Анализ родства по данным Х-хромосомы

[Sarkhan Bashirov]

Здравствуйте. Подскажите пожалуйста, как примерно подсчитать/прикинуть количество сМ при комбинированном родстве. Так, например, у есть протестированный односельчанин, с которым у меня 62 сМ, у матернальной бабушки 31 сМ, у матернального дяди 96 сМ, у двоюродного брата моего отца с ним 111 сМ. Как прикинуть сколько сМ у него было бы, к примеру, с моим матернальным дедом?

[smolinsky]

Если две женщины-совпаденки имеют разные мито-группы, то у обеих линию ветки мама-мамы можно отсечь? Это верно?

[gecube_ru]

Если две женщины-совпаденки имеют разные мито-группы, то у обеих линию ветки мама-мамы можно отсечь? Это верно?

Да, именно так

[Елена Александровна]

Подскажите, о какой степени родства может идти речь?
https://ibb.co/Y7gHy6m

Четырёх-шестиюродное.   

В общем бесполезное дело

Ну, троюродных Вы и сами знаете.
Именно дальше и интересно!

Тем более есть тема для переписки - анализ региона предков, кто общий в родстве. Фамилии не встречались ли вам мои в ваших местах, а мне ваши.
Зная фамилии таких кузенов больше информации берёшь и из документов архивов.

А Вы пишете - бесполезно...

[Елена Александровна]

Если две женщины-совпаденки имеют разные мито-группы, то у обеих линию ветки мама-мамы можно отсечь? Это верно?

У у мужчин тоже

[ALB]

Я уже проверил - просто совпадение  Да и польская ветка по Y, все отдаляется. TMRCA ~ 2ky. Аутосомы тоже ничего не показывают, даже несмотря на то, что прабабушка и прадед 7-юродные родственники от самого раннего Панкова. (ROH видно)

Тут вообще сюжет интересно разворачивается

Проверил In common with. Оказывается, аутосомно Паньковский мой общий совпаденец с... моим отцом!

Вот неполный список наших общих совпаденцев. В экран смартфона ещё не влезли некто C.F., а также Valya Shenfeld.

Каким тогда образом мы с Паньковским попали друг к другу на X-хромосому - вообще вопрос загадочный

По одному из моих аккаунтов Mr.Vladimir Volkov  есть в совпаденцах , правда неблизкий

[Farharaji]

 А у меня в гедматче оказывается есть сегменты с некоторыми в X-хромосоме. Я думал что нет, потому что искал наличие сегментов в Х хромосоме только с теми, с кем у меня есть аутосомные совпадения. Но..оказалось у меня список аутосомных совпаденцев и X хромосомных вообще не пересекается. Но оказывается есть X хромосомные. Правда большинство малосегментные. Но 4ро все таки преодолели отметку в 10см. А один резко выделяется с 26.3 см. На это стоит внимание обращать?

[Farharaji]

 Ну аутосомных совпадений с ним нет, так что это родство если, то дальнее. Вообще как такое может быть что аутосомно прям 0 а икс аш на 26+см. У меня максимум на аутосомах вообще если всех брать это 31см. Но все таки вполне может же быть каким нить там 6юродным к примеру?? По аутосомам же там может быть 0? просто неповезло с аутосомами, повезло с иксом. Короче я ему написал, пока не ответил.
Кстати 3м в списке по иксам идет, правда с очень слабенькими 11.2 СМ и тоже с абсолютным 0 см в аутосомах одна из веток Miltch Glitch, которая вот эта у него в подписи
MЖЖMMЖM: Шимоновичи I-Y12650* , вот это https://www.yfull.com/tree/I-Y12650*/ Да и вообще из всех резов на Иксе  только 7ро указали свою игрек гаплогруппу(ну и некоторые немогли так как женщины), из них у 4х I-Z73. У одного R1a и у двух чтот с N связано, но они телятся в самом конце списка едва едва пройдя фильтр отбора. Так что это интересно, что большинство из совпадений по иксам имеет один и тот же игрексубклад. Совпадение?

[Farharaji]

Аутосомное совпадение может элиминировать уже в 4 поколениях. При этом Х за счёт полной передачи через мужчину от бабушки внучке, в ряде случаев сохраняется лучше.

