Y-STR филогения, скорость мутаций и их корреляция с генеалогией

[Аббат Бузони]

Как скорость мутаций у R1a может быть выше скорости мутаций у N1с?

[Овод]

Как скорость мутаций у R1a может быть выше скорости мутаций у N1с?

Строго говоря, вероятность мутаций в геноме может быть различной у каждого человека. Комплекс ферментов, отвечающих за "ремонт" ДНК, имеет массу аллелей, более, или менее эффективных. Скорость старения оганизма напрямую зависит того, какой вариант в наличии.
 
Однако, средняя скорость мутаций  гаплотипа не должна зависеть от гаплогруппы, поскольку соотв. гены, кодирующие аллели этого ферментативного комплекса находятся не на Y-хромосоме.
 
Возможно, пан Анджей имел в виду различие в "наблюдаемом" количестве мутаций по гаплогруппам. Оно есть, но обусловлено структурой их дерева. Так, одна мутация, произошедшая ближе к корню, даёт больший вклад в её наличие у потомков, чем более поздние мутации. Отсюда и кажущиеся различия в скоростях.
 
Трансмиссионные же скорости зависимости от гаплогруппы не выявляют.

[Yurgan]

Как скорость мутаций у R1a может быть выше скорости мутаций у N1с?

Строго говоря, вероятность мутаций в геноме может быть различной у каждого человека. Комплекс ферментов, отвечающих за "ремонт" ДНК, имеет массу аллелей, более, или менее эффективных. Скорость старения оганизма напрямую зависит того, какой вариант в наличии.
 
Однако, средняя скорость мутаций  гаплотипа не должна зависеть от гаплогруппы, поскольку соотв. гены, кодирующие аллели этого ферментативного комплекса находятся не на Y-хромосоме.
 
Возможно, пан Анджей имел в виду различие в "наблюдаемом" количестве мутаций по гаплогруппам. Оно есть, но обусловлено структурой их дерева. Так, одна мутация, произошедшая ближе к корню, даёт больший вклад в её наличие у потомков, чем более поздние мутации. Отсюда и кажущиеся различия в скоростях.
 
Трансмиссионные же скорости зависимости от гаплогруппы не выявляют.

Нет, уважаемый Andr имел ввиду именно скорость мутаций. Наблюдается такая закономерность, если сравнивать гаплотипы родственников, общий преок которых жил менее 400 лет назад, то количество мутаций меньше, чем при сокрости Клесова. Чем дальше жил общий предок - 800 лет назад, эта пропорция выравнивается.

[Andr]

Нет, уважаемый Andr имел ввиду именно скорость мутаций. Наблюдается такая закономерность, если сравнивать гаплотипы родственников, общий преок которых жил менее 400 лет назад, то количество мутаций меньше, чем при сокрости Клесова. Чем дальше жил общий предок - 800 лет назад, эта пропорция выравнивается.

Po moiemu yest' takaya vazmozhnost', shto skorost' mutatsii u N1c1 nizhe, chiem u R1a1, va pervykh za shchiot UV izluchenia, katoroe vyshe na yuge, gde prazhivali R1a1, chiem na severe, gde prazhivali N1c1.

Cherez 5- nedel' paluchim tochnye resultaty po N1c1. Dva dnia tamu v Houston pastupili testovyie nabory sleduyushchikh kniazei : Kropotkin, Khilkov, Vadbolsky, Putiatin, Myshetsky (dolzhen byt' R1a1), Volkonsky (dolzhen byt' R1a1) i Gediminovichi Galitzine i Trubetskoi.

Budem imiet 7 37-mi markerovykh gaplotipov ot Rurikovichei N1c1 : Gagarin, Rzhevsky, Puzyna, Kropotkin, Khilkov, Vadbolsky, Putiatin (v budushchiem dazhe 3 67-mi markerovyie : Gagarin i dva drugie kniazia); dazhe 4 37-mi markerovyie gaplotipy ot Gediminovichei N1c1 : Khovanskii, Chartorisky, Galitzine i Troubetskoi (v budushchiem dazhe 3 67-mi markerovyie : Khovanskii, Chartorisky i drugiy Gediminovich).

