Геном неандертальца сделали общедоступным

[пенелопа]

Как Вы смотрите на то, чтобы загрузить неандертальца в Yfull и сделать ему бесплатную интерпретацию?

Это ко мне? Я в Yfull не работаю. А интепретацию ему делали
Смотрите первую страницу темы.

Алтайский неандерталец оказался R1a
По дереву ISOGG v8.02 от 3 January 2013 он R1a1a1b1a
Z282+

ps на правах шутки, но Z282 у него положительный

 

[пенелопа]

С неандертальцами все гораздо сложнее...

http://www.cell.com/ajhg/abstract/S0002-9297%2815%2900014-2

[FenriR]

С неандертальцами все гораздо сложнее...

http://www.cell.com/ajhg/abstract/S0002-9297%2815%2900014-2

В общем, насколько я понял, для объяснения бОльшей неандертальской примеси у восточноазиатских групп есть 2 варианта:
или  восточные азиаты получили еще один "импульс" неандертальской примеси, и поэтому "неандертальских генов" у них стало больше, чем у европейцев

Only simulations with additional introgression into East
Asians (two-pulse models) were accepted as plausible in the
ABC analysis (Figure 3A). We estimated that a second pulse
of 15% more introgression into East Asians could explain
the observed excess of Neandertal introgression (95% con-
fidence interval [CI] of m2 / m1 ¼ 6.8%–26.6%).

или европейцы смешались с какой-то популяций, не обладавшей неандертальским адмиксом (например, африканцы южнее Сахары), и, таким образом, "разбавили" у себя неандертальский вклад, снизив его по отношению к восточным азиатам

To determine whether a European-dilution model could
explain the data, we again performed ABC by using the
summary statistics Rind and Rpop, calculated from neutral
subsets of the genome (B-valueR0.975) as described above.
Specifically, we simulated sequence data under a one-pulse
model where all Neandertal sequence introgressed in a
single pulse into the common ancestor of East Asians and
Europeans (m1; Figure 3B) and the ancestral European population
then admixed with a third population denoted as X
(Figure 3B). We varied the proportion of modern-day European
ancestry derived from population X (AX) from 0% to
35%. We estimated that the observed patterns of Neandertal
introgression are compatible with a European-dilution
model if an average of 18.2% of modern European
ancestry (AX) was contributed by this third population
(95% CI of AX ¼ 9.2%–27.6%).

18.2% вклада слишком много для африканского (отсутствует неандертальская примесь) вклада в генофонд европейцев, однако, есть альтернатива в лице "евразийской популяции-призрака", как назвали ее авторы. Увидев значение предполагаемого вклада в ~18%, мне на ум сразу пришел вездесущий ANE (видимо, сказывается чтение новой статьи по ямникам) =)))
но авторы сразу успокоили, сказав, что и у этой группы было около 2% примеси

This is significantly larger
than current estimates of African ancestry in Europeans
(1%–3%12 and 2.3%;15 p ¼ 5.7 3 10
4
), suggesting that
migration from Africa to Europe cannot explain the larger
amount of Neandertal ancestry in East Asians than in
Europeans. Tantalizingly, recent work suggests that modern
Europeans might comprise admixture of three ancestral
groups.16 However, each of these groups is estimated to
contain ~2% Neandertal ancestry16 and thus could not
have diluted the amount of Neandertal ancestry in modern
Europeans enough to account for the differences with East
Asians. Thus, on the basis of current evidence, differential
migration seems less likely to explain the data, increasing
the likelihood of multiple-pulse models.

В конце концов, предпочтение отдается версии со вторичным событием адмикса у восточных азиатов.

[сармат]

У меня 1.9% неандертальского гена. Это много или мало - для Кавказа?

[FenriR]

У меня 1.9% неандертальского гена. Это много или мало - для Кавказа?

да вообще сомнительно, что 23ия правильно оценивает долю неандертальского вклада.
у меня 2.7%, для сравнения) по Кавказу - не знаю, но вряд ли там значения сильно отличаются от других западноевразийских популяций: те же 2-3%, плюс-минус

[сармат]

У меня 1.9% неандертальского гена. Это много или мало - для Кавказа?

да вообще сомнительно, что 23ия правильно оценивает долю неандертальского вклада.
у меня 2.7%, для сравнения) по Кавказу - не знаю, но вряд ли там значения сильно отличаются от других западноевразийских популяций: те же 2-3%, плюс-минус

Я заметил там у приближенцев 2.2%, 2.5%, 3% и т.д. но у меня меньше всех.

  You are ranked 22nd among your friends. Invite more friends

    Nelson Couto
    3.2%

    99th percentile among European users
 
  Alan Berezov
    3.0%

    92nd percentile among all users
 
  Aydan Dimitri Casey
    3.0%

    93rd percentile among European users
 
   Louisa Tabolov
    3.0%

    91st percentile among all users
 
  Irina Robinson (Tomaity)
    2.9%

    82nd percentile among European users
 
  L. T.
    2.9%

    82nd percentile among users
 
  osman altay
    2.8%

    91st percentile among Middle Eastern or North African users
 
  Lilly Mendel (Mom)
    2.8%

    64th percentile among all users
 
  Erin Mendel (Daughter)
    2.8%

    72nd percentile among all users
 
  Ian H
    2.7%

    59th percentile among European users
   
 Julia Shevchenko
    2.7%

    48th percentile among European users
   
 Maria Moutoudis
    2.7%

    46th percentile among European users
   
 Ron Fisher (Grandpa)
    2.7%

    46th percentile among all users
 
  Example Japanese Person
    2.7%

    53rd percentile among all users
   
 Evelyn Daroff
    2.6%

    36th percentile among all users
   
 Greg Mendel (Dad)
    2.6%

    29th percentile among all users
 
  Example Chinese Person
    2.5%

    26th percentile among all users
   
 Ian Mendel (Son)
    2.4%

    15th percentile among all users
   
 Margo Fisher (Grandma)
    2.4%

    16th percentile among all users
 
  Alan Mendel (Son)
    2.2%

    9th percentile among all users
   
 Fred Mendel (Grandpa)
    2.2%

    10th percentile among all users
   

Это я (you)
    1.9%

    7th percentile among all users

[FenriR]

У меня 1.9% неандертальского гена. Это много или мало - для Кавказа?

