АвторТема: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов  (Прочитано 3465 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
На англоязычном МолГене появилась вот такая тема:
TMRCA Calculation Methods for Two Haplotypes

Цитата: MJost
Цитата: rossa
Sorry to go off topic but is there a readily avaiable tool that allows you to get a TMRCA for two haplotypes/

Assuming two haplotypes are under the same major haplotype.

I like the FtDNA TIP if it is available with your matches.

Or a simple method is to use my BirthEvent Factors.

The calculation would be using 67 markers for comparison between two men that have GD=3
between them at thirty years per generation:

TMRCA=((GD mutations x BE's) / 2) x YearsPerGen
TMRCA=((3 x 5.8)/2 )x 30
TMRCA= 261 Years before Present
(GD 5 on 111 Markers = 255 Ybp)

Using Marko Heinila's muation rates I have calculated:

(BE x GenYrs = YrsPerMutation)         
111Markers:   BE=3.4____94Markers*:   BE=4.4
67Markers:   BE=5.8____50Markers*:   BE=9.0
37Markers:   BE=7.6____24Markers*:   BE=13.3
*STRs, not used: 385,389i,459,464,CDY,YCAII,395S1 & 413


Or I can suggest the Probability TMRCA Calculator at:
http://freepages.misc.rootsweb.ancestry.com/~taylorydna/tmrca-calc.shtml

Use MarkoH's summed Rates: (Multi-copy Removed* / Entire Panel)
37 = 0.00132304 / 0.00228712
67 = 0.00111128 / 0.00172844
111 = 0.00228712 / 0.00290653
Note that the number of transmission events is essentially twice the number of generations back to the MRCA (Most Recent Common Ancestor) and I use the cumulative probability column at 50 and 68.27 (1 Sigma) percent as a general best guide.

MJost

http://eng.molgen.org/viewtopic.php?f=4&t=817

Что можно сказать о корректности предлагаемых методик?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #1 : 06 Январь 2013, 18:59:32 »
Полагаю, что Walsh все сказал в 2001 году.

Оффлайн Bulat

  • долгожитель
  • Сообщений: 839
  • Страна: ru
  • Рейтинг +31/-15
  • 武士道
    • Форум народов мира
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #2 : 06 Январь 2013, 19:10:20 »
Пора уже и в Русской Вики выложить доступным языком - формулы расчетов для чайников :)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7124
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #3 : 06 Январь 2013, 19:22:09 »
Пора уже и в Русской Вики выложить доступным языком - формулы расчетов для чайников :)
Кстати, да.
Автор методики (уважаемый Nimissin) может сделать грамотные выжимки и на русском, и на английских вариантах MolgenWiki.

Тогда, хоть сослаться будет на что.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #4 : 06 Январь 2013, 19:23:44 »
Пора уже и в Русской Вики выложить доступным языком - формулы расчетов для чайников :)
Программу дальнейших действий хотелось бы обсудить на предстоящей встрече в Атриуме 8 января (в 18-00). Если можете, приходите.

Оффлайн Bulat

  • долгожитель
  • Сообщений: 839
  • Страна: ru
  • Рейтинг +31/-15
  • 武士道
    • Форум народов мира
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #5 : 06 Январь 2013, 19:45:40 »
Программу дальнейших действий хотелось бы обсудить на предстоящей встрече в Атриуме 8 января (в 18-00). Если можете, приходите.
Спасибо!

Только недавно вернулся с Москвы, к сожалению 8 января не смогу быть :(, но если будут какие-то в будущем встречи - рад был бы участвовать. Может на форуме какую-то новостную ленту создать когда будут проводиться встречи ДНК-генеалогов? По возможности посетил бы одну из встреч.
С уважением Булат.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #6 : 06 Январь 2013, 20:37:32 »
Программу дальнейших действий хотелось бы обсудить на предстоящей встрече в Атриуме 8 января (в 18-00). Если можете, приходите.
Спасибо!

Только недавно вернулся с Москвы, к сожалению 8 января не смогу быть :(, но если будут какие-то в будущем встречи - рад был бы участвовать. Может на форуме какую-то новостную ленту создать когда будут проводиться встречи ДНК-генеалогов? По возможности посетил бы одну из встреч.
С уважением Булат.

http://forum.molgen.org/index.php/topic,156.0.html

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #7 : 07 Январь 2013, 14:17:12 »
Странно. Мультикопийных маркеров 16. 67-16=51, а у него остаётся 50. Хотя у меня тоже остаётся 50 ;D Я отбрасываю для нормальных расчётов ещё один маркер, чтобы использовать скорости по парам отец-сын. Скорости  у него ну очень занижены по сравнению с парами
о-с.
Для двух гаплотипов, как правило, можно было бы не отбрасывать мультикопийные, если бы известна была скорость 67м(111м) гаплотипа. Только если есть реклох или или делеция на палиндромном участке.Для обсчёта группы гаплотипов надо отбрасывать,т.к. идут искажения.
А в остальном, если исправить скорости, то можно пользоваться калькулятором. Только не забывать, что расчёт вероятностный, т.е. даёт наиболее вероятный для заданных условий возраст. Реальный может от него существенно отличаться.
А если два гаплотипа гомоплазно приближены, а на самом деле из разных субкладов, то реальный взраст может быть намного больше расчётного.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15163
  • Страна: az
  • Рейтинг +4545/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #8 : 02 Декабрь 2013, 00:02:12 »
Реплика из чулана. Есть всем известная статья Клёсова по расчёту ВБОПА и таблицей возрастов с учётом возвратных мутаций.

Вопрос: по какой формуле считался ВБОП в поколениях с учётом возвратных мутаций? Просьба привести её здесь с расшифровкой всех составляющих.

Хочу сваять в экселе простенький алгоритм расчёта ВБОП. Рабочее название KlAd Calculator (креативное сокращение от Klyosov-Adamov=>KlAd)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #9 : 06 Декабрь 2013, 12:33:04 »
Реплика из чулана. Есть всем известная статья Клёсова по расчёту ВБОПА и таблицей возрастов с учётом возвратных мутаций.

Вопрос: по какой формуле считался ВБОП в поколениях с учётом возвратных мутаций? Просьба привести её здесь с расшифровкой всех составляющих.

Хочу сваять в экселе простенький алгоритм расчёта ВБОП. Рабочее название KlAd Calculator (креативное сокращение от Klyosov-Adamov=>KlAd)
Так называемая формула Адамова-Клесова:

lambda = lambda_obs (1 + exp(lambda_obs))/ 2,

где lambda - оценка среднего числа мутаций на STR локус,
lambda_obs - среднее наблюдаемое число мутаций на STR локус, рассчитанное по выборке из N гаплотипов, состоящих из L STR локусов:

lambda_obs = M/ (L N), где M - общая сумма отклонений от предкового гаплотипа, рассчитанная в числе тандемных шагов.

Эта аппроксимационная формула работает в пределах значений lambda_obs:
0 < lambda_obs < 1

Оценка TMRCA в числе поколений производится по общеизвестной формуле:

TMRCA = lambda/ mu,

где mu - средняя скорость мутаций на один STR локус на одно поколение.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15163
  • Страна: az
  • Рейтинг +4545/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Методы расчета TMRCA для двух гаплотипов
« Ответ #10 : 06 Декабрь 2013, 12:50:23 »
Благодарю. На выходных сваяю файлец для новичков и вывешу здесь.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15163
  • Страна: az
  • Рейтинг +4545/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.