АвторТема: Определение базовых гаплотипов  (Прочитано 11069 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #30 : 17 Октябрь 2009, 22:27:37 »
Всё зависит от того, сставишь галу "Скорость FTDNA, или нет.
Если ставишь, то для всех маркеров скорость 0,0024 и ошибки нее будет, ежели нет, то ошибка обеспечена.

Существенная поправка, Маугли. Поддерживаю.

Господи, ребята, я говорю а вы не слышите.
Я и сам так считал. Всего пару месяцев назад.
Я всегда использовал и использую постоянную скорость мутаций.
Так вот, сообщение об ошибке информирует о том, что значения аллелей не укладываются в заданный интервал. Т.е. к скоростям (а тем более совершенно ни к месту ранее помянутым весам) они не имеют абсолютно никакого касательства.

А вот то, что сгенерированные матрицы и файлы для филипа, или .ych получаются разные в зависимости от наличия, или отсутствия ошибок - факт.

Я вам и ссылку дал (уверен, что вы её просто проигнорировали).

:)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #31 : 17 Октябрь 2009, 22:37:03 »
Давайте, я просто код джавы кину сюда (не прибьют авторы?).
В ней я менял скорость yutility, как хотел.
Нет там загадок эпохи - простейшая, о надёжная математическая модель.

Если есть галка в "Скорость FTDNA" просто не от куда ошибки взяться.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #32 : 17 Октябрь 2009, 22:37:16 »
Я Вас прекрасно понял, МихГлич. Но мы о другом: как это - скорости не вляяют? Зачем же они запрашиваются? Признаюсь - не проверял.
 
Что же касается проверки маркеров на диапазон, для них характерный, то просто не сталкивался - и сообщения об ошибке не получал. Не скрою, если бы получил, стал бы разбираться, как и Вы.
 
Так что здесь Вы, безусловно, правы.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #33 : 17 Октябрь 2009, 22:47:05 »
Давайте, я просто код джавы кину сюда (не прибьют авторы?).
В ней я менял скорость yutility, как хотел.
Нет там загадок эпохи - простейшая, о надёжная математическая модель.

Если есть галка в "Скорость FTDNA" просто не от куда ошибки взяться.
mouglley,  согласен, скрипт простейший. Он у меня скопирован на всякий случай.
И то что скорости совершенно не влияют на сообщения об ошибке - тоже вещь примитивная.
С тем, что если заданный интервал для значений для маркера, скажем 15 - 32, то при значении 12 утилита вопит об ошибке, разобраться тоже просто. (Если конечно не считать своих собеседников кончеными дурачками.)

Можете продолжать не верить, что с сообщениями об ошибке и без них матрицы получаются разными. Я, конечно же, не буду тратить время на иллюстрированное пошаговое доказательство своей правоты.
Как сказать ещё понятнее - не знаю.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #34 : 17 Октябрь 2009, 22:51:23 »
Я Вас прекрасно понял, МихГлич. Но мы о другом: как это - скорости не вляяют? Зачем же они запрашиваются?
Какой милый вопрос!
Скорости запрашиваются дабы просчитать TMRCA.
Брал я постоянную 0.0024 - получал одно.
Брал клёсовские 0.0022 - немного другое.
Уважаемый Centurion, просто для примера, больше уважает (пардон за звуковую тавтологию) переменные скорости от FTDNA.
Вы можете взять скорость 0.01, или 0.001 - и ничего Вам за это не будет.
 :o

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #35 : 17 Октябрь 2009, 22:54:24 »
Да все Вам верят, МихГлич. Насчёт скоростей тоже разобрались - влияют на результат и ошибки не вызывают.
 