Predki etikh kniazei tochno izvestny. Pachislim skorosti mutatsiy k obshchim predkam. Akazhetsia : vazmozhna-li ispolzovatsia dannymi ot Anatoliya Alekseevicha k gaplogruppe N1c1 ?

[I2a1a]

Нет, уважаемый Andr имел ввиду именно скорость мутаций. Наблюдается такая закономерность, если сравнивать гаплотипы родственников, общий преок которых жил менее 400 лет назад, то количество мутаций меньше, чем при сокрости Клесова. Чем дальше жил общий предок - 800 лет назад, эта пропорция выравнивается.

Po moiemu yest' takaya vazmozhnost', shto skorost' mutatsii u N1c1 nizhe, chiem u R1a1, va pervykh za shchiot UV izluchenia, katoroe vyshe na yuge, gde prazhivali R1a1, chiem na severe, gde prazhivali N1c1.

Cherez 5- nedel' paluchim tochnye resultaty po N1c1. Dva dnia tamu v Houston pastupili testovyie nabory sleduyushchikh kniazei : Kropotkin, Khilkov, Vadbolsky, Putiatin, Myshetsky (dolzhen byt' R1a1), Volkonsky (dolzhen byt' R1a1) i Gediminovichi Galitzine i Trubetskoi.

Budem imiet 7 37-mi markerovykh gaplotipov ot Rurikovichei N1c1 : Gagarin, Rzhevsky, Puzyna, Kropotkin, Khilkov, Vadbolsky, Putiatin (v budushchiem dazhe 3 67-mi markerovyie : Gagarin i dva drugie kniazia); dazhe 4 37-mi markerovyie gaplotipy ot Gediminovichei N1c1 : Khovanskii, Chartorisky, Galitzine i Troubetskoi (v budushchiem dazhe 3 67-mi markerovyie : Khovanskii, Chartorisky i drugiy Gediminovich).

Predki etikh kniazei tochno izvestny. Pachislim skorosti mutatsiy k obshchim predkam. Akazhetsia : vazmozhna-li ispolzovatsia dannymi ot Anatoliya Alekseevicha k gaplogruppe N1c1 ?

При всем своем уважении к тому, чем занимется пан Анджей, я бы не стал слепо полагаться на данные генеалогии Рюриковичей для калибровки мутационных "генеалогических" скоростей. Дело в том, что очень трудно дать численную оценку частоте небиологического родства, адоптирования и просто "приписки" отдельных ветвей к роду Рюрику. Из всех этих "демографических" эфектов расчеты производились только по частоте небиологического родства. В современных развитых обществах он составляет примерно 10-12%, с учетом адаптации достигая уровня 15-18%. Допустим, что в средневековом традиционном домостроевском обществе этот уровень был меньше, зато гораздо более значимое влияние в то время играла практика приписывания одного рода к другому. Известные российские историки  Веселовский,Бычкова и Зимин в своих работах приводили сотни (!) таких примеров. По тем же князьям Кропоткиным Бычкова приводит типичный пример - когда одна ветвь Кропоткиныз в 17 веке подали в Разрядный приказ свою родословную  роспись, то в качестве родоначальника они указали татарского князя. Однако при разборе росписи, один проворный дъяк "сыскал в старых родословцах, что князья Кропоткины от Смоленских дей князей повелись" и откорректировал им родословную на правильный по его мнению вариант.
О достоверности "родословных" русского дворянства, см. Бычкова М. Е. Родословные книги XVI-XVII вв. как исторический источник. М., 1975

[Yurgan]

Нет, уважаемый Andr имел ввиду именно скорость мутаций. Наблюдается такая закономерность, если сравнивать гаплотипы родственников, общий преок которых жил менее 400 лет назад, то количество мутаций меньше, чем при сокрости Клесова. Чем дальше жил общий предок - 800 лет назад, эта пропорция выравнивается.

