Параметр Rho (Ро) в Мурке

[Шад]

* Ро=165 это среднее арифметическое между двумя рекомендациями: уважаемого VVR и уважаемого Valery. Абсолютно ненаучный метод определения Ро, но лучшего я пока не придумал:)

Не факт, что выборка  сходится именно на Shockey, скорее на его потомках, и расчёт укажет на меньший возраст. Поэтому по одной не слишком древней генеалогии делать вывод преждевременно. Рекомендация Valery учитывает общий случай и, по-видимому, более объективна. Хотя разница выглядит ничтожной.

Обе рекомендации не имели отношения к калибровке через Shockey.

[VVR]

Обе рекомендации не имели отношения к калибровке через Shockey.

Безусловно.

Что касается высказывания Маугли про "ни в коем случае", то абсолютно с этим согласен.
Я вообще противник калибровки по известным генеалогиям, как для определения частот мутаций, так и для определения Ро. Пример показал. Строим дерево от одного предкового - получили "калиброванное" Ро=219 лет. От другого предкового (как я предлагал), "калиброванное" Ро=164 года. Ни тот, ни другой вариант не являются надёжными, т.к. точная филогения семьи нам неизвестна, статистика минимальна. Но даже если мы решим эти две проблемы распространять калибровку на всё дерево не совсем корректно. Возраст по ро-статистике определённым образом зависит от топологии дерева. Его могут исказить, как ошибки(неточности) филогении, так и факторы, о которых я упоминал ранее(пост№18 в этой теме).

Мне представляеися оптимальным (при использовании ро-статистики на дереве) оценить правильным,надёжным методом возраст всего дерева и к нему подогнать Ро. Возраста наиболее важных узлов также определять отдельно. В файле .dot возраста(как и всё остальное) можно править вручную.

[Eugene]

Оптимальным вариантом будет большая статистика по парам отец-сын. Это в принципе таже самая генеалогия, только короткая. Но при большом кол-ве она будет наиболее приближена к реальной. К тому же позволит выявить возможные различные скорости у разных гаплогрупп или подтвердить, что этого нет.
Использование реальных длинных (>300 лет) генеалогий с одной стороны упрощает задачу, позволяя не собирать сотни или тысячи пар отце-сын, а с другой стороны вносит погрешности и прежде всего из-за того, что мутации набежали между потомками не обязательно от самого дальнего общего предка.

[VVR]

А то что нам неизвестен гаплотип далёкого предка ничего?

[Eugene]

А то что нам неизвестен гаплотип далёкого предка ничего?

Это еще одна дополнительная погрешность, к приведенной выше.
Тем не менее расчитать приблизительный возраст до общего предка другим способом у нас для 37, 67, 111 маркеров пока нет.

[VVR]

Вот именно. Погрешность дополнительная. И таких подводных камней в известных генеалогиях достаточно. Поэтому, только пары отец-сын. Хотя и их результаты надо применять правильно.

[Eugene]

Поэтому, только пары отец-сын. Хотя и их результаты надо применять правильно.

А с Вами по этому поводу никто вроде и не спорит.
Только где их взять-то столько пар для 67 маркеров?
Если бы было хотя бы сто пар то я бы по ним откалибровал. У меня только 5 в проекте N1c1(некоторые только 37).
Для сравнения генеалогии в пересчете на поколение дадут более 120 для N1c1.