Что же Вы в открытую дверь ломитесь. Просто исправьте диапазоны  для маркеров в скрипте - и будет Вам счастье.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #36 : 17 Октябрь 2009, 22:56:33 »
Цитировать
Уважаемый Centurion, просто для примера, больше уважает (пардон за звуковую тавтологию) переменные скорости от FTDNA.
Я уважаю постоянную 0.022

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #37 : 17 Октябрь 2009, 23:04:53 »
Цитировать
Уважаемый Centurion, просто для примера, больше уважает (пардон за звуковую тавтологию) переменные скорости от FTDNA.
Я уважаю постоянную 0.022
Поздравляю! Мы все меняемся. Все осознаем свои ошибки.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #38 : 17 Октябрь 2009, 23:13:02 »
Просто исправьте диапазоны  для маркеров в скрипте - и будет Вам счастье.
Просто раставьте маркеры в нужном порядке и уберите галочки - и будет Вам счастье.
Просто убирайте последовательно галочки, пока значения маркера не налетит на нужный диапазон, - и будет Вам счастье.

Мы ведь тут Фарруху советы даём, не так ли? У меня вообще проблем нет.
Во-первых, я в состоянии расставить маркеры и галочки.
Во-вторых, я использую только длиные гаплотипы.

Я просто хотел поправить очередную клесовскую отрыжку. У меня их в запасе много. Казалось бы очевидных, а на деле ошибочных. Просто считаю, что сейчас не время для каких-то конфронтационных заявлений. Да и вообще ни к чему.
Вот Вы про 50% сказали, а я промолчал. Хотя давно уже знаю, что 50% доверительной вероятности калькулятора TMRCA соответствуют 75% утилиты. Но и что с того, если точность всего метода можно охарактеризовать выражением миллион туда - миллион сюда? :)
Топология не меняется - и ладно. А то что времена получаются похлеще новохронологических, так всё равно им никто не верит.  :o

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12995
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #39 : 17 Октябрь 2009, 23:13:43 »
Поменял очерёдность маркеров. Для одной выборки - всё без проблем. Для другой - опять выдаёт ошибку типа "проверь такой-то маркер, там значения меньше ожидаемых 18<24" хотя проверил - маркер тот самый, только там значения какие-то "неклассические" что ли...

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #40 : 17 Октябрь 2009, 23:24:06 »
Если честно, утилиткой пользовался только месяц-другой вначале, пока свои не написал, где сам себе хозяин.
 
Но соглашусь с Вами, что объяснить все её тонкости нужно, и не только Фаруху это будет полезно.
 
Про то, что там 50% реально соответствует 75 (или наоборот?) - зря промолчали. Я же этого не проверял за ненадобностью. Но другим будет полезно. Не объясните в подробностях? Это важно.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #41 : 17 Октябрь 2009, 23:31:11 »
Про то, что там 50% реально соответствует 75 (или наоборот?) - зря промолчали. Я же этого не проверял за ненадобностью. Но другим будет полезно. Не объясните в подробностях?
Посмотрите код скриптов и увидите, что в одном случае берётся просто доверительный интервал. А в другом доверительный интервал + доверительный интервал от доверительного интервала.  :o

Иными словами, в одном случае имеем просто 50%, а в другом 50% + 50% от 50% = 75%.
Но Вы утилитой не пользуетесь, так что не беда.
А большинство присутствующих используют матрицу только для выявления топологии, так что тоже не беда.

:)

Если же кто-то хочет оценить времена по построению с помощью филипки. Просто визуально. На коленке. Порядок величин, так сказать. То надо брать не меньше 75%.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12995
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #42 : 06 Март 2010, 09:54:37 »
Уберите дубли (хотя в Мурке их можно обозначить префиксом n@, тогда Мурка не будет их учитывать при расчете ро).

Вопрос: что подразумевается под дублями? Клёсов утверждает, что при условии корректного сбора выборки при заведомом отсутствии осознаваемого родства такие гаплотипы нельзя удалять, т. к. это базовые гаплотипы.

Хотел бы выслушать мнения уважаемых экспертов.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #43 : 06 Март 2010, 10:39:22 »
Если я уверен, что это разные люди с одинаковыми гаплотипами, то я оставляю дубли.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100