АвторТема: Анализ родства по данным Х-хромосомы  (Прочитано 34892 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 717
  • Страна: aq
  • Рейтинг +129/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #225 : 14 Август 2021, 18:48:00 »
Нет, я не соглашусь. Как раз таки после своих измышлений я уверен что там уже не 6-7юродное как я думал раньше а может все 8-9! То что матери получили от матерей доказывает лишь то что кроссинговер все таки местами происходил(ну естественно, это ж не неизменная y хромосома!). Почему нужно делить как минимум на 4? потому что вполне может быть в половине случаев(если не больше) в цепочке от предполагаемого родственника ко мне кроссинговера не происходило!
Насчет составных блоков и нет -ну так это же все смотрится -если общее количество и наибольший сегмент не составной то да. У меня там все кто хоть сколько значим на x показывает единый блок, не составной. Если бы еще и составные то там вообще даже не 7я вода на киселе
Посмотрите для сравнение количество Х-совпаденцев у женщин.

И да, делить не нужно. Кроссинговер у матери таки происходит, поэтому Ваш Х ещё не понятно насколько от бабушки, а насколько от дедушки. Но практически однозначно не на 100% от одного из них. Иначе Вы бы или полностью совпадали с сиблингами по Х, или полностью не совпадали. В реале там совпадение частичное - у меня, к примеру, с одной сестрой совпадение 153 сМ, а с другой - 81 сМ. У них же с моей дочерью - 164 и 94 сМ (говорить, откуда дополнительные 11-13сМ? :))). У моих дочери и сына - 127 сМ. У двух братьев, курируемых мной - 92 сМ между собой, с матернальной бабушкой - 178 и 109 сМ, а с матернальным дедом - 12 и 73 сМ. Пары ребёнок-родитель и ребёнок-патернальная бабушка - вполне предсказуемо 181 сМ, кроме случаев отец-сын и патернальная бабушка-сын - там, естественно 0. К сожалению, более глубоких данных нет, но, если уже между сиблингами может быть пересечение гораздо меньше половины, а с дедами - и того меньше, то о чём мы спорим?

В Вашем случае теоретически достаточно 4 поколений от общего предка. На практике, конечно же, может быть и больше, но не экстремально - всё же приличный кусок дошёл до вас без изменений. Меньше не будет - у вас нет общей аутосомной ДНК. Это возможно только на уровне 4 поколений. Или 3.5 - в случае неполного родства или разницы в поколениях до общего предка.

Кстати, вот написал по поводу неполного родства и задумался. Конечно же, это не о вашем конкретном случае, но бывает же, когда находятся родственники, у которых документальная и биологическая генеалогия пошли вразброс.
Ну я уверен, что в моем случае от бабушки. Не верю в Икс связь казахов с поляками, русскими, финнами и украинцами в районе начала 20века или конца 19... А вот связь татар с ними да. Дальше я вас не понял. Почему не 100% от одного из них? Про сиблингов не понял. Дальше короче вообще ничего не понял
ПС По поводу чисел -хорошо бы сравнить данные X между мужчинами известного родства с таким же промежутком родства в аутосомах. Я думаю аутосомы исчезают быстрее

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 717
  • Страна: aq
  • Рейтинг +129/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #226 : 14 Август 2021, 20:04:56 »
Вот кстати в Факе написано на этом же форуме
Цитировать
Вопрос: Как учитывать родство по X-хромосоме?
Ответ: Общие сегменты по X-хромосоме нужно учитывать наравне с аутосомными сегментами и на тех же основаниях. Специфика лишь в том, что от отца к сыну (ММ) X-хромосома не передается, а при передаче ЖМЖ (бабушка-отец-дочь) в среднем звене рекомбинация не происходит, как если бы передача происходила непосредственно от бабушки к внучке. Следовательно, в первом случае X-хромосомное родство по линиям с такими звеньями (отец-сын) невозможно, а во втором среднее звено (мужское поколение) при расчете количества поколений до общего предка по X-хромосомному родству в каждом из подобных случаев необходимо исключить. Например, при передаче участков X-хромосомы по пути ЖМЖМЖЖЖ прошло 6 реальных поколений, но "расчетных" только 4 (количество женщин в цепочке, кроме последней).
ТАким образом, если СМ показывают даже 4 поколения к примеру, де факто там 6!

