Параметр Rho (Ро) в Мурке

[mouglley]

Нельзя строить деревья, не пользуясь весами. Это признак лени.

Ви таки считаете что я ленив?

Я знаю, что Вы ... тики-Ви себе пробовали строить деревья с различными весами.
И, после этих опытов,  сами пришли к определённым выводам.

Я считаю, что каждый, начав заниматься филогенией, должен попробовать различные варианты весов.

[Шад]

Я рассчитываю не по парам, а предоставляю Мурке нарисовать дерево с возрастами. Расчёт, к примеру, ведём со скоростью мутаций 0,0216.
Наиболее удалённая от нас тоска пересечения (узел) людей с более-менее известной родословной и есть найденный возраст.
Теперь сравниваем его с временем жизни общего предка (по генеалогии).
Получаем, к примеру, в Мурке возраст 1500 лет
А по генеалогии должно быть 1200 лет.
Следовательно, при следующем построении дерева закладываем скорость мутаций: 0,0216*1500/1200 = 0,027.
Мурка не умеет учитывать скорость возвратных мутаций, но, по мере наращивания массива гаплотипов, получаемые в Мурке возраста будут стремиться к возрастам, рассчитываемых с возвратными мутациями, так как по самому алгоритмы, Мурка вводит в расчёты сами возвратные мутации, если они необходимы.

Ещё уточнение по алгоритму. Правильно ли я понял, что в Вашем методе идет привязка известной из фактической генеалогии даты рождения общего предка к узлу ветвления от которого отходят линии всех его известных из фактической генеалогии потомков? То есть частные случаи - рассмотренные мною выше примеры мутаций за несколько поколений до соответствующих общих предков второго порядка (назовем так их в отличии от САМОГО ДРЕВНЕГО ПРЕДКА) не играют никакой самостоятельной роли и считаются учтенными в дереве, сгенерированном Муркой?

[mouglley]

В моих пробах, безусловно, количество документированных поколений от условного предка до современных его потомков, роли не играет.

Тут в дело вступает статистика.
Ведь, как известно, 67 маркеров могут не измениться и за пять поколений, а может случиться и такое, что у сына накомится немало изменений по сравнению с гаплотипом отца.

[VVR]

В среднем одна мутация на 67м происходит за 150-155 лет.
Мурка действительно, исходя из филогении отображает возвратные мутации. Как реальные, так и фиктивные. Но безусловно, определённая часть возвратных мутаций отслежена никак не может быть. И чем глубже(древнее) дерево, тем больше эта часть неучтённых мутаций. Соответвственно, возраст занижается и необходимо увеличивать Ро для получения реального возраста.
Вместе с тем, есть одиночные мутации, которые программой отображаются, как несколько мутаций. Это и обычные 2-х-3-х-шаговые мутации, и RecLOH. и нуль-делеции, и Р1/Р2 делеции. Например, нуль делеция в DYS458(18>0). Одна мутация будет воспринята программой, как 18 мутаций. Или например RecLOH в DYS464(12,14,15,16>12,12,14,15). Одна мутация будет обсчитана прграммой, как 4. Все эти мутации достаточно редкие, но в целом вносят определённое завышение возраста по ро-статистике. Для компенсации этого влияния Ро необходимо уменьшать.
Таким образом, мы получаем два противоположно действующих фактора. Насколько они уравновешиваются или неуравновешиваются, сказать трудно.
Кроме того, в гаплогруппе N давняя Р1/Р2 делеция отражается на достаточно блольшой части гаплотипов. Она отражается сразу на 3-х маркерах, причём CDY - очень быстрый, а 464-й - мультикопийный. В той части дерева, где влияет эта делеция, мутации в этих 3-х маркерах считаются программой дважды, т.е. вместо одной мутации две. Это безусловно несколько завышает возраст и требует для компенсации уменьшения Ро. (Хотя, ИМХО Маугли слишком уж занизил Ро, но возможно ему виднее).
Учитывая всё вышесказанное, даже если мы проведём идеальную калибровку, или даже будем иметь идеально измеренную скорость мутаций, это не будет гарантировать точного возраста по ро-статистике.Поэтому, мой совет Шаду - берите Ро 150 или 155 и не заморачивайтесь калибровками. При этом учитывайте, что возраст будет только приблизительный.

