев и Неандертальцев разве прочитан?

Да. У неандертальцев точно несколько образцов прочитано.

[Шад]

Т.Кранн интегрировал ветви денисовцев и неандертальцев в дерево ISOGG. Современные люди попали в одну из субветвей (A00-T) неандертальцев.

Современные люди начинаются от A0-T: https://www.yfull.com/tree/A0-T/
Выше вроде бы одни неандертальцы, на что указывает обозначение:    [A0000=Denisovan]         [A000=Neanderthal]   

[Asmat headhunter]

Современные люди начинаются от A0-T: https://www.yfull.com/tree/A0-T/

A00 тогда кто такие?

[smal]

Современные люди начинаются от A0-T: https://www.yfull.com/tree/A0-T/

A00 тогда кто такие?

A00 это те камерунцы, которых T.Krahn с Bonnie Sсhrack тестируют. Сейчас вот новую ветку A00c A12222, A12220, A12221 там нашли.

[Людмила]

У неанд.вроде только А000, а мы с А00 - это А00-Т. Так?

[Шад]

Современные люди начинаются от A0-T: https://www.yfull.com/tree/A0-T/

A00 тогда кто такие?

Да.... Уже зарекался писать "на бегу". И вот опять то чувство, что в прошлом был умнее, чем в настоящем:)
Сам же я писал в теме про гаплогруппу A в 2016 году:

Таким образом, HUGO - это "старый" референс, соответствующий "всем остальным мужчинам" A0-T. А новая гаплогруппа А00 (А00-FGC27798) образована за счет образцов, собранных в камерунской экспедиции Томаса Крана и Бонни Шрэк.

На дереве YFull сейчас присутствуют только 2 образца А00: https://yfull.com/tree/A00/  Оба принадлежат к народности мбо из Камеруна.

То есть A00 - образована образцами из камерунской экспедиции Крана и образцом афроамериканца Perry.

Если идти выше по дереву ISOGG то мы видим субклад A00-T, объединяющий A00 ("камерунцы") и A0-T.   

А вот кому принадлежат снипы ветви  A00-T~? Судя по всему, это отдельный образец, который не попал в нижестоящие субклады A00 и A0-T.  Но всё-таки образец человеческий....

А вот ветвь A000-T уже действительно объединяет неандератальцев (A000) и современное человечество (A00-T). Но A000-T назвать неандертальской ветвью принципиально не верно - это субклад, к которому принадлежал общий предок неандертальцев и современных людей.

[Людмила]

Думаю, что снипы А00—Т должны быть те, что объединяют нас с А00, т.е. общие.
А когда были статьи по У неанд., да и Денисовца, получается тоже секвенировали, раз на Древе его снипы?

[smal]

Да, A00-T это только люди. Сперва получил неверный комментарий. Про A00-T~ не знаю.

Неандертальцы: A000a (Mezmayskaya 2), A000b (SPY 94a), A000b1 (El Sidron).
Денисовцы: A0000 (Denisova 8 )

[ankr21]

Мое мнение.
Нам человекам  с неандертальцами и денисовцами лучше мериться мито.
Проще и дешевле извлечь. Больше результатов (в Генбанке больше 20 качественых результатов). А погрешность в 2-3 т. лет тут особой роли не играет.

[nilogov]

Да, A00-T это только люди. Сперва получил неверный комментарий. Про A00-T~ не знаю.

Неандертальцы: A000a (Mezmayskaya 2), A000b (SPY 94a), A000b1 (El Sidron).
Денисовцы: A0000 (Denisova 8 )

А снип-мутации у неандертальцев и денисовцев на древе ISOGG  - общие с нашими?

На ISOGG представлены гаплогруппы денисовцев и неандертальцев: сверял по узловым снипам в своём геноме (Небула). Сверил снип А8835 - общий с неандертальцами, у меня он есть, переход А > G. А вот посмотрел снип А8864 (денисовCRBQ) - перехода С > T нет...

Я смотрел снипы по образцу из Небулы - там больше, чем в ФТДНА. Непонятно, с каким именно полиморфизмом сравнивался денисовский А8864 - какой-то гипотетический денисовский?.. Шимпанзе?

[nilogov]

Вот тут имеются данные об общих предках людей и денисовцев, а также с шимпанзе:

HomoErectus hg38:21292569-T-G
Human and Denisovan diverge from ancestral allele T found in chimpanzees at this position. hg38 Ref is G.
Phylogenetic Parent: CHLCA
View Pedigree
Phylogenetic Children: Denisovan  Heidelbergensis   
Brad Larkin 2018

Кто может подсказать, а что за SNP с позицией hg38:21292569-T-G?

CHLCA
Humans, Denisovans, and Chimpanzee ancestral alleles all match on this last ancestor of humans and chimps. hg38 Ref is G.
Phylogenetic Children: HomoErectus    Brad Larkin 2018   
G в C, 2784300

https://www.genetichomeland.com/welcome/dnapedigree.asp