Оффлайн Balymba

  • Сообщений: 397
  • Страна: ua
  • Рейтинг +162/-0
  • Y-ДНК: I2a
  • мтДНК: H
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #227 : 14 Август 2021, 22:12:54 »
sergm. а каково Ваше мнение по совпадению моей мамьі с другой женщиной (родство может идти только через ее неизвестного отца) 42 сМ по Х. Может єто бьіть дочь двоюродного брата мамьі ?

Оффлайн Balymba

  • Сообщений: 397
  • Страна: ua
  • Рейтинг +162/-0
  • Y-ДНК: I2a
  • мтДНК: H
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #228 : 14 Август 2021, 22:21:11 »
sergm. а каково Ваше мнение по совпадению моей мамьі с другой женщиной (родство может идти только через ее неизвестного отца) 42 сМ по Х. Может єто бьіть дочь двоюродного брата мамьі ?
По аутосомам есть совпадение? От него надо сначала отталкиваться.
В теперешней интерпретации ФТДНА 122 см с наибольшим фрагментом 33 сМ. До изменений бьіло (если не ошибаюсь) 168 сМ.

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1142
  • Страна: 00
  • Рейтинг +151/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #229 : 15 Август 2021, 00:58:27 »
У нас в семье кроссинговер по Х не случился. Х - хромосома от деда через мать, т.е. меня,  перешла к внуку ( моему сыну) без изменений. И как рассчитывать людям родство при таком "безобразии", если подобное происходит в разных семьях время от времени?

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 717
  • Страна: aq
  • Рейтинг +129/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #230 : 15 Август 2021, 07:46:13 »


Посему Вы можете верить хоть в марсиан, но Х хромосома, доставшаяся Вам от мамы содержит в себе смесь Х хромосомы дедушки и обеих Х хромосом бабушки (так как мама от своей мамы тоже получила смесь). Соответственно, когда мы смотрим на вот тот веер, иллюстрирующий наследование Х хромосомы, он отображает не потенциальных, а реальных доноров ДНК вашего Х. По крайней мере на несколько поколений вглубь. Дальше, естественно, чей-то материал выпал из наследования. Но можете считать это фактом - Ваша Х хромосома содержит в себе комбинацию Х обоих родителей Вашей мамы, а следовательно - обеих её бабушек и матернального дедушки (т.е., двух Ваших прабабушек и одного прадедушки). Можно пойти ещё чуть вглубь, и расшифровать, что Х Ваших прабабушек - это комбинация Х их родителей, а Х Вашего прадедушки - это Х его мамы (который, как я уже упоминал, есть комбинацией Х ее родителей).
Надеюсь, это тоже понятно.

Теперь смотрите - у вас - двоих мужчин - Х совпал аж на 26 сМ из 181. На самом деле это очень большой кусок. Как я уже показал выше, у родного деда с его внуком может быть 12 сМ. А теперь представим, что у этого деда две дочери (для удобства возьмём от разных жён) и от каждой - по внуку. И каждый совпал с ним на 12 сМ, а между собой - и того меньше (так как бабушки у них разные). А у вас 26 сМ. Другое дело, что у этих внуков должно быть аутосомное совпадение уровня от 150 сМ. А вот на поколение дальше - уже вполне может не быть аутосомного совпадения вообще.

Я бы порекомендовал Вам отобрать ближайшие уровни родства с потенциальным нулевым совпадением по аутосомам. Это 3,5 и 4юродные. И по ним пробежаться. Глядишь, что-то и выявится.