[Nimissin]

Мы принимали участие в расчетах TMRCA модельных генеалогий с разным числом ветвей, созданных Кеном Нордтведтом (к сожалению, ныне отошедшим от активной деятельности в ДНК-генеалогии). Для разделения ветвей использовалась и Мурка. Возраст, определенный по параметру Ро, был всегда меньше, чем истинный (Кен позже выкладывал ответ). Я смотрел построенные Муркой деревья. Небольшую часть обратных мутаций программа выявляла. Но деревья Кена были специфическими. В начальных поколениях численность быстро росла, затем образовавшиеся ветви долгое время не размножались и не уничтожались. В итоге были ветви, в которых происходило несколько прямых и обратных мутаций, которые никакая филогенетическая программа не выявит. Так что обратные мутации надо как-то учитывать.

[Шад]

Поэтому, мой совет Шаду - берите Ро 150 или 155 и не заморачивайтесь калибровками. При этом учитывайте, что возраст будет только приблизительный.

Совет безусловно хороший. Я бы так и поступил. Но есть одна проблема. Хочется убедиться, что возраст узлов рассчитываемый Муркой это не просто цифры, а некий достоверный результат расчетов. Пусть с погрешностью. Но достоверный. А пока получается как в анекдоте:
- Штурман, прибор.
-200.
-Что двести?
-А что прибор?

Я попробовал выделить набор "калибровочных" гаплотипов (швейцарско-немецкое семейство  Shockey/Jäggi) и прогнать его через Мурку отдельно. Результат получился абсурдный. На время жизни БОП (1720) я вышлел только при Ро в границах от 180 до 250.
Желающие могут сами попробовать, вот данные:

Код: [Выделить]

393,390,D19,391,385a,385b,426,388,439,3891,392,3892,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395a,395b,590,537,641,472,406,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565,M378,L245,L301,L327,L272,L315,L619
10,6,7,9,10,8,99,14,5,7,21,4,3,19,13,51,30,4,18,10,2,6,5,5,5,6,7,13,9,4,6,2,2,2,2,5,19,23,58,37,29,83,10,29,99,7,9,11,5,6,4,21,71,45,3,50,4,3,6,4,13,17,10,11,30,28,18,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000

119556\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,17,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,18,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
120859\nGermany\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,18,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
120860\nGermany\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
122954\nGermany\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
124773\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,17,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,25,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
132437\nGermany\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
132578\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
137432\nGermany\nCentralEurope
13,22,13,10,14,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,18,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
151567\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,12,9,19,19,15,14,16,16,33,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
152558\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,28,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
163316\nCentralEurope\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,17,8,13,25,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
179058\nCenrealEurope\nCentralEurope
13,22,13,10,15,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,17,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,18,11,12,12,17,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1
184450\nCentralEurope\nCentralEurope
13,22,13,10,16,16,12,12,12,13,15,28,17,9,9,11,11,25,14,19,29,14,15,16,16,11,9,19,19,15,14,16,16,34,37,12,11,11,8,15,17,8,10,10,8,12,10,0,22,22,17,11,12,12,16,8,13,24,16,14,12,11,13,10,12,13,12,1,1,0,0,0,0,0
1

Не пойму где моя ошибка.
Поймать возраст узла на полном дереве Q1b оказалось достаточно, так как означенное семейство оказалось обладателями предковых для всех L245 гаплотипов и примостилось у корня L275. Ветвь идет прямо от корня (4300+/-600 yo), ветвится на первом центральноевропейском представителе (не член исследуемой фамилии) на 3600+-555. И первый представитель семьи появляется на 551+-170 yo. Это все при Ро=155.

