АвторТема: Ручное построение дерева (wertner)  (Прочитано 11166 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #15 : 07 Сентябрь 2009, 13:37:25 »
Циркулярная кладограмма с учетом длины ветвей.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #16 : 07 Сентябрь 2009, 14:25:18 »
График соотношения RI (индексов гомоплазии) между выявленными 2100 вероятными деревьями группы из 145  43-маркерных гаплотипов.

Среднеарифметическое значение индекса:0.17967889; медианное: 0.17454545  (n=2001  деревьев).

Под индексом ретенции в кладистике понимается доля очевидной синаморфии значений (в нашем случае локусных значений), которая присутствует в качестве синаморфии в построенном дереве). Формула расчета: RI= (g-s)/(g-M), где g-верхний порог значения, принимаемого локусом в любом построенном дереве, s- минимального количество шагов изменения значения локуса в дереве,  M-число шагов которое требуется в конкретном дереве.
« Последнее редактирование: 07 Сентябрь 2009, 14:36:14 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #17 : 07 Сентябрь 2009, 14:52:37 »
Я вот еще что подумал, а нельзя ли использовать значения mppart (частоту партиций ветви среди всех найденных MP деревьев) в Мурки как некий аналог апостериорной вероятности, в то время как априорную вероятность при 66 маркерных гаплотипах вычислять как произведение вероятности не-мутаций  на вероятность мутации в тех локусах, которе Мурка показывает на ребрах отрезка графа между предковым гаплотипом  и гаплотипом потомка.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #18 : 07 Сентябрь 2009, 14:59:27 »
И еще, если я правильно понял, априорная вероятность равна мат.ожиданию апостериорной вероятности?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #19 : 07 Сентябрь 2009, 16:33:32 »
Я вот еще что подумал, а нельзя ли использовать значения mppart (частоту партиций ветви среди всех найденных MP деревьев) в Мурки как некий аналог апостериорной вероятности, в то время как априорную вероятность при 66 маркерных гаплотипах вычислять как произведение вероятности не-мутаций  на вероятность мутации в тех локусах, которе Мурка показывает на ребрах отрезка графа между предковым гаплотипом  и гаплотипом потомка.
Можно использовать аналог mppart, но со "взвешенным" участием каждого дерева пропорционально его вероятности.
Но для решения какой задачи Вы предлагаете использовать mppart и вероятность ветви (как произведения вероятности ребер)? Для принятия решения о правильности ветви?

И еще, если я правильно понял, априорная вероятность равна мат.ожиданию апостериорной вероятности?
Да, правильно.
Сначала из априорных вероятностей мутаций и предположения о возрасте предка получаем апостериорную вероятность каждой гипотезы, этим получаем распределение априорной вероятности.
Затем для удобства восприятия можем вычислить мат. ожидание распределения.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1836
  • Рейтинг +144/-2
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #20 : 07 Сентябрь 2009, 18:29:26 »
Сначала из априорных вероятностей мутаций и предположения о возрасте предка получаем апостериорную вероятность каждой гипотезы, этим получаем распределение априорной вероятности.
Затем для удобства восприятия можем вычислить мат. ожидание распределения.
Только надо осторожненько (это не к Вам, а к другим читателям, уважаемые Wertner и Vadim Verenich) с этими апостериорными вероятностями, чтобы нормировка распределений соблюдалась  ;)
« Последнее редактирование: 07 Сентябрь 2009, 18:41:54 от Каржавин »

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10663
  • Страна: tt
  • Рейтинг +2057/-46
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #21 : 07 Сентябрь 2009, 22:24:16 »
Цитировать
Только надо осторожненько (это не к Вам, а к другим читателям)
Это точно, при чем уже при чтении. Проще исторический текст с английского перевести, чем понять о чем вы говорите ;D

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #22 : 07 Сентябрь 2009, 23:29:30 »
Да, для принятия решения о правильности (т.е. степени вероятности) ветви
Но для решения какой задачи Вы предлагаете использовать mppart и вероятность ветви (как произведения вероятности ребер)? Для принятия решения о правильности ветви?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #23 : 08 Сентябрь 2009, 04:36:56 »
Да, для принятия решения о правильности (т.е. степени вероятности) ветви
Но для решения какой задачи Вы предлагаете использовать mppart и вероятность ветви (как произведения вероятности ребер)? Для принятия решения о правильности ветви?
Тогда действительно можно использовать "взвешенный mpart".

При желании можно подумать о том, чтобы для каждого дерева определялось не только есть ли там эта ветвь или нет (0 или 1), но и оценивалось насколько на дереве ветви похожие на оцениваемую (какая-то метрика на отрезке [0, 1]). Правда, это довольно трудоемкое усложнение и скорей всего пока ненужное.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1836
  • Рейтинг +144/-2
Re: Ручное построение дерева (wertner)
« Ответ #24 : 08 Сентябрь 2009, 19:33:55 »
Проще исторический текст с английского перевести, чем понять о чем вы говорите ;D
Дык и я собственные тексты через небольшой промежуток времени понимаю с трудом  ;D ;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100