Y-STR филогения, скорость мутаций и их корреляция с генеалогией

[I2a1a]

А что, Вы можете предложить другую семью с более точной родословной?

Вы о чем? На одно дерево сажать R1a, N1c и I2?
На данный момент, не смотря на то что у Шаховского и Лобанова Ростовского 12 маркеров, они укладываются вместе с Ржевским и Гагариными в филогенетическое древо, совпадающее с генеалогическим. Если будет такое же совпадение у остальных N1c или R1a на 67 маркерных гаплотипах, то это будет достаточным, чтобы выявлять скорости. А что, Вы можете предложить другую семью с более точной родословной?


Я бы предложил ирландские кланы милезианских гойделов (древняя родословная+тысчячи тестированных R1b1b2), но на собственном примере я убедился, что там на самом деле прямота генеалогических линий сильно попорчена популяционными эфектами и фабрикованными родословными. Поэтому я все больше склоняюсь в пользу исследований  исландских родов, чье происхождение известно по генеалогиям до 9 века нашей эры, и при малой миграционной составляющей имеет небольшое разнообразие гаплогрупп (I1,R1a1,R1b1) и приличное количество тестированных. Первоначальное население Исландии в 10-11 веках состояло из 10-15 родовых патрилинейных кланов (выходцы из Норвегии) и ирландских рабов. 
Недавно по Дисковери показывали передачу, где брали интервью у президента исландской компании deCOdeme. Он поделился информацией, что в хранилищах компании хранятся сэмплы протестированных 300 000 исландцев (и это из общего населения в 320 000 человек!). Компания правда специализируется на соматических хромосомах, но имеются и данные по игреку и мито.

[I2a1a]

Так и есть. По крайней мере Мурка дает визуальное представление об эфекте гомоплазии. Поэтому меня всегда напрягали простые сопоставления гаплотипов. Последние действенны только в том случае, когда заведомо известен гаплотип предка, т.е исходная точка, от которой измеряют дистанцию. Проблема в том, что без учета гомоплазий, это родство может показаться дальше чем на самом деле.

Мурка не всегда в состоянии определить, какой гаплотип к какому ближе. Иногда, правда, совпадает. Работа вручную намного точнее.

Работа вручную -это,конечно,хорошо. Но есть опасность выдать желамое за действительное. Лучше строить по выборке гаплотипов все возможные варианты деревьев - и вот анализировать их уже вручную. Валерий говорил, по каким именно критериям можно определять вероятность истинности дерева.

[Centurion]

Вы это мне объясняете? Я, думаю, отличу близкие гаплотипы от дальных и сумею выловить дублирующие мутации.

Нет не вам.

Но не понимаю вашу самоуверенность... у вас в голове встроенная филогенетическая программа?

[I2a1a]

Мне бы  Вашу самоуверенность - после построения (точнее генерации) 1000 деревьев гаплогруппы I2a2b я уже не так уверен в точности прикидок на глаз.

[Yurgan]

Вы это мне объясняете? Я, думаю, отличу близкие гаплотипы от дальных и сумею выловить дублирующие мутации.

Нет не вам.

Но не понимаю вашу самоуверенность... у вас в голове встроенная филогенетическая программа?

Не вижу смысла доверять программам. Программа дает лишь гипотетическое древо, особенно если ветви очень удаолены по времени. И часто путает степень родства близких гаплотипов, программа не способна выловить некоторые нюансы, он лишь помогает выбрат гипотетически родственные гаплотипы.

На

[I2a1a]

То есть, от филогенетических программ стоит вообще отказаться и полагаться на чутье?

[Centurion]

То есть, от филогенетических программ стоит вообще отказатся и полагатся на чутье?

Не знаю даже сколько чутье будет строить дерево из 500-1000 гаплотипов 67 локусных лет 15.

[Yurgan]

То есть, от филогенетических программ стоит вообще отказатся и полагатся на чутье?