Аналогичная история с другим "калибровочным" семейством - Hoff/Huff. При Ро=155. Они также удревняются до 500 с лишним лет при БОП, жившим в период с  1649-1730.

Вывод: Ро=155 для Q1b слишком маленькое. Достоверности этому выводу добавляет то, что эти две семьи сидят на абсолютно разных частях дерева - одни у корня, другие - у кроны (параллельно двум ашкеназским ветвям).

Для рекомендованного уважаемым Valery Ро=170 всё почти становиться на свои места.
Первый представитель Shockey/Jäggi - 340+-171 yo
Первый представитель Hoff/Huff - 401+-158 yo
Что, в принципе, выглядит достоверно, так как исторический БОП Hoff/Huff на 71 год старше исторического БОПа Shockey/Jäggi. Оцените точность относительного соотношения, практически как в аптеке.

Осталось для тюнинга уточнить у уважаемого Маугли один нюанс. При "подгонке" Ро под известные годы жизни исторических БОП какого-либо рода корректно ли будет принять следующие вводные:
1. считаем, что средний возраст протестированных современников 40 лет. Соответственно за "условную" дату рождения протестированных потомков принимаем 1972 год.
2. считаем ВБОП как разницу между "условной" датой рождения протестированных потомков и датой рождения исторического БОПа.
Соответвенно для нашей ситуации целевой ВБОП для  Shockey/Jäggi 252 года, а для Hoff/Huff - 323 года.
Оба этих значения попадают в рассчитанные для Ро=170 интервалы (+-).
Нужно ли сблизить эти рассчетные ВБОП с возрастом соответствующих узлов, вычисленных Муркой?

[mouglley]

Давайте так, я даю Вам разные варианты Rho для N1:
Для Мурки 67 маркеров - 129.6
Для Мурки 67 маркеров +снипы - 116.7
Для ТНТ 111 маркеров +снипы - 130,8


Данные по трём княжеским семьям + старожитной семье Карцевых/Карцовых.

Возраста четырёх ветвей: 1001, 696, 651, 273 лет.
Возраста принимаются пропорционально количеству участников проектов.

Если появится какая-то иная семья, имеющая данные об общих предках, то, с удовольствием, буду учитывать и их.
Пока же:

Рождение Детородный возраст Смерть Количество
Ярослав Владимирович Мудрый
978 1010 1054 14
Gedimin
1275 1315 1341
Ginvil starosta of Trakai
1320 1360 1400 4
Карцовы
1708 1738 - 3

[VVR]

Шад.
Как-то не могу понять Ваше сообщение.
1)У Вас получается завышенный возраст на дереве. Вы увеличиваете Ро и возраст уменьшается? Так не бывает. Больше Ро - больше возраст. Меньше Ро - меньше возраст.
2) Посмотрел деревья, построенные Вами. В частности ветвь Shockey/Jäggi . Естественно, её возраст будет завышен. Т.к. на дереве к семейству примазываются посторонние гаплотипы. Они существенно  удревняют возраст ветви. Такая семья с известной генеалогией должна идти отдельной ветвью. Очевидна ошибка филогении.
Может я не нашёл новое дерево, где эта семья отдельно. Дайте, пожалуйста, ссылку на обсуждаемое дерево.

[Шад]

Как-то не могу понять Ваше сообщение.
1)У Вас получается завышенный возраст на дереве. Вы увеличиваете Ро и возраст уменьшается? Так не бывает. Больше Ро - больше возраст. Меньше Ро - меньше возраст.

Я уже ощутил этот парадокс. Эксперементировал по дереву в целом с разными Ро (в диапазоне от 145 до 180) и получил целый ряд результатов ВБОП обоих семей. Причем изменяющихся абсолютно нелинейно. Да и похоже без  какой-либо закономерности. При этом возраст дерева в целом, точнее гаплогруппы Q1b-L275, менялся как и положено по мере роста Ро.

