ДНК-генеалогический софт

[Valery]

Нет у нас какой-то генеральной линии, что ли. Опять все забуксовало. Может пора собраться и чайку попить? Авось вдохновение придет

превед! пора черт возьми! аууууу..

[Lifanov]

А кроссплатформенный эндюзерский продукт - это аццкий труд.

Дык может тогда подумать о клиент-серверной архитектуре, причем на базе и-нета?

Я это себе вижу а-ля клиент для photofile.ru или printbook.ru.

Гуёвый фронтенд-загрузчик ИМХО не должен быть навороченным, его задача - авторизоваться под аккаунтом юзверя, отправить файлик с .ych (например), принять файлик с .out. Остальное - дело сервака, ему плевать, что за операционка у клиента.

В принципе, это все реализуемо в рамках ydna.ru. "Закладку" под коммерческие расчеты я там оставил...

Роман? Денис?

ЗЫ. Да, чайку организовать надо бы...

[Farroukh]

Валерий, вы толкуете о тяжёлом софте, требующем усилий нескольких людей. Я говорю о простых программках, упрощающих обычные математические операции (например, выделение базового гаплотипа, подсчёт числа мутаций в ветвях и т. п.)

[Valery]

Валерий, вы толкуете о тяжёлом софте, требующем усилий нескольких людей. Я говорю о простых программках, упрощающих обычные математические операции (например, выделение базового гаплотипа, подсчёт числа мутаций в ветвях и т. п.)

Фаррух, чтобы найти "базовый гаплотип" или "ветви" нужно построить дерево. Увы, большинство методов строительства деревьев - это NP-трудные задачи.

[wertner]

Валерий, вы толкуете о тяжёлом софте, требующем усилий нескольких людей. Я говорю о простых программках, упрощающих обычные математические операции (например, выделение базового гаплотипа, подсчёт числа мутаций в ветвях и т. п.)

Если ты о выделении базового гаплотипа, подсчёте числа мутаций в ветвях в понимании aklyosov'a, то тут достаточно Excel, как я уже говорил чуть выше. Его уже написали в Microsoft.

[Centurion]

Его уже написали в Microsoft.

Фарух, поройся в гугле - там есть пара-тройка xls-утилит по этому делу написаны зарубежными коллегами.

[Centurion]

Не могу найти внятную прогу для Principal components analysis вот такого типа (для гаплотипов).
Подскажите!

[Valery]

Ром, это можно сделать несколькими известными прогами, например бесплатной EIGENSOFT (возможно придется сначала бинаризовать данные). Только учти: никакого пособия как это сделать с У гаплотипами ты нигде не найдешь потому что PC по абсолютно сцепленным признакам - это ересь. И сделав, никому не показывай чтобы не выдавать безграмотность даже если картинка окажется полезна. Еще никто не сумел придать этому вменяемый математический смысл.

[Grigoriev]

А вот этого Арлекина с чем едят?
http://anthro.unige.ch/software/arlequin/software/

What is Arlequin ?

    Arlequin is an exploratory population genetics software environment able to handle large samples of molecular data (RFLPs, DNA sequences, microsatellites), while retaining the capacity of analyzing conventional genetic data (standard multi-locus data or mere allele frequency data).

    A variety of population genetics methods have been implemented either at the intra-population or at the inter-population level, and they can be conveniently selected and parameterized through a graphical interface.

    Arlequin has no equivalent in his field and will be extremely useful to analyzed the large data sets which are now available by the use of the latest molecular engineering techniques.

Arlequin's Versatility

    Arlequin has been designed to be able to handle different types of molecular or conventional (non-molecular or frequency-type) data. It can also handle data either presented in the form of genotype frequencies, or the form of haplotype frequencies, as well as the possibility of treating codominant or recessive data (with the definition of a single recessive allele per locus).

    Molecular data can be analyzed by entering their definition (as DNA sequences, RFLP haplotypes, microsatellite profiles, or multilocus haplotypes), or by entering a distance matrix defining the relationships among the haplotypes (as was done with our previous AMOVA software). The data format is specified in an input file.