Нет, построить дерево в Мурке, а потом посмотреть, реально ли есть такие показатели, которые могут выделить отдельные  большие родственные группы гаплотипов. Но это можно сделать и в exel
Вот когда Ваша Мурка будет уитывает и веса маркеров в разных гаплогруппах и количество мутаций межуд гаплотипами, может тогда что-то и получится.
А самое оптимальное, побольше снипов и уж потом отснипованных N1c1a1d2c3f4 сравнивать.

[I2a1a]

То есть, от филогенетических программ стоит вообще отказатся и полагатся на чутье?

Нет, построить дерево в Мурке, а потом посмотреть, реально ли еть такие показатели, которые могут выделить отдельные  большие родственные группы гаплотипов.
А самое оптимальное, побольше снипов и уж потом отснипованных N1c1a1d2c3f4 сравнивать.

Ну вот видите - и в Мурке,TNT,MrBayes,Fluxus и пр. есть своя польза. Правда, программа Вадима Урасина и здесь шагнула на шаг вперед - она позволяет задавать параметры и показатели "оценки родства" уже на уровне самой программы. Правда, для этого нужно заново переписывать значительную часть кода программы.

[Yurgan]

То есть, от филогенетических программ стоит вообще отказатся и полагатся на чутье?

Нет, построить дерево в Мурке, а потом посмотреть, реально ли еть такие показатели, которые могут выделить отдельные  большие родственные группы гаплотипов.
А самое оптимальное, побольше снипов и уж потом отснипованных N1c1a1d2c3f4 сравнивать.

Ну вот видите - и в Мурке,TNT,MrBayes,Fluxus и пр. есть своя польза. Правда, программа Вадима Урасина и здесь шагнула на шаг вперед - она позволяет задавать параметры и показатели "оценки родства" уже на уровне самой программы. Правда, для этого нужно заново переписывать значительную часть кода программы.

Я не против Мурки. но человек все равно умнее программы.

[mouglley]

Вот когда Ваша Мурка будет уитывает и веса маркеров в разных гаплогруппах и количество мутаций межуд гаплотипами, может тогда что-то и получится.

Строил такое дерево: именно по весам маркеров конкретно для N1.
Лажа.

Огромный перекос из-за избытка жителей Финляндии.

[I2a1a]

То есть, от филогенетических программ стоит вообще отказатся и полагатся на чутье?

Нет, построить дерево в Мурке, а потом посмотреть, реально ли еть такие показатели, которые могут выделить отдельные  большие родственные группы гаплотипов.
А самое оптимальное, побольше снипов и уж потом отснипованных N1c1a1d2c3f4 сравнивать.

Ну вот видите - и в Мурке,TNT,MrBayes,Fluxus и пр. есть своя польза. Правда, программа Вадима Урасина и здесь шагнула на шаг вперед - она позволяет задавать параметры и показатели "оценки родства" уже на уровне самой программы. Правда, для этого нужно заново переписывать значительную часть кода программы.

Я не против Мурки. но человек все равно умнее программы.

Я не говорил, что глупее. И я не против интуиции.
Но тем не менее, как Вы понимаете, практически все аналитические работы должны базироваться на математическом методе - будьто-то метод максимального правдоподобия или же метод парсиномии. Иначе ничего не докажете.

[Yurgan]

Вот когда Ваша Мурка будет уитывает и веса маркеров в разных гаплогруппах и количество мутаций межуд гаплотипами, может тогда что-то и получится.

Строил такое дерево: именно по весам маркеров конкретно для N1.
Лажа.

Огромный перекос из-за избытка жителей Финляндии.

Не учитывала количество мутаций.

[mouglley]

Учитывалось всё - и прямые и возвратные и количество и качество.

Непрезетативная подборка по 67-N1.

[VVR]

Я щас может еретическую мысль выскажу, но чем больше узнаю, тем меньше верю STR-филогении и больше гомоплазии.