ПС зря Вы не верите в связи казахов с поляками, русскими и украинцами в ХІХ веке. Об этом можно почитать в дневниках Тараса Шевченко. Там, правда, закамуфлировано, но...
Я верю не в марсиан, а в здравый смысл. А он подсказывает что по казахской линии гораздо менее разумно искать, чем по татарской. А так да, в теории все может быть. И я в курсе о связях казахов с поляками, русскими и украинцами. Но понятно что это куда меньший вариант, причем намного. Может 26СМ в Х хромосоме это и большой кусок, это не аутосомы да и тут другие цифры и 26 тут вполне серьезный показатель. Может быть, но исключать что Х хромосома часть пути а может и половину от этого человека ко мне не выветривалась, то есть передавалась без помех нельзя. Х хромосома может быть гораздо более цепкой чем аутосомы. И поколениями не выветриваться по настоящему.
 Тот человек мне ответил, он русский(по крайней мере считает себя таким) с корнями из Тверской обл., город Бежецк.  Ну там северовосток Тверской обл. по карте. Еще часть корней из Пскова. Ну эпик, в том плане что за что тут ухватиться? У меня по X должны быть татары (или как вы настаиваете если по отцу матери, то казахи) Единственное что северные русские могли быть связаны с угрофиннским миром конечно, как и татары. А моя мито вполне может быть угрофинской. Разве что вот этот вариант, но думаю что оч. далекий. Не 4-5 поколений, а дальше конечно. Тем более нет аутосомного родства, только не надо говорить о том что аутосом может и не быть уже на 4 поколениях. Давайте смотреть средние уровни и иметь ввиду что для меня русские это как для вас какойнить англичанин ;D даже хуже, другая раса практически
« Последнее редактирование: 15 Август 2021, 07:52:26 от Farharaji »

Оффлайн Balymba

  • Сообщений: 397
  • Страна: ua
  • Рейтинг +162/-0
  • Y-ДНК: I2a
  • мтДНК: H
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #231 : 15 Август 2021, 08:36:16 »
sergm. а каково Ваше мнение по совпадению моей мамьі с другой женщиной (родство может идти только через ее неизвестного отца) 42 сМ по Х. Может єто бьіть дочь двоюродного брата мамьі ?
По аутосомам есть совпадение? От него надо сначала отталкиваться.
В теперешней интерпретации ФТДНА 122 см с наибольшим фрагментом 33 сМ. До изменений бьіло (если не ошибаюсь) 168 сМ.
Ну так это уровень двоюродной тёти/племянницы, троюродной сестры, с натяжкой 2.5юродной сестры. Ну и до 4.5юродного родства.
То есть, если коротко - то да, может.
Судя по вопросу, там НДБО?
Со слов совпаденки она плод одиночной связи ее матери с мужчиной в командировке. Поскольку дело бьіло в Канаде 1980 год, то список родственников мамьі мужского пола и подходящего возраста очень ограничен : двоюродньій брат и возможно существовавшие троюродньіе братья (найти по єтой ветке семьи брата бабушки моей мамьі ничего не удается). Аутосомньіе совпадение у канадийки есть со всеми из клана моих родственников.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 717
  • Страна: aq
  • Рейтинг +129/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #232 : 15 Август 2021, 11:56:13 »
Ну в 9покрлений я поверю запросто,  а не в 4-5 как ранее вы говорили.  И то что русский ничего не значит,  скорее у него татары или какие угрофинны просто он не знает. Он вообще как я понял не разбирается и не занимается генеалогией,  тестами.. Я тоже генеалогией так то не занимаюсь. И уж никого у меня нет из того что я знаю даже близко с намеком в те края. Если искать,  то стартовать мне надо с Татарстана (да и вообще посетить имено село митопрабабки неплохо бы думаю как-нибудь. Пока думаю это все явно в долгий ящик ляжет . И да,  меня самого в ФТдна нету.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 717
  • Страна: aq
  • Рейтинг +129/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #233 : 15 Август 2021, 13:36:52 »
 У меня полногеномка, урезанная до уровня all snps combined для гедматча(но все равно это куда больше инфы чем обычные фэмили фандер или 23эндми)
У "совпаденца" (но подчеркну он совпаденец только по иксам, никаких аутосом общих НЕт, так что совпаденец -ГРОМКО сказано) написано в гедматче Migration - F2 - H Что это значит я не знаю, но наверняка какое то научное исследование. И да, прогнал я его рез в калькуляторе. Например MDLP World22
#   Population   Percent
1   North-East-European   59.28
2   Atlantic_Mediterranean_Neolithic   17.51
3   West-Asian   4.69
4   Samoedic   4.27