Po moiemu yest' takaya vazmozhnost', shto skorost' mutatsii u N1c1 nizhe, chiem u R1a1, va pervykh za shchiot UV izluchenia, katoroe vyshe na yuge, gde prazhivali R1a1, chiem na severe, gde prazhivali N1c1.

Cherez 5- nedel' paluchim tochnye resultaty po N1c1. Dva dnia tamu v Houston pastupili testovyie nabory sleduyushchikh kniazei : Kropotkin, Khilkov, Vadbolsky, Putiatin, Myshetsky (dolzhen byt' R1a1), Volkonsky (dolzhen byt' R1a1) i Gediminovichi Galitzine i Trubetskoi.

Budem imiet 7 37-mi markerovykh gaplotipov ot Rurikovichei N1c1 : Gagarin, Rzhevsky, Puzyna, Kropotkin, Khilkov, Vadbolsky, Putiatin (v budushchiem dazhe 3 67-mi markerovyie : Gagarin i dva drugie kniazia); dazhe 4 37-mi markerovyie gaplotipy ot Gediminovichei N1c1 : Khovanskii, Chartorisky, Galitzine i Troubetskoi (v budushchiem dazhe 3 67-mi markerovyie : Khovanskii, Chartorisky i drugiy Gediminovich).

Predki etikh kniazei tochno izvestny. Pachislim skorosti mutatsiy k obshchim predkam. Akazhetsia : vazmozhna-li ispolzovatsia dannymi ot Anatoliya Alekseevicha k gaplogruppe N1c1 ?

При всем своем уважении к тому, чем занимется пан Анджей, я бы не стал слепо полагаться на данные генеалогии Рюриковичей для калибровки мутационных "генеалогических" скоростей. Дело в том, что очень трудно дать численную оценку частоте небиологического родства, адоптирования и просто "приписки" отдельных ветвей к роду Рюрику. Из всех этих "демографических" эфектов расчеты производились только по частоте небиологического родства. В современных развитых обществах он составляет примерно 10-12%, с учетом адаптации достигая уровня 15-18%. Допустим, что в средневековом традиционном домостроевском обществе этот уровень был меньше, зато гораздо более значимое влияние в то время играла практика приписывания одного рода к другому. Известные российские историки  Веселовский,Бычкова и Зимин в своих работах приводили сотни (!) таких примеров. По тем же князьям Кропоткиным Бычкова приводит типичный пример - когда одна ветвь Кропоткиныз в 17 веке подали в Разрядный приказ свою родословную  роспись, то в качестве родоначальника они указали татарского князя. Однако при разборе росписи, один проворный дъяк "сыскал в старых родословцах, что князья Кропоткины от Смоленских дей князей повелись" и откорректировал им родословную на правильный по его мнению вариант.
О достоверности "родословных" русского дворянства, см. Бычкова М. Е. Родословные книги XVI-XVII вв. как исторический источник. М., 1975

Если филогения и генеалогия совпадут, то можно и посчитать по Рюриковичам.

[I2a1a]

Если филогения и генеалогия совпадут, то можно и посчитать по Рюриковичам.

Насколько я вижу, она уже не совпадает, по крайней мере в своей R1a1 и I2a2b составляющей.

[Yurgan]

Если филогения и генеалогия совпадут, то можно и посчитать по Рюриковичам.

Насколько я вижу, она уже не совпадает, по крайней мере в своей R1a1 и I2a2b составляющей.

Ну, это мелочи. Оставим только тех, кто совпадает.

[I2a1a]

Если филогения и генеалогия совпадут, то можно и посчитать по Рюриковичам.

Насколько я вижу, она уже не совпадает, по крайней мере в своей R1a1 и I2a2b составляющей.

Ну, это мелочи. Оставим только тех, кто совпадает.