да вообще сомнительно, что 23ия правильно оценивает долю неандертальского вклада.
у меня 2.7%, для сравнения) по Кавказу - не знаю, но вряд ли там значения сильно отличаются от других западноевразийских популяций: те же 2-3%, плюс-минус

Я заметил там у приближенцев 2.2%, 2.5%, 3%, но у меня меньше всех.
 You are ranked 22nd among your friends. Invite more friends
 

у моих приближенцев тоже, примерно, так же: 2.1-3.3%.
но это большой роли не играет, имхо. Хотя относительно всех пользователей может создаться впечатление, что разброс велик: у Вас степень примеси выше, чем у 10% всех клиентов 23ия, у меня выше, чем у 45%.
Однако, что Ваш результат, что мой входят в пределы изменчивости для популяций Западной Евразии=)

[сармат]

У меня 1.9% неандертальского гена. Это много или мало - для Кавказа?

да вообще сомнительно, что 23ия правильно оценивает долю неандертальского вклада.
у меня 2.7%, для сравнения) по Кавказу - не знаю, но вряд ли там значения сильно отличаются от других западноевразийских популяций: те же 2-3%, плюс-минус

Я заметил там у приближенцев 2.2%, 2.5%, 3%, но у меня меньше всех.
 You are ranked 22nd among your friends. Invite more friends
 

у моих приближенцев тоже, примерно, так же: 2.1-3.3%.
но это большой роли не играет, имхо. Хотя относительно всех пользователей может создаться впечатление, что разброс велик: у Вас степень примеси выше, чем у 10% всех клиентов 23ия, у меня выше, чем у 45%.
Однако, что Ваш результат, что мой входят в пределы изменчивости для популяций Западной Евразии=)

Я там исправил столбец, больше чем у 7%, 7th percentile among all users.  Кстати самый маленький % у нигерийца ---
Example Nigerian Person
0.3%

1st percentile among all users

[FenriR]

Может больше чем у 7%? 7th percentile among all users  Кстати самый маленький % у нигерийца ---
Example Nigerian Person
0.3%

1st percentile among all users

ну, Вам лучше знать. Пока не исправили свой предыдущий пост, было 10%, вроде))
у африканцев самые низкие проценты неандертальского вклада, у некоторых популяций его нет вообще, как, например, у групп южнее Сахары - там неандры не обитали и туда не заходили,т.к., кроме прочего, например, были приспособлены, в основном, для жизни в холодных условиях)

[сармат]

у африканцев самые низкие проценты неандертальского вклада, у некоторых популяций его нет вообще, как, например, у групп южнее Сахары - там неандры не обитали и туда не заходили,т.к., кроме прочего, например, были приспособлены, в основном, для жизни в холодных условиях)

То есть мои далекие предки --- почти и не контактировали с неандертальцами? А предки африканцев южнее Сахары его вообще не видели?

[FenriR]

То есть мои далекие предки --- почти и не контактировали с неандертальцами?

смешение с неандрами, емнип, произошло на Ближнем Востоке, вскоре после выхода из Африки - так что, предки всех нас одинаково "контактировали" с ними)) только у каких-то популяций, со временем, осталось чуть больше вклада, у каких-то чуть меньше ( - "вымылось").
А какие-то, возможно, смешивались с неандертальцами второй раз, как это предполагается для восточных азиатов в новой работе.

А предки африканцев южнее Сахары его вообще не видели?

видимо, нет.
хотя относительно африканцев, вроде бы, думали, что они могли смешиваться с какими-то другими хомо, но как с этими идеями дела обстоят сейчас - не знаю.

[сармат]

Вот эти мне ближе я думаю. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%80%D0%BE%D0%BC%D0%B0%D0%BD%D1%8C%D0%BE%D0%BD%D0%B5%D1%86

Гена кроманьонца еще не обнаружили? 

[FenriR]

Вот эти мне ближе я думаю. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%80%D0%BE%D0%BC%D0%B0%D0%BD%D1%8C%D0%BE%D0%BD%D0%B5%D1%86

Гена кроманьонца еще не обнаружили? 

так это, в принципе, мы и есть)
только у кроманьонцев степень неандертальской примеси была, естественно, чуть выше, чем у нас сегодняших

[сармат]

Вот эти мне ближе я думаю. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%80%D0%BE%D0%BC%D0%B0%D0%BD%D1%8C%D0%BE%D0%BD%D0%B5%D1%86

Гена кроманьонца еще не обнаружили? 

так это, в принципе, мы и есть)
только у кроманьонцев степень неандертальской примеси была, естественно, чуть выше, чем у нас сегодняших

А может все таки какая то изолированная группа краманьенцев не смешались с неандертальцами?

[FenriR]

А может все таки какая то изолированная группа краманьенцев не смешались с неандертальцами?

может и была такая, но потомков эта группа не оставила, т.к. вклад неандров есть у всех европейцев.