Видимо, это гомоплазия. Скорее всего, E-V13 попал к карачаевцам от окружающих христиан (грузины, осетины).
Непонятно совершенно при чем здесь религиозная принадлежность? Если же говорить о христианстве, то грузины - да, древние христиане на Кавказе. Что же касается осетин, то они до сих пор так и не стали полноценными христианами. Они во многом остаются язычниками, только формально называясь христианами. Особенно, в Северной Осетии! Христианизация осетин происходила в 18 - 19 вв. русскими православными миссионерами, а в Южной Осетии христианизацию осетин проводили грузины. Кроме того, в Северной Осетии большинство населения были мусульманами еще в начале 19 века.
В отличие от осетин, предки карачаевцев и балкарцев были христианами еще совсем недавно. Сейчас мы (карачаево-балкарцы) мусульмане. Но наша исламизация произошла с конца 18 до середины 19 века.