Гаплотипы I из европейской части Российской федерации

[aklyosov]

(продолжение)

У меня в руках была серия гаплотипов этнических русских, какой у меня до того не было. Причем не коммерческая серия, а отобранная по профессиональным критериям. И мне надо было узнать, какие ветви при этом получатся, и какие времена общих предков при этом вылезут. И что можно было получить, я получил, именно для МОЕЙ ЗАДАЧИ. Меня не интересовали субклады, потому что, повторяю в десятые раз, там этих субкладов десятки, и большинство мы все равно пока не знаем. Меня интересовали только I1 и I2, неужели все еще не понятно? И меня интересовал общий предок I1 и I2, как далеко вглубь тысячелетий он заходит. Мелочи в виде субкладов меня не интересовали.

Потому что я вижу, что как I1, так и I2 старше 20 тысяч лет. Меня интересует древняя история этой гаплогруппы. Потому что она совершенно уникальна.       

[aklyosov]

(продолжение)

Поэтому вам, коллеги, напутствие. Понимаю, что с ним для вас я опоздал, но пусть хоть вхолостую. Известно, что каждый выбирает себе задачу по способностям и по широте кругозора (хотя это в целом одно и то же). Одни всю жизнь копаются с весами маркеров, и слава Богу, если им это интересно. Другие ставят глобальные задачи, и их решают. Третьи виснут на ногах у других с упреками, что они не разделили гаплотипы на субклады, хотя для глобальных задач это зачастую вовсе не обязательно.

И самое смешное - третьи думают, что это они "делают науку".

Намек понят?

Не примите это за насмешку. Это - суровые реальности жизни.


 

[I2a1a]

(продолжение)

Третьи виснут на ногах у других с упреками, что они не разделили гаплотипы на субклады, хотя для глобальных задач это зачастую вовсе не обязательно.

И самое смешное - третьи думают, что это они "делают науку".

Намек понят?

Не примите это за насмешку. Это - суровые реальности жизни.

 

Хотел было подробно прокомментировать очередное обращение Академика к народу, но потом воздержался. В этой ветке форума рассматривался конкретный вопрос о надежности построения филогенетического древа по 17 маркерам. Вывод совершенно очевидный -получаемая топология филогенетических деревьев ненадежна и случайна. Если Вы полагаете, что по такой топологии можно "разделять ветви" и считать возраст "первопрядка", то и продолжайте этим заниматься. Никто Вам это не запрещает. Лично для меня этот вопрос уже решен. Скажу больше, я не считаю, что реконструирование истории популяций исключительно (sic!) на микросателлитах Y-хромосом можно считать какой-то отдельной дисциплиной. В геноме человека есть гораздо более информативные в этом плане участки, которыми Вы категорически заниматься не хотите. Я не хочу "делать" такую науку.

И напоследок я скажу. Если Вы считаете собравшихся здесь форумчан лилипутами, которые повиснув у Вас на ногах, мешают сделать свои "три шага  Вишну" в науке, то отряхните пыль с Ваших ног -и не лукавствуя мудро Ite, missa est.


 

[I2a1a]

>Что еще интереснее, так это то, что Нодтвельдт определяет возраст динарического клада группы I2a всего лишь в 2550 лет (!!!), а по скоростям Клесова получается не менее 7000 лет. Последняя цифра мне представляется разумной.

Я данным Нодтвельдта в целом доверяю, он аккуратно считает. Доверяю "в целом", а не полностью, потому что он делает некоторые приближения (как, впрочем, и все), но у него свои, которые я не всегда разделяю. Помимо того, он считает квадратичными методами, которые в идеале хороши, но в реальности дают сразу большую ошибку (и завышенное время до общего предка) при попадании не того гаплотипа в выборку. "Не того" - это из другой серии, от другого общего предка.

Но в любом случае у меня с ним обычно получается неплохое совпадение, мы с ним не раз сверяли (у меня с ним переписка). Поэтому приведенное выше (в цитате) несовпадение - 2550 против 7000 лет - это что-то маловероятное.