5   North-European-Mesolithic   2.85
6   Near_East   2.19
7   North-Siberean   1.66
8   East-South-Asian   1.58
9   Indo-Iranian   1.56
10   East-Siberean   1.56

Почти 5% зап. азии, свыше 4% самоедов ;D Нет восточных корней? ага, поверили ;D
Using 1 population approximation:
1 Mordovian_V_derived @ 5.088784
2 Ukrainian_V_derived @ 6.535326
3 Ukrainian-West_derived @ 6.722512
4 Mordovian_derived @ 6.927584
5 Ukrainian-Center_derived @ 7.600473

Using 2 populations approximation:
1 50% Polish_derived +50% Tatar_Kryashen_derived @ 2.510698


Using 3 populations approximation:
1 50% Russian_V_derived +25% Sorb_derived +25% Tatar_derived @ 1.930078


По 2м популяциям калькуль уверяет что смесь поляка и татара-крящена. По 3м, что полурусский четвертьтатарин ;D


Using 4 populations approximation:
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
1 Czech_derived + Russian_derived + Russian_V_derived + Tatar_derived @ 1.653482
2 Russian_V_derived + Sorb_derived + Sorb_derived + Tatar_derived @ 1.654135
3 Chuvash_derived + Czech_derived + Russian_cossack_derived + Russian_cossack_derived @ 1.739614
4 Belarusian_V_derived + Russian_V_derived + Sorb_derived + Tatar_derived @ 1.767630
5 Chuvash_derived + Russian_derived + Slovenian_derived + Sorb_derived @ 1.778646
6 Chuvash_derived + Czech_derived + Russian_cossack_derived + Russian_V_derived @ 1.779145
7 Chuvash_derived + Czech_derived + Russian_Center_derived + Sorb_derived @ 1.787384
8 Chuvash_derived + Sorb_derived + Sorb_derived + Ukrainian_V_derived @ 1.793976

Ну и 4 популяции дают тоже. Полурусский четьверть татарин четверть может быть чтото еще...Ну в общем, всё понятно, есть у него татарское, просто не знает сам.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 717
  • Страна: aq
  • Рейтинг +129/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #234 : 15 Август 2021, 13:51:50 »
 А щас прогоню 2го совпаденца по Иксу моего -девушка с канадским доменом почты с 12,6cM общих со мной.
И снова MDLP World22
всего 5 популяций из 22 присутствуют(первый раз такое вижу!) Но
#   Population   Percent
1   North-East-European   60.19
2   Atlantic_Mediterranean_Neolithic   21.01
3   West-Asian   8.43
4   North-European-Mesolithic   4.70
5   North-Amerind   1.14
 Западной азии 8.5 процентов ;D


Using 1 population approximation:
1 Ukrainian_V_derived @ 5.430867
2 Ukrainian-Center_derived @ 5.652051
3 Ukrainian-West_derived @ 5.684805
4 Mordovian_V_derived @ 7.101020
5 Slovakian_derived @ 7.515798

Однако..Украина "отаке" ,хм

Using 2 populations approximation:
1 50% German_derived +50% Russian_South_derived @ 3.590785


Using 3 populations approximation:
1 50% German_derived +25% Latvian_derived +25% Latvian_V_derived @ 3.360307
 На 2-3 популяциях вообще все запуталось -немцы и латыши подключились :o