2) Посмотрел деревья, построенные Вами. В частности ветвь Shockey/Jäggi . Естественно, её возраст будет завышен. Т.к. на дереве к семейству примазываются посторонние гаплотипы. Они существенно  удревняют возраст ветви. Такая семья с известной генеалогией должна идти отдельной ветвью. Очевидна ошибка филогении.

А вот здесь Вы фактически ответили на незаданный мною вопрос - почему при изменении Ро возраст БОПа не менялся "в том же направлении"? Если я правильно понял Вас, то это происходит из-за не входящих в семью, но близких гаплотипов, которые искажают отдельную ветвь, которую по логике должны были образовать близкие родственники. Реально они их и образуют. Только при разных Ро эти ветви имеют разную конфигурацию.

Может я не нашёл новое дерево, где эта семья отдельно. Дайте, пожалуйста, ссылку на обсуждаемое дерево.

Деревьев у меня целый лес. Мало того, что Мурка выдает от 25 до 92 деревьев при разных Ро. Так теперь у меня десяток вариантов для разных Ро.
Какие из них выбрать для иллюстрации?

[Шад]

Может я не нашёл новое дерево, где эта семья отдельно. Дайте, пожалуйста, ссылку на обсуждаемое дерево.

Если вопрос по отдельному дереву  Shockey/Jäggi, то вот оно -


* для Ро=180

[VVR]

Может я не нашёл новое дерево, где эта семья отдельно. Дайте, пожалуйста, ссылку на обсуждаемое дерево.

Если вопрос по отдельному дереву  Shockey/Jäggi, то вот оно -


* для Ро=180

Всё правильно. Я так и посчитал вчера в уме по Вашим гаплотипам.  Коэффициент возраста 1,15 (15 мутаций на 13 гаплотипов). 180 х 1,15=209. При Ро=155, 1,15х155=180.
Если истинный возраст, как Вы посчитали, 252, то 252/1,15=219. Ро=219 лет.
Но у меня вызвал сомнение маркер 557. Какое там значение предковое 17 или 18? Если 18, то цифры будут несколько другими.
Посмотрел Ваше старое дерево. Там по дереву получается 18. Тогда гаплотипов, совпадающих с предковым не 4, как на этом дереве, а один-120859. Кстати, для такого возраста немутировавших гаплотипов должно остаться в среднем 2 из 13.
Итак, если предковый 18, то на дереве получается уже 20 мутаций на 13 гаплотипов. Коэффициент 20/13=1,54  155х1,54=239 лет, что вполне близко к реальному.
Кстати, это одна из трудностей  калибровки по известным генеалогиям. Филогения должна полностью совпадать с реальной генеалогией. Ну и конечно таких геналогий должно быть больше - десяток, как минимум

[Шад]

Уважаемый VVR! Большое спасибо за комментарий, но некоторые моменты нуждаются в дополнительном разъяснении. По крайней мере для меня.
Что такое коэффициент возраста и как он рассчитывается я понял. Но как его применять на практике?

Взяли мы реальную генеалогию (1 штука).
Рассчитали истинный возраст БОП = 252.
Рассчитали коэффициент возраста как отношение количества мутаций к количеству гаплотипов. =1,15
Вычислили Ро как отношение истинного возраста ВБОП к коэффициенту возраста. =219

Можем ли мы применять рассчитанное Ро к дереву Q1b в целом? Или мы рассчитали поправочный коэффициент для конкретной группы гаплотипов?

[mouglley]

Ни в коем случае!
по одной генеалогии, тем более в две сотни лет калибровки не получится.
Тут накладываются бешенные отклонения от статистики на такой короткой дистанции.
Минимум для калибровки ( у меня получилось: произведение количества персон на средний возраст жизни предка не менее 1500 лет для каждой династии.
Я, к примеру, не учитываю генеалогии сотен финнов с отлично записанной генеалогией. И это толко потому, что их генеалогия не уходит за 350 лет.

