АвторТема: Компьютер для ДНК-Генеалога  (Прочитано 11220 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3125
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Компьютер для ДНК-Генеалога
« : 18 Август 2009, 13:55:18 »
Уважаемые форумчане!
У меня возник вопрос, который я хочу вынести на обсуждение.
Мы много говорим о построении филогенетических деревьев, кладограмм и пр. Иногда, при больших выборках, эти построения могут занимать часы, сутки.
Какой, на ваш взгляд, нужен компьютер для ДНК-Генеалога? Я говорю о конфигурации (железе) и операционке...
Какой софт ему потребуется для исследовательской работы? Где и как получить дистрибутив? И т.д. и т.п.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #1 : 18 Август 2009, 14:12:14 »
жжОшь Денис :)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #2 : 18 Август 2009, 14:49:20 »
жжОшь Денис :)
Не то слово!   ;)

далее:

Одежда для ДНК-генеалога
Авто для ДНК-генеалога

 ;D

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #3 : 18 Август 2009, 15:21:15 »
Уважаемые форумчане!
У меня возник вопрос, который я хочу вынести на обсуждение.
Мы много говорим о построении филогенетических деревьев, кладограмм и пр. Иногда, при больших выборках, эти построения могут занимать часы, сутки.
Какой, на ваш взгляд, нужен компьютер для ДНК-Генеалога? Я говорю о конфигурации (железе) и операционке...
Какой софт ему потребуется для исследовательской работы? Где и как получить дистрибутив? И т.д. и т.п.
Думаю, что для любых ДНК-прог больше всего важен проц (причем, подавляющее большинство программ не использует параллельные расчеты и многоядерность не имеет значения - имеет значение скорость на одном ядре), скорость оперативной памяти <добавлено позже по подсказке shekhol>, затем объем оперативной памяти, еще менее скорость чтения с диска. Видеокарта не важна.
Операционка - зависит от софта. Наверное, все же для любителя ДНК-генеалогии это Windows. Для профессионалов из смежных дисциплин (например, популяционных генетиков) - не знаю.

Из софта - прежде всего, Мурка, Fluxus Network, Мега
« Последнее редактирование: 19 Август 2009, 03:41:23 от wertner »

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3125
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #4 : 18 Август 2009, 15:34:32 »
Валера, Роман - ничего странного в моем сообщении не было. Совершенно нормальные вопросы.
Существуют "специфические" конфигурации - мультимедийные, игровые, конструкторские и пр., которые отражают удовлетворение к-л "специфическим" характеристикам, будь то звуковая карта, видеокарта, процессор, диагональ монитора и т.п.

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3125
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #5 : 18 Август 2009, 15:35:42 »
Вот Вадим уловил суть моего вопроса. Спасибо (+1), Вадим.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #6 : 18 Август 2009, 22:16:19 »
А Саша не может поделится своим конвертером?

Оффлайн shekhol

  • Сообщений: 718
  • Страна: ru
  • Рейтинг +121/-2
  • Y-ДНК: N1*(L1025+)
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #7 : 18 Август 2009, 23:49:44 »
Уважаемые форумчане!
У меня возник вопрос, который я хочу вынести на обсуждение.
Мы много говорим о построении филогенетических деревьев, кладограмм и пр. Иногда, при больших выборках, эти построения могут занимать часы, сутки.
Какой, на ваш взгляд, нужен компьютер для ДНК-Генеалога? Я говорю о конфигурации (железе) и операционке...
Какой софт ему потребуется для исследовательской работы? Где и как получить дистрибутив? И т.д. и т.п.
Думаю, что для любых ДНК-прог больше всего важен проц (причем, подавляющее большинство программ не использует параллельные расчеты и многоядерность не имеет значения - имеет значение скорость на одном ядре), затем оперативка, еще менее скорость чтения с диска. Видеокарта не важна.
Операционка - зависит от софта. Наверное, все же для любителя ДНК-генеалогии это Windows. Для профессионалов из смежных дисциплин (например, популяционных генетиков) - не знаю.

Из софта - прежде всего, Мурка, Fluxus Network, Мега

Не со всем согласен.
О производительности. На данный момент процессор после Пентиума 4 и аналога АМД и пр. не имеет решающего значения при вычислениях больших данных, поскольку память, хранящая эти данные - самое медленное звено (bottleneck), а караван, как известно движется со скоростью самого медленного (именно поэтому многоядерность в таком случае не играет особой роли). Так что важно с какой скоростью работает оперативная память (не забывая о жестком диске) и ее объем. На современных материнских платах модули памяти могут работать параллельно, т.е. там нужно использовать одинаковые (по типу и объему, и лучше даже купленные вместе) парные модули памяти.
В 32-хразрядной Windows 98/МЕ/2000/2003/xp можно поставить максимум 2x2Гб или 4x1Гб (если есть 4 слота), но система будет "видеть" только ~3,5Гб из-за ее ограничений.