ну и конечно самое главное -метод 4х популяций

Using 4 populations approximation:
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
1 Latvian_V_derived + Mordovian_derived + Swedish_derived + Ukrainian-Center_derived @ 3.128087
2 Estonian_derived + German_derived + German_derived + Latvian_V_derived @ 3.129505
3 German-North_derived + Latvian_V_derived + Russian_North_derived + Ukrainian-Center_derived @ 3.146085
4 German_V_derived + Latvian_V_derived + Russian_North_derived + Russian_South_derived @ 3.218959
5 German_V_derived + Latvian_V_derived + Polish_V_derived + Russian_North_derived @ 3.232117
6 Estonian_derived + Latvian_V_derived + Latvian_V_derived + Norwegian_V_derived @ 3.235302
7 Latvian_V_derived + Norwegian_V_derived + Russian_South_derived + Russian_South_derived @ 3.244103
8 Latvian_V_derived + Mordovian_V_derived + Swedish_V_derived + Ukrainian-Center_derived @ 3.271945
9 CEU_derived + Estonian_derived + Latvian_V_derived + Mordovian_V_derived @ 3.279674

Есть вариант с четвертьмордовскостью! Ну и явно что-то из Украины. Конечно есть вариан с русскими, прибалтами и даже германцами...но думаю это не по иксу...скорее по иксу мордовскость(или украинскость) Да, аутосомно тоже ничего нет! Тоже галимый ИКС

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1142
  • Страна: 00
  • Рейтинг +151/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #235 : 15 Август 2021, 14:11:35 »
У нас в семье кроссинговер по Х не случился. Х - хромосома от деда через мать, т.е. меня,  перешла к внуку ( моему сыну) без изменений.
Т.е., у деда с внуком по Х совпадение 181 сМ на FTDNA? Такое, конечно же, возможно, точно так же, как и 0 сМ. Но это скорее экстремальные случаи.


Да, глянула в Гедматч ( у сына анализ в 23andme, а не в FTDNA)
181.1

Оффлайн ALB

  • Сообщений: 174
  • Рейтинг +30/-1
  • Y-ДНК: R1a FT29096
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #236 : 23 Август 2021, 22:35:27 »



На скринах сравнение на хромосомном браузере генома женщины с родной сестрой отца (синий сегмент) X Match 72 cM  и двоюродной сестрой , являющейся дочерью родной сестры матери (красный сегмент) X Match
147 cM.
Значит ли это , что есть общие предки по женским линиям ?

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1442
  • Страна: ru
  • Рейтинг +458/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #237 : 13 Сентябрь 2021, 13:16:16 »
Решил проверить возможности механизма совпадений по X-хромосоме и, так сказать, "откалибровать" его для с ебя на практическом примере. Для этого использовал имеющиеся в ФТДНА образцы с дворянским корнями, генеалогия которых по понятным причинам хорошо прослеживается всем линиям. У одного из таких образцов было всего 2 совпадения по Х-хромосоме. Один из совпаденцев оказался также представитель российского дворянства с понятной генеалогией. Величина совпадения - 11 сМ. В результате углубления по предковым линиям по правилам Х-хромосомы у обоих обнаружилась единственная общая прапрабабушка - Екатерина Николаевна Карамзина (1806—1867), дочь историка.
Таким образом, родство мужских образцов в 4 колене дало по Х-хромосоме 11 сМ.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 459
  • Страна: ru
  • Рейтинг +173/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #238 : 13 Сентябрь 2021, 14:20:15 »
Таким образом, родство мужских образцов в 4 колене дало по Х-хромосоме 11 сМ.
Учитывая, что у женщин Х-хромосома подвергается кроссоверингу, размер общего фрагмента должен существенно зависеть от количество женщин между общим женским предком и исследуемыми. Интересно, как обстояло дело у ваших? Возможные варианты для мужских образцов в 4 колене:
ЖЖЖЖМ
ЖЖМЖМ
ЖМЖЖМ

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1442
  • Страна: ru
  • Рейтинг +458/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #239 : 14 Сентябрь 2021, 00:20:31 »
Учитывая, что у женщин Х-хромосома подвергается кроссоверингу, размер общего фрагмента должен существенно зависеть от количество женщин между общим женским предком и исследуемыми. Интересно, как обстояло дело у ваших? Возможные варианты для мужских образцов в 4 колене:
ЖЖЖЖМ
ЖЖМЖМ
ЖМЖЖМ
В данном случае между общим предком и трестируемыми было по одному мужскому переходу в обоих случаях.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.