АвторТема: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo  (Прочитано 6792 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6317
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Modern Middle Eastern Populations with European and African Populations

Badro et al., 2013
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0054616

Цитировать
Abstract

The Middle East was a funnel of human expansion out of Africa, a staging area for the Neolithic Agricultural Revolution, and the home to some of the earliest world empires. Post LGM expansions into the region and subsequent population movements created a striking genetic mosaic with distinct sex-based genetic differentiation. While prior studies have examined the mtDNA and Y-chromosome contrast in focal populations in the Middle East, none have undertaken a broad-spectrum survey including North and sub-Saharan Africa, Europe, and Middle Eastern populations. In this study 5,174 mtDNA and 4,658 Y-chromosome samples were investigated using PCA, MDS, mean-linkage clustering, AMOVA, and Fisher exact tests of FST's, RST's, and haplogroup frequencies. Geographic differentiation in affinities of Middle Eastern populations with Africa and Europe showed distinct contrasts between mtDNA and Y-chromosome data. Specifically, Lebanon's mtDNA shows a very strong association to Europe, while Yemen shows very strong affinity with Egypt and North and East Africa. Previous Y-chromosome results showed a Levantine coastal-inland contrast marked by J1 and J2, and a very strong North African component was evident throughout the Middle East. Neither of these patterns were observed in the mtDNA. While J2 has penetrated into Europe, the pattern of Y-chromosome diversity in Lebanon does not show the widespread affinities with Europe indicated by the mtDNA data. Lastly, while each population shows evidence of connections with expansions that now define the Middle East, Africa, and Europe, many of the populations in the Middle East show distinctive mtDNA and Y-haplogroup characteristics that indicate long standing settlement with relatively little impact from and movement into other populations.

Citation: Badro DA, Douaihy B, Haber M, Youhanna SC, Salloum A, et al. (2013) Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Modern Middle Eastern Populations with European and African Populations. PLoS ONE 8(1): e54616. doi:10.1371/journal.pone.0054616

Editor: David Caramelli, University of Florence, Italy

Received: June 21, 2012; Accepted: December 13, 2012; Published: January 30, 2013

Статья в открытом доступе. Можно скачать табличку с Y-STR.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14930
  • Страна: az
  • Рейтинг +4365/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Y DNA and mtDNA in the Middle East - Badro 2013
« Ответ #1 : 04 Февраль 2013, 06:47:14 »
Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Modern Middle Eastern Populations with European and African Populations

Открытый доступ!

Примечательно, что R1* выявлено только у юго-восточных европейцев, сирийцев и турок.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Y DNA and mtDNA in the Middle East - Badro 2013
« Ответ #2 : 04 Февраль 2013, 08:11:19 »
В статье очень много недотипированных гаплотипов. Словаки, саудовцы, йеменцы вообще не сниповались. Гаплогруппа определена предиктивно, очень приблизительно. Неудивительно, что у саудовцев 63% имеют гаплогруппу F*,а у йеменцев таких 65,5%.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6317
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #3 : 04 Февраль 2013, 11:10:51 »
Я прогнал через предиктор массу K* и обнаружил L, Q и T.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #4 : 04 Февраль 2013, 11:30:29 »
посм. внимательней там 90% популяций в статье из других публикаций

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1003
  • Рейтинг +149/-1
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #5 : 04 Февраль 2013, 13:21:05 »
А я пыталась построить Древо J2. Тоже непонятно что. Если в предыдущей статье (по теме Иранских J2) были наряду с 9 STR хоть некоторые снипы, разделяющие всю ветвь, то здесь голые 10 маркеров. Получается, прав А.Клесов, ругая популяционных генетиков.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1761/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #6 : 04 Февраль 2013, 13:40:32 »
А я пыталась построить Древо J2. Тоже непонятно что. Если в предыдущей статье (по теме Иранских J2) были наряду с 9 STR хоть некоторые снипы, разделяющие всю ветвь, то здесь голые 10 маркеров. Получается, прав А.Клесов, ругая популяционных генетиков.

В чем прав?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6317
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #7 : 04 Февраль 2013, 13:54:36 »
посм. внимательней там 90% популяций в статье из других публикаций

Видел. Там даже ссылки есть по которым можно понять кто откуда. Важно, что все сведено в одну таблицу и не нужно искать.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6317
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #8 : 04 Февраль 2013, 13:58:11 »
А я пыталась построить Древо J2. Тоже непонятно что. Если в предыдущей статье (по теме Иранских J2) были наряду с 9 STR хоть некоторые снипы, разделяющие всю ветвь, то здесь голые 10 маркеров. Получается, прав А.Клесов, ругая популяционных генетиков.

В чем прав?

Если он насчет "голых 10 маркеров", то думаю он не одинок. В оправдание попгенетиков можно сказать, что:
1. большая часть данных процитирована из других работ и вряд ли могла быть физически перетестирована авторами.
2. к сожалению спонсоров на прогон более чем 2 тысяч образцов через коммерческие тесты не наблюдается. Очередь к ученым не стоит:(
3. есть этические органичения при исследованиях, которые препятствуют вольному обращению с образцами
4. строить дерево хоть по 10, хоть по 17 маркерам можно, но ... лучше не нужно.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1003
  • Рейтинг +149/-1
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #9 : 04 Февраль 2013, 14:36:46 »
Цитировать
4. строить дерево хоть по 10, хоть по 17 маркерам можно, но ... лучше не нужно.

Хочется посмотреть, как рядом с ними лягут коммерческие образцы.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1761/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #10 : 04 Февраль 2013, 14:44:18 »
Т.е. Клесов тут совсем не причем.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1003
  • Рейтинг +149/-1
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #11 : 04 Февраль 2013, 15:27:08 »
Цитировать
В оправдание попгенетиков можно сказать...
В чем тогда смысл таких работ, где все в 1 куче, а делаются какие-то выводы?

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11097
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2543/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Y DNA and mtDNA in the Middle East - Badro 2013
« Ответ #12 : 04 Февраль 2013, 15:39:10 »
В статье очень много недотипированных гаплотипов. Словаки, саудовцы, йеменцы вообще не сниповались. Гаплогруппа определена предиктивно, очень приблизительно. Неудивительно, что у саудовцев 63% имеют гаплогруппу F*,а у йеменцев таких 65,5%.
Не понимаю, почему всех этих F* нельзя было "превратить" в тех , кто они на самом деле есть - J1?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19760
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1761/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #13 : 04 Февраль 2013, 15:44:51 »
Цитировать
В оправдание попгенетиков можно сказать...
В чем тогда смысл таких работ, где все в 1 куче, а делаются какие-то выводы?

Это беда лабораторий, нет денег на доп.исследования, а публиковаться надо.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11097
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2543/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Y-Chromosome and mtDNA Genetics Reveal Significant Contrasts in Affinities of Mo
« Ответ #14 : 04 Февраль 2013, 15:52:58 »
Это беда лабораторий, нет денег на доп.исследования, а публиковаться надо.
А если вспомнить что и публикаций нет..... Пропадает или в лучшем случае безнадежно устаревает масса нужного материала. На данный момент вижу что наука замкнулась сама в себе - то есть если это нужно для гранта, получения научной степени или каких других преференций, то материал с большой задержкой, но будет опубликован, нет - ну и хрен с ним. Какое там "наука есть познание..". Нет, я понимаю что все это как бы нормально для нынешней жизни, в других сферах мы воспринимаем такое положение вещей как должное, но все равно неприятно.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.