[Шад]

Ни в коем случае!
по одной генеалогии, тем более в две сотни лет калибровки не получится.
Тут накладываются бешенные отклонения от статистики на такой короткой дистанции.
Минимум для калибровки ( у меня получилось: произведение количества персон на средний возраст жизни предка не менее 1500 лет для каждой династии.
Я, к примеру, не учитываю генеалогии сотен финнов с отлично записанной генеалогией. И это толко потому, что их генеалогия не уходит за 350 лет.

То есть, если у меня в распоряжении только две двухсолетние генеалогии, то вариантов получить от Мурки полезный результат практически нет?
Теоретически можно оттолкнуться от ВБОП ашкеназов... Но это будет явная подгонка под заведомо ожидаемый результат.
Наиболее вероятный возраст узла -  1100 лет+/50 лет. Но это привязка к дате начала распада Хазарского каганата. Версия наиболее вероятная, но не бесспорная.
Хотелось бы не делать подгонку под эту дату, а откалибровав Ро на других данных ее проверить.
Для Ро=165* (последняя версия дерева) получаем начало ашкеназской ветви на 1500 yo. То ли это погрешности филогении, то ли ошибочное Ро, то ли указание на наличие предка, жившего до исторической эпохи каганата в Персии или степях Евразии (в зависимости от того какую версию происхождения иудейских Q1b в каганате мы предпочтем)... 

Вторая "интересная" точка - это ответвление на будущую ашкеназскую ветвь и ветвь берберских евреев, которая уже представлена несколькими гаплотипами. Можно конечно допустить, что религия связала эти гаплотипы случайно, но можно и предположить наличие общего предка.
Для Ро=165* этот узел находится на глубине 3,6 kyo. Получается что-то сходящееся к временам Исхода. Что опять таки похоже на правду.
Интересно, что на этом же узле находится несколько гаплотипов арабов и армян. А чуть раньше его на 300 лет глубже - гаплотипы иракских арабов и дагестанских Q1b. Причем я предполагаю, что иракские арабы это выходцы из племен болотных арабов.
Общий возраст дерева получился 5,3 kyo. От корня отдельно (и раздельно) уходят ветви индо-пакистанцев, казахов,  татарских мурз Бутакидов. А также уже упомянутые швейцарцы.
Итого - корень дерева Q1b оказался в 4 тысячелетии до нашей эры. В очень интересный диапазон дат:

3761 год до н. э. — дата сотворения мира по иудейскому календарю.
3182 год до н. э. — дата сотворения мира по исламскому календарю.
В полночь 23 января 3102 года до н. э. началась Кали-юга.

Можно по разному относиться к хронологии, но схождение важных дат в таком относительно узком диапазоне что-то явно означает.
Полагаю, что начальная точка расселения Q1b связана с Южным Ираком - Месопотамией. С какой из этнических групп она была связана - сложно сказать. Междуречье - это такой перекресток исторических путей, что ни одна из версий появления Q1b в Хазарском каганате не опровергается. Это могли быть семиты, а могли быть шумеры. Могли быть и кутии.

Короче из всего клубка связанных с Q1b исторических загадок самыми загадочными выглядят швейцарцы. Являясь самыми близкими к предковым Q1b1a-L245 они в итоге оказались в центре Европы.

________________________
* Ро=165 это среднее арифметическое между двумя рекомендациями: уважаемого VVR и уважаемого Valery. Абсолютно ненаучный метод определения Ро, но лучшего я пока не придумал:) 

[Alexander]

* Ро=165 это среднее арифметическое между двумя рекомендациями: уважаемого VVR и уважаемого Valery. Абсолютно ненаучный метод определения Ро, но лучшего я пока не придумал:)

Не факт, что выборка  сходится именно на Shockey, скорее на его потомках, и расчёт укажет на меньший возраст. Поэтому по одной не слишком древней генеалогии делать вывод преждевременно. Рекомендация Valery учитывает общий случай и, по-видимому, более объективна. Хотя разница выглядит ничтожной.