Arlequin's Graphic User Interface

    The graphic interface of Arlequin 2.000 has been entirely redesigned. It is written in Java in order to present a consistent look and behavior across different platforms. Due to the fact that Java is interpreted on most machines, Arlequin may be a bit slower to respond than earlier versions.

    The graphic interface is now completely separated from the core routines written in C++, to preserve computing speed. The graphic interface make a call to the compiled core routines when pressing the Run button of the interface.

    The interface allows you to :

        * load a project into Arlequin
        * create a new project from scratch
        * mport data from other formats
        * select the different tasks you want to perform on your data
        * start and stop the computations
        * call a custom text editor to modify your project
        * call a web browser to read or print your results
        * call the help file as an Adobe PDF file

Роман, обрати внимание на стр.101 Руководства. Там что-то про схожий график говорится...

[Centurion]

например бесплатной EIGENSOFT

Я не на Линуксе. Почему смысла не имеет такой анализ?

[Valery]

Годится только как кластерный анализ, причем шустрый. PC - это инструмент для выявления разных скрытых трендов. Вот если бы в У была рекомбинация тогда это в самый раз.

[Valery]

Ром, ладно. Если так хочется попробовать - намыль Олегу, он под вендой сидит, спроси что юзает для PC. Мне мерещится что у него Statistica.

[I2a1a]

Я пользовался этим Арлекином (главным образом встроенным анализом AMOVA) для анализа популяций южной Ирландии. Результаты увидите во второй части статьи.

А вот этого Арлекина с чем едят?
http://anthro.unige.ch/software/arlequin/software/

What is Arlequin ?

    Arlequin is an exploratory population genetics software environment able to handle large samples of molecular data (RFLPs, DNA sequences, microsatellites), while retaining the capacity of analyzing conventional genetic data (standard multi-locus data or mere allele frequency data).

    A variety of population genetics methods have been implemented either at the intra-population or at the inter-population level, and they can be conveniently selected and parameterized through a graphical interface.

    Arlequin has no equivalent in his field and will be extremely useful to analyzed the large data sets which are now available by the use of the latest molecular engineering techniques.

Arlequin's Versatility

    Arlequin has been designed to be able to handle different types of molecular or conventional (non-molecular or frequency-type) data. It can also handle data either presented in the form of genotype frequencies, or the form of haplotype frequencies, as well as the possibility of treating codominant or recessive data (with the definition of a single recessive allele per locus).

    Molecular data can be analyzed by entering their definition (as DNA sequences, RFLP haplotypes, microsatellite profiles, or multilocus haplotypes), or by entering a distance matrix defining the relationships among the haplotypes (as was done with our previous AMOVA software). The data format is specified in an input file.

Arlequin's Graphic User Interface

    The graphic interface of Arlequin 2.000 has been entirely redesigned. It is written in Java in order to present a consistent look and behavior across different platforms. Due to the fact that Java is interpreted on most machines, Arlequin may be a bit slower to respond than earlier versions.

    The graphic interface is now completely separated from the core routines written in C++, to preserve computing speed. The graphic interface make a call to the compiled core routines when pressing the Run button of the interface.

    The interface allows you to :

        * load a project into Arlequin
        * create a new project from scratch
        * mport data from other formats
        * select the different tasks you want to perform on your data
        * start and stop the computations
        * call a custom text editor to modify your project
        * call a web browser to read or print your results
        * call the help file as an Adobe PDF file

Роман, обрати внимание на стр.101 Руководства. Там что-то про схожий график говорится...

[Grigoriev]

Вадим, расскажи как им пользоваться, плюсы и минусы... Кратко, чтобы понимать, что за фрукт...
Спасибо.

[Grigoriev]

В одной из тем форума мы заговорили о том, чтобы поместить программы (разработки) отечественных программистов-днк-генеалогов на сервере молгена, и сделать тем самым централизованное место хранения и поиска нужного софта. Поступило предложение сделать это в виде каталога и дать там ссылку на тему форума, где можно обсудить программу и пообщаться с автором.
Подобное решение существует и я его хотел бы обсудить с вами.

Для примера, начал с Мурки. Валера ты не против?
http://www.molgen.org/index.php?name=Files&op=view_file&lid=9

Давайте продумаем названия и описания разделов и пр. важную информацию.