АвторТема: Компьютер для ДНК-Генеалога  (Прочитано 11221 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 212
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #15 : 21 Август 2009, 14:16:17 »
А Саша не может поделится своим конвертером?

Берите.
http://www.rapidshare.ru/1142110
На чем написан? Доп. что-то требуется?

ФАЙЛ ЗАМЕНЁН!!! Добавлены борландовские длл-ки, должны быть в path-е (т.е. либо правьте path, либо засуньте в \windows\system).

http://www.rapidshare.ru/1142161

=======================================
Импортирует:
- РДФ, старый и новый
- ИЧ

Импортируются РДФ, где чары закодированы символами АСКИ от 0х30 (ноль) до 0х5А (Z). Если на входе мусор - в данных может также оказаться мусор.
Перед экспортом обязательна "бинаризация". Не сделаешь вручную - программа сделает принудительно.

Если на входе бинаризации 0/1, то он так и откопируется.
Если на входе С/Т, то он преобразовывается во внутреннее хранение 0/1, причем Т=1.
Если на входе ACTG, то появляются два бита AG_TC и AC_TG, причем вес первого в 5 раз больше базового. Соответственно, А=00, G=01, C=10, T=11.
Если на входе десятичное число до 48 (0х30) - то из набора чисел вычисляются минимум и максимум, делается набор бит в количестве Max-Min...

При экспорте в НЕКС 0/1 будет преобразован в С/Т, причем Т=1.
При экспорте веса, количества, наименования маркеров пока не поддерживаются.
=======================================

Эта софтина - в определенной степени бета, брошенная в недоделанном состоянии. Планировалось слить ее с моим же ФилоГеном в части генерения деревьев, сделать импорт/экспорт весов отдельно от собственно данных, сделать вызов мурки как внешней софтины, сделать импорт данных через инет с ysearch, сделать свою рисовалку деревьев (даже алгоритм уже расписан)...

После этого я ее бросил (надеюсь, временно), почти эти же задачи обкатываются в онлайн-версии ydna.ru.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #16 : 21 Август 2009, 14:37:43 »
Спасибо и +1. Ваша утилита позволяет экономить уйму времени.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #17 : 21 Август 2009, 14:39:02 »
Цитировать
После этого я ее бросил (надеюсь, временно), почти эти же задачи обкатываются в онлайн-версии ydna.ru.

О! Тебе есть о чем рассказать нам :)

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 212
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #18 : 21 Август 2009, 15:20:53 »
Спасибо и +1. Ваша утилита позволяет экономить уйму времени.

Позвольте поинтересоваться, в чем?  ;)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #19 : 21 Август 2009, 15:41:08 »
В смысле совместимости Мурки, Меги, ТНТ, Нетворка, Филипа и СплитсТри.
 :)

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 212
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #20 : 21 Август 2009, 15:56:14 »
В смысле совместимости Мурки, Меги, ТНТ, Нетворка, Филипа и СплитсТри.
 :)

Понял. Вы... эта... аккуратней... Там не все преобразования обратимы :) В частности, бинаризация.

Плюс, смотрите, там могут оказаться недоотлаженные участки...

Вопросик. Сейчас работает:
импорт:
- старый rdf
- новый rdf
- ych
экспорт:
- nex

Че-нить еще надо? Можно относительно безболезненно сделать экспорт rdf и ych...

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3125
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #21 : 21 Август 2009, 16:53:24 »
Саш, а давай твой конвертер поместим на серваке МолГена и ссылку дадим - пусть все будет выглядеть не просто "брошенным" в инете, а в тематическом месте. Что скажешь?

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 212
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #22 : 21 Август 2009, 16:59:41 »
Саш, а давай твой конвертер поместим на серваке МолГена и ссылку дадим - пусть все будет выглядеть не просто "брошенным" в инете, а в тематическом месте. Что скажешь?

Валера мне уже задавал этот вопрос. На данный момент я против. Слишком "бетовое" изделие. Его надо немного довести до ума, тогда можно спокойно публиковать. Здесь я все-таки его вывесил, т.к. "для своих".

С другой стороны, уголок для выкладывания самописного софта напрашивается. Мурка, экселевские наброски, мои филоген и филоконв...

ЗЫ. В принципе, можно и сделать. С предупреждением, что "бета, посему работоспособность не гарантируется, багрепорты слать вот туда" ;)

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3125
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #23 : 21 Август 2009, 17:07:21 »
Спасибо! Все правильно говоришь.
Сделаю.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #24 : 21 Август 2009, 21:52:55 »
Вот это хорошо.
По софтовым наработкам, смотрю, со всего мира будут обращаться на молген.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #25 : 21 Август 2009, 23:17:15 »
Вот это хорошо.
По софтовым наработкам, смотрю, со всего мира будут обращаться на молген.
То ли еще впереди... огого   ;)
Чую. Это будет что-то.

Оффлайн shekhol

  • Сообщений: 718
  • Страна: ru
  • Рейтинг +121/-2
  • Y-ДНК: N1*(L1025+)
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #26 : 22 Август 2009, 00:26:15 »
Цитировать
Разве что с железом можно немного поэкспериментировать.
Какие-нибудь варианты?

Тут советовать без конкретики сложновато.
Но можно сказать некоторые общие вещи:

- можно разгонять процессор (рискуя правда стабильностью, может зависнуть), современные AMD, да и Пентиумы позволяют это делать с помощью специальных утилит или настроек в БИОСе. При этом желательно следить еще чтобы он не сильно перегревался, особено Пентиум.
- попробовать разные типы памяти.
- разгонять память тоже можно, если не зависает
- для ускорения работы жесткого диска лучше использовать не устаревшие IDE, а SATA диски у которых передача данных быстрее, соответственно и материнская плата должна их поддерживать; ну и как я уже писал, один диск исключительно для виртуальной памяти системы.
- ну и потом компьютеры бывают разной архитектуры.
- если программа работает в системе Windows, то можно поотключать много ненужных сервисов (services) на время расчета, заодно освободив оперативную память.

Хорошо бы также при манипуляциях с железом измерять производительность каждой железки/системы при помощи специальных утилит, запускать тесты, следить за температурой и напряжением. Например, есть такие полезные утилиты: http://www.cpuid.com/download/pcwizard/pcw2009_v190.exe
http://www.izone.ru/sys/diagnostics/hd-tune-download.htm
http://narod.yandex.ru/100.xhtml?testmem.narod.ru/snm.zip

PS не отвлекайте процессор от его работы :)
« Последнее редактирование: 22 Август 2009, 00:34:12 от shekhol »

Оффлайн shekhol

  • Сообщений: 718
  • Страна: ru
  • Рейтинг +121/-2
  • Y-ДНК: N1*(L1025+)
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #27 : 22 Август 2009, 00:38:51 »
Да есть еще один вариант - купить два компьютера и на них запускать расчет :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #28 : 22 Август 2009, 01:32:39 »
Цитировать
- для ускорения работы жесткого диска лучше использовать не устаревшие IDE, а SATA диски у которых передача данных быстрее, соответственно и материнская плата должна их поддерживать; ну и как я уже писал, один диск исключительно для виртуальной памяти системы.

уж лучше накупить памяти :) Я уже не один год собираюсь на свою старушку-станцию поставить все 8 причитающихся гиг да вот дороговато выходит.

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3125
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #29 : 22 Август 2009, 23:10:33 »
Относительно каталога софта для днк-генеалога продолжу в теме о софте.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100