К этому есть два объяснения - либо сравнивали разных серии (разных общих предков), либо излишние манипулирования с данными у Вадима. Вот что он пишет, и меня это напрягает:

http://forum.molgen.org/index.php/topic,345.msg15432.html#msg15432
Нетворке по полученным результатам получилось дерево возрастом в 7285 лет (отсчет брался от модального гаплотипа I2a DinS - я экспериментировал со скоростями Клесова и ставил на быстрые маркеры заведомо низкие веса, поэтому вместа древа получилась классическая сетка)....заслуживает внимание сдвиг векторного торса в сторону итальянца... я попытался показать уход в сторону от украинской и польской ветви I2a... но из за заниженных весов...

Вот эти принуждения серии гаплотипов к весами и прочим насилиям, на мой взгляд, очень чреваты. Во-первых, надежность "весов" пока так никем никогда и не показаны. Все "аргументы", что мы видим, это типа "с весами выглядит лучше, чем без весов". Но дело в том, что с правильными весами может выглядеть совсем по-другому. А для того, чтобы знать, какие веса правильные, надо экспериментировать с РАЗНЫМИ весами (причем обоснованными), а не с какими-то одними. Таких работ я не видел.

Далее, при расчетах времен никаких весов не нужно, они уже упрятаны в величины скоростей мутации. Если накладывать на них еще какие-то веса, то, скорее всего, получится ерунда.

У меня деревья для I1 ("балто-скандинавские") и I2 ("балканские") давно построены, по данным, любезно предоставленным уважаемым Пастором, причем по разным территориям - западноевропейские, восточноевропейские, скандинавские, ближневосточные. Поскольку они будут публиковаться, да к тому же их целая серия, как следует из перечисленного выше, то приводить их пока не буду. Но упомяну, что, например, дерево из 107 25-маркерных восточно-европейских гаплотипов I2 (Россия, Украина, Белоруссия, Латвия, Польша) имеет очень характерный вид - одна половина дерева недавняя, все гаплотипы толпятся вокруг ствола, приземистые, а вторая ветвь раскидисто уходит вдаль. Количество гаплотипов в обеих ветвях примерно поровну. Возраст молодой ветви - 2700 лет назад, возраст старой - 10800 лет назад.

Наверное, 7000 лет у Вадима - результат смешивания обеих ветвей и расчета "чохом". Это, к сожалению, типичная ошибка "популяционных генетиков", и в этом случае тоже, но уже не у них.

Ошибка еще и потому, что "чохом" часто вообще уводит от верного результата. Дело в том, что в данном случае обе ветви имеют НАСТОЛЬКО разные гаплотипы, что разница между их базовыми составляет 19 мутаций (!) на 25-маркерных гаплотипов. Это дает время жизни первопредка I2 по этой объединенной выборке 15300 лет назад. Вот это уже действительно уважительный возраст для древних I2 в Восточной Европе.

А, например, для скандинавской группы I2 дерево вообще фантастическое - два рога, торчащие в разные стороны, один рог приземистый, недавний, а другой фонтанирует в сторону. Относительно молодая ветвь имеет возраст предка 3650 лет, старая - 6750 лет.
И - финал. Поскольку скандинавская ветвь сильно отличаются от восточноевропейских (там свои интересные закономерности, которые будут описаны в статье), то ИХ ВСЕХ общий предок жил 19000 лет назад. Это - самый старый общий предок в Европе.

Другие важные детали я пока здесь опускаю, до публикации.

[Valery]

Итак, мое скромное мнение таково. АК - абсолютный эмпирик. В такой степени, что и работа с математиками (СП, КИ, ДА) на пользу ему не пошла. Как и раньше, те же дергания туда-сюда, поправки, неспособность выдать законченный метод, удочку, которой могут пользоваться другие без постоянного обращения к гуру.

[mouglley]

Итак, мое скромное мнение таково. АК - абсолютный эмпирик. В такой степени, что и работа с математиками (СП, КИ, ДА) на пользу ему не пошла. Как и раньше, те же дергания туда-сюда, поправки, неспособность выдать законченный метод, удочку, которой могут пользоваться другие без постоянного обращения к гуру.

Вот-вот, ждём от него, понимаешь, нормального изложения методики. Необходимо же на что-то ссылаться.
А получаем учебники для маразматиков, которым необходимо повторение основ каждые две минуты.

[wertner]

Вот-вот, ждём от него, понимаешь, нормального изложения методики. Необходимо же на что-то ссылаться.
А получаем учебники для маразматиков, которым необходимо повторение основ каждые две минуты.

Постарайтесь не использовать [ \ b ], вместо [ / b ]. Пропадает часть фразы.

