АвторТема: Определение базовых гаплотипов  (Прочитано 11064 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Определение базовых гаплотипов
« : 19 Август 2009, 06:29:04 »
Уважаемые коллеги, просьба разъяснить. Допустим есть ветвь на которой сидят разные гаплотипы. Как выделить среди них так называемый базовый гаплотип ветви?

13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 30 18 9 9 11 11 27 14 19 32 15 16 16 17
13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 30 17 9 9 11 11 27 14 20 33 15 16 17 17
13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 31 17 9 9 11 11 27 14 19 33 15 16 16 16
13 24 13 10 17 18 11 12 12 12 11 30 18 9 9 11 11 27 14 19 33 15 16 16 17
13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 30 18 9 9 11 11 27 14 19 33 15 16 16 17
12 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 31 18 9 9 11 11 27 14 19 33 15 16 16 17
13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 31 18 9 9 11 11 26 14 19 33 15 16 16 17
13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 31 18 9 9 11 11 27 15 19 33 15 16 16 17
13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 31 18 9 9 11 11 27 15 19 33 15 16 16 17
13 24 14 10 17 18 11 12 12 13 11 31 19 9 9 11 11 27 15 19 33 15 16 16 17
13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 31 17 9 9 11 11 27 14 19 34 15 16 16 17

13 24 13 10 17 18 11 12 12 13 11 31 18 9 9 11 11 27 14 19 33 15 16 16 17

Выделил по своему уразумению, набор среднеарифметических аллелей. Тем не менее, если значения аллелей колеблются от 14 до 19, то как выбрать из них значение базового?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #1 : 19 Август 2009, 07:51:13 »
Можно взять модальное значение. То есть наиболее часто встречающееся.
Пример: 14, 14, 16, 19. Модальное значение 14.

Можно зять медианное значение. То есть наиболее близкое существующее значение к среднему.
Пример: 14, 14, 16, 19. Медианное значение (14+14+16+19)/4=15.75 -> 16 (Предполагается, что значение 16 существует.)

А вообще процесс составления выборки требует детальной теоретической проработки.
Каким должен быть состав референтной группы?
Каковы должны быть максимально близкие родственные связи между членами выборки?

Пока 99% всех выборок - сикось-накось. Может только по степнякам и горцам, которые декларируют знание предков до 7 колена, - более менее.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #2 : 07 Сентябрь 2009, 23:56:53 »
Михаил, сепас!

Тогда вопрос следующий: как рассчитывается число мутаций относительно базового гаплотипа? Допустим, базовое значение - 17. Но в выборке из 30 гаплотипов встречаются 5 значений с 16, 20 с 17 и 5 с 18.
Общее число мутаций 5+5=10? Суммируем количество отличающихся значений? Так?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #3 : 08 Сентябрь 2009, 01:11:48 »
Лучше и удобнее расчитывать по методу ASD (среднеквадратичным отклонениям от базового значения).

Михаил, сепас!

Тогда вопрос следующий: как рассчитывается число мутаций относительно базового гаплотипа? Допустим, базовое значение - 17. Но в выборке из 30 гаплотипов встречаются 5 значений с 16, 20 с 17 и 5 с 18.
Общее число мутаций 5+5=10? Суммируем количество отличающихся значений? Так?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #4 : 08 Сентябрь 2009, 01:20:41 »
Михаил, сепас!

Тогда вопрос следующий: как рассчитывается число мутаций относительно базового гаплотипа? Допустим, базовое значение - 17. Но в выборке из 30 гаплотипов встречаются 5 значений с 16, 20 с 17 и 5 с 18.
Общее число мутаций 5+5=10? Суммируем количество отличающихся значений? Так?
Для большинства методов расчета TMRCA - да.
Топология же основывается на принципе одношаговых мутаций.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Модальный гаплотип
« Ответ #5 : 08 Сентябрь 2009, 01:49:21 »
Farroukh, я последнее время использую только модальный гаплотип.
Поясню ход своей мысли.
Работать приходится только с небольшими выборками. (Ввиду отсутствия данных.)
Кроме того я использую два самоограничения:
1) Работаю только по гаплотипам большой длины.
2) Использую выборку гаплотипов с максимальной генетической разницей не более половины длины гаплотипа.
При таких подходах понятно, что когда выборка не косая, модальный гаплотип близок к предковому. Под предковым гаплотипом мы подразумеваем ближайший возможный гаплотип. Т.е., не тот который был, а который мог бы быть, исходя из принимаемых для расчета скоростей мутаций и поколенного интервала.
Для больших же выборок и с большими генетическими дистанциями модальное значение стремится к медианному. Медианное же в свою очередь стремится к среднему.
Так что опять же можно ограничится модальным значением.

