Разные вопросы по Y-гаплогруппе E1b1b1 и Y-ДНК

[Centurion]

http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/122553140/sm009.pdf

[wertner]

10-маркерные, но много: 306 (152 различных).

[Farroukh]

На маркере 425 у всех 67-маркерных гаплотипов E1b1b1 наблюдается значение 0. Что с ним делать при расчётах: удалять весь столбец или нули оставлять?

Есть ещё три маркера (464e-464f-464g), на которых значения у всех вообще отсутствуют. Как работать с такими гаплотипами?

[Yurgan]

На маркере 425 у всех 67-маркерных гаплотипов E1b1b1 наблюдается значение 0. Что с ним делать при расчётах: удалять весь столбец или нули оставлять?

Есть ещё три маркера (464e-464f-464g), на которых значения у всех вообще отсутствуют. Как работать с такими гаплотипами?

Если у всех, то оставляйте нули, если у кого то есть у кого то нет, ставьте любое близкте ктем, у кого есть значение.
464e-464f-464g удаляйте, но что бы не повторялись например если на 464 12- 12 14-14-15-15-16 оставляйте 12-14-15-16

[mouglley]

Так можно потерять и миниснип - делицию, характерную для одной, исключительной ветки.

[Овод]

Вопрос уже вроде как обсуждался. Делеция, конечно же не помеха, а скорее помощь (если она наблюдается у нескольких, а не единственного человека в выборке).
 
Нужно обозначать её числовым превдозначением аллели, вводя для перехода к ней высокий вес, а от неё - высочайший. Это же - почти снип, еще более "невозвратный, чем истинный.

[Farroukh]

То, что я описал наблюдтся у всех М. То есть, эти столбцы можно убить и 67-маркерный гаплотип превращается в 66-маркерный

[Овод]

М - это кто? Гаплогруппа?

[Farroukh]

М - это в смысле М-35.

[Овод]

М - это в смысле М-35.

Таки - у ВСЕХ? То есть снип совпадает с делецией. Тогда действительно нет смысла заморачиваться. Но такое бывает редко, обычно делеция - просто ещё не отснипованная ветвь гаплогруппы.

[Farroukh]

Если совсем точно, то у всех 67-маркерных E1b1b1c1 точно

[Farroukh]

И ещё: если удалить пустующие и нулевые значения, то утилита выдаёт ошибку

[Yurgan]

И ещё: если удалить пустующие и нулевые значения, то утилита выдаёт ошибку

Я и говорю, ставьте любое подходящее значение, которое есть у других E

[Овод]

И ещё: если удалить пустующие и нулевые значения, то утилита выдаёт ошибку

Одинаковые значения ВО ВСЕХ маркерах в рссчётах не учитываются. Так что ставьте просто - любое.

[Alesh]

Предлагаю сравнить наши этнографии для прошедших тестирование в 23andMe.

Могу помочь с обработкой данных.