Филогенетические древья генеалогических выборок

[I2a1a]

Очень убедительный вывод на основании экспериментальных данных. Лично для меня этот результат очень важен, так как филогенетическая часть исследования ирландских гаплотипов, которыми я сейчас занимаюсь, целиком и полностью базируются на 17-STR микросателлитах из работ ирландских попгенов:

• Brian McEvoy, Katharine Simms, Daniel G. Bradley.
  Genetic Investigation of the Patrilineal Kinship Structure of Early Medieval Ireland. American Journal of Physical Anthropology 2008
• Brian McEvoy, Daniel G. Bradley.Y-chromosomes and the extent of patrilineal ancestry in Irish surnames.Human Genetics 2006
• Laoise T. Moore, Brian McEvoy, Eleanor Cape, Katharine Simms, Daniel G. Bradley.A Y-Chromosome Signature of Hegemony in Gaelic Ireland.
  American Journal of Human Genetics, February 2006.

Приложения с анализируемых гаплотипами доступны для скачивания на этом ресурсе . Эти ресурсы, кстати, использовал АК в своем англоязычном манифесте ДНК-генеалогии (Klyosov 2009) для расчета возраста ирландских R1b.

Особого внимания заслуживает первая работа в списке, там выбирались гаплотипы по комбинированному географическо-генеалогическому принципу. Выбирались гаплотипы мужского населения провинции Мунстер (южная Ирландия) с генеалогической привязкой к средневековым династиям Эоганнахта и Дал Кайс.Это древо, построенное по "генеалогической" выборке реальных или мнимых потомков ирландского королевского клана Дал Кайса (из южной провинции Мунстер). Когда я генерировал деревья клана в Мурке, то допустил несколько небрежностей, полагаясь на добросовестность ирландских попгенов. Поэтому строил древо, полагая, что все гаплотипы -R1b. В итоге получилось весьма поучительное древо, где одна из из ранно выделившихся ветвей превышала возраст первопредка всей выборки в целом (на рисунке она крайне правая). Что забавно, в этой оппортунистической ветве повторялась типичная для всей выборки Дал Кайсы "генеалогическая"связка "Кеннеди-О'Брайен-МакГрат" (по родословным, О'Брайены и Кеннеди происходят соответственно от племянника и дяди, родоначальники МакГрайтов и О'Брайенов были троюродными братьями). Однако Клесов убедительно показал в своей статье о принципах ДНК генеалогии (Klyosov 2009), что выборке, которую я использовал, среди основного массива R1b есть вкрапления 25 гаплотипов группы I2a с типичным гапломотивом. Я проверил по таблице значения маркеров в гаплотипах, и получилось, что из этих 25 гаплотипов I2a на Дал Кайсов приходится 5 гаплотпов и именно они находятся в крайней правой ветви древа. После построения древа и вычисления ро-статистики стало ясно, что эта ветвь не может принадлежать к древу R1b.

 

Вывод: Парсимонистские филогении, основанные на 17 и менее локусах У-хромосомы, случайны и ненадежны. В действительности минимальное количество локусов, необходимое для построения надежных филогений, значительно выше, так как аналогичные результаты можно получить и для распространенных коммерческих наборов У-25 и У-37. Вопрос о надежности У-67 в настоящее время открыт, например метод, использованный выше, нередко приводит к построению надежной У-67 филогении.

[Valery]

Вадим, на самом деле мне приятно видеть красивые примеры, показывающие что я не прав, и более того, я уверен что таких примеров можно найти не мало, учитывая аккуратность Вашего анализа, в данном случае большую чем у авторов статьи.

Но дело в том что я максималист. То есть стараюсь принимать во внимание только такие наборы данных, которые приводят к очень однозначным результатам. В данном же случае 17 локусов хватило на то чтобы показать, что указанный набор гаплотипов гетерогенный, не попадает в одну гаплогруппу. А вот если бы задача была выявить ОДНУ реальную топологию, то в большинстве случаев на 17 локусах это не получается..

[Grigoriev]

Поэтому строил древо, полагая, что все гаплотипы -R1b. В итоге получилось весьма поучительное древо, где одна из из ранно выделившихся ветвей превышала возраст первопредка всей выборки в целом (на рисунке она крайне правая).

Вадим, а вы уже создали тему на форуме с вашими построениями и схемой древа? Если нет, то можно сделать... Или хотя бы здесь покажите построенное вами древо, чтобы не искать его. Можно?

[I2a1a]

Уважаемый Денис,

Пять деревьев выборки Дал Кайс с наиболее типичными конфигурациями я выложил http://picasaweb.google.com/vadimverenich/R1bIreland?feat=directlink#. Топология, конечно, далека от совершенства. Еще хуже, что я расчитывал их, как говорит АК, "чохом", поэтому в выборку попали не только R1b гаплотипы, но и I2a. Поэтому структура филогении очень сильно искажена, что особенно заметно в правой части.

PS. Когда набирал сообщение, обратил внимание на то, что в последнем выпуске JOGG за весну 2009 год опубликована статья о фамилиях группа Дал Кайс, которым я собирался отвести значительное место в своей статье. Получается, что Dennis M. Wright   опередил меня, так как статья была написана уже в октябре 2008 года. 

A Set of Distinctive Marker Values Defines a Y-STR Signature for Gaelic Dalcassian Families

 

[wertner]

Пять деревьев выборки Дал Кайс с наиболее типичными конфигурациями я выложил http://picasaweb.google.com/vadimverenich/R1bIreland?feat=directlink#.

Рекомендую делать подписи к картинкам: одно-два слова. Это можно делать и сразу в Picasa. И у Вас там затесалась пустая картинка.
http://picasaweb.google.com/vadimverenich/R1bIreland?feat=directlink#5323682168476860882