Как раз и не мелочи. Картину нужно изучать целиком, с учетом всех возможных факторов. Иначе получится редукция, искажающая истинное положение вещей.

[Овод]

Как раз и не мелочи. Картину нужно изучать целиком, с учетом всех возможных факторов. Иначе получится редукция, искажающая истинное положение вещей.

Абсолютно согласен с Вадимом. Отсев данных, не укладывающихся в заранее желаемую картину только введёт в заблуждение.
 
Так многие горе-ДНК-генеалоги строят дерево своего родства таким образом: выбирают наиболее близкие гаплотипы и запускают филогению. Она заведомо будет кривой и ложной. Обязательно нужно включать данные многих гаплотипов, не обязательно близких, чтобы получить реальную картину. Выборка должна быть всегда равномерной, а не фильтрованной по совпадению или близости.
 
Эти "близкие" могут оказаться далёкими при представительной выборке. А дальние - приблизиться.

[Centurion]

Эти "близкие" могут оказаться далёкими при представительной выборке. А дальние - приблизиться.

Совершенно верно. Я всегда считал наиболее близким один гаплотип, но после построения большого дерева Wertner-ом я оказался с ним в разных кластерах, и с примерным общ. предком аж до нашей эры в то же время другой ко мне приблизился.

[Yurgan]

Как раз и не мелочи. Картину нужно изучать целиком, с учетом всех возможных факторов. Иначе получится редукция, искажающая истинное положение вещей.

Абсолютно согласен с Вадимом. Отсев данных, не укладывающихся в заранее желаемую картину только введёт в заблуждение.
 
Так многие горе-ДНК-генеалоги строят дерево своего родства таким образом: выбирают наиболее близкие гаплотипы и запускают филогению. Она заведомо будет кривой и ложной. Обязательно нужно включать данные многих гаплотипов, не обязательно близких, чтобы получить реальную картину. Выборка должна быть всегда равномерной, а не фильтрованной по совпадению или близости.
 
Эти "близкие" могут оказаться далёкими при представительной выборке. А дальние - приблизиться.

Вы о чем? На одно дерево сажать R1a, N1c и I2?
На данный момент, не смотря на то что у Шаховского и Лобанова Ростовского 12 маркеров, они укладываются вместе с Ржевским и Гагариными в филогенетическое древо, совпадающее с генеалогическим. Если будет такое же совпадение у остальных N1c или R1a на 67 маркерных гаплотипах, то это будет достаточным, чтобы выявлять скорости. А что, Вы можете предложить другую семью с более точной родословной?

[I2a1a]

Так и есть. По крайней мере Мурка дает визуальное представление об эфекте гомоплазии. Поэтому меня всегда напрягали простые сопоставления гаплотипов. Последние действенны только в том случае, когда заведомо известен гаплотип предка, т.е исходная точка, от которой измеряют дистанцию. Проблема в том, что без учета гомоплазий, это родство может показаться дальше чем на самом деле.

[Yurgan]

Эти "близкие" могут оказаться далёкими при представительной выборке. А дальние - приблизиться.

Совершенно верно. Я всегда считал наиболее близким один гаплотип, но после построения большого дерева Wertner-ом я оказался с ним в разных кластерах, и с примерным общ. предком аж до нашей эры в то же время другой ко мне приблизился.

Вы это мне объясняете? Я, думаю, отличу близкие гаплотипы от дальных и сумею выловить дублирующие мутации.

[Yurgan]

Так и есть. По крайней мере Мурка дает визуальное представление об эфекте гомоплазии. Поэтому меня всегда напрягали простые сопоставления гаплотипов. Последние действенны только в том случае, когда заведомо известен гаплотип предка, т.е исходная точка, от которой измеряют дистанцию. Проблема в том, что без учета гомоплазий, это родство может показаться дальше чем на самом деле.

Мурка не всегда в состоянии определить, какой гаплотип к какому ближе. Иногда, правда, совпадает. Работа вручную намного точнее.