Многоядерность становится важной, если использовать правильное распределение данных и рациональные распараллеливающие алгоритмы, с помощью которых можно оптимизировать работу с памятью и загрузить процессоры.  Так что в перспективе многоядерность - конечно же важна.

Еще. Не путайте многопоточность с многозадачностью. Система (и запускаюшиеся в ней программы) может поддерживать многопоточность (multithread), но выигрыша в производительности нет никакой, если есть один процессор. Он просто напросто переключается с одной задачи на другую, создавая видимость параллельности выполнения, вот и все.
Если же железо многоядерное и система поддерживает многозадачность, и алгоритмы расчета сделаны с учетом распараллеливания, тогда задача/задачи выполняются  параллельно, вот тогда и получается выигрыш в производительности от многоядерных процессоров.

Конечно, важна еще и память на жестком диске. Лучше чтобы подгружаемая виртуальная  память была на отдельном жестком диске. Она может сильно тормозить работу самой системы.

Важно еще на каком языке написана программа. Если это Javа, то как не пиши программу, тормозиться будет все виртуальной машиной. Если на ассемблере или "C", то быстрее уже сделать сложно при правильном программировании.

 
« Последнее редактирование: 18 Август 2009, 23:58:23 от shekhol »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #8 : 19 Август 2009, 01:37:08 »
Не со всем согласен.


дело в том, что некоторые из обсуждаемых здесь программ производят комбинаторные вычисления (Штейнер в Мурке/Нетворке и МП в Меге/Файлипе/ТНТ/...) так как решаемые проблемы являются NP-трудными. Для такого рода подпрограмм чисто математические аспекты оптимизации важнее чем все другие, даже чем распараллеливание. Например если бы я заменил в Мурке бесплатный ЛП-солвер lp_solve на очень дорогой CPLEX то пользователи бы это почувствовали куда сильнее чем двукратный прирост частоты cpu или размера памяти.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #9 : 19 Август 2009, 03:39:29 »
Так что важно с какой скоростью работает оперативная память
Совершенно верно. Забыл об этом. Отредактировал свое первое сообщение.

Что скорость процессора важнее всего вижу по его полной загруженности при расчетах во Fluxus Network и Мурке.

Оффлайн shekhol

  • Сообщений: 718
  • Страна: ru
  • Рейтинг +121/-2
  • Y-ДНК: N1*(L1025+)
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #10 : 19 Август 2009, 13:48:19 »
Так что важно с какой скоростью работает оперативная память
Совершенно верно. Забыл об этом. Отредактировал свое первое сообщение.

Что скорость процессора важнее всего вижу по его полной загруженности при расчетах во Fluxus Network и Мурке.

Загруженность процессора бывает 100% как в очень оптимизированных программах, так и очень медленных. Тут важно, чтобы процессор не делал много лишнего, т.е. нужно думать об оптимизации алгоритма, функций, оптимальном хранении и распределении данных в памяти. Но если используется сторонняя среда/программа тут уже почти ничего не сделаешь программмно, руки связаны. Разве что с железом можно немного поэкспериментировать.

Оффлайн GrigorievАвтор темы

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3125
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #11 : 19 Август 2009, 21:15:22 »
Цитировать
Разве что с железом можно немного поэкспериментировать.
Какие-нибудь варианты?

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 212
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #12 : 21 Август 2009, 13:43:22 »
А Саша не может поделится своим конвертером?

Берите.
http://www.rapidshare.ru/1142110


Добавлено.
ФАЙЛ ЗАМЕНЕН!!! СМ НИЖЕ!!!
« Последнее редактирование: 21 Август 2009, 14:16:40 от Lifanov »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #13 : 21 Август 2009, 14:05:03 »
А Саша не может поделится своим конвертером?

Берите.
http://www.rapidshare.ru/1142110
На чем написан? Доп. что-то требуется?

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 212
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: Компьютер для ДНК-Генеалога
« Ответ #14 : 21 Август 2009, 14:09:31 »
А Саша не может поделится своим конвертером?

Берите.
http://www.rapidshare.ru/1142110
На чем написан? Доп. что-то требуется?

Borland C++ 6.0. Да, виноват, забыл про борландовские библиотеки. Ща перепакую, перевыложу.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100