Может, да. Но в моем случае думаю что нет. Потому что вот на аутосомах у меня кто? Да так то почти никого, но если поскребсти то татары, казахи. Ну в общем какие у меня нации и есть. Но с аутосомными совпаденцами у меня ужасные проблемы. Только один(татарин) выше 30см и то лишь 31. чтото вроде  еще 5-6 тел от 20 до 27см и усе. Для аутосом ну кот наплакал. А что у меня по иксу -а там межнац. раздолье -финны, поляки, украинцы, русские...И ни с кем аутосомно ничего нет. Вообще. Понятно что это уже более дальняя вещь. Но..даже если там дело в 6-7-8 поколениях я считаю это неплохо. Почему? во первых сектор. Икс хромосома у мужчины сектор очерчивает а не всю генеалогию, как аутосомы. Ясно что Х у мужчины от мамы, в моем случая ясно как пить дать что от бабушки. Потому что отец мамы -казах и понятно что европейские иксы тут никак. А вот бабушка-татарка, вот там собака зарыта. Ах да, я же хотел сказать что во вторых -ну тут понятно, мы радуемся субкладам в 2, в полторы тысячи лет по игрекам и мито, а уж если ровно тыща лет так вообще можно накрывать на стол (ведь так?) Но по сути..икс, если конеш повезет, при некоторых доп. вводных может дать ВБОПЫ и лет 300 и лет 200. Да, 4роюродного наврядли найдешь...но...А насчет 4юродных...я тут набрал в гугле девичью фамилию моей прабабки татарки и ее село рождения...И...куча результатов и в гугле и в контакте и даже на сайте знакомство. Плин и все одним нажатием клика! Да в стораз эффективнее аутосом Поиск в интернете рулит. А вот икс это может быть чтото дальше и глубже и интереснее.. Еще бы ученые придумали чтонибуль с кроссинговером X хромосом, ну чтобы как то отслеживать..Чтоб в генеалогич. целях проще короче было, ну как с игреком. Но думаю мож что и придумают. В любом случае X xромосома это оказывается при определенных раскладах перспективно. ТЕМА, можно даже сказать. И да, вы правы, в ряде случаев у мужчины она сохраняется ЛУЧШЕ аутосом. И в этом большой потенциал

[Farharaji]

А у меня в гедматче оказывается есть сегменты с некоторыми в X-хромосоме. Я думал что нет, потому что искал наличие сегментов в Х хромосоме только с теми, с кем у меня есть аутосомные совпадения. Но..оказалось у меня список аутосомных совпаденцев и X хромосомных вообще не пересекается. Но оказывается есть X хромосомные. Правда большинство малосегментные. Но 4ро все таки преодолели отметку в 10см. А один резко выделяется с 26.3 см. На это стоит внимание обращать?

У мужчин только одна Х хромосома. Поэтому и совпаденцев по ней в разы меньше. Поэтому качество совпадений гораздо выше. Поэтому обращать внимание на таких совпаденцев стоит. Помня, что есть вероятность, что общие предки находятся за пределами генеалогического интервала, что в случае Х хромосомных совпаденцев ещё выше.

Вот кстати! Качество совпадений у мужчин гораздо выше же. Так что наоборот, на совпадения у женщин важнее обращать внимание, так как там усиленный кросинговер и более низкое качество. А качество совпадений у мужчин наоборот, не говорит о близком или среднем родстве. Например если какое то количество см совпадает в резах иксов двух мужчин и это соответствует какому то родству, ну например в 5м поколении, то нужно иметь ввиду наверное что это родство их мам в этом самом 5 поколении. А их родство еще дальше Таким образом результат между мужчинами можно будет поделить на 4(в сантиморганах), между мужчиной и женщиной на 2, а между женщинами оставить как есть. К примеру. В любом случае Иксы удлиняют генеалогию. Если по аутосомам можно посмотреть ну на 200-250 лет в глубь, то по иксам если повезет в 2, а может и чуть более раз больше. Но это кот в мешке конечно.  Так что то что у меня с одним мужиком 26СМ это ничего не говорит в плане родства, это просто изза того что от женщин к мужчинам без кроссинговера идет иксы сохраняются лучше аутосом. Ну как не говорит, родство конечно будет, и в икс секторе конечно, но более дальнее... По сути 26 делим на 4, получаем 6.5. Вот скорее 6.5СМ вот это более такая объективная цифра. Ну я так "думай"

[Farharaji]

Нет, я не соглашусь. Как раз таки после своих измышлений я уверен что там уже не 6-7юродное как я думал раньше а может все 8-9! То что матери получили от матерей доказывает лишь то что кроссинговер все таки местами происходил(ну естественно, это ж не неизменная y хромосома!). Почему нужно делить как минимум на 4? потому что вполне может быть в половине случаев(если не больше) в цепочке от предполагаемого родственника ко мне кроссинговера не происходило!
Насчет составных блоков и нет -ну так это же все смотрится -если общее количество и наибольший сегмент не составной то да. У меня там все кто хоть сколько значим на x показывает единый блок, не составной. Если бы еще и составные то там вообще даже не 7я вода на киселе

[Farharaji]