[mouglley]

Спасибо, задумался.

[Alexander]

Результаты подобного опыта уже лучше согласуются с данными номенклатуры субкладов I. Почти все субклады легли где им полагается (внутри родительских кладов), хоть и не в прогнозируемом номенклатурой порядке. Тем не менее на 17 маркерах не дают удовлетворительного результата

Уважаемый Vadim Verenich.
В Вашем посте от 3 сент.в "17 локусов" и в "Гаплотипы I" - описан эксперимент с обкаткой метода разделения ветвей в кладе I* для надёжного 17-м набора гаплотипов всей группы. В заключении написано, что "результаты согласуются лучше", но "тем не менее, не дают удовлетворительного результата".
Мне кажется, что неплохо бы при этом установить какой-нибудь числовой критерий для оценки такого согласования и результата. Например "вероятность достоверной реконструкции" или что-нибудь в этом роде.
Наверняка кривая вероятности плавная, и при 17 маркерах резко (до 0) не обрывается. А при 67 маркерах не равна 1.
Тогда можно было бы с полным основанием сказать, что, например, вероятноть достоверной реконструкции есть, но, скажем, мала=там, 0,1...
Но, если она окажется >0,7, то уже, наверное, какие-то построения (путь с большей ошибкой), но можно делать. В этом месте придётся задать приемлемую величину вероятности, как критерий достоверности (она же и определит предельное число локусов).
И ещё.
Вашу полемику с aklyosov, можно было бы просто разрешить, как он и просит: подсчитать возраста ветвей в Вашей выборке, сравнить с его и выявить величину расхождения. Или это уже где-то сделано, могу быть не в курсе...

[I2a1a]

Мне кажется, что неплохо бы при этом установить какой-нибудь числовой критерий для оценки такого согласования и результата. Например "вероятность достоверной реконструкции" или что-нибудь в этом роде.
Наверняка кривая вероятности плавная, и при 17 маркерах резко (до 0) не обрывается. А при 67 маркерах не равна 1.
.....
Вашу полемику с aklyosov, можно было бы просто разрешить, как он и просит: подсчитать возраста ветвей в Вашей выборке, сравнить с его и выявить величину расхождения. Или это уже где-то сделано, могу быть не в курсе...

Ув. Александр,

Спасибо за комментарий и рациональное предложение. К сожалению, у меня не хватает математических познаний для расчетов критериев результатов в виде предложенной Вами кривой вероятности. Но Вы можете обратиться за помощью к профессиональным математикам, которые посещают наш форум (Овод и Каржавин). Думаю, что вместе с ними Вы успешно решите интересующий Вас вопрос...

Что касается полемики с АКадемиком .... тут дело даже не в расчетах. Дело в том, что АК между строком навязчиво просит признать легитимность только его метода, остальное по сути его вообще не интересует. Вы можете пытаться доказать ему что угодно, но до тех пор, пока Вы не начнете считать так,как АК прописал, все что Вы ему наговорите будет для АК только производством некоторого количества слов и пустым сотрясанием воздуха. Бесполезно что-то считать и доказывать человеку с косным мышлением, который уже решил, что нашел все правильные ответы на все вопросы. О какой дискуссии тут вообще можно говорить ...

[Alexander]

К сожалению, у меня не хватает математических познаний для расчетов критериев результатов в виде предложенной Вами кривой вероятности

Не обязательно вероятности. Смущает то, что понятие "достоверная реконструкция" имеет субъективный характер. В предваряющей Ваш пост заметке Valery даны некоторые числа, как критерии: расстояние Р-Ф, частота партиций - посоветуйте, где бы почитать об этих (и подобных им) понятиях? Наверное, есть и учебники, ну или что-то в этом роде?

[I2a1a]

К сожалению, у меня не хватает математических познаний для расчетов критериев результатов в виде предложенной Вами кривой вероятности

Не обязательно вероятности. Смущает то, что понятие "достоверная реконструкция" имеет субъективный характер. В предваряющей Ваш пост заметке Valery даны некоторые числа, как критерии: расстояние Р-Ф, частота партиций - посоветуйте, где бы почитать об этих (и подобных им) понятиях? Наверное, есть и учебники, ну или что-то в этом роде?

Это статистика, которую генерирует программа Валерия - Murka. Я пытался изложить свои мысли о критериях достоверности деревьев, которые строит Мурка в своей статье, которая опубликованна во втором номере RJGG.