Наконец-то и АК стал изрекать общепринятые банальности о том, что правильность составления выборки имеет определяющее значение. Что данные будут не раз уточняться и ревизироваться. Надеюсь, что осознал, так как давно не слышал от него призывов переписать историю согласно его расчетов по 6-маркерным гаплотипам.

Как призание своих ошибок, расцениваю и фразу Анатолия о том,  что скорости мутаций, да и расчет  TMRCA ему больше не интересны. Насчитался.  :o
Хочет теперь науку создать. Участки Y-хромосом - это круто! Если академию одного человека под это дело слепил, то от чего же ещё людей не посмешить.
В друзьях-соратниках у него другие создатели: веры славянской, организмики и пр. шутовских кунштюков.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #6 : 14 Сентябрь 2009, 22:05:08 »
Ещё вопрос. При расчёте количества мутаций в выборке из 25 гаплотипов мутации по 12-му маркеру считаются как-то хитро (сравнивается разница между 12-ым и 10-ым маркерами). Зависит ли это от длины гаплотипа или от чего-то другого?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #7 : 17 Сентябрь 2009, 22:46:42 »
Ещё вопрос. При расчёте количества мутаций в выборке из 25 гаплотипов мутации по 12-му маркеру считаются как-то хитро (сравнивается разница между 12-ым и 10-ым маркерами). Зависит ли это от длины гаплотипа или от чего-то другого?
Просто всегда из значения DYS 389-2 надо вычитать DYS 389-1 и потом уже считать мутации (т.к. DYS 389-1 это первая часть DYS 389-2, а не другой кусочек ДНК, как в остальных парных маркерах). Это справедливо для любого набора гаплотипов, где есть DYS 389-1 и DYS 389-2.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #8 : 16 Октябрь 2009, 18:49:13 »
Господа, я тут пытаюсь вычислить ТМРСА для гаплотипов с такой последовательностью:
DYS19 DYS388 DYS390 DYS391 DYS392 DYS393 DYS389I(CD) DYS389II(AB) DYS439 DYSA7.2

Что надо указать в настройках здесь, чтобы был корректный расчёт?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #9 : 16 Октябрь 2009, 20:34:52 »
Господа, я тут пытаюсь вычислить ТМРСА для гаплотипов с такой последовательностью:
DYS19 DYS388 DYS390 DYS391 DYS392 DYS393 DYS389I(CD) DYS389II(AB) DYS439 DYSA7.2

Что надо указать в настройках здесь, чтобы был корректный расчёт?
Можно ввести исходные гаплотипы в Эксел.
Расставить столбцы по порядку (ФТДНА, например).
Затем поснимать галочки в утилите.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #10 : 16 Октябрь 2009, 21:01:20 »
МИхаил, я закидываю гаплотипы в утилиту, а она мне выдаёт это:



Как с этой киргудой бороться?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #11 : 16 Октябрь 2009, 21:20:19 »
Проверте галочки под наименованиями аллелей - Вы сделали Enable несуществующие в Ваших данных четыре аллели. Верхний ряд галочек - это аллели, которые ПРИСУТСТВУЮТ реально в Ваших данных, нижний - по которым из них Вы хотите получить результат.
 
Просто - исправьте несоответствия. Успеха!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #12 : 16 Октябрь 2009, 21:22:09 »
МИхаил, я закидываю гаплотипы в утилиту, а она мне выдаёт это:



Как с этой киргудой бороться?
Во-первых, надо расставить Ваши маркеры по порядку.
Во-вторых, снять галочки с тех маркеров, что Вы не используете.

Если Вы снимите, например, галочку с 426 маркера, то у Вас выскочит сообщение об ошибке в следующем, не входящим в рамки.


Если гаплотип короткий и скорость мутаций постоянная, то можете поступить просто - снимайте последовательно галочки в гаплотипах, указанных в сообщении об ошибке.

Раньше советовали при постоянной скорости вообще не обращать внимание на сообщения об ошибках. Это неправильно. Генетические дистанции просчитываются неверно.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12950
  • Страна: az
  • Рейтинг +2963/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #13 : 17 Октябрь 2009, 11:41:07 »
DYSA7.2 - это что за зверь? Я не вижу его в таблице той утилиты. Или он там обозначен как-то иначе?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Определение базовых гаплотипов
« Ответ #14 : 17 Октябрь 2009, 12:13:22 »
DYSA7.2 - это что за зверь? Я не вижу его в таблице той утилиты. Или он там обозначен как-то иначе?
aka DYS461

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100