Нет, я не соглашусь. Как раз таки после своих измышлений я уверен что там уже не 6-7юродное как я думал раньше а может все 8-9! То что матери получили от матерей доказывает лишь то что кроссинговер все таки местами происходил(ну естественно, это ж не неизменная y хромосома!). Почему нужно делить как минимум на 4? потому что вполне может быть в половине случаев(если не больше) в цепочке от предполагаемого родственника ко мне кроссинговера не происходило!
Насчет составных блоков и нет -ну так это же все смотрится -если общее количество и наибольший сегмент не составной то да. У меня там все кто хоть сколько значим на x показывает единый блок, не составной. Если бы еще и составные то там вообще даже не 7я вода на киселе

Посмотрите для сравнение количество Х-совпаденцев у женщин.

И да, делить не нужно. Кроссинговер у матери таки происходит, поэтому Ваш Х ещё не понятно насколько от бабушки, а насколько от дедушки. Но практически однозначно не на 100% от одного из них. Иначе Вы бы или полностью совпадали с сиблингами по Х, или полностью не совпадали. В реале там совпадение частичное - у меня, к примеру, с одной сестрой совпадение 153 сМ, а с другой - 81 сМ. У них же с моей дочерью - 164 и 94 сМ (говорить, откуда дополнительные 11-13сМ? ). У моих дочери и сына - 127 сМ. У двух братьев, курируемых мной - 92 сМ между собой, с матернальной бабушкой - 178 и 109 сМ, а с матернальным дедом - 12 и 73 сМ. Пары ребёнок-родитель и ребёнок-патернальная бабушка - вполне предсказуемо 181 сМ, кроме случаев отец-сын и патернальная бабушка-сын - там, естественно 0. К сожалению, более глубоких данных нет, но, если уже между сиблингами может быть пересечение гораздо меньше половины, а с дедами - и того меньше, то о чём мы спорим?

В Вашем случае теоретически достаточно 4 поколений от общего предка. На практике, конечно же, может быть и больше, но не экстремально - всё же приличный кусок дошёл до вас без изменений. Меньше не будет - у вас нет общей аутосомной ДНК. Это возможно только на уровне 4 поколений. Или 3.5 - в случае неполного родства или разницы в поколениях до общего предка.

Кстати, вот написал по поводу неполного родства и задумался. Конечно же, это не о вашем конкретном случае, но бывает же, когда находятся родственники, у которых документальная и биологическая генеалогия пошли вразброс.

Ну я уверен, что в моем случае от бабушки. Не верю в Икс связь казахов с поляками, русскими, финнами и украинцами в районе начала 20века или конца 19... А вот связь татар с ними да. Дальше я вас не понял. Почему не 100% от одного из них? Про сиблингов не понял. Дальше короче вообще ничего не понял
ПС По поводу чисел -хорошо бы сравнить данные X между мужчинами известного родства с таким же промежутком родства в аутосомах. Я думаю аутосомы исчезают быстрее

[Farharaji]

Вот кстати в Факе написано на этом же форуме

Вопрос: Как учитывать родство по X-хромосоме?
Ответ: Общие сегменты по X-хромосоме нужно учитывать наравне с аутосомными сегментами и на тех же основаниях. Специфика лишь в том, что от отца к сыну (ММ) X-хромосома не передается, а при передаче ЖМЖ (бабушка-отец-дочь) в среднем звене рекомбинация не происходит, как если бы передача происходила непосредственно от бабушки к внучке. Следовательно, в первом случае X-хромосомное родство по линиям с такими звеньями (отец-сын) невозможно, а во втором среднее звено (мужское поколение) при расчете количества поколений до общего предка по X-хромосомному родству в каждом из подобных случаев необходимо исключить. Например, при передаче участков X-хромосомы по пути ЖМЖМЖЖЖ прошло 6 реальных поколений, но "расчетных" только 4 (количество женщин в цепочке, кроме последней).

ТАким образом, если СМ показывают даже 4 поколения к примеру, де факто там 6!

[Balymba]

sergm. а каково Ваше мнение по совпадению моей мамьі с другой женщиной (родство может идти только через ее неизвестного отца) 42 сМ по Х. Может єто бьіть дочь двоюродного брата мамьі ?

[Balymba]

sergm. а каково Ваше мнение по совпадению моей мамьі с другой женщиной (родство может идти только через ее неизвестного отца) 42 сМ по Х. Может єто бьіть дочь двоюродного брата мамьі ?

По аутосомам есть совпадение? От него надо сначала отталкиваться.

В теперешней интерпретации ФТДНА 122 см с наибольшим фрагментом 33 сМ. До изменений бьіло (если не ошибаюсь) 168 сМ.