[zastrug]

Вашу полемику с aklyosov, можно было бы просто разрешить, как он и просит: подсчитать возраста ветвей в Вашей выборке, сравнить с его и выявить величину расхождения. Или это уже где-то сделано, могу быть не в курсе...

Alexander, мне кажется вы просто не хотите принять еще один аспект этого вопроса - невозможно подсчитать общий возраст именно русских I. Просто напомню свой ответ  на ваш пост в другой теме касательно русских I2b:
Что касается I2b-славян, или как их называет АК "старая ветвь I2", то у них попросту не было общего предка. То есть предок конечно общий когда-то был, но к славянам он не имеет никакого отношения, это предок родом из С-З Германии, общий для всех I2b - русских, немцев, голландцев, гагаузов и т.д. Как называли себя те люди мы не имеем ни малейшего представления.
Как попали их потомки на В-Е равнину? Скорее всего нескольким волнами - с готами, норманами, в средневековье. То есть у большинства русских из той выборки есть более близкие гаплотипы из Англии, Германии и т.д., чем из соседних российских регионов(зачастую ближе чем русские из того же региона) и принадлежат эти русские гаплотипы I2b к разным субкладам.
Мне кажется в целом тоже можно сказать и о русских I2a2 и I1. Сейчас попросту нет оснований выделять какие-то особые "русские" субклады внутри I, ну или просто их каким-то образом сгруппировать по каким-то характерным особенностям.
Поймите! АК посчитал не возраст "русских" I, а возраст всей гаплогруппы I, причем на основе далеко не полной выборки исключительно русских гаплотипов(отсутствие гаплотипов, представляющих абсолютно все субклады I и численный перевес гаплотипов других субкладов должны достаточно сильно влиять на полученный результат).
 Зачем? Не знаю. На мой вкус с этой задачей гораздо лучше справился Кен Нордведт.

[Alexander]

...вы просто не хотите принять еще один аспект этого вопроса - невозможно подсчитать общий возраст именно русских I

Про русских I - возможно, логика есть. Но вопрос мой был чисто из области математики. Тут ведь как - есть произвольная выборка I. Можно ли подсчитать возраст до её предка? Можно. Вопрос, насколько верно. Как понимаю, чтобы было верно, нужно правильно построить дерево, выявить ветви и по ним определиться.
Но, если дерево не достоверное, на сколько возрастёт ошибка? Максимум ошибки, по-видимому, получится, если ветви вообще не выделены, то есть при счёте "на круг".
Частный пример возьму из статьи в Вестнике "9 племён". Там время до предка по общей выборке (правда, для R1a1) = 4750 л., Время до предка с использованием ветвей = 5125 л.  Итого ошибка составила <10%. Такой или близкий порядок ошибки будет при самом худшем раскладе, когда все ветви смешаются в кучу. Если же гаплотипы взаимно перепутают свои ветви, то ошибка окажется ещё меньше (погрешности компенсируются). Скорее всего при "плохих" выборках разница во временах возрастёт, намного ли... Получается следующее: при расчёте времён достоверность филогении (и, стало быть, число маркеров) не является определяющим фактором.
Определяющим фактором является собственно метод расчёта. Ведь у разных авторов времена разнятся значительно. Но ту уж ничего не поделаешь, пока не найдут способ реальной проверки.

[I2a1a]

. Скорее всего при "плохих" выборках разница во временах возрастёт, намного ли... Получается следующее: при расчёте времён достоверность филогении (и, стало быть, число маркеров) не является определяющим фактором.
Определяющим фактором является собственно метод расчёта. Ведь у разных авторов времена разнятся значительно. Но ту уж ничего не поделаешь, пока не найдут способ реальной проверки.

Верно, при расчете "времен" или возраста всей гаплогруппы (например, I) филогенетически правильное разделение выборки на субклады не имеет значение, особенно при использовании академических сигма-погрешностей (так как получаемые величины примерно оказываются в интервале этих "инструментальных" погрешностей). Но правильное разделение субкладов и укоренение филогений - без дополнительных приемов, вроде ввода данных о снип-мутациях  и использования для укоренения гаплотипов удаленных гаплогрупп - на 17 маркерах невозможно. Иными словами, все деревья академика построенны с импользованием методологически неверных методов.