АвторТема: Определение базовых гаплотипов  (Прочитано 11063 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #15 : 17 Октябрь 2009, 12:52:35 »
Я переставил столбцы в том порядке, что в той таблице, галочки поснимал. Опять киргуду выдаёт. Кстати, там можно как-нибудь одной командой снимать все миллион галочек и потом просто поставить свои 11?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #16 : 17 Октябрь 2009, 13:44:02 »
Не пытался никогда. По-моему низзя.
 
Экспериментируйте дальше. Если долго мучиться, что-нибудь получится. (с) Все через это прошли.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #17 : 17 Октябрь 2009, 14:16:23 »
Может, есть другие утилиты, где не надо так изгаляться?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19389
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1576/-58
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #18 : 17 Октябрь 2009, 14:56:46 »
:) Как это знакомо.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #19 : 17 Октябрь 2009, 14:59:59 »
Интересно, а для чего они меняют порядок отображения маркеров?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #20 : 17 Октябрь 2009, 15:16:48 »
Интересно, а для чего они меняют порядок отображения маркеров?

Чтобы было удобно импортировать данные из FTDNA или Y-search.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #21 : 17 Октябрь 2009, 16:49:53 »
Может, есть другие утилиты, где не надо так изгаляться?
Есть и другие. Например, вот эта неплохая бета-версия (ссылка).
Но поизгаляться всё равно придётся.
:)

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #22 : 17 Октябрь 2009, 19:16:32 »
Цитировать
Не пытался никогда. По-моему низзя.
Овод, там те же маркеры, только в другом порядке. Если я выстрою их в том же порядке, что и в утилите - от этого что-то искажается?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #23 : 17 Октябрь 2009, 20:57:52 »
Цитировать
Не пытался никогда. По-моему низзя.
Овод, там те же маркеры, только в другом порядке. Если я выстрою их в том же порядке, что и в утилите - от этого что-то искажается?

Вы можете вообще начхать на порядок маркеров.Если без весов (а утилита их не знает) - результат не изменится.
 
Только обозначения маркеров вовсех программах, куда пойдут данные из утилиты (если Вы её для этого пользуете) названия (только) маркеров будут искажены.
 
И ещё - учтите, что утилита считает  ВБОП по методу "неопределённых аллелей",  который годится только для весьма молодых гаплотипов.
 
Последнее - ставьте вероятность 50%, если хотите иметь нормальное, среднее значение возраста, а не с запасом на соответствующий квантиль.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #24 : 17 Октябрь 2009, 21:32:04 »
Вы можете вообще начхать на порядок маркеров.Если без весов (а утилита их не знает) - результат не изменится.
1) Если не без весов, а при постоянной скорости мутаций по всем маркерам.
2) Если выскакивают сообщения об ошибках, то генетические дистанции просчитываются неверно. (Проверено!!!) Стало быть и масштабирование ветвей (а иногда и общая топология) будут другими.

Короче говоря это то, о чём я поторопился сказать раньше:
Раньше советовали при постоянной скорости вообще не обращать внимание на сообщения об ошибках. Это неправильно. Генетические дистанции просчитываются неверно.
Выходит, что не раньше, а и сейчас.

Кстати, пожилой лев, как немного льстиво обозвали АК в одном из сегодняшних постов, не раз похвалялся (до того как начал фантазировать о какой-то утилите, специально для него написанной студентами), что не обращает внимание на выскакивающие сообщения об ошибках. Понятное дело, что сопоставить две разных матрицы, полученных с сообщениями об ошибке и без, ему в голову не пришло.

Я тоже всё это на веру принимал без проверки, пока дотошный Alexander мне глаза не раскрыл. :)

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #25 : 17 Октябрь 2009, 21:45:35 »
Я бы не стал доверять результатам ЛЮБОЙ программы, выдающей предупреждение об ошибке.
 
Ну, если, конечно, это не моя программа и я точно уверен, что ошибка не повлияет на результат вычислений. Или в руководстве к программе содержится чёткое описание природы ошибки и её последствий.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #26 : 17 Октябрь 2009, 21:51:48 »
Я бы не стал доверять результатам ЛЮБОЙ программы, выдающей предупреждение об ошибке.
Я сейчас не говорю о доверии.
Мысль моя проще.
Если сообщений об ошибках нет - получается одна матрица.
Если сообщения об ошибках есть - получается другая матрица.
Речь идёт не о какой-то отвлечённой программе, а именно о той утилите, что использует Фаррух и подавляющее большинство присутствующих на форуме.

Что до сообщения об ошибке, то оно очень корректно информирует о превышении заданного интервала значений для конкретного маркера. Можно предположить, что если эти значения выходят за рамки, то программа их просто не обрабатывает. Тем самым меняя матрицу.


Ну, а по сути. Считаю, что маркеры расставить в одном из трёх предлагаемых форматов, а потом галочки поубирать - задача не такая уж и сложная.
:)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #27 : 17 Октябрь 2009, 22:00:00 »
Всё зависит от того, сставишь галу "Скорость FTDNA, или нет.
Если ставишь, то для всех маркеров скорость 0,0024 и ошибки нее будет, ежели нет, то ошибка обеспечена.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #28 : 17 Октябрь 2009, 22:06:11 »
Цитировать
до того как начал фантазировать о какой-то утилите, специально для него написанной студентами

речь о 70х?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #29 : 17 Октябрь 2009, 22:08:04 »
Всё зависит от того, сставишь галу "Скорость FTDNA, или нет.
Если ставишь, то для всех маркеров скорость 0,0024 и ошибки нее будет, ежели нет, то ошибка обеспечена.

Существенная поправка, Маугли